genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9189628--9189827	100	2.0	100	95	1	357	35	14	19	31	1.91
9193921--9193977	23	2.6	22	82	15	73	35	5	0	59	1.20
9193881--9194010	7	19.0	7	66	19	53	37	2	1	58	1.20
9193934--9194065	24	5.5	23	70	15	72	32	5	2	59	1.32
9194128--9194216	10	8.9	9	75	19	63	32	3	1	62	1.19
9194127--9194189	13	4.4	14	71	25	51	30	1	1	66	1.10
9194111--9194160	24	2.1	23	85	3	64	32	4	4	60	1.34
9194128--9194216	20	4.4	19	77	17	74	32	3	1	62	1.19
9194127--9194213	21	4.0	21	75	20	74	32	3	1	63	1.19
9194166--9194207	17	2.6	16	81	7	50	33	4	0	61	1.17
9194138--9194216	10	8.0	10	75	19	69	32	3	0	63	1.12
9203744--9204287	221	2.5	219	85	5	722	32	17	23	26	1.97
9204174--9204290	44	2.7	44	90	0	189	32	13	26	27	1.94
9205874--9205935	12	5.2	12	72	16	58	35	4	0	59	1.19
9205953--9206023	22	3.1	23	77	4	72	29	5	4	60	1.38
9206087--9206140	20	2.7	19	85	8	63	29	1	3	64	1.21
9206086--9206172	21	4.0	21	72	20	56	31	4	2	62	1.28
9206097--9206175	10	8.0	10	71	19	51	31	5	1	62	1.25
9213465--9213506	22	1.9	22	85	0	57	42	7	23	26	1.80
9214910--9214943	17	2.0	17	100	0	68	41	11	5	41	1.66
9215339--9215507	86	2.0	87	82	5	209	28	21	17	33	1.96
9215577--9216733	204	5.7	205	93	1	1852	28	22	18	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9217685--9217737	6	8.8	6	80	13	56	3	11	0	84	0.73
9217682--9217738	18	3.2	17	83	13	71	3	10	0	85	0.70
9217677--9217736	10	5.9	11	79	12	58	3	11	0	85	0.72
9217682--9217737	11	4.7	11	77	12	58	3	10	0	85	0.71
9223082--9223138	28	2.0	28	100	0	114	56	3	10	29	1.50
9227507--9227549	23	1.9	22	85	4	59	60	2	6	30	1.35
9227640--9227716	27	2.7	29	82	10	86	53	10	11	24	1.68
9227645--9227716	31	2.5	27	84	8	81	52	9	11	26	1.67
9228462--9228524	32	2.0	32	90	0	99	34	12	15	36	1.86
9229683--9229814	38	3.5	38	84	0	174	31	18	14	36	1.90
9235095--9235245	28	5.4	28	91	1	214	33	27	11	26	1.92
9244633--9244978	48	6.9	49	73	16	212	33	8	30	27	1.87
9244633--9244740	46	2.2	48	91	6	175	30	12	29	27	1.92
9244783--9245029	47	5.3	48	87	6	312	32	8	30	27	1.87
9244784--9245029	95	2.6	93	85	7	331	32	8	30	28	1.88
9245142--9245212	35	2.0	36	86	5	101	19	19	33	26	1.96
9247093--9247175	29	2.8	31	78	12	102	24	14	33	27	1.94
9247541--9247615	38	1.9	39	87	12	111	25	22	29	22	1.99
9247592--9247745	40	3.9	40	84	0	175	23	21	29	25	1.99
9251004--9251386	47	8.1	47	92	2	624	31	9	30	28	1.88
9251004--9251386	96	4.0	96	94	2	641	31	9	30	28	1.88
9251505--9251583	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9253531--9253681	28	5.4	28	91	1	214	33	27	11	26	1.92
9256260--9256334	35	2.1	35	85	0	96	28	6	20	45	1.76
9256275--9256326	16	3.1	16	69	15	50	23	5	25	46	1.74
9261048--9261186	27	5.1	28	81	11	164	34	20	25	19	1.96
9261048--9261186	54	2.6	54	90	3	208	34	20	25	19	1.96
9268580--9268733	27	5.7	27	80	11	163	34	20	24	20	1.96
9268595--9268733	54	2.6	54	90	3	217	35	22	23	18	1.96
9272700--9272754	22	2.5	22	90	0	83	23	27	36	12	1.91
9285847--9285929	21	3.9	21	73	17	80	27	25	18	28	1.98
9285831--9285989	44	3.6	44	85	5	196	27	23	17	32	1.97
9285831--9285945	23	5.2	23	75	8	121	26	24	16	32	1.96
9286568--9286633	33	2.0	33	100	0	132	42	15	18	24	1.88
9290749--9290807	13	4.7	12	78	14	57	42	1	6	49	1.39
9295560--9295586	14	1.9	14	100	0	54	14	3	7	74	1.18
9299470--9299589	49	2.5	49	75	17	117	23	5	4	67	1.28
9299735--9299779	22	2.1	21	91	4	72	22	0	4	73	1.01
9301212--9301246	5	6.6	5	90	6	52	17	0	2	80	0.84
9305494--9305549	26	2.2	26	93	6	96	32	7	23	37	1.82
