genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.131.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44165474--44165584	54	2.1	53	86	1	150	36	20	24	18	1.95
44167017--44167117	24	4.2	24	92	0	157	19	40	3	35	1.71
44169547--44169619	37	2.0	37	94	2	130	38	27	12	21	1.89
44170988--44171118	49	2.7	49	81	9	160	22	29	21	25	1.99
44171178--44171301	46	2.7	45	82	10	153	23	26	17	32	1.97
44182391--44182431	19	2.1	20	95	4	75	0	24	4	70	1.06
44184883--44185414	47	11.4	47	95	1	910	32	8	29	29	1.87
44184883--44185414	186	2.9	186	94	1	915	32	8	29	29	1.87
44185533--44185611	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
44187429--44187734	40	7.5	40	87	6	434	24	22	27	25	2.00
44187458--44187711	87	3.0	86	85	9	378	23	22	28	25	1.99
44187429--44187727	127	2.4	120	89	5	429	24	22	27	25	2.00
44191286--44191774	47	10.4	47	95	0	834	32	8	29	29	1.87
44191892--44191970	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
44194248--44194292	19	2.4	19	100	0	90	17	4	4	73	1.17
44195731--44195791	10	6.0	10	75	11	52	36	16	26	21	1.94
44195733--44195791	21	2.9	20	82	5	73	33	16	27	22	1.95
44201464--44201586	46	2.6	48	85	3	160	21	29	19	30	1.97
44202254--44202304	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
44206564--44206602	18	2.4	17	87	12	55	74	2	17	5	1.12
44211687--44211858	46	3.7	46	76	10	170	23	18	27	30	1.98
44211680--44211849	93	1.8	93	88	0	259	24	19	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44219242--44219399	27	5.9	27	77	7	133	39	20	8	31	1.82
44219388--44219743	27	13.2	26	83	5	388	31	21	5	41	1.76
44219388--44219743	54	6.6	54	88	0	462	31	21	5	41	1.76
44219334--44219743	81	5.1	81	84	2	437	32	22	5	39	1.78
44219978--44220029	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
44220246--44220316	31	2.3	31	95	0	124	21	16	12	49	1.79
44220246--44220327	6	13.3	6	71	19	62	20	17	13	48	1.80
44222199--44222356	27	5.9	27	77	7	133	39	20	8	31	1.82
44222345--44222700	27	13.2	26	83	5	388	31	21	5	41	1.76
44222345--44222700	54	6.6	54	88	0	462	31	21	5	41	1.76
44222291--44222700	81	5.1	81	84	2	437	32	22	5	39	1.78
44222935--44222986	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
44223203--44223285	6	13.5	6	78	14	89	18	18	15	48	1.82
44223203--44223282	31	2.6	31	93	0	133	17	18	16	47	1.83
44223203--44223285	19	4.5	18	76	16	89	18	18	15	48	1.82
44226931--44226982	21	2.5	22	78	6	63	30	40	9	19	1.83
44228288--44228335	14	3.4	14	77	11	53	29	33	2	35	1.69
44230041--44230228	49	3.8	49	81	2	225	29	25	17	27	1.97
44230050--44230228	98	1.8	99	88	1	279	30	25	16	27	1.97
44233361--44233426	30	2.2	30	100	0	132	21	21	31	25	1.98
44237205--44237384	45	4.0	45	93	0	297	26	28	22	21	1.99
44248256--44248357	40	2.5	39	78	10	116	32	26	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44250111--44250231	27	4.5	27	87	0	170	37	17	19	25	1.94
44250587--44250650	33	2.0	32	84	3	83	20	21	20	37	1.94
44250612--44250671	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
44257976--44258053	40	2.0	40	100	0	156	41	29	1	28	1.64
44259131--44259213	31	2.7	31	92	3	143	27	25	16	30	1.97
44259421--44259477	25	2.3	25	84	6	80	24	19	19	36	1.94
44259433--44259502	25	2.8	25	84	0	77	27	18	22	31	1.97
44260430--44260659	27	8.4	27	77	5	167	32	6	19	41	1.78
44260415--44260645	54	4.2	54	78	5	223	31	7	18	42	1.78
44260427--44260644	81	2.7	81	77	5	217	32	7	18	41	1.79
44260638--44260786	27	5.5	27	84	3	192	38	6	22	32	1.80
44260610--44260778	54	3.1	53	78	9	171	37	7	22	32	1.81
44260409--44260659	81	3.1	79	73	6	207	31	7	20	41	1.79
44260612--44260818	81	2.5	80	75	4	209	37	7	21	33	1.81
44260638--44260794	54	2.9	54	83	3	217	38	7	23	31	1.81
