genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17840450--17840485	18	1.9	19	88	5	56	50	0	2	47	1.15
17850266--17850463	43	4.6	43	74	13	158	28	26	17	28	1.97
17852991--17853073	41	2.0	41	100	0	166	24	14	36	25	1.93
17853257--17853285	12	2.4	12	100	0	58	75	6	0	17	1.01
17853680--17853717	17	2.2	18	90	4	60	63	0	0	36	0.95
17853680--17853717	18	2.2	18	90	4	60	63	0	0	36	0.95
17854115--17854161	11	4.4	11	78	5	51	61	8	8	21	1.51
17867044--17867138	33	2.9	33	82	0	109	18	17	17	45	1.86
17870928--17870961	17	2.1	16	94	5	59	70	0	29	0	0.87
17875911--17875936	12	2.2	12	100	0	52	15	11	15	57	1.65
17876734--17876907	47	3.7	47	77	12	162	29	20	28	21	1.98
17883830--17883936	41	2.6	41	82	5	117	29	21	27	21	1.98
17884514--17884644	42	3.1	42	63	20	108	32	7	16	42	1.77
17884472--17884605	44	3.1	44	64	20	118	35	5	17	41	1.74
17884472--17884644	86	2.0	86	100	0	346	33	6	17	42	1.76
17884494--17884629	44	3.1	44	64	26	117	31	7	18	42	1.78
17891763--17891863	41	2.4	42	80	9	109	29	20	26	22	1.99
17893330--17893361	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
17896612--17896727	28	4.2	28	84	2	146	37	21	24	17	1.94
17897955--17898009	18	3.2	18	75	12	53	63	0	29	7	1.21
17897959--17898012	16	3.3	16	76	20	58	66	0	25	7	1.17
17899016--17899061	3	15.3	3	95	0	83	67	2	0	30	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17902902--17902949	24	2.0	24	91	0	78	43	16	8	31	1.78
17904581--17904657	40	2.0	40	86	2	111	35	10	19	35	1.86
17905189--17905232	16	2.8	16	93	6	72	29	0	0	70	0.88
17905185--17905229	20	2.2	20	84	7	56	28	0	0	71	0.87
17906607--17906650	19	2.2	20	96	4	81	50	11	11	27	1.72
17907238--17907323	39	2.2	39	93	0	145	31	37	18	12	1.89
17908283--17908333	19	2.6	19	77	22	52	33	1	1	62	1.17
17908296--17908352	19	3.1	19	73	14	57	35	5	0	59	1.20
17908290--17908338	23	2.1	23	82	14	57	34	4	2	59	1.28
17908285--17908341	21	2.8	20	74	17	55	33	3	1	61	1.23
17908412--17908467	13	3.7	15	77	20	55	32	1	3	62	1.23
17908411--17908467	18	2.9	22	68	24	54	33	1	3	61	1.23
17912388--17912417	14	2.1	14	93	0	51	36	6	10	46	1.64
17920403--17920885	119	4.0	119	88	2	664	34	16	18	30	1.93
17921644--17921736	39	2.4	39	85	0	123	29	34	23	12	1.92
17925051--17925075	11	2.3	11	100	0	50	8	12	16	64	1.49
17925520--17925552	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
17928165--17928196	3	10.7	3	93	0	55	31	3	0	65	1.08
17928168--17928227	17	3.8	16	78	6	59	26	10	0	63	1.26
17937799--17937848	23	2.2	24	89	7	77	28	2	4	66	1.21
17941360--17941416	30	1.9	30	88	0	87	45	10	21	22	1.82
17942140--17942182	6	7.2	6	83	0	59	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17942140--17942183	18	2.4	18	96	0	79	59	0	0	40	0.98
17943048--17943082	15	2.3	15	95	0	61	5	22	40	31	1.78
17954602--17954640	16	2.5	15	84	12	51	15	12	2	69	1.30
17967450--17967525	33	2.3	33	79	6	82	46	2	6	44	1.43
17967740--17967769	12	2.5	12	94	0	51	70	0	30	0	0.88
17968774--17968862	39	2.3	39	92	3	144	21	17	20	40	1.92
17968848--17968882	18	1.9	18	88	0	52	17	25	17	40	1.90
17969879--17969937	31	1.9	31	100	0	118	33	28	10	27	1.89
17973530--17973759	44	5.2	44	64	13	123	30	22	22	25	1.99
17973646--17973862	44	4.9	44	65	14	133	28	20	23	28	1.99
17973504--17974024	88	5.9	88	87	1	668	28	22	22	26	1.99
17974044--17974460	88	4.7	88	89	0	611	23	23	20	32	1.98
17974050--17974374	44	7.4	44	63	10	153	23	21	20	33	1.97
17974097--17974553	44	10.4	44	65	10	184	24	22	21	31	1.98
17974044--17974511	88	5.3	88	87	1	600	24	22	21	31	1.98
17974394--17974551	86	1.8	86	87	2	237	25	24	22	27	1.99
17974625--17974752	64	2.0	64	96	0	238	35	14	18	31	1.91
