genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   

This is table  77  of  343  ( 41150 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25380911--25381001	27	3.3	28	93	4	159	30	7	27	34	1.85
25389017--25389096	35	2.3	35	84	0	106	25	21	31	22	1.98
25390732--25390792	30	2.0	30	100	0	122	26	6	16	50	1.69
25406230--25406284	28	2.0	28	88	0	83	29	18	27	25	1.98
25409556--25409634	29	2.7	29	94	0	131	37	12	24	25	1.90
25410848--25410876	9	3.3	9	95	4	51	89	0	0	10	0.48
25413155--25413189	17	2.0	18	94	5	63	11	40	31	17	1.85
25419911--25420022	27	4.2	26	86	5	125	37	23	23	16	1.93
25419911--25420022	54	2.1	54	84	3	145	37	23	23	16	1.93
25427909--25428001	27	3.5	27	81	10	102	38	23	23	13	1.91
25427909--25428023	54	2.1	54	82	3	133	35	24	23	16	1.95
25427927--25428020	27	3.4	27	84	10	111	32	24	24	18	1.97
25435083--25435125	16	2.7	15	85	7	59	32	13	18	34	1.90
25435069--25435120	16	3.3	15	81	7	59	30	11	17	40	1.85
25437365--25437389	13	1.9	13	100	0	50	0	40	28	32	1.57
25443409--25443442	10	3.3	10	88	8	50	58	17	20	2	1.51
25455832--25455887	28	2.0	28	100	0	112	39	7	10	42	1.67
25459282--25459440	46	3.4	47	70	14	141	30	29	18	21	1.97
25466442--25466612	46	3.7	46	73	13	161	30	28	18	22	1.97
25466450--25466619	93	1.8	93	90	0	277	30	30	18	21	1.97
25468808--25468975	40	4.2	40	90	1	241	22	22	25	30	1.99
25476796--25476881	40	2.2	40	87	4	122	23	20	23	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25482609--25483150	177	3.1	175	80	3	568	25	24	19	30	1.98
25483052--25483254	44	4.7	44	68	11	114	27	21	20	30	1.98
25483140--25483395	44	5.7	43	73	12	142	29	23	16	30	1.97
25483271--25483395	44	2.8	44	81	6	146	31	28	14	26	1.95
25483271--25483439	89	1.9	89	82	4	216	30	25	14	29	1.95
25492854--25492905	19	2.6	19	78	6	59	55	1	3	38	1.29
25492965--25492993	15	2.0	15	93	6	51	62	0	6	31	1.22
25493814--25493847	11	3.2	11	87	8	52	64	14	8	11	1.49
25493814--25493849	10	3.5	10	92	3	54	61	16	8	13	1.56
25494218--25494252	17	2.0	18	88	5	54	8	0	37	54	1.31
25495094--25495288	41	4.8	41	83	4	232	33	18	23	24	1.97
25495301--25495415	53	2.2	53	82	3	133	46	32	2	19	1.64
25495526--25495589	7	9.0	7	77	3	56	23	3	26	46	1.67
25495542--25495592	15	3.5	15	81	2	59	21	1	29	47	1.62
25496170--25496244	7	10.6	7	83	11	55	73	2	0	24	0.96
25496187--25496248	8	8.1	8	92	5	94	72	0	0	27	0.85
25496187--25496248	15	4.1	15	91	6	99	72	0	0	27	0.85
25496187--25496245	7	8.0	7	96	3	91	72	0	0	27	0.84
25499133--25499460	23	14.3	23	78	8	260	31	6	22	39	1.80
25500139--25500309	87	2.0	86	84	1	225	23	19	29	26	1.98
25500139--25500309	43	4.0	43	85	1	225	23	19	29	26	1.98
25503170--25503238	25	2.8	26	78	10	74	31	21	23	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25503178--25503283	23	4.4	23	74	12	81	34	19	22	22	1.96
25503231--25503320	24	3.8	24	76	2	101	35	18	22	23	1.96
25503207--25503318	47	2.4	47	84	3	136	35	18	21	24	1.95
25506760--25506820	28	2.2	28	78	0	68	36	21	14	27	1.93
25509472--25509586	46	2.6	44	85	8	137	25	26	24	23	2.00
25509584--25509741	38	4.1	38	88	4	187	30	24	21	23	1.99
25509584--25509741	76	2.1	78	85	4	214	30	24	21	23	1.99
25515280--25515476	81	2.5	80	87	2	270	29	24	6	39	1.81
25515280--25515472	27	7.2	27	86	2	237	29	25	6	38	1.81
25515475--25515648	27	6.4	27	81	7	192	41	19	8	30	1.81
25515508--25515715	54	3.8	54	82	3	202	42	20	7	29	1.78
25515588--25515658	27	2.6	28	80	12	85	47	23	4	23	1.69
25515670--25515721	27	1.9	27	84	7	70	42	13	9	34	1.77
25515762--25515833	26	2.8	25	78	18	67	38	22	18	20	1.93
25516648--25516714	25	2.7	25	86	4	82	28	25	19	26	1.99
25517001--25517055	29	1.9	28	88	3	83	21	23	27	27	1.99
25519162--25519225	26	2.4	27	89	2	94	25	23	9	42	1.84
