genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29538292--29538512	46	4.8	46	82	4	223	34	23	17	24	1.95
29538286--29538514	92	2.5	92	80	7	259	34	22	16	25	1.95
29539331--29539385	20	2.8	19	76	15	58	45	7	1	45	1.41
29541580--29541641	30	2.1	30	84	0	79	32	16	16	35	1.91
29542895--29542936	14	2.9	14	82	3	57	21	0	19	59	1.38
29547347--29547402	29	1.9	29	88	0	85	17	16	35	30	1.92
29547456--29547509	24	2.2	24	83	6	65	14	12	44	27	1.82
29549106--29549412	47	6.7	47	75	12	228	23	27	18	30	1.97
29549113--29549282	88	1.9	88	93	2	297	25	28	15	31	1.96
29549290--29549460	46	3.7	45	78	7	155	22	27	20	29	1.99
29550971--29551005	18	1.9	18	88	0	52	28	14	17	40	1.88
29551002--29551057	24	2.3	24	84	0	76	39	1	14	44	1.55
29551992--29552048	28	2.0	28	86	0	78	22	24	21	31	1.98
29553535--29553576	22	1.9	22	85	9	59	30	38	0	30	1.58
29565493--29565586	22	4.1	22	79	5	89	24	24	18	32	1.97
29568787--29568898	43	2.6	43	80	10	122	31	28	17	22	1.97
29574021--29574122	42	2.4	43	85	6	136	31	23	15	29	1.95
29587073--29587192	56	2.1	56	96	0	222	45	10	23	21	1.82
29588973--29589330	49	7.5	49	93	3	597	32	8	29	29	1.87
29588981--29589330	47	7.3	47	94	1	574	32	8	29	29	1.87
29588973--29589330	96	3.7	96	95	1	612	32	8	29	29	1.87
29589449--29589527	37	2.1	37	85	0	104	26	18	29	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29596392--29596450	27	2.3	25	82	8	82	40	1	18	38	1.61
29596401--29596452	12	4.1	12	76	11	50	38	0	17	44	1.49
29602675--29602861	40	4.7	40	92	0	286	26	21	27	24	1.99
29602675--29602888	80	2.7	80	85	2	290	27	22	27	22	1.99
29602704--29602888	40	4.7	40	89	2	158	28	23	26	21	1.99
29610722--29610915	40	4.9	40	92	0	309	26	22	28	22	1.99
29610722--29610942	80	2.8	80	86	2	313	27	23	28	21	1.99
29628514--29628685	93	1.9	92	82	10	217	21	26	21	30	1.98
29629707--29629947	50	4.7	51	77	5	220	32	24	16	27	1.96
29629763--29629846	26	3.3	26	61	15	66	29	23	19	27	1.98
29629719--29629900	101	1.8	101	88	0	283	29	24	18	27	1.98
29632554--29632582	14	2.1	14	100	0	58	51	13	0	34	1.42
29634036--29634082	21	2.3	21	85	3	60	21	40	23	14	1.90
29635405--29635435	16	2.0	15	93	6	53	32	19	0	48	1.49
29635642--29635775	52	2.6	50	84	4	171	35	26	11	26	1.91
29638625--29638656	2	16.0	2	100	0	64	50	50	0	0	1.00
29639295--29639370	33	2.3	32	77	6	80	38	13	18	30	1.89
29639166--29639416	101	2.5	100	78	7	222	32	14	23	29	1.94
29639633--29639661	14	2.1	14	100	0	58	20	13	20	44	1.85
29647262--29647703	47	9.4	47	93	0	740	32	8	29	28	1.87
29647822--29647900	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
29649765--29649867	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29649849--29649922	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
29650231--29650412	40	4.6	40	83	6	192	24	23	26	25	2.00
29662203--29662288	40	2.2	39	87	2	118	29	29	17	24	1.97
29666218--29666328	43	2.6	43	78	5	134	31	27	15	26	1.96
29666322--29666464	50	2.9	49	82	3	151	23	30	17	28	1.97
29673997--29674034	20	2.0	20	89	5	60	21	7	0	71	1.11
29676500--29676535	19	1.9	19	88	5	56	33	2	5	58	1.36
29677420--29677452	14	2.3	15	89	5	50	42	6	3	48	1.43
29677545--29677604	20	2.8	21	78	17	61	43	11	8	36	1.71
29698201--29698321	56	2.2	56	82	10	142	33	16	14	34	1.90
29699978--29700083	32	3.3	32	100	0	212	16	41	25	16	1.89
29704648--29704794	42	3.5	42	80	3	170	30	19	22	27	1.98
29707618--29707841	40	5.6	39	83	10	265	25	28	23	23	2.00
29707618--29707841	83	2.8	80	87	6	328	25	28	23	23	2.00
29707618--29707837	122	1.8	122	86	5	320	25	28	23	22	1.99
29715758--29715979	39	5.6	40	82	11	253	27	28	20	23	1.99
29715758--29715979	81	2.8	79	85	5	304	27	28	20	23	1.99
29724349--29724402	25	2.2	25	83	6	65	27	5	0	66	1.13
