genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   

This is table  78  of  343  ( 41150 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25732371--25732605	86	2.8	85	88	5	341	38	18	16	26	1.92
25732610--25732929	79	4.0	78	75	14	299	35	20	16	27	1.94
25732593--25732954	166	2.2	165	82	7	432	38	18	16	26	1.91
25738233--25738311	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
25738430--25738852	47	8.8	47	91	5	657	29	29	8	32	1.87
25738560--25738852	151	1.9	151	98	0	568	30	28	9	32	1.88
25738430--25738852	198	2.2	188	91	4	675	29	29	8	32	1.87
25741740--25742040	40	7.6	40	80	4	213	25	27	22	24	2.00
25741753--25742039	80	3.6	78	77	5	249	26	27	21	24	2.00
25741812--25742040	79	2.9	80	79	7	207	25	27	21	24	2.00
25743895--25743973	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
25744092--25744464	47	7.8	47	88	7	545	30	28	8	32	1.86
25744092--25744462	148	2.6	142	89	6	534	30	28	7	33	1.85
25755442--25755485	22	2.0	22	100	0	88	13	22	9	54	1.67
25756239--25756293	28	1.9	29	82	10	69	34	0	7	58	1.26
25756636--25756708	28	2.6	28	93	0	101	30	0	35	34	1.58
25756660--25756777	29	4.1	27	78	8	101	28	2	38	30	1.70
25756660--25756753	28	3.3	28	83	7	82	29	3	34	32	1.74
25756813--25756939	7	17.6	7	68	15	53	19	0	31	48	1.55
25756813--25756867	21	2.5	22	77	8	60	21	0	25	52	1.47
25756855--25756894	21	1.9	21	89	0	62	15	0	42	42	1.46
25757175--25757249	26	2.9	27	86	4	100	44	5	4	46	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25757364--25757398	17	2.0	17	88	5	52	34	0	0	65	0.93
25757904--25757942	13	2.9	14	84	7	62	25	33	0	41	1.56
25760295--25760344	23	2.2	23	96	0	91	36	16	14	34	1.88
25760477--25761446	241	4.0	241	97	0	1814	34	17	14	32	1.91
25761884--25762011	9	13.6	9	76	9	121	46	21	0	31	1.57
25761901--25761978	39	2.0	39	97	0	147	46	21	0	32	1.52
25761897--25762009	57	2.0	57	89	0	172	46	23	0	30	1.58
25762074--25762111	18	2.3	16	86	13	51	50	21	0	28	1.49
25768965--25768991	14	1.9	14	100	0	54	14	14	22	48	1.81
25773697--25773744	18	2.8	18	81	6	64	25	2	2	70	1.09
25777286--25777334	22	2.2	23	85	10	66	38	6	28	26	1.80
25788999--25789094	49	2.0	49	83	2	122	38	16	10	34	1.83
25801923--25801993	16	4.4	16	81	0	88	33	7	29	29	1.84
25801923--25801993	32	2.2	32	89	0	106	33	7	29	29	1.84
25801975--25802068	44	2.1	44	86	4	125	31	6	26	35	1.82
25805496--25805681	40	4.7	40	86	5	225	26	26	21	24	1.99
25805463--25805681	80	2.7	78	84	6	262	26	26	21	26	1.99
25813556--25813741	40	4.7	40	88	5	243	26	27	22	24	2.00
25817300--25817335	5	7.2	5	93	0	63	36	0	2	61	1.11
25818969--25818993	4	6.2	4	100	0	50	76	24	0	0	0.80
25822937--25822966	11	2.6	12	94	5	53	16	26	3	53	1.59
25825642--25825671	11	2.6	12	94	5	53	16	26	3	53	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25830344--25830495	40	3.8	40	91	1	234	24	28	23	23	1.99
25836807--25837028	48	4.6	48	88	1	284	25	31	17	25	1.97
25839405--25839444	18	2.1	20	90	9	66	47	0	2	50	1.14
25839440--25839487	17	2.8	17	80	20	55	75	0	4	20	0.97
25839549--25839584	16	2.2	17	90	5	56	27	0	0	72	0.85
25839607--25839646	21	1.9	21	89	0	62	42	2	0	55	1.13
25849943--25849987	21	2.1	21	87	0	63	40	51	8	0	1.33
25854913--25855090	58	3.3	58	63	20	157	28	16	9	45	1.79
25854876--25855091	104	2.1	104	98	0	414	30	16	9	43	1.79
25860948--25860981	17	1.9	18	94	5	61	32	5	29	32	1.81
25861077--25861117	18	2.4	17	84	11	57	24	17	17	41	1.89
25861383--25861418	16	2.2	16	90	0	54	33	16	0	50	1.46
25865085--25865246	72	2.2	72	90	2	254	13	32	3	50	1.57
25868335--25868419	43	2.0	43	90	0	134	32	10	24	31	1.89
25877528--25877700	46	3.7	46	78	10	199	23	21	26	28	1.99