44260575--44260818	54	4.5	55	75	8	169	35	6	22	35	1.81
44265529--44265558	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
44267442--44267577	42	3.2	43	70	15	138	27	18	29	24	1.98
44274355--44274466	27	4.2	26	83	7	134	37	22	24	16	1.93
44275698--44275740	22	2.0	22	85	0	59	67	2	23	6	1.27
44276501--44276636	43	3.2	43	71	15	138	30	16	27	25	1.97
44282278--44282347	27	2.7	26	84	8	81	28	27	12	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44284794--44284860	30	2.3	29	92	2	107	34	23	14	26	1.94
44286961--44287089	43	3.0	43	75	8	129	32	15	23	28	1.95
44293296--44293324	14	2.0	15	93	6	51	86	0	13	0	0.58
44302426--44302544	46	2.6	46	86	0	148	31	27	19	21	1.97
44304833--44304898	28	2.4	26	71	16	62	43	21	16	18	1.87
44309887--44309931	23	2.0	23	95	0	81	44	8	20	26	1.80
44314678--44314715	19	2.0	19	89	0	58	13	26	18	42	1.87
44323016--44323329	46	6.7	46	73	15	193	28	17	28	26	1.97
44323822--44323888	31	2.2	31	94	0	116	37	13	16	32	1.88
44327451--44327605	40	3.9	40	92	0	258	25	22	28	23	1.99
44338720--44338806	44	2.0	44	93	0	147	35	21	6	35	1.81
44353228--44353341	44	2.6	42	80	6	104	32	21	13	33	1.91
44358028--44358059	17	1.9	16	93	6	55	53	21	12	12	1.71
44358676--44358738	33	1.9	33	93	0	108	31	17	17	33	1.93
44360985--44361071	35	2.5	34	81	7	86	39	9	14	36	1.79
44364042--44364238	55	3.7	53	75	11	157	19	22	18	38	1.93
44370775--44370860	28	3.0	28	86	3	118	29	13	27	29	1.95
44372293--44372501	55	3.9	54	78	8	210	35	16	23	24	1.95
44372303--44372501	108	1.8	110	86	4	296	35	16	24	24	1.95
44375999--44376212	54	4.0	53	78	4	214	20	22	16	40	1.91
44376006--44376200	53	3.6	52	80	6	194	21	23	16	38	1.93
44387259--44387443	40	4.7	40	79	7	191	24	22	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44387314--44387466	79	1.9	79	84	7	204	26	20	27	26	1.99
44390084--44390133	18	3.1	18	68	31	58	30	6	22	42	1.77
44390084--44390141	30	1.9	30	93	6	100	32	6	20	39	1.79
44394429--44394551	38	3.2	38	84	4	149	32	26	20	20	1.97
44394429--44394580	38	3.9	38	82	6	128	30	26	21	21	1.98
44394429--44394580	78	2.0	80	81	7	188	30	26	21	21	1.98
44400952--44400991	21	1.9	21	89	0	62	27	12	25	35	1.92
44405019--44405048	12	2.6	12	94	5	53	70	10	0	20	1.16
44408522--44409197	295	2.3	298	81	6	750	40	10	14	34	1.81
44410485--44410575	31	3.0	31	75	13	89	35	10	13	40	1.79
44416387--44416462	27	2.8	26	92	4	116	32	21	25	21	1.97
44425332--44425814	47	10.4	47	91	6	781	31	8	28	31	1.88
44425478--44425548	22	3.1	22	64	25	56	30	8	29	30	1.87
44425638--44425709	36	2.0	36	100	0	144	33	8	25	33	1.86
44425589--44425756	83	2.0	84	96	2	311	32	8	26	32	1.86
44425940--44426014	37	2.0	37	89	0	114	21	20	32	26	1.97
44428524--44428609	27	3.2	26	85	4	100	38	20	22	18	1.94
44429838--44429887	25	2.0	25	100	0	100	60	0	24	16	1.36
44430441--44430482	18	2.3	18	84	12	50	45	21	11	21	1.84
44431419--44431448	8	3.6	8	95	4	51	60	13	0	26	1.34
44432702--44432828	46	2.8	43	78	10	137	29	16	27	25	1.97
44432888--44433022	49	2.8	47	81	11	148	26	22	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44441801--44441867	28	2.3	29	84	2	91	29	26	13	29	1.94
44444635--44444673	21	1.9	20	89	5	60	17	33	25	23	1.96
44448492--44448663	93	1.8	93	94	0	308	27	29	22	21	1.99
44448485--44448660	46	3.8	46	76	12	198	28	28	21	21	1.98
44448493--44448679	46	4.0	45	72	18	134	27	28	21	21	1.99
44459012--44459036	8	3.1	8	100	0	50	60	12	0	28	1.32
44464531--44464575	19	2.3	20	88	7	74	33	0	17	48	1.48
44466778--44466852	26	2.8	26	80	10	71	58	0	2	38	1.12
44466806--44466875	20	3.7	19	72	14	65	54	0	0	45	0.99
44466832--44466972	17	8.9	16	70	18	73	52	0	2	44	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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