genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14815515--14815729	93	2.3	94	86	3	315	21	30	19	29	1.97
14815320--14815735	48	8.7	48	77	4	340	22	29	19	28	1.98
14815802--14815999	101	2.0	101	100	0	396	41	21	4	32	1.73
14818696--14818732	17	2.2	17	90	0	56	81	0	5	13	0.86
14818711--14818743	10	3.3	10	87	12	50	81	0	3	15	0.80
14820143--14820180	18	2.1	19	90	5	60	60	0	23	15	1.35
14821584--14821636	21	2.5	21	93	6	90	22	22	30	24	1.99
14823373--14823415	20	2.3	20	88	11	65	16	4	18	60	1.52
14824117--14824286	43	4.0	43	75	9	175	25	16	25	32	1.96
14825031--14825059	12	2.5	12	94	5	51	37	0	17	44	1.49
14827560--14827639	29	2.7	30	82	5	108	42	12	26	18	1.86
14827481--14827699	120	1.8	120	83	0	294	39	13	25	21	1.90
14827624--14827759	30	4.5	30	90	0	191	37	11	23	27	1.89
14840154--14840194	22	1.9	22	90	5	66	65	0	7	26	1.18
14848142--14848305	44	3.8	44	84	6	217	24	21	28	25	1.99
14852572--14852606	16	2.2	16	90	5	54	37	0	2	60	1.12
14861620--14861700	15	5.5	15	70	12	60	18	0	29	51	1.46
14861682--14861729	21	2.2	22	85	7	62	25	2	27	45	1.64
14866346--14866472	49	2.6	49	83	5	159	25	28	16	29	1.97
14866492--14866655	48	3.5	48	83	3	224	23	28	18	28	1.98
14866535--14866706	46	3.7	45	75	11	161	21	27	20	29	1.98
14866492--14866706	94	2.3	93	87	6	301	22	27	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14867358--14867396	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
14874421--14874535	29	4.0	28	82	2	113	29	15	26	27	1.96
14874436--14874544	57	1.9	58	84	1	148	28	16	28	26	1.97
14877983--14878072	33	2.7	33	92	0	153	36	24	8	30	1.86
14878962--14879076	29	4.0	29	81	2	126	27	14	28	28	1.95
14878975--14879085	58	1.9	57	83	1	141	27	14	29	28	1.95
14890129--14890499	44	8.4	44	79	5	365	38	21	13	26	1.90
14890129--14890501	132	2.8	132	87	1	516	38	21	13	27	1.90
14890129--14890502	88	4.2	88	80	5	407	38	21	13	27	1.90
14890574--14890600	14	1.9	14	100	0	54	33	22	0	44	1.53
14891773--14891851	24	3.3	24	87	8	117	34	3	1	60	1.23
14891778--14891849	22	3.2	22	92	4	108	34	4	1	59	1.25
14892751--14892996	123	2.0	123	100	0	492	37	17	5	39	1.73
14893613--14893642	13	2.2	14	94	5	53	63	0	20	16	1.31
14893857--14893945	24	3.8	23	83	8	108	30	13	26	29	1.94
14893859--14893953	47	2.0	47	82	10	113	29	13	26	30	1.94
14897644--14897866	67	3.3	67	81	5	256	24	21	15	39	1.91
14898030--14898075	22	2.1	22	92	4	76	19	13	10	56	1.66
14900040--14900114	18	4.3	17	74	21	59	34	1	2	61	1.18
14900046--14900112	19	3.5	19	78	11	59	34	1	2	61	1.20
14902584--14902631	24	2.0	24	91	0	78	33	14	16	35	1.89
14903120--14903144	12	2.1	12	100	0	50	56	16	8	20	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14905112--14905149	3	12.3	3	88	5	58	31	2	0	65	1.06
14908165--14908197	15	2.2	15	94	0	57	45	15	30	9	1.77
14910001--14910173	85	2.0	85	100	0	346	34	4	11	49	1.60
14912829--14912873	22	2.1	22	87	4	65	22	31	0	46	1.52
14914105--14914145	16	2.7	15	88	7	64	70	19	0	9	1.14
14914105--14914145	15	2.7	15	92	7	66	70	19	0	9	1.14
14914811--14914886	38	2.0	38	82	10	93	31	14	14	39	1.86
14919526--14919575	26	2.0	25	84	4	64	36	8	26	30	1.85
14920717--14920760	13	3.3	13	78	15	54	54	0	0	45	0.99
14923730--14923768	11	3.5	11	78	0	51	20	2	7	69	1.26
14923720--14923764	19	2.4	19	76	0	54	17	2	8	71	1.23
14923793--14923854	30	2.1	30	90	0	97	27	1	9	61	1.37
14923838--14923888	15	3.2	15	76	15	57	27	1	13	56	1.48
14925699--14925756	23	2.5	22	78	8	62	37	1	3	56	1.26
14928760--14928803	19	2.3	20	80	11	56	52	4	0	43	1.22
14928833--14928884	17	2.8	18	78	18	54	69	3	1	25	1.16
14933052--14933078	6	4.5	6	100	0	54	51	14	0	33	1.43
14935684--14935726	3	14.7	3	95	4	79	30	0	0	69	0.88
14937996--14938075	39	2.1	39	85	0	106	16	15	30	38	1.89
