genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.142.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47080305--47080369	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
47081970--47082018	13	3.6	13	77	17	55	71	4	6	18	1.23
47083075--47083201	11	11.5	11	65	21	52	71	0	22	5	1.11
47083147--47083211	32	2.0	32	91	5	105	69	0	23	7	1.14
47083077--47083201	17	7.5	16	66	22	62	72	0	21	5	1.11
47085037--47085090	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
47085037--47085110	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
47085037--47085101	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
47089470--47089548	15	5.4	15	77	10	83	10	16	13	59	1.60
47089465--47089548	44	1.9	43	87	2	123	9	15	16	58	1.62
47089461--47089547	29	3.0	29	80	8	86	10	16	16	57	1.65
47091433--47091600	91	1.8	91	92	2	284	21	19	30	29	1.97
47091437--47091608	46	3.8	46	77	7	190	21	18	29	30	1.97
47093756--47093802	23	2.1	21	84	7	58	38	21	14	25	1.92
47101120--47101153	10	3.4	10	100	0	68	38	17	23	20	1.93
47101119--47101165	20	2.3	20	85	0	67	34	14	23	27	1.94
47109181--47109357	39	4.5	39	91	1	291	27	28	23	19	1.99
47109350--47109442	39	2.4	39	89	3	143	23	25	19	31	1.98
47109181--47109442	78	3.3	78	85	5	271	26	27	22	23	1.99
47115058--47115224	39	4.3	39	92	0	289	28	28	23	19	1.98
47115217--47115309	39	2.4	39	89	3	143	23	25	19	31	1.98
47115049--47115309	78	3.3	78	85	5	269	26	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47115050--47115302	117	2.2	118	82	7	300	26	27	22	23	1.99
47126757--47126817	30	2.0	30	83	0	77	29	24	4	40	1.76
47128060--47128103	15	3.0	14	83	9	52	63	2	25	9	1.35
47129730--47129847	50	2.3	52	86	2	168	34	15	13	36	1.87
47129716--47129847	50	2.6	51	81	3	167	35	14	12	37	1.84
47131742--47131790	17	3.0	16	73	5	53	73	0	16	10	1.09
47131800--47131836	18	2.1	18	89	0	56	67	2	24	5	1.25
47133474--47133572	50	1.9	52	89	4	157	32	13	13	41	1.82
47133486--47133592	52	2.1	50	84	3	133	34	14	13	37	1.85
47136331--47136378	16	2.9	16	81	6	51	62	4	14	18	1.47
47144389--47144435	19	2.3	20	82	10	60	36	2	14	46	1.57
47144786--47145163	50	7.8	50	67	15	168	27	17	24	29	1.97
47144799--47145159	142	2.5	142	86	3	467	27	17	24	29	1.97
47148436--47149004	27	21.1	27	84	5	670	27	21	9	40	1.85
47149009--47149203	27	7.2	27	80	4	189	34	16	20	27	1.95
47149009--47149201	54	3.6	54	80	7	221	34	16	20	27	1.94
47149403--47149485	27	3.1	26	89	5	121	19	22	21	36	1.95
47149796--47149866	27	2.7	27	78	10	74	19	26	18	35	1.95
47149987--47150088	6	16.8	6	70	17	68	19	15	14	50	1.79
47149987--47150088	30	3.4	30	82	6	125	19	15	14	50	1.79
47150012--47150109	24	4.1	23	71	10	63	19	14	15	51	1.77
47151866--47151904	15	2.6	15	95	0	69	15	20	15	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47152223--47152399	41	4.3	41	89	2	214	37	23	18	19	1.94
47152630--47152853	14	15.8	14	68	13	66	23	1	32	42	1.63
47152780--47152832	21	2.5	21	84	3	70	26	0	30	43	1.55
47153404--47153449	19	2.3	21	88	7	69	69	4	4	21	1.24
47153441--47153480	19	2.1	19	90	0	62	77	2	2	17	0.99
47158496--47158526	15	2.0	16	93	6	55	51	3	6	38	1.44
47159967--47160122	43	3.6	43	80	0	141	26	14	26	32	1.95
47161953--47162070	39	3.0	38	75	9	121	32	24	20	22	1.98
47170201--47170315	39	3.0	39	74	14	114	29	24	21	24	1.99
47174309--47174355	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
47174703--47174982	50	5.6	50	80	4	294	26	17	26	29	1.97
47174703--47174943	101	2.4	101	81	3	272	26	18	25	29	1.98
47174705--47174982	151	1.8	151	92	0	466	26	17	25	29	1.98
47175197--47175228	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
47176402--47176426	13	1.9	13	100	0	50	24	4	24	48	1.68
47177919--47177983	34	1.9	34	83	0	85	29	20	24	26	1.99
