genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76754100--76754278	58	3.1	58	78	11	152	53	2	1	42	1.22
76754247--76754289	21	2.0	21	86	9	59	62	2	0	34	1.08
76759896--76759931	18	2.0	18	100	0	72	22	16	16	44	1.86
76769382--76769490	58	1.9	58	88	1	166	27	30	15	26	1.96
76769391--76769500	29	3.9	28	77	4	112	28	30	15	26	1.96
76775907--76775940	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
76777015--76777125	28	3.9	29	79	9	113	29	30	12	27	1.93
76777006--76777112	57	1.9	57	84	1	144	28	29	14	27	1.95
76777184--76777229	19	2.6	18	82	6	58	19	36	21	21	1.95
76778613--76778645	16	2.1	16	100	0	66	18	6	27	48	1.71
76779155--76779180	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
76780559--76780764	40	5.2	40	91	0	315	23	22	25	28	1.99
76786496--76786521	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
76789196--76789351	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
76789195--76789348	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
76789196--76789351	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
76789188--76789372	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
76789188--76789372	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
76797315--76797469	82	1.9	80	84	5	204	27	16	27	27	1.97
76797314--76797464	55	2.8	52	81	9	162	28	17	27	27	1.97
76797315--76797469	27	5.8	26	79	8	152	27	16	27	27	1.97
76797314--76797490	27	6.6	27	77	8	146	27	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76797307--76797489	82	2.3	80	76	3	197	27	16	27	28	1.97
76799276--76799481	40	5.2	40	91	0	315	22	23	24	28	1.99
76806819--76806895	29	2.7	29	89	4	111	27	29	14	28	1.95
76807125--76807156	16	2.0	16	93	0	55	12	15	18	53	1.73
76808377--76808409	16	2.1	16	100	0	66	18	6	27	48	1.71
76810768--76810801	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
76819234--76819337	28	3.7	28	86	0	154	27	32	14	25	1.94
76832326--76832486	43	3.8	43	76	12	152	27	15	24	32	1.95
76839534--76839594	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
76843792--76843852	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
76847258--76848560	582	2.2	582	84	3	1689	31	25	18	24	1.97
76852884--76852926	21	2.0	21	82	8	52	41	18	0	39	1.51
76853566--76853621	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
76855164--76855203	21	1.9	21	90	10	64	17	15	20	47	1.83
76859458--76859524	36	2.0	32	88	11	98	38	14	5	40	1.71
76866105--76866253	64	2.2	65	82	7	174	32	17	28	21	1.96
76866129--76866312	66	2.8	64	80	8	212	29	17	29	23	1.97
76870200--76870603	47	8.6	47	90	2	598	33	8	29	28	1.87
76875249--76875398	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
76875273--76875456	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
76881224--76881254	16	1.9	16	93	0	53	35	16	6	41	1.74
76893507--76893682	56	3.1	56	99	0	343	44	9	23	22	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76894810--76895034	40	5.7	40	83	5	260	25	21	27	26	1.99
76901623--76901729	56	1.9	56	96	0	196	41	18	10	29	1.84
76902859--76902992	46	2.9	46	78	9	164	29	28	20	22	1.98
76908364--76908585	46	4.8	46	76	9	218	31	27	18	23	1.97
76911897--76911954	26	2.2	25	82	11	64	34	10	17	37	1.84
76915516--76915588	36	2.0	36	97	0	137	31	5	23	39	1.77
76916695--76916766	33	2.2	33	82	2	81	26	22	23	27	1.99
76921112--76921141	15	1.9	16	93	6	53	36	16	0	46	1.47
76921207--76921319	42	2.7	43	83	5	140	30	27	16	25	1.97
76928412--76928441	15	1.9	16	93	6	53	36	16	0	46	1.47
76928499--76928657	42	3.7	43	78	5	153	28	25	19	25	1.99
76930838--76930889	22	2.2	24	90	6	81	40	7	17	34	1.78
76940761--76940847	43	2.0	43	100	0	174	29	4	27	37	1.77
76941822--76942491	47	14.1	47	93	2	1079	32	9	29	28	1.89
76941822--76942491	143	4.7	141	92	2	1061	32	9	29	28	1.89