25519257--25519352	27	3.6	27	84	2	122	40	19	9	30	1.83
25519277--25519437	54	2.9	54	79	4	153	40	18	9	32	1.82
25519337--25519443	27	3.9	27	76	13	101	41	17	8	32	1.80
25519488--25519539	27	1.9	27	84	7	70	38	23	21	17	1.93
25520354--25520423	25	2.8	25	95	0	122	25	25	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25520354--25520468	25	4.5	24	80	9	106	29	21	23	25	1.99
25521617--25521645	15	1.9	15	100	0	58	13	0	31	55	1.39
25522197--25522353	86	1.8	85	85	6	219	24	17	25	33	1.96
25522197--25522361	43	3.8	43	78	7	174	23	16	26	33	1.96
25530516--25530550	17	2.1	17	94	0	61	20	8	0	71	1.11
25530906--25530930	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
25534405--25534489	43	2.0	41	84	4	107	24	16	22	36	1.94
25537939--25538057	28	4.2	28	89	1	157	27	14	31	26	1.95
25541855--25542026	39	4.4	38	86	2	209	27	26	20	26	1.99
25547338--25547582	49	4.9	49	84	2	301	25	17	27	29	1.97
25554539--25554650	28	4.0	28	80	2	109	28	14	29	27	1.95
25559158--25559260	28	3.7	28	82	0	116	28	15	31	25	1.96
25559158--25559278	56	2.1	57	83	4	147	30	14	31	23	1.95
25559196--25559280	28	3.0	28	85	1	116	29	15	34	21	1.94
25576135--25576335	39	5.1	39	90	2	271	29	26	22	21	1.99
25577094--25577119	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
25584504--25584536	17	2.0	17	94	5	59	42	9	6	42	1.61
25596712--25596822	46	2.4	47	86	7	147	33	26	14	26	1.94
25597042--25597085	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
25604621--25604700	29	2.8	29	92	0	133	37	15	22	25	1.93
25622755--25622839	29	2.9	29	91	0	134	37	14	22	25	1.92
25631130--25631240	42	2.6	42	90	2	143	21	31	22	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25631130--25631250	43	2.9	42	91	2	181	21	33	23	22	1.98
25633178--25633207	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
25648447--25648495	20	2.5	20	86	0	62	24	16	38	20	1.92
25650166--25650208	20	2.2	19	87	4	59	20	16	34	27	1.94
25666801--25666968	46	3.6	46	77	9	187	25	29	18	26	1.98
25669961--25670456	248	2.0	248	99	0	983	36	9	23	31	1.87
25670800--25671061	47	5.8	45	69	22	160	27	17	31	24	1.97
25670811--25671205	94	4.3	95	83	9	415	27	19	30	23	1.98
25671037--25671202	49	3.5	48	75	7	169	28	22	28	21	1.99
25670937--25671100	85	1.9	85	90	2	258	27	17	31	23	1.97
25671953--25672083	55	2.4	54	79	5	129	23	27	25	22	2.00
25672756--25672780	12	2.1	12	100	0	50	32	8	8	52	1.60
25674329--25674367	19	2.1	19	90	0	60	38	10	23	28	1.87
25674391--25674467	21	3.5	20	68	16	55	20	14	25	38	1.91
25674396--25674486	45	2.0	45	91	0	146	24	14	24	37	1.92
25682164--25682198	10	3.6	10	84	7	54	37	2	28	31	1.72
25682163--25682199	19	1.9	19	100	0	74	35	5	27	32	1.79
25682235--25682320	45	1.9	45	90	0	136	24	12	23	39	1.89
25689211--25689450	27	9.0	27	82	3	243	40	20	13	25	1.89
25694141--25694174	17	1.9	17	88	5	50	11	29	44	14	1.81
25697398--25697508	41	2.7	41	81	1	134	19	27	17	35	1.94
25704654--25704941	41	7.0	41	83	0	324	20	29	15	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25704655--25704941	123	2.3	124	86	2	391	20	29	16	34	1.94
25717113--25717153	13	2.9	15	82	10	52	17	4	14	63	1.47
25719192--25719245	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
25720731--25720838	26	4.2	26	89	4	173	36	23	8	32	1.84
25724451--25724622	93	1.8	93	92	0	290	28	30	20	20	1.98
25724443--25724618	46	3.8	46	79	10	196	29	29	19	21	1.98
25729958--25730014	27	2.1	27	86	0	78	49	1	10	38	1.48
25730449--25730515	27	2.4	28	80	7	75	59	8	2	28	1.42
25731899--25732004	44	2.4	44	80	3	115	27	16	16	38	1.91
25732209--25732413	55	3.8	55	89	3	308	37	16	13	32	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343