genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.312.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101169067--101169422	84	5.0	71	73	17	281	32	24	17	25	1.97
101168901--101169290	165	2.4	166	82	8	494	33	21	17	27	1.95
101169237--101169422	68	2.9	62	78	6	185	28	27	17	26	1.98
101169391--101169496	54	1.9	54	83	9	135	38	18	15	27	1.91
101169355--101169832	140	3.4	140	94	0	843	37	20	17	24	1.93
101169531--101169636	54	1.9	54	83	9	135	37	19	15	27	1.92
101169178--101169927	278	2.7	274	76	11	764	37	21	16	25	1.94
101169765--101169920	69	2.2	70	87	3	224	40	21	15	22	1.91
101169874--101169975	53	1.9	53	82	7	127	43	18	11	26	1.85
101169805--101170044	118	2.0	119	88	5	360	39	22	13	24	1.91
101169927--101170097	71	2.5	66	83	9	186	33	23	14	28	1.94
101179906--101179953	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
101179902--101179953	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
101179901--101179957	24	2.4	24	79	5	71	64	1	3	29	1.20
101180103--101180165	22	2.7	23	85	11	76	52	4	7	34	1.52
101180186--101180243	24	2.4	24	82	2	71	60	0	3	36	1.14
101180271--101180315	20	2.2	20	84	7	56	60	0	4	35	1.17
101180190--101180318	23	5.5	23	65	25	65	58	2	4	34	1.32
101180839--101180937	30	3.3	30	92	0	162	22	4	46	27	1.69
101180793--101180937	60	2.4	60	83	2	175	22	4	46	26	1.70
101182444--101182543	51	2.0	51	84	4	130	29	12	17	42	1.85
101182436--101182543	17	6.4	17	72	4	74	28	12	18	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101187338--101187384	24	1.9	25	86	4	69	59	2	4	34	1.29
101191796--101191841	24	2.0	24	86	4	67	58	30	4	6	1.43
101194980--101195055	38	2.0	38	97	0	143	40	10	26	22	1.86
101201638--101201686	25	2.0	25	95	0	89	42	16	8	32	1.77
101218082--101218375	78	3.8	78	89	1	455	31	20	23	25	1.98
101218389--101218534	45	3.3	45	85	0	186	31	14	29	24	1.94
101218852--101218939	19	4.8	19	84	8	128	37	12	15	34	1.86
101222137--101222174	17	2.2	18	85	4	51	55	0	0	44	0.99
101224179--101224292	45	2.6	45	81	1	122	31	25	19	23	1.98
101224300--101224480	24	7.7	24	79	6	192	20	14	33	30	1.93
101224301--101224480	47	3.8	47	82	5	222	21	15	32	31	1.94
101224300--101224474	70	2.5	71	83	3	246	21	14	33	30	1.93
101228104--101228183	6	13.3	6	94	0	142	20	16	13	50	1.78
101235366--101235514	39	3.8	39	91	2	203	28	18	5	46	1.71
101236745--101236830	45	1.9	45	88	4	129	26	27	13	31	1.94
101236928--101237686	210	3.6	209	88	2	1007	31	22	17	28	1.97
101245677--101245707	15	2.1	15	100	0	62	6	38	0	54	1.26
101245751--101245800	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
101254284--101255439	412	2.8	402	79	11	1178	29	17	22	30	1.97
101256741--101256785	22	2.0	22	82	0	54	42	0	11	46	1.39
101256799--101256932	39	3.6	39	83	7	147	47	5	15	31	1.68
101259103--101259156	26	2.2	24	80	12	56	53	5	7	33	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101259315--101259381	24	2.8	24	73	11	64	50	4	5	38	1.47
101259865--101259979	38	3.0	39	89	6	173	28	18	5	47	1.70
101259986--101260023	18	2.1	18	90	5	58	55	7	0	36	1.29
101262507--101262551	17	2.6	18	89	7	74	62	2	0	35	1.08
101264713--101264811	30	3.3	30	94	0	180	26	50	6	17	1.69
101265280--101265449	25	7.0	25	74	11	120	33	7	5	54	1.50
101265308--101265472	72	2.3	74	76	8	176	32	7	4	55	1.50
101265598--101265645	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
101265598--101265649	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
101272298--101272635	73	4.6	73	91	2	450	30	16	20	32	1.95
101272666--101272705	14	2.9	14	88	3	55	12	7	12	67	1.41
101273461--101273559	30	3.3	29	87	2	135	27	47	6	19	1.72
101274062--101274212	25	5.9	25	73	12	119	31	9	4	54	1.52
101274364--101274411	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
101274364--101274415	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
101274989--101275075	19	4.6	19	88	8	133	39	9	16	35	1.80