17979966--17980026	30	2.0	30	96	0	113	32	22	14	29	1.94
17981230--17981262	3	11.3	3	87	6	50	66	0	3	30	1.06
17983842--17983882	20	2.0	22	90	9	68	34	17	4	43	1.70
17987462--17987549	39	2.2	39	81	2	113	26	10	15	47	1.77
17989189--17989349	43	3.7	43	81	8	159	20	20	27	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18008624--18008681	31	1.9	29	89	6	89	36	13	3	46	1.61
18010607--18010665	23	2.6	23	94	2	102	15	22	18	44	1.87
18013934--18013997	32	2.0	32	96	0	119	48	12	14	25	1.78
18014192--18014253	27	2.3	27	97	0	115	20	25	37	16	1.93
18026947--18027380	219	2.0	219	93	0	733	30	19	20	30	1.97
18031479--18031516	17	2.4	17	91	8	62	15	2	5	76	1.08
18031479--18031560	16	5.1	16	76	4	76	20	3	4	70	1.21
18031963--18031998	18	1.9	18	88	5	54	0	50	0	50	1.00
18032047--18032096	3	17.0	3	80	12	59	0	36	0	64	0.94
18032055--18032100	11	4.4	11	76	17	53	0	32	0	67	0.91
18032048--18032097	25	2.0	24	88	3	73	0	34	0	66	0.92
18032047--18032096	16	3.2	16	86	13	77	0	36	0	64	0.94
18032047--18032101	28	2.0	28	85	7	76	0	34	0	65	0.93
18032053--18032093	22	1.9	21	90	5	64	0	34	0	65	0.93
18033321--18033587	47	5.8	47	74	6	269	23	14	28	33	1.94
18033391--18033563	87	2.0	87	90	2	276	25	13	27	33	1.93
18039080--18039188	40	2.7	40	81	7	123	30	15	25	28	1.96
18046428--18046503	40	1.9	40	86	0	107	30	17	23	28	1.97
18052339--18052508	43	4.0	43	73	8	141	32	24	16	27	1.96
18069341--18069443	43	2.4	43	83	3	127	34	26	16	22	1.95
18075651--18075721	26	2.8	26	73	14	67	38	21	22	18	1.94
18079366--18079419	22	2.4	22	87	3	72	14	24	24	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18081184--18081215	15	2.1	16	94	5	57	15	6	0	78	0.95
18081637--18081661	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
18081805--18081842	20	1.9	20	89	10	60	28	0	2	68	1.03
18081800--18081848	19	2.5	19	81	12	64	26	0	2	71	0.97
18083640--18083736	47	2.0	48	96	2	178	20	23	2	53	1.56
18092201--18092392	56	3.4	56	89	0	287	33	22	15	28	1.95
18103597--18103865	140	1.9	142	89	1	416	17	23	14	45	1.84
18104575--18104651	40	1.9	39	92	2	127	32	6	15	45	1.72
18112767--18112849	43	1.9	43	82	0	103	51	1	21	25	1.55
18113954--18114050	49	2.0	49	89	0	149	44	4	24	26	1.72
18117072--18117104	7	4.7	7	100	0	66	24	15	0	60	1.35
18124950--18124998	25	2.0	25	100	0	98	26	16	12	44	1.82
18126237--18126272	17	2.1	17	89	0	54	2	16	0	80	0.83
18127213--18127265	20	2.7	20	90	0	79	32	1	1	64	1.15
18127213--18127271	20	2.7	23	75	20	63	30	3	1	64	1.20
18127198--18127265	3	22.3	3	77	14	59	29	2	1	66	1.15
18127253--18127306	22	2.4	23	82	17	69	27	12	1	57	1.46
18127412--18127451	18	2.3	17	86	4	53	25	5	5	65	1.34
18132386--18132410	10	2.5	10	100	0	50	44	16	24	16	1.86
18133309--18133435	45	2.8	45	81	3	121	36	18	19	25	1.94
18133353--18133456	45	2.3	45	80	6	122	38	15	23	23	1.92
18133776--18134439	44	15.3	44	74	6	401	30	19	22	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18133824--18134439	86	7.1	86	72	9	370	30	18	22	27	1.98
18133776--18134439	130	5.1	130	86	1	934	30	19	22	27	1.98
18140115--18140281	43	3.9	43	78	5	151	27	14	25	32	1.94
18144031--18144067	17	2.2	17	95	0	65	35	10	8	45	1.69
18147537--18147583	24	1.9	24	82	4	58	8	10	0	80	0.89
18152314--18152338	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
18152337--18152361	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
18161900--18161965	20	3.3	20	66	8	53	21	34	13	30	1.92
18161960--18162024	20	3.3	19	72	12	51	12	32	18	36	1.88
18161860--18162059	40	5.0	40	83	0	195	20	31	14	34	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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