14947118--14947151	18	2.0	17	88	11	52	47	2	11	38	1.55
14951799--14951838	16	2.5	16	91	0	71	37	27	12	22	1.90
14953129--14953173	20	2.2	20	85	14	58	35	0	26	37	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14955983--14956141	45	3.5	45	80	0	174	18	20	14	45	1.84
14964925--14964966	21	2.0	20	82	13	50	50	16	0	33	1.46
14965011--14965048	18	2.1	18	85	9	51	50	2	2	44	1.30
14973455--14973523	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
14973455--14973523	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
14973504--14973594	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
14973999--14974033	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
14973742--14975565	120	15.2	120	95	2	3270	47	5	2	43	1.41
14973742--14975565	241	7.6	240	95	1	3270	47	5	2	43	1.41
14974360--14974394	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
14974720--14974754	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
14975080--14975114	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
14976175--14976202	6	4.7	6	100	0	56	17	50	14	17	1.79
14980776--14980822	23	2.1	23	88	4	69	48	0	6	44	1.28
14980776--14980827	22	2.4	21	84	9	61	46	0	5	48	1.26
14982149--14982177	12	2.3	13	94	5	51	44	0	0	55	0.99
14982819--14982851	17	1.9	17	88	11	50	42	9	3	45	1.51
14983238--14983471	115	2.0	116	84	0	299	32	17	15	34	1.91
14984635--14984765	31	4.3	30	74	5	102	29	12	16	41	1.85
14984700--14984765	29	2.2	31	83	5	82	28	15	15	40	1.87
14991499--14991534	17	2.0	17	89	10	54	16	11	0	72	1.12
14992672--14992743	37	1.9	37	83	10	94	43	16	0	40	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14993650--14993697	3	16.3	3	82	4	53	56	4	2	37	1.30
14994248--14995341	367	3.0	367	98	0	2120	30	8	18	42	1.81
15000365--15000389	6	4.2	6	100	0	50	16	16	52	16	1.76
15007975--15008005	12	2.6	12	100	0	62	22	16	9	51	1.73
15008356--15008416	32	1.9	32	96	0	113	29	22	13	34	1.92
15014269--15014424	44	3.7	41	78	10	154	31	28	16	23	1.96
15034143--15034239	21	4.6	21	82	0	113	47	14	19	18	1.83
15034143--15034230	42	2.1	42	95	0	158	46	15	18	19	1.84
15037687--15037858	46	3.7	46	87	1	211	40	14	24	20	1.90
15038129--15038175	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
15042813--15042888	40	1.9	39	89	2	116	31	30	21	17	1.96
15042829--15043090	39	6.7	39	89	1	373	29	30	21	18	1.97
15043163--15043244	28	2.9	28	85	0	110	28	24	12	35	1.91
15049369--15049552	39	4.7	39	93	2	289	30	29	21	17	1.97
15049625--15049706	28	2.9	28	85	0	110	28	24	12	35	1.91
15052892--15053073	46	4.0	46	89	1	240	40	14	24	20	1.90
15061463--15061506	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
15061530--15061566	16	2.3	17	81	13	51	59	0	2	37	1.12
15062112--15062150	14	2.8	14	84	0	51	30	17	10	41	1.83
15066555--15066599	17	2.6	17	100	0	90	13	33	35	17	1.89
15084477--15084646	91	1.8	93	91	2	281	27	28	22	21	1.99
15084470--15084643	46	3.8	46	76	13	187	28	28	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15087022--15087085	15	4.4	15	84	11	89	60	12	15	10	1.58
15089994--15090167	46	3.8	45	80	12	210	28	29	21	20	1.98
15090001--15090171	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	21	1.98
15098507--15098576	29	2.3	31	81	13	85	42	7	8	41	1.63
15098941--15098991	26	2.0	25	84	3	66	50	0	1	47	1.12
15099966--15100005	19	2.1	19	90	0	62	40	17	0	42	1.49
15118290--15118389	39	2.6	39	83	1	121	49	8	6	37	1.57
15120604--15120644	21	2.0	21	90	0	64	29	12	19	39	1.88
15122833--15122858	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
15129372--15129412	16	2.6	16	88	3	57	17	7	19	56	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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