76941822--76942491	190	3.5	190	95	0	1146	32	9	29	28	1.89
76942610--76942688	37	2.1	37	85	0	104	25	17	30	26	1.97
76944431--76944533	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
76944515--76944588	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
76944937--76945041	39	2.6	39	80	4	120	27	20	28	22	1.99
76944898--76945041	40	3.6	40	77	10	125	26	22	27	23	1.99
76945019--76945145	40	3.1	40	89	2	191	23	22	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76945022--76945088	23	3.2	23	60	24	56	26	22	25	25	2.00
76948510--76949214	47	15.1	47	92	5	1137	32	9	29	28	1.88
76948512--76949212	234	3.0	233	93	3	1141	32	9	29	28	1.88
76949333--76949411	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
76951605--76951629	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
76958163--76958206	18	2.4	18	100	0	88	18	27	38	15	1.91
76958390--76958513	27	4.6	26	88	2	122	43	22	8	25	1.80
76958416--76958516	27	3.7	27	89	2	132	42	24	6	25	1.79
76958499--76958884	27	14.3	27	83	0	432	35	17	20	26	1.95
76958499--76958882	54	7.1	54	89	0	500	35	17	20	26	1.94
76959447--76959583	27	5.1	26	80	7	130	18	20	20	40	1.92
76959769--76959843	6	12.3	6	71	13	55	20	16	13	50	1.77
76959700--76959761	25	2.5	25	83	0	79	19	20	14	45	1.85
76959754--76959834	37	2.2	37	88	0	117	19	18	12	49	1.79
76959728--76959817	19	4.8	19	78	8	103	20	21	13	45	1.84
76961283--76961458	89	2.0	89	98	0	343	31	13	25	30	1.93
76961910--76962064	27	5.7	27	84	3	145	42	21	9	25	1.83
76961965--76962404	81	5.4	81	81	3	377	38	19	16	25	1.92
76962025--76962403	27	14.0	27	80	1	393	37	19	17	25	1.93
76962026--76962402	54	7.0	54	87	1	463	38	18	17	25	1.93
76962967--76963078	27	4.1	27	78	8	120	18	19	22	39	1.93
76962967--76963103	27	5.1	28	76	11	108	19	19	20	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76963223--76963284	25	2.5	25	89	0	88	19	19	14	46	1.83
76963220--76963335	6	18.8	6	70	15	76	18	18	13	49	1.80
76963248--76963318	19	3.8	19	74	10	83	18	19	15	46	1.84
76963242--76963335	37	2.5	37	87	0	134	19	19	13	47	1.82
76974063--76974183	54	2.2	54	82	5	147	28	20	9	41	1.84
76974071--76974193	27	4.6	27	82	2	131	30	18	9	41	1.83
76974171--76974428	27	9.6	27	75	5	128	39	21	8	30	1.84
76974171--76974428	81	3.2	80	81	5	279	39	21	8	30	1.84
76974237--76974417	54	3.4	53	83	4	202	39	20	9	29	1.85
76974547--76974637	27	3.4	26	86	3	110	34	17	26	21	1.96
76975440--76975547	26	4.2	26	89	0	153	30	20	20	28	1.97
76975440--76975657	52	4.4	52	83	11	296	27	22	21	28	1.99
76975530--76975564	17	2.1	17	88	0	52	34	25	11	28	1.91
76975505--76975590	43	2.0	43	95	0	154	30	23	17	29	1.97
76975479--76975657	69	2.5	69	83	9	218	26	24	21	28	1.99
76975457--76975641	95	2.0	94	93	1	316	28	21	21	29	1.98
76975548--76975657	26	4.3	26	91	1	170	24	23	22	29	1.99
76975548--76975657	51	2.2	51	91	3	186	24	23	22	29	1.99
76975809--76975890	42	2.0	42	87	0	119	30	15	15	37	1.90
76978206--76978337	27	4.9	27	86	0	174	30	20	8	40	1.82
76978167--76978642	27	17.6	27	75	7	169	38	19	8	33	1.83
76978328--76978560	81	2.9	80	87	0	304	41	20	8	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76978328--76978673	27	12.8	27	76	4	266	40	19	9	31	1.83
76978704--76978793	27	3.4	27	84	7	114	36	16	24	22	1.94
76978723--76978798	25	3.0	24	83	12	66	34	19	22	23	1.97
76979201--76979349	26	5.8	26	87	0	194	27	22	22	27	1.99
76979494--76979585	42	2.2	42	88	0	130	30	13	21	34	1.91
76983112--76983152	21	2.1	19	86	13	57	31	7	26	34	1.84
76984858--76984994	60	2.3	60	83	8	163	26	24	20	29	1.99
76984987--76985042	19	2.9	19	83	2	67	35	26	17	19	1.94
76988700--76988794	33	3.3	27	70	24	77	26	24	18	30	1.98
76988701--76988837	60	2.3	59	82	11	154	25	23	19	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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