genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18161968--18162059	20	4.6	20	72	0	67	14	30	17	38	1.89
18172986--18173010	12	2.1	12	100	0	50	40	36	8	16	1.77
18178087--18178185	41	2.4	41	83	8	121	40	15	20	24	1.90
18178087--18178193	42	2.6	42	82	8	123	41	14	19	24	1.89
18178090--18178368	41	6.8	39	76	7	119	38	19	19	22	1.94
18178174--18178360	82	2.3	82	79	3	189	34	22	20	22	1.97
18178375--18178482	45	2.4	45	82	3	128	50	30	0	17	1.52
18180713--18180897	79	2.3	82	83	7	229	24	27	23	24	2.00
18180694--18180897	40	5.1	40	81	8	229	24	27	23	25	2.00
18187938--18188121	40	4.7	40	82	7	216	25	27	22	25	2.00
18187938--18188121	79	2.3	80	83	6	214	25	27	22	25	2.00
18189001--18189494	113	4.3	114	80	8	461	25	15	23	36	1.93
18189000--18189491	114	4.3	114	80	8	421	25	15	22	36	1.93
18189021--18189496	230	2.1	228	80	5	523	25	14	23	36	1.93
18189572--18189700	58	2.2	59	84	1	161	20	38	3	36	1.71
18192068--18192098	9	3.4	9	90	0	53	51	19	0	29	1.47
18192101--18192130	13	2.3	13	100	0	60	53	10	0	36	1.35
18192076--18192286	56	3.8	56	91	3	352	48	17	0	33	1.51
18192076--18192286	113	1.9	112	93	3	361	48	17	0	33	1.51
18192227--18192310	43	2.0	43	90	0	132	46	17	0	35	1.49
18192257--18192343	36	2.5	36	84	3	124	47	17	1	34	1.55
18192055--18192307	113	2.3	107	82	9	346	47	16	0	34	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18192240--18192360	9	13.6	9	71	12	63	43	19	1	34	1.61
18197853--18197899	18	2.8	16	87	12	60	29	19	51	0	1.47
18197862--18197916	18	2.9	18	89	8	74	29	20	50	0	1.48
18197863--18197931	21	3.5	20	88	5	88	31	20	46	1	1.60
18197863--18197937	39	1.9	39	81	10	91	30	20	46	2	1.64
18197881--18197942	21	3.0	21	88	4	72	30	19	45	4	1.71
18198299--18198389	43	2.1	42	81	2	110	26	25	24	24	2.00
18206299--18206375	38	2.0	38	100	0	154	29	20	10	38	1.86
18209834--18209894	4	15.2	4	96	0	113	52	0	22	24	1.47
18209948--18209981	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
18212781--18212821	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
18216411--18216436	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
18223229--18223269	21	2.0	21	90	0	64	26	17	26	29	1.97
18227092--18227126	18	2.1	16	89	10	52	60	5	0	34	1.21
18232760--18232794	16	2.2	16	89	0	52	34	0	2	62	1.10
18232852--18232886	18	2.1	18	89	10	56	20	11	11	57	1.64
18244632--18244730	50	2.0	47	94	5	171	33	15	29	22	1.94
18244955--18244989	14	2.6	14	95	4	63	17	11	5	65	1.43
18244793--18244986	107	1.8	106	86	3	282	25	14	18	40	1.89
18244863--18245047	88	2.0	90	83	7	232	25	12	18	43	1.86
18244976--18245117	69	2.1	69	82	5	171	24	18	22	34	1.96
18244900--18245354	148	2.9	159	80	11	475	28	16	20	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18245126--18245369	74	3.3	74	91	2	391	29	15	18	36	1.92
18245201--18245654	162	2.8	161	86	4	626	29	16	19	33	1.94
18245275--18245446	88	2.0	88	90	0	272	29	15	18	37	1.91
18244969--18245531	236	2.4	235	85	5	732	28	17	19	34	1.94
18245363--18245531	74	2.3	74	87	2	241	31	17	17	33	1.94
18247698--18247732	16	2.2	16	89	0	52	34	0	2	62	1.10
18247705--18247800	3	32.0	3	69	22	60	31	2	1	65	1.11
18247708--18247768	9	7.1	9	80	15	76	32	0	0	67	0.91
18247718--18247788	12	6.1	12	82	12	85	29	1	1	67	1.07
18247713--18247787	21	3.5	21	85	8	91	30	1	1	66	1.08
18272649--18272710	27	2.3	27	88	0	88	45	11	22	20	1.83
18281562--18281733	46	3.7	46	80	10	215	21	21	27	29	1.99
18281559--18281729	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.99
18295910--18296113	53	3.8	53	79	3	210	36	17	23	22	1.94
18302759--18302965	53	3.8	53	78	4	209	37	16	24	21	1.93
18304360--18304425	27	2.4	27	92	0	105	42	9	27	21	1.83