25877525--25877695	93	1.8	93	93	0	297	22	21	27	28	1.99
25885035--25885201	46	3.7	45	76	11	191	22	20	28	28	1.99
25891499--25891545	21	2.2	21	85	7	60	48	8	12	29	1.71
25892902--25893122	48	4.7	48	79	7	238	28	23	21	26	1.99
25894565--25894603	19	2.1	19	85	9	53	23	7	0	69	1.14
25902022--25902053	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
25907933--25908068	38	3.5	38	79	7	132	22	18	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25915826--25915861	12	2.8	13	83	8	56	75	2	5	16	1.12
25917717--25917948	50	4.7	50	90	2	371	29	27	17	26	1.97
25917717--25917946	99	2.3	99	99	0	453	29	27	17	26	1.97
25918746--25918806	30	2.0	30	83	0	77	31	24	3	40	1.71
25925437--25925496	30	2.0	30	90	6	95	40	8	25	26	1.84
25931673--25931728	29	2.0	28	86	10	78	14	19	44	21	1.86
25933328--25933480	48	3.3	48	70	18	151	27	24	22	26	2.00
25945412--25945442	13	2.4	13	100	0	62	22	29	0	48	1.51
25946717--25946822	52	2.0	52	100	0	212	28	22	18	30	1.98
25952313--25952354	21	2.0	21	90	0	66	45	16	2	35	1.61
25953410--25953449	19	2.0	21	85	14	57	40	17	0	42	1.49
25955438--25955462	13	1.9	13	100	0	50	0	28	16	56	1.41
25957853--25957973	28	4.3	28	97	0	224	31	6	27	34	1.82
25958220--25958251	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
25961540--25961778	48	5.0	48	77	10	236	28	20	27	24	1.99
25961540--25961778	96	2.5	96	85	6	322	28	20	27	24	1.99
25964795--25964972	47	3.8	47	85	5	227	22	20	25	32	1.98
25966640--25966670	13	2.4	13	100	0	62	54	0	22	22	1.44
25970787--25970828	20	2.1	20	100	0	84	42	4	14	38	1.66
25974200--25974271	35	2.1	35	100	0	144	31	20	8	38	1.83
25976391--25976476	14	6.1	14	81	0	82	33	15	18	32	1.92
25976391--25976481	28	3.2	28	84	0	110	34	15	18	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25979060--25979215	28	5.6	28	81	7	124	27	12	23	35	1.92
25979084--25979216	56	2.4	56	83	2	151	27	14	23	35	1.93
25993650--25993756	42	2.5	41	79	8	117	29	28	17	24	1.97
25995499--25995545	14	3.3	14	80	11	51	31	0	0	68	0.90
25995517--25995577	16	3.9	15	75	10	52	27	3	3	65	1.24
25995906--25995957	13	4.0	13	76	14	54	73	0	25	1	0.94
25998827--25998871	22	2.1	21	91	4	72	15	4	42	37	1.67
25999253--25999300	21	2.3	21	88	0	69	39	0	41	18	1.51
26001147--26001185	12	3.0	13	85	11	53	46	2	2	48	1.29
26001665--26001702	19	2.0	19	89	0	58	42	0	0	57	0.98
26003686--26003726	21	2.0	21	86	9	59	48	2	17	31	1.60
26004677--26004706	7	4.4	7	95	4	53	0	10	0	90	0.47
26008779--26008818	21	1.9	21	89	0	62	40	0	2	57	1.12
26009365--26009433	25	2.7	26	73	13	72	50	2	2	43	1.32
26016099--26016389	146	2.0	146	98	0	564	34	16	12	36	1.87
26021654--26021686	17	2.1	17	88	11	52	69	0	0	30	0.88
26021705--26021858	74	2.1	75	93	1	265	50	7	8	33	1.61
26025175--26025267	24	3.9	24	76	5	91	38	20	22	18	1.93
26034761--26034789	14	2.0	15	93	6	51	37	6	6	48	1.57
26042979--26043059	32	2.5	32	83	0	90	30	34	17	17	1.93
26045085--26045127	17	2.6	16	81	7	50	58	2	0	39	1.11
26051947--26051987	21	2.0	20	86	13	57	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26052620--26052658	20	1.9	20	84	5	51	33	5	7	53	1.51
26053138--26053242	49	2.1	48	83	8	131	31	27	15	25	1.95
26053844--26053888	22	2.0	22	86	4	63	8	13	11	66	1.44
26057240--26057367	42	3.0	41	80	8	148	25	16	25	32	1.96
26057240--26057404	43	3.9	42	78	7	154	24	16	24	33	1.96
26059341--26059522	91	2.0	91	97	0	346	39	9	24	26	1.86
26060646--26060753	26	4.1	26	78	5	101	25	13	16	43	1.85
26060646--26060753	52	2.1	53	80	1	119	25	13	16	43	1.85
26063085--26063133	25	1.9	26	91	4	82	48	22	4	24	1.67
26064157--26064231	34	2.2	34	80	2	89	53	20	4	22	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343