genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.294.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96763877--96764023	27	5.4	27	89	0	213	41	8	22	27	1.83
96763840--96764035	81	2.4	81	79	3	223	38	8	20	32	1.83
96765439--96765548	44	2.5	44	76	4	105	29	24	15	30	1.96
96765705--96765791	45	1.9	45	92	0	147	31	27	14	26	1.95
96765671--96765919	133	1.9	133	84	3	340	28	24	19	28	1.99
96765634--96765965	44	7.5	45	73	8	207	28	22	19	30	1.98
96765671--96765965	133	2.2	133	80	3	335	28	22	18	29	1.98
96778081--96778140	27	2.3	26	80	11	68	61	5	1	31	1.27
96778083--96778143	28	2.2	26	80	11	68	62	4	1	31	1.26
96784519--96784561	21	2.1	20	86	4	59	48	4	11	34	1.60
96784708--96784786	12	6.5	12	72	15	56	62	0	3	34	1.14
96784717--96784758	21	2.1	21	87	12	63	64	0	4	30	1.14
96784823--96784853	13	2.3	14	94	5	55	51	6	0	41	1.27
96784892--96784937	20	2.3	21	85	14	62	63	2	0	34	1.07
96785407--96785464	24	2.5	24	83	11	75	44	0	55	0	0.99
96786808--96786959	72	2.1	73	84	8	195	38	22	15	23	1.93
96786834--96787061	120	1.9	123	86	4	327	35	23	15	25	1.94
96787304--96787448	79	1.8	78	86	4	211	27	22	15	35	1.94
96788185--96788212	13	2.2	13	100	0	56	14	14	21	50	1.78
96799878--96799920	21	2.1	20	86	4	59	48	4	11	34	1.60
96800066--96800097	12	2.7	12	95	0	55	62	0	0	37	0.95
96800180--96800210	13	2.3	14	94	5	55	51	6	0	41	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96800249--96800308	21	2.6	22	82	15	68	60	1	1	36	1.17
96800766--96800823	24	2.5	24	86	11	84	43	0	56	0	0.99
96801791--96801829	13	3.0	13	88	0	60	25	0	2	71	0.98
96805440--96805487	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
96805436--96805491	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
96805436--96805487	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
96805725--96805800	2	40.5	2	72	17	56	56	1	2	39	1.21
96805737--96805863	23	5.6	23	69	19	72	57	2	3	36	1.30
96805659--96805841	86	2.1	84	80	6	190	55	3	5	35	1.41
96806356--96806500	30	4.8	30	92	0	227	23	3	47	25	1.67
96806356--96806500	60	2.4	60	95	0	254	23	3	47	25	1.67
96807248--96807297	14	3.6	14	81	7	57	64	4	12	20	1.43
96807277--96807504	76	3.0	75	85	3	307	32	21	16	29	1.95
96807269--96808152	239	3.7	237	91	2	1368	34	21	16	27	1.95
96807427--96807610	90	2.1	88	84	6	246	37	19	16	26	1.93
96807516--96807739	74	3.0	73	90	1	340	32	22	17	27	1.96
96807746--96807773	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
96807793--96807976	73	2.5	73	95	0	323	30	23	16	29	1.96
96807597--96807904	165	1.9	164	91	2	501	32	22	17	28	1.96
96807977--96808008	14	2.3	14	94	0	55	65	9	12	12	1.47
96807839--96808136	160	1.9	158	86	4	429	33	22	16	27	1.95
96815666--96815707	20	2.1	20	100	0	84	26	26	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96816465--96816500	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
96818028--96818075	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
96818024--96818079	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
96818024--96818075	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
96818283--96818363	31	2.6	31	82	5	85	58	3	4	33	1.37
96818224--96818445	25	9.0	25	69	16	108	56	3	5	34	1.40
96818309--96818443	50	2.9	46	77	15	134	57	2	3	36	1.29
96818932--96819016	30	2.8	30	94	0	143	21	3	49	25	1.65
96822285--96822453	89	1.9	87	87	3	248	50	5	3	40	1.42
96824051--96824081	12	2.6	12	94	0	53	6	29	41	22	1.78
96824188--96824227	14	2.9	14	92	7	64	7	27	32	32	1.85
96825260--96825315	25	2.2	25	93	0	94	30	19	26	23	1.98
96826983--96827014	15	2.1	15	94	0	55	68	9	0	21	1.17
96845670--96845781	27	4.2	26	82	7	125	38	22	23	16	1.93
96845670--96845781	54	2.1	54	84	3	145	38	22	23	16	1.93