29724708--29724769	23	2.8	23	75	22	62	35	3	3	58	1.31
29724910--29724940	12	2.6	12	94	0	53	38	0	9	51	1.35
29734460--29734639	54	3.3	54	81	6	204	40	17	14	27	1.88
29734479--29734576	27	3.6	27	79	5	117	44	19	13	22	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29734509--29734642	27	5.0	27	76	7	137	41	17	13	27	1.87
29735861--29735940	25	3.3	24	65	18	67	31	27	5	36	1.78
29735812--29735979	47	3.6	47	92	0	264	27	30	7	33	1.85
29737611--29737679	20	3.6	19	88	7	79	18	27	28	24	1.98
29737628--29737679	20	2.6	20	96	0	95	21	25	26	26	1.99
29740091--29740194	38	2.7	38	78	0	136	34	18	13	33	1.90
29742452--29742489	16	2.4	16	95	0	67	31	2	23	42	1.68
29747669--29747826	43	3.7	43	77	8	135	29	14	23	32	1.94
29756584--29756807	40	5.6	40	83	6	274	25	26	22	25	2.00
29756584--29756807	83	2.8	80	84	5	274	25	26	22	25	2.00
29764452--29764477	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
29775887--29776222	48	6.9	47	72	9	210	26	16	27	29	1.97
29775951--29776124	96	1.8	96	86	2	251	26	15	27	30	1.96
29775948--29776226	96	2.9	93	78	7	236	26	15	27	30	1.96
29786162--29786542	48	7.9	48	79	2	370	26	17	28	27	1.98
29786162--29786543	144	2.6	146	85	4	488	26	17	28	27	1.98
29791130--29791283	39	3.9	38	78	6	128	20	24	16	38	1.93
29791152--29791252	40	2.5	40	84	4	125	19	24	16	38	1.92
29793507--29793549	11	4.1	10	80	11	50	51	27	4	16	1.64
29794379--29794443	34	1.9	34	90	3	105	27	18	23	30	1.97
29796974--29797132	43	3.7	42	79	13	164	31	28	17	22	1.97
29796969--29797131	86	1.9	85	83	6	213	32	28	16	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29799763--29799819	29	2.0	29	96	0	105	45	21	10	22	1.82
29807110--29807152	10	4.1	10	80	11	50	53	27	2	16	1.55
29810490--29810632	51	3.0	51	84	8	167	30	28	18	23	1.97
29810562--29810715	43	3.6	43	81	3	168	32	31	16	20	1.94
29817121--29817181	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
29823241--29823280	20	2.0	20	95	0	71	35	20	7	37	1.81
29826334--29826369	17	2.1	18	89	5	56	19	27	33	19	1.96
29826576--29826766	27	7.2	26	79	7	161	37	20	9	31	1.86
29826576--29826765	53	3.6	53	81	3	202	37	20	10	32	1.85
29826727--29826807	42	1.9	42	87	0	117	37	20	12	29	1.90
29829785--29830565	54	14.5	54	87	2	1034	28	22	8	40	1.83
29829785--29830570	27	29.1	27	83	4	879	28	22	8	40	1.83
29830575--29830771	54	3.6	54	86	2	270	36	18	19	25	1.95
29830575--29830770	27	7.3	27	84	0	230	35	18	19	26	1.95
29830969--29831051	27	3.1	25	86	8	103	20	22	20	36	1.95
29831353--29831426	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
29831544--29831694	12	12.4	12	66	17	62	19	18	12	49	1.79
29831573--29831694	6	20.2	6	78	14	126	19	18	13	48	1.81
29831544--29831646	30	3.4	30	90	1	152	19	17	13	49	1.79
29831575--29831694	24	4.7	24	85	8	141	20	18	13	48	1.81
29834345--29834418	26	2.9	26	74	9	71	33	14	8	43	1.75
29836901--29837072	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29836894--29837069	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
29844477--29844648	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
29844470--29844645	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
29846356--29846413	29	2.0	28	86	3	80	1	18	1	77	0.94
29849725--29850448	48	15.0	48	92	1	1189	36	6	26	31	1.81
29849725--29850448	194	3.7	192	91	2	1173	36	6	26	31	1.81
29850595--29850703	37	2.9	37	91	0	173	23	18	30	27	1.98
29851656--29851735	39	2.1	39	95	0	142	41	16	18	23	1.90
29856820--29857133	47	6.6	47	91	3	484	33	8	29	28	1.86
29856820--29857130	146	2.2	144	91	2	502	32	8	29	28	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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