genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74780865--74780895	16	1.9	16	93	0	53	35	16	0	48	1.46
74789972--74790064	43	2.2	43	96	0	168	34	29	20	16	1.94
74790163--74790233	33	2.2	33	97	0	133	50	19	9	19	1.75
74794942--74794982	21	2.0	20	86	13	57	58	4	0	36	1.20
74794991--74795038	25	2.0	24	95	4	87	58	0	0	41	0.98
74795686--74795747	26	2.3	26	76	15	65	43	3	4	48	1.40
74797772--74797834	15	4.4	14	75	11	56	63	0	0	36	0.95
74797790--74797831	14	2.8	15	85	7	50	66	0	0	33	0.92
74798974--74799025	24	2.2	24	100	0	104	15	21	15	48	1.81
74802115--74802139	13	1.9	13	100	0	50	16	32	0	52	1.44
74802051--74802228	76	2.3	77	84	5	238	18	37	3	41	1.67
74802879--74802909	13	2.4	13	94	0	53	45	0	12	41	1.42
74811703--74811742	17	2.4	17	95	0	71	10	15	52	22	1.71
74814646--74814726	22	3.9	20	73	12	74	54	11	12	22	1.69
74814713--74814769	24	2.4	24	87	0	87	45	12	12	29	1.78
74814743--74814851	42	2.5	44	86	8	150	57	13	6	22	1.59
74817371--74817406	11	3.3	11	88	0	54	63	2	5	27	1.30
74817413--74817459	22	2.1	22	84	0	58	74	8	6	10	1.22
74832056--74832088	8	4.0	8	96	4	57	63	24	0	12	1.28
74834643--74835012	48	7.8	46	75	11	243	28	18	29	23	1.98
74834644--74835012	94	3.9	94	75	10	331	28	18	29	23	1.98
74837661--74837783	66	1.9	65	89	1	192	26	25	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74838602--74838687	43	2.0	43	93	0	145	23	22	18	36	1.95
74841511--74841712	27	7.5	27	83	4	138	30	23	6	38	1.81
74841513--74841712	54	3.7	54	86	1	276	30	24	7	39	1.81
74841513--74841712	81	2.5	81	90	0	310	30	24	7	39	1.81
74841675--74841866	80	2.4	80	79	5	181	38	21	9	30	1.86
74841741--74841868	53	2.4	54	85	1	186	40	21	8	29	1.83
74841741--74841979	27	8.8	27	80	2	192	39	19	9	31	1.84
74841741--74841950	110	1.9	107	82	6	262	41	19	8	30	1.81
74842010--74842074	27	2.4	26	82	10	78	33	16	24	24	1.96
74842885--74842954	25	2.8	24	89	4	95	22	27	25	24	2.00
74842885--74842981	25	4.0	23	81	12	88	26	24	23	24	2.00
74843102--74843193	42	2.2	42	96	0	166	32	15	19	32	1.93
74843217--74843300	31	2.7	31	92	1	134	27	16	26	29	1.97
74848539--74848599	26	2.4	26	97	2	115	47	21	9	21	1.79
74851921--74851972	20	2.6	20	93	0	86	19	30	28	21	1.97
74854576--74854909	132	2.5	132	82	2	386	34	16	19	29	1.93
74854696--74854950	132	1.9	132	94	0	447	33	16	19	30	1.93
74856121--74856151	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
74856663--74856700	3	12.0	3	91	5	58	65	2	0	31	1.06
74858752--74858781	14	2.1	14	100	0	60	30	20	6	43	1.77
74874328--74874366	21	1.9	20	89	5	60	48	20	0	30	1.50
74874998--74875082	42	2.0	42	95	0	152	36	34	4	24	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74878084--74878121	17	2.2	17	90	0	58	10	7	5	76	1.15
74882015--74882068	27	2.0	26	82	3	63	57	7	5	29	1.49
74883447--74883561	34	3.3	35	83	6	146	14	0	26	58	1.43
74883514--74883547	14	2.3	15	85	10	52	20	0	20	58	1.39
74883447--74883569	35	3.6	35	84	5	144	15	0	26	57	1.44
74883835--74883951	44	2.7	44	82	2	128	29	17	19	34	1.94
74884107--74884192	45	1.9	45	87	0	127	32	23	13	30	1.93
74884548--74884653	44	2.4	44	93	1	176	31	23	14	31	1.94
74884548--74884667	44	2.7	44	87	3	134	29	25	14	30	1.95
74884735--74885147	44	9.6	43	73	6	298	25	24	20	29	1.99
74884716--74885117	130	3.1	130	92	0	680	26	23	21	27	1.99
74886489--74886559	3	23.7	3	100	0	142	0	32	0	67	0.91
74887254--74887279	10	2.6	10	100	0	52	0	0	7	92	0.39
74891870--74891923	27	2.0	26	85	3	72	57	5	5	31	1.45
74893562--74893861	155	1.9	153	87	4	442	41	4	10	44	1.58
74897913--74897946	16	2.1	16	94	0	59	26	29	2	41	1.70
74902535--74902580	20	2.3	20	85	7	58	30	2	0	67	1.03