101274989--101275064	36	2.1	37	92	5	127	38	10	14	36	1.81
101280723--101280775	16	3.3	15	82	17	63	84	0	13	1	0.69
101280721--101280769	9	5.6	9	81	13	57	85	0	12	2	0.68
101280721--101280775	25	2.2	26	90	6	87	85	0	12	1	0.68
101281629--101282121	44	11.2	44	75	8	367	31	17	23	27	1.97
101281629--101281981	174	2.0	176	92	1	593	31	16	24	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101281763--101282106	132	2.6	132	95	0	598	31	17	24	26	1.97
101282153--101282491	165	2.1	165	93	0	579	30	18	22	28	1.97
101282315--101282760	206	2.2	206	92	0	723	30	17	22	29	1.97
101283157--101283235	19	4.2	19	90	9	126	37	10	16	35	1.82
101283147--101283234	36	2.4	36	80	17	119	38	10	15	35	1.82
101287462--101287507	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
101287469--101287513	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
101295735--101295764	9	3.3	9	100	0	60	13	13	20	53	1.72
101301102--101301153	25	2.1	25	100	0	104	25	0	40	34	1.56
101307000--101307024	8	3.1	8	100	0	50	24	24	0	52	1.48
101310629--101310710	23	3.7	22	70	22	64	46	3	0	50	1.19
101310634--101310721	24	3.6	24	73	19	67	44	4	0	51	1.22
101310640--101310721	26	3.3	25	76	15	73	45	4	0	50	1.23
101310726--101310804	36	2.2	37	81	4	97	32	3	0	63	1.12
101310763--101310830	31	2.3	29	78	14	75	30	2	2	63	1.24
101310827--101310874	16	3.2	16	69	19	50	29	4	2	64	1.23
101310923--101310979	19	3.1	18	76	16	53	29	5	1	63	1.27
101310934--101310980	19	2.5	20	80	13	55	25	6	2	65	1.27
101327499--101327542	18	2.5	17	85	7	61	13	11	18	56	1.66
101328201--101328289	35	2.5	35	90	7	135	37	8	3	50	1.51
101328201--101328256	18	3.2	18	65	14	53	37	5	3	53	1.41
101329528--101329658	70	1.9	70	96	0	244	19	21	33	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101330352--101330579	92	2.5	92	76	4	208	27	21	17	33	1.96
101331558--101331614	21	2.8	21	75	17	57	61	3	5	29	1.35
101337497--101337558	7	8.9	7	96	0	115	27	0	16	56	1.40
101343261--101343416	53	3.0	53	88	4	210	25	16	28	30	1.96
101344933--101345166	117	2.0	117	95	0	423	41	26	8	24	1.83
101345537--101345668	47	2.8	48	87	1	185	32	28	17	21	1.96
101356875--101356935	30	2.0	30	96	0	113	27	19	24	27	1.99
101361925--101361953	6	4.8	6	100	0	58	31	0	51	17	1.45
101364885--101364968	27	3.1	27	63	13	73	33	2	14	50	1.56
101364858--101364968	54	2.1	54	98	0	213	33	3	13	49	1.59
101365105--101365132	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
101365375--101365422	20	2.5	19	86	6	69	66	4	8	20	1.35
101365375--101365433	19	3.1	19	82	4	73	64	3	10	22	1.39
101365543--101365568	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
101366939--101366992	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
101366956--101367031	26	2.8	27	82	4	82	26	13	23	36	1.91
101368478--101368585	26	4.2	26	89	4	164	37	23	6	33	1.80
101373438--101373468	12	2.6	12	100	0	62	12	51	25	9	1.70
101374921--101375028	26	4.2	26	90	0	171	37	24	7	31	1.83
101375455--101375490	17	2.1	18	89	5	56	61	5	5	27	1.41
101375586--101375643	18	3.2	18	79	15	66	62	5	0	32	1.18
101375582--101375636	28	2.0	28	92	0	92	63	5	0	30	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101378159--101378216	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78
101432983--101433015	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
101434079--101434140	28	2.2	28	91	0	97	32	27	9	30	1.89
101434248--101434337	28	3.2	27	81	7	101	18	23	24	33	1.97
101434248--101434337	27	3.2	28	79	7	103	18	23	24	33	1.97
101434258--101434348	27	3.2	28	79	4	85	20	25	20	32	1.97
101434248--101434362	55	2.1	56	80	8	128	18	23	22	35	1.95
101434814--101434842	13	2.1	14	93	6	51	24	3	0	72	1.00
101436318--101436358	6	6.8	6	88	0	55	78	2	4	14	1.03
101441685--101441709	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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