genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60564773--60564815	21	2.0	22	82	13	54	37	0	0	62	0.95
60565689--60565722	16	2.1	17	88	5	52	67	0	0	32	0.91
60570135--60570192	18	3.2	18	77	22	59	36	0	1	62	1.06
60574032--60574094	30	2.1	30	91	5	101	58	11	4	25	1.51
60578147--60578317	93	1.8	93	93	0	297	28	29	21	21	1.98
60578139--60578314	46	3.8	46	79	10	205	28	29	20	21	1.98
60600511--60600759	131	1.9	131	82	1	311	28	20	17	33	1.95
60600522--60600829	131	2.4	130	79	4	307	27	20	19	33	1.96
60605622--60605676	22	2.5	22	96	0	101	12	25	34	27	1.92
60607026--60607078	24	2.3	23	87	12	74	49	1	3	45	1.31
60609741--60609769	14	2.1	14	93	6	51	55	3	0	41	1.17
60614444--60614479	18	2.0	18	94	0	63	47	16	5	30	1.70
60614604--60614732	39	3.3	39	88	4	197	31	26	23	18	1.97
60614604--60614750	39	3.7	39	84	6	181	31	26	22	19	1.98
60618383--60618419	17	2.2	17	100	0	74	40	18	5	35	1.74
60626638--60626678	20	2.0	20	95	0	73	12	39	26	21	1.89
60630300--60630338	8	5.0	8	93	6	71	74	0	0	25	0.82
60633259--60633527	27	10.0	26	76	10	168	33	9	19	38	1.84
60633300--60633535	54	4.4	53	80	7	253	32	8	20	39	1.82
60633300--60633521	81	2.8	80	84	6	277	32	7	19	40	1.80
60643062--60643334	137	2.0	137	81	2	325	19	21	27	31	1.97
60649346--60649431	34	2.6	34	83	1	102	24	22	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60651247--60651355	27	4.1	27	89	1	157	40	22	14	22	1.90
60661953--60662122	41	4.2	40	74	18	161	27	27	22	22	1.99
60670254--60670424	41	4.2	41	73	10	136	29	28	19	22	1.98
60670285--60670424	42	3.4	40	78	8	124	28	27	21	22	1.99
60675816--60675972	40	3.9	40	89	3	185	24	20	28	27	1.99
60675828--60675993	80	2.1	79	85	5	219	24	21	27	26	1.99
60675871--60675993	40	3.1	40	94	1	212	24	21	27	26	1.99
60687916--60688009	27	3.5	27	78	8	84	35	19	26	19	1.95
60699938--60699963	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
60704825--60704849	13	1.9	13	100	0	50	0	28	8	64	1.22
60721927--60721986	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
60737771--60737797	14	1.9	14	100	0	54	74	3	0	22	0.98
60737768--60737802	6	5.5	6	87	12	52	80	2	0	17	0.84
60737822--60737916	9	10.6	9	86	6	122	26	10	18	44	1.82
60752838--60752869	14	2.3	14	94	0	55	53	28	0	18	1.45
60755919--60756020	28	3.7	28	82	1	116	41	22	14	21	1.90
60755984--60756103	28	4.3	27	77	12	100	25	20	25	29	1.99
60758773--60758877	24	4.4	24	90	2	158	30	20	20	29	1.97
60758929--60758967	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
60758930--60758974	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
60759011--60759058	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
60766639--60766714	24	3.2	24	96	0	134	27	17	19	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60766764--60766830	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
60766764--60766819	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
60782180--60782481	56	5.4	56	88	3	426	34	24	14	26	1.94
60783850--60783893	20	2.3	20	88	7	65	15	25	43	15	1.87
60783963--60784043	27	3.0	27	87	0	108	32	22	20	24	1.98
60784084--60784319	27	8.7	27	79	6	208	37	17	12	32	1.87
60784369--60784460	27	3.4	27	80	0	103	34	19	23	21	1.96
60784627--60784696	27	2.6	27	81	0	86	14	21	22	41	1.89
60798282--60798532	55	4.7	54	78	10	259	34	16	25	23	1.95
60798289--60798489	108	1.8	110	88	4	309	33	17	25	23	1.96
60798728--60798758	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
60802169--60802409	47	5.1	47	92	0	374	33	11	28	26	1.91
60802198--60802316	22	5.1	22	63	25	66	32	13	29	24	1.93
60802617--60802760	37	3.9	37	93	0	243	24	20	31	24	1.98
60805627--60805698	27	2.7	26	82	8	90	41	23	6	27	1.80
60805684--60805985	27	11.3	27	80	5	290	37	18	18	26	1.94