18307915--18307954	21	2.0	21	90	5	64	55	10	10	25	1.64
18311414--18311501	42	2.0	44	91	4	144	21	21	27	29	1.99
18314399--18314436	15	2.6	15	84	16	53	15	0	39	44	1.47
18317306--18317526	110	2.0	110	100	0	442	39	10	13	36	1.80
18320747--18320915	42	4.0	43	79	5	157	23	15	29	31	1.96
18325416--18325782	46	7.6	49	85	8	431	34	13	22	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18325416--18325782	98	3.7	97	84	9	492	34	13	22	29	1.93
18325660--18325693	7	4.7	7	88	3	50	44	2	26	26	1.69
18325430--18325782	196	1.8	196	92	0	598	34	13	22	29	1.93
18325746--18325891	37	4.0	37	92	1	233	36	16	21	25	1.94
18325416--18325771	150	2.4	150	89	4	478	34	14	21	29	1.93
18327148--18327340	49	3.9	49	95	0	323	23	15	30	31	1.95
18330466--18330832	46	7.6	49	86	8	449	34	14	22	29	1.93
18330466--18330832	98	3.7	97	85	9	510	34	14	22	29	1.93
18330480--18330832	196	1.8	196	93	0	616	34	14	22	28	1.93
18330796--18330941	37	4.0	37	92	1	233	36	16	21	25	1.94
18330466--18330821	150	2.4	149	90	4	485	34	14	21	29	1.93
18334863--18335070	107	1.9	107	89	0	317	31	20	18	29	1.96
18335339--18335384	21	2.2	21	96	3	85	28	4	0	67	1.10
18335601--18335652	23	2.2	25	83	13	65	23	1	7	67	1.27
18337213--18337395	63	2.9	63	90	0	276	29	17	17	35	1.93
18341511--18341556	22	2.2	22	84	7	60	56	8	4	30	1.49
18341648--18341683	18	2.0	18	89	10	56	55	5	8	30	1.52
18342467--18342516	14	3.5	15	75	8	50	18	2	12	68	1.30
18342466--18342518	15	3.6	15	82	5	63	16	1	13	67	1.31
18342734--18342832	29	3.4	28	72	12	74	42	3	21	33	1.68
18342747--18342832	29	2.9	30	74	5	86	43	3	23	30	1.70
18343296--18343331	14	2.7	13	91	8	63	47	5	13	33	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18343226--18343387	88	1.8	88	86	2	236	35	19	17	27	1.94
18343186--18343721	244	2.2	241	84	3	653	34	19	17	28	1.95
18343351--18343566	79	2.7	78	84	5	256	34	17	18	30	1.93
18343467--18343638	93	1.8	93	86	2	247	33	19	19	27	1.96
18343657--18343778	65	1.9	65	91	0	199	22	22	17	37	1.94
18343722--18344003	72	3.8	72	91	5	395	33	16	15	34	1.90
18343600--18344004	144	2.8	142	82	6	460	31	18	16	33	1.93
18355896--18355936	22	2.0	20	85	9	55	56	9	4	29	1.53
18356027--18356064	20	2.0	20	85	10	53	55	5	7	31	1.51
18357115--18357186	29	2.4	31	79	9	87	43	2	19	34	1.66
18361931--18362005	24	3.2	24	74	5	66	26	8	5	60	1.47
18362159--18362233	16	4.4	16	78	13	62	38	0	8	53	1.31
18362161--18362233	35	2.1	34	85	10	94	38	0	8	53	1.31
18362726--18363667	467	2.0	467	95	0	1708	30	20	15	33	1.94
18363942--18364005	26	2.5	26	97	0	119	56	10	10	21	1.64
18375581--18375643	28	2.2	29	76	18	69	12	7	3	76	1.13
18375573--18375649	37	2.1	36	86	11	104	11	9	5	74	1.22
18375637--18375685	17	2.9	16	84	6	53	22	8	2	67	1.28
18376006--18376064	21	2.8	20	80	12	57	55	1	0	42	1.09
18376018--18376075	21	2.7	21	76	15	55	55	1	0	43	1.10
18376013--18376184	20	8.4	21	65	21	71	50	3	1	44	1.29
18376130--18376182	22	2.4	21	81	12	63	58	1	0	39	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18376185--18376343	57	2.8	57	84	10	218	64	2	4	28	1.26
18375792--18376284	269	1.8	268	80	11	589	52	4	2	39	1.35
18376185--18376343	58	2.8	57	84	9	216	64	2	4	28	1.26
18376385--18376437	24	2.2	24	80	6	63	71	3	7	16	1.24
18376597--18376640	21	2.1	20	87	8	61	52	2	0	45	1.13
18376575--18376677	52	2.0	51	81	7	118	50	2	0	45	1.23
18376881--18376933	21	2.6	20	83	16	65	56	1	0	41	1.10
18376883--18376935	22	2.4	21	81	12	63	58	1	0	39	1.09
18376947--18377105	65	2.4	65	86	8	225	63	2	4	29	1.27
18375749--18377212	752	1.9	732	92	4	2367	53	4	3	37	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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