9307170--9307286	54	2.2	54	92	0	198	17	22	23	36	1.94
9307170--9307286	27	4.3	27	84	8	150	17	22	23	36	1.94
9307170--9307300	27	4.9	27	80	11	128	19	24	21	35	1.96
9326545--9326604	30	2.0	30	83	0	75	40	6	23	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9328425--9328487	24	2.6	24	89	0	90	19	14	34	31	1.91
9328427--9328497	24	3.0	24	87	0	88	21	12	32	33	1.91
9336388--9336450	24	2.6	24	89	0	90	19	14	34	31	1.91
9336390--9336460	24	3.0	24	87	0	88	21	12	32	33	1.91
9338169--9338293	46	2.7	46	85	10	150	20	20	29	29	1.98
9352377--9352500	43	2.9	44	70	9	105	34	26	15	23	1.94
9354443--9354483	21	2.0	21	85	0	55	31	29	9	29	1.89
9356916--9357073	43	3.7	43	76	9	135	25	15	27	32	1.95
9357965--9358029	32	2.0	32	93	0	112	33	9	21	35	1.85
9363512--9363622	44	2.6	42	83	7	125	23	17	27	32	1.96
9364374--9364398	13	1.9	13	100	0	50	8	0	16	76	1.02
9364395--9364423	15	2.0	15	93	6	51	24	6	20	48	1.74
9367665--9368443	47	16.6	47	94	2	1363	32	8	29	29	1.87
9367871--9367945	22	3.3	22	63	7	60	30	10	29	29	1.91
9368294--9368368	22	3.3	22	63	7	60	30	10	29	29	1.91
9368562--9368663	37	2.8	37	93	0	168	25	18	29	26	1.98
9369940--9370266	40	8.2	40	93	3	518	24	20	27	27	1.99
9369940--9370266	79	4.1	80	93	2	518	24	20	27	27	1.99
9369940--9370266	119	2.7	119	93	0	539	24	20	27	27	1.99
9374919--9375085	80	2.1	78	88	2	244	26	28	20	23	1.99
9374919--9375095	39	4.5	39	86	5	232	26	28	20	24	1.99
9385851--9386020	39	4.3	40	91	5	258	25	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9385851--9386067	78	2.8	78	84	4	242	25	27	21	25	1.99
9390533--9390623	23	3.9	23	77	7	85	32	18	25	23	1.97
9390558--9390650	24	3.9	23	76	9	71	35	18	22	23	1.96
9407022--9407070	24	2.0	24	100	0	98	20	20	8	51	1.73
9413272--9413707	47	9.3	47	91	0	701	34	8	29	27	1.87
9413438--9413515	25	3.2	25	65	17	74	34	5	29	30	1.79
9420602--9420661	29	2.1	29	84	6	77	38	23	6	31	1.81
9423317--9423345	14	2.1	14	100	0	58	72	0	0	27	0.85
9425068--9425177	30	3.7	30	87	2	150	31	42	0	24	1.61
9443164--9443315	78	1.9	78	85	2	207	30	21	15	31	1.95
9448647--9448735	28	3.2	28	91	0	142	21	14	37	26	1.92
9449064--9449382	27	11.8	27	79	2	300	40	19	8	31	1.82
9449075--9449382	54	5.7	54	82	3	334	39	18	8	32	1.81
9449064--9449357	107	2.7	108	84	1	365	39	20	8	31	1.82
9449204--9449414	109	1.9	109	80	3	246	39	20	9	29	1.85
9454484--9454613	28	4.6	28	82	4	145	24	13	33	29	1.93
9454920--9455043	27	4.6	27	79	2	142	39	20	9	29	1.85
9455024--9455085	27	2.3	28	80	8	74	38	11	16	33	1.84
9455607--9455666	27	2.2	27	81	0	75	25	18	23	33	1.97
9457898--9457989	28	3.3	28	89	0	139	20	17	34	27	1.95
9458306--9458619	27	11.7	27	78	6	219	41	19	7	31	1.80
9458326--9458619	54	5.5	54	78	2	259	40	18	7	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9458306--9458646	81	4.2	81	81	2	346	41	19	7	31	1.80
9458923--9458988	32	2.1	32	97	0	123	25	18	21	34	1.96
9459151--9459176	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
9463743--9463788	22	2.1	22	95	0	83	23	21	15	39	1.92
9474327--9474404	24	3.3	23	89	5	102	32	21	16	29	1.96
9474341--9474408	24	2.9	23	93	4	109	29	20	20	29	1.98
9474435--9474501	20	3.3	20	89	4	100	35	20	8	34	1.84
9474435--9474502	11	6.7	11	71	17	58	36	20	8	33	1.84
9474435--9474507	9	7.4	10	71	17	55	36	20	8	34	1.83
9476244--9476329	26	3.4	25	88	6	122	24	23	23	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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