47179963--47179998	8	4.5	8	85	0	54	50	13	25	11	1.75
47180203--47180281	29	2.8	28	78	5	86	30	13	30	25	1.94
47195762--47195818	20	2.7	20	71	17	53	68	0	19	12	1.20
47195916--47195969	26	2.1	26	100	0	108	57	3	31	7	1.44
47197581--47197711	50	2.6	49	81	9	149	33	13	12	40	1.82
47208767--47208864	51	2.0	49	89	4	151	57	9	4	29	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47209715--47209739	13	1.9	13	100	0	50	12	32	16	40	1.84
47211471--47211593	42	2.9	43	89	3	178	22	31	21	24	1.98
47293111--47293151	16	2.4	18	76	16	50	46	7	9	36	1.65
47293619--47293772	28	5.5	28	96	0	265	25	12	28	33	1.92
47293594--47293772	56	3.2	56	91	1	270	25	12	28	33	1.92
47301394--47301434	16	2.4	18	76	16	50	46	7	9	36	1.65
47301878--47302027	28	5.4	28	89	2	205	26	13	27	33	1.93
47313678--47313860	40	4.6	40	91	2	262	26	26	22	24	2.00
47313645--47313860	80	2.7	80	86	3	285	25	26	22	25	2.00
47316758--47316842	26	3.3	26	66	18	68	24	12	25	36	1.92
47316755--47317048	50	5.8	50	83	2	347	25	17	25	31	1.97
47316806--47317048	101	2.4	100	86	0	333	25	18	25	30	1.98
47316759--47317054	151	1.9	151	86	4	416	24	16	26	32	1.96
47321067--47321102	10	3.6	10	88	0	54	22	22	13	41	1.89
47321059--47321102	20	2.2	20	83	0	52	22	27	11	38	1.88
47328440--47328528	24	3.8	23	75	12	85	37	19	21	22	1.95
47335836--47335892	9	5.8	10	76	15	57	36	8	19	35	1.83
47335835--47335909	20	3.8	20	91	6	111	37	9	18	34	1.83
47335854--47335909	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
47335959--47336046	26	3.4	26	88	0	140	29	19	22	28	1.98
47337735--47337816	39	2.1	39	93	0	137	23	30	24	21	1.99
47348875--47348930	25	2.2	25	81	9	69	28	17	26	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47354063--47354270	53	3.9	54	77	3	204	38	17	23	20	1.93
47360646--47360710	34	1.9	34	90	0	103	23	23	23	30	1.99
47362135--47362334	43	4.7	43	79	9	212	25	17	29	28	1.97
47362135--47362334	84	2.3	88	78	9	225	25	17	29	28	1.97
47377103--47377279	40	4.4	40	84	4	234	26	28	22	23	1.99
47382369--47382501	40	3.3	40	93	2	223	25	21	26	26	2.00
47384687--47384725	18	2.2	18	86	9	53	12	46	28	12	1.79
47388974--47389025	22	2.4	22	77	6	61	36	25	26	11	1.90
47392067--47392153	22	4.0	22	78	0	102	31	25	29	13	1.94
47401709--47401742	16	2.1	16	94	0	59	29	14	20	35	1.93
47401813--47401880	28	2.4	28	74	13	68	26	8	14	50	1.72
47403841--47403888	17	2.6	18	77	12	53	50	16	2	31	1.57
47405767--47405818	22	2.4	22	80	0	59	21	26	17	34	1.95
47405781--47405816	11	3.3	11	92	0	54	16	25	19	38	1.92
47406602--47406646	18	2.5	17	80	13	54	44	15	4	35	1.67
47406602--47406654	18	2.9	17	76	13	52	47	13	3	35	1.61
47414234--47414409	46	3.8	46	78	10	196	21	19	28	30	1.98
47414230--47414401	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	28	1.98
47417676--47417853	27	6.6	27	82	6	180	29	28	15	26	1.96
47421835--47422010	27	6.6	27	83	5	178	30	28	14	26	1.95
47421835--47422010	55	3.3	54	82	5	205	30	28	14	26	1.95
47433484--47433516	14	2.5	13	90	9	57	18	9	12	60	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47434889--47434924	4	9.0	4	100	0	72	75	0	25	0	0.81
47436890--47437051	45	3.7	43	78	8	132	24	15	27	32	1.95
47436946--47437051	41	2.5	43	80	3	117	26	17	27	28	1.98
47438408--47438471	30	2.2	29	94	2	110	25	12	26	35	1.91
47440656--47440895	121	2.0	122	98	0	464	34	5	16	44	1.69
47443122--47443246	29	4.3	29	85	1	153	26	14	29	29	1.95
47451640--47451764	41	2.9	42	77	12	119	24	18	27	30	1.98
47453740--47453790	22	2.3	22	80	6	59	19	23	19	37	1.94
47453754--47453788	11	3.2	11	91	0	52	17	22	20	40	1.92
47455893--47455977	27	3.1	27	88	5	111	16	23	23	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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