60805684--60805967	54	5.3	53	84	5	338	37	19	17	25	1.93
60805684--60805985	134	2.3	134	82	5	353	37	18	18	26	1.94
60806393--60806503	31	3.5	31	87	1	141	18	16	14	50	1.78
60813657--60813881	40	5.6	40	82	1	245	23	25	24	27	2.00
60813621--60813881	80	3.3	80	82	4	287	24	24	23	27	2.00
60816167--60816400	55	4.4	53	75	9	228	37	17	23	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60816174--60816374	108	1.8	110	86	4	291	36	17	23	22	1.95
60816397--60816430	17	2.0	17	100	0	68	35	17	29	17	1.93
60816607--60816637	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
60829290--60829325	18	1.9	19	88	5	56	41	25	0	33	1.55
60830402--60830565	42	3.9	42	85	3	204	29	23	15	31	1.95
60831642--60831818	40	4.4	40	78	6	164	25	22	24	27	2.00
60831642--60831818	80	2.2	80	80	10	202	25	22	24	27	2.00
60833318--60833474	30	5.2	30	87	5	226	48	13	17	21	1.80
60833320--60833474	61	2.5	60	92	1	247	48	13	16	21	1.80
60833318--60833455	6	22.8	6	75	15	124	49	13	16	21	1.79
60833616--60833673	27	2.1	27	81	6	64	36	25	20	17	1.94
60833830--60833888	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
60833979--60834058	27	3.0	26	88	3	106	36	20	23	20	1.95
60834282--60834562	27	10.4	27	87	1	357	39	8	22	28	1.84
60836588--60836675	30	2.9	30	87	1	131	54	13	11	20	1.69
60836580--60836647	24	2.8	24	86	4	84	55	13	11	19	1.67
60836604--60836747	73	2.0	73	86	2	200	50	11	15	22	1.75
60836670--60836731	18	3.4	18	84	4	81	48	9	16	25	1.76
60836580--60836729	6	24.8	6	70	16	69	52	11	14	22	1.73
60836594--60836754	73	2.2	72	83	4	198	50	12	14	22	1.76
60836872--60836937	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
60836890--60836945	27	2.1	27	83	6	69	37	21	25	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60836896--60836953	27	2.1	27	81	6	64	37	27	20	13	1.91
60837110--60837168	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
60837259--60837337	27	3.0	26	86	3	95	37	18	22	20	1.94
60837365--60837395	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
60837568--60837621	18	3.2	17	77	17	67	25	27	14	31	1.95
60837600--60837737	27	5.2	27	80	6	156	27	16	18	37	1.92
60837601--60837737	54	2.6	52	88	4	202	27	16	18	37	1.92
60837742--60838259	27	19.2	27	82	3	542	40	8	21	29	1.82
60839965--60839991	13	2.1	13	100	0	54	37	22	0	40	1.54
60845784--60845822	21	1.9	20	84	5	51	30	2	20	46	1.64
60857215--60857390	46	3.8	46	79	7	196	21	18	30	30	1.97
60857211--60857382	93	1.8	93	90	4	276	20	19	30	29	1.97
60869321--60869423	40	2.5	40	90	4	154	22	16	27	33	1.95
60879289--60879341	27	2.0	27	84	0	70	35	20	15	28	1.93
60881757--60882001	135	1.8	135	85	1	348	23	22	33	20	1.97
60882084--60882121	19	2.0	19	90	10	60	10	18	44	26	1.82
60882084--60882126	19	2.4	18	85	14	54	9	20	44	25	1.81
60884428--60884481	21	2.6	21	93	0	90	29	20	20	29	1.98
60899421--60899530	50	2.2	50	95	3	195	28	7	19	45	1.76
60901966--60902487	47	11.1	47	93	2	834	32	9	29	29	1.88
60901966--60902487	143	3.7	140	93	2	859	32	9	29	29	1.88
60901966--60902433	190	2.5	190	96	0	868	32	8	28	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60902606--60902684	37	2.1	37	88	4	115	26	18	29	25	1.98
60904387--60904492	40	2.6	40	82	5	124	33	27	15	24	1.95
60905911--60905948	20	1.9	19	85	15	51	36	0	13	50	1.42
60906144--60906212	20	3.1	20	65	31	50	18	17	33	30	1.94
60909741--60909978	39	6.1	39	91	1	370	12	27	23	36	1.91
60916783--60916812	13	2.3	13	100	0	60	20	6	13	60	1.55
60917692--60918001	157	2.0	157	92	1	523	46	4	3	44	1.43
60918131--60918198	16	4.2	16	94	0	118	38	33	0	27	1.57
60922638--60922676	21	1.9	20	84	5	51	46	20	2	30	1.64
60924603--60924920	49	6.4	49	76	4	298	26	18	26	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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