74902534--74902579	21	2.2	21	81	14	60	30	2	0	67	1.03
74906509--74906543	18	2.0	17	88	5	52	42	14	11	31	1.81
74913230--74913261	16	2.0	16	93	0	55	34	0	12	53	1.39
74914178--74914226	21	2.4	20	75	3	53	38	2	0	59	1.09
74914217--74914282	23	3.2	22	64	28	54	39	13	3	43	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74914214--74914292	39	2.0	39	97	0	149	37	13	2	45	1.58
74921935--74922030	49	2.0	49	100	0	192	37	8	13	40	1.75
74929070--74929116	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
74936508--74936587	26	3.1	26	98	0	151	30	7	27	35	1.84
74937763--74937792	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
74938182--74938322	27	5.2	27	80	13	166	18	24	22	34	1.96
74938179--74938322	54	2.7	54	91	2	227	18	25	22	34	1.96
74938192--74938340	27	5.5	26	80	12	142	20	24	20	34	1.96
74938192--74938340	81	1.9	80	83	12	198	20	24	20	34	1.96
74939434--74939630	48	4.1	48	88	4	290	31	9	11	47	1.72
74942060--74942132	16	4.4	16	67	23	53	67	12	0	20	1.23
74942262--74942319	12	5.0	12	72	14	50	70	12	0	17	1.16
74946503--74946565	32	2.0	32	96	0	117	50	3	7	38	1.47
74946511--74946565	16	3.4	16	74	18	60	54	1	7	36	1.39
74953644--74953668	6	4.2	6	100	0	50	0	36	0	64	0.94
74959566--74959728	27	6.0	27	86	5	206	35	22	23	18	1.95
74959566--74959728	54	3.0	54	90	1	256	35	22	23	18	1.95
74961351--74961460	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
74965419--74965468	20	2.5	20	80	0	73	22	10	12	56	1.65
74968170--74968224	25	2.2	24	78	15	58	67	0	30	1	1.01
74968276--74968315	11	3.6	11	86	6	55	20	0	5	75	0.99
74969386--74969425	17	2.4	17	87	4	55	27	2	2	67	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74978250--74978361	36	3.1	35	76	10	109	33	11	16	38	1.85
74978250--74978361	18	6.2	18	69	12	68	33	11	16	38	1.85
74980204--74980247	22	2.0	22	100	0	88	45	0	13	40	1.44
74981050--74981132	33	2.5	33	84	0	94	30	12	39	18	1.86
74984230--74984380	43	3.5	43	78	2	169	32	23	14	29	1.94
74984500--74984578	40	2.0	41	82	7	99	51	8	5	34	1.55
74984913--74984959	18	2.6	18	80	10	51	42	21	4	31	1.72
74988575--74988659	29	2.9	29	75	6	84	41	7	21	30	1.79
74993567--74993641	28	2.7	28	85	0	96	33	10	25	30	1.90
75000338--75000418	28	2.9	28	86	0	117	32	9	28	29	1.89
75000311--75000417	56	1.9	56	88	3	162	32	11	26	29	1.91
75000631--75000704	37	2.0	37	100	0	148	43	10	10	35	1.75
75006322--75006402	35	2.3	35	85	4	110	24	18	28	28	1.98
75006885--75006961	28	2.8	28	82	9	95	29	24	18	27	1.98
75015337--75015667	165	2.0	165	99	0	653	24	18	20	36	1.95
75026084--75026155	35	2.1	33	82	5	81	43	0	12	44	1.42
75027732--75027774	22	1.9	23	85	4	61	30	0	9	60	1.28
75035645--75035710	29	2.3	29	77	10	75	45	0	0	54	0.99
75042629--75042658	8	3.8	8	100	0	60	66	10	0	23	1.21
75053012--75053051	21	2.0	20	85	14	55	37	12	12	37	1.81
75054237--75054294	29	2.0	29	86	6	82	68	12	0	18	1.19
75054576--75054621	21	2.2	20	84	3	56	71	10	2	15	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75056159--75056197	13	3.0	13	84	0	51	46	7	5	41	1.55
75058145--75058417	90	3.0	90	81	3	282	24	23	17	34	1.96
75059130--75059174	23	2.0	23	83	8	58	44	8	2	44	1.47
75059669--75059706	15	2.5	15	83	12	51	47	0	0	52	1.00
75059897--75059946	20	2.5	20	86	3	73	50	12	12	26	1.74
75062441--75062506	10	6.6	10	71	22	50	54	0	3	42	1.15
75062453--75062506	19	2.8	19	78	15	58	53	0	3	42	1.18
75068151--75068204	24	2.2	26	83	9	69	70	0	5	24	1.08
75068254--75068342	29	3.6	25	77	21	82	62	0	8	28	1.25
75068279--75068324	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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