96847212--96847285	24	3.1	24	94	0	121	21	41	5	31	1.76
96847907--96847957	23	2.2	24	82	10	61	17	25	19	37	1.94
96847986--96848031	24	2.0	24	86	4	67	15	23	23	36	1.93
96849464--96849554	31	2.9	31	72	16	73	37	0	3	59	1.14
96851332--96851590	46	5.6	46	86	2	342	42	14	24	18	1.88
96851322--96851580	138	1.9	138	90	1	412	42	13	25	18	1.87
96852863--96852910	25	1.9	25	91	0	78	22	20	14	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96854567--96854598	9	3.7	9	95	4	57	25	0	0	75	0.81
96854500--96854587	31	2.8	31	75	16	90	37	0	2	60	1.10
96856448--96856519	21	3.2	21	66	21	56	38	12	23	25	1.90
96856447--96856669	46	4.8	46	92	1	331	40	14	23	21	1.90
96857720--96857821	51	2.0	51	98	0	195	52	7	12	26	1.66
96863127--96863165	19	2.1	19	95	0	69	41	5	5	48	1.47
96866885--96866953	9	8.2	8	76	17	61	24	1	5	68	1.20
96866940--96866993	21	2.7	19	77	11	54	31	1	1	64	1.14
96867075--96867330	127	2.0	127	94	1	451	30	8	11	49	1.70
96871317--96871506	94	2.0	94	94	0	335	46	14	6	32	1.71
96875474--96875581	28	4.2	27	73	20	104	63	0	13	22	1.29
96875467--96875537	21	3.1	21	68	26	54	64	0	12	22	1.27
96875515--96875571	28	2.0	28	100	0	114	71	0	14	14	1.14
96875465--96875763	76	4.0	74	82	8	378	63	1	13	21	1.37
96875488--96875863	27	15.3	25	68	22	160	63	1	12	22	1.37
96875541--96875848	48	6.5	47	78	10	315	62	1	12	24	1.38
96875610--96875849	22	10.3	22	70	23	118	62	2	10	24	1.38
96875541--96875896	48	7.6	46	75	15	218	61	1	12	24	1.39
96875889--96875998	11	10.1	10	73	14	85	57	2	16	23	1.52
96875889--96875998	5	20.2	5	75	15	85	57	2	16	23	1.52
96875898--96875998	22	4.6	22	89	0	139	58	2	14	23	1.51
96875914--96875989	28	2.7	27	84	8	82	57	3	11	26	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96876381--96876437	20	2.9	19	80	15	64	61	0	14	24	1.33
96876480--96876521	20	2.2	20	87	8	61	71	0	9	19	1.13
96876510--96876587	5	14.0	5	77	15	57	56	1	14	28	1.46
96876526--96876587	28	2.2	28	82	5	72	58	1	12	27	1.44
96876623--96876721	18	5.1	19	74	14	69	60	4	8	27	1.43
96876713--96876811	16	6.6	16	69	22	63	60	2	17	20	1.45
96876714--96876811	11	9.3	10	71	17	74	61	2	17	19	1.45
96876714--96876811	5	18.6	5	74	17	74	61	2	17	19	1.45
96881784--96881834	25	2.0	25	96	0	93	29	29	13	27	1.94
96882271--96882643	91	4.1	89	81	6	369	55	12	4	27	1.55
96882321--96882643	91	3.6	91	86	4	447	56	12	4	27	1.55
96888450--96888543	45	2.1	45	93	0	161	35	14	9	40	1.79
96892054--96892097	20	2.2	20	84	8	54	59	2	6	31	1.36
96892246--96892304	26	2.3	26	91	2	93	38	22	15	23	1.92
96893768--96893822	15	3.7	15	95	0	92	41	10	40	7	1.68
96910549--96910582	17	2.0	17	88	0	50	32	5	0	61	1.20
96910874--96910929	26	2.1	27	86	3	78	30	5	1	62	1.28
96911164--96911226	25	2.5	24	84	10	72	30	1	7	60	1.35
96911185--96911240	25	2.3	25	87	3	78	30	5	5	58	1.42
96912071--96912106	18	2.0	18	88	0	54	41	13	13	30	1.84
96913079--96913112	17	1.9	18	94	5	61	35	0	0	64	0.94
96915781--96915845	30	2.2	30	83	2	87	63	10	1	24	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96921034--96921115	36	2.3	36	91	0	137	34	15	14	35	1.89
96921010--96921115	18	5.9	18	78	4	115	35	15	15	33	1.88
96921010--96921112	54	1.9	54	82	4	127	35	15	14	33	1.88
96922470--96922501	14	2.4	14	90	10	50	50	6	0	43	1.27
96925807--96925858	17	3.2	16	79	17	54	42	7	0	50	1.31
96932335--96932381	17	2.8	16	75	18	51	36	12	0	51	1.40
96943214--96943249	10	3.6	10	100	0	72	0	27	11	61	1.30
96947655--96947700	18	2.6	18	83	10	58	73	0	6	19	1.04
96948931--96948975	15	2.9	15	83	9	56	13	0	11	75	1.05
96948936--96948983	15	3.3	13	81	18	51	12	0	8	79	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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