genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   

This is table  173  of  343  ( 41150 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57308549--57308636	37	2.4	37	82	0	104	48	11	19	20	1.79
57308782--57308890	27	4.0	27	78	5	87	35	21	22	21	1.96
57309060--57309111	22	2.3	23	75	15	56	28	21	26	23	1.99
57309502--57309960	27	17.0	27	86	1	526	26	19	17	36	1.94
57314472--57314551	40	2.0	40	100	0	160	22	22	20	35	1.96
57314936--57315043	55	2.0	55	81	3	128	31	28	22	17	1.97
57325002--57325075	6	12.2	6	88	4	105	16	1	2	79	0.91
57324990--57325062	24	3.0	24	89	0	92	16	4	2	76	1.05
57324989--57325062	18	4.1	18	89	0	103	16	4	2	77	1.04
57352615--57352834	38	5.8	38	90	0	332	31	24	22	21	1.98
57357780--57358012	38	6.1	38	86	0	313	32	23	21	23	1.98
57357798--57358003	114	1.8	114	93	0	358	31	24	21	22	1.99
57360967--57361000	16	2.1	16	94	0	59	38	0	26	35	1.57
57362162--57362277	6	18.8	6	68	18	69	49	12	18	19	1.79
57362174--57362277	31	3.4	31	85	2	138	48	13	18	20	1.81
57362396--57362455	27	2.3	26	82	2	66	35	18	23	23	1.96
57362780--57363296	27	19.2	27	88	2	727	40	5	22	32	1.75
57363274--57363442	54	3.2	53	74	15	159	29	9	21	39	1.85
57363274--57363442	27	6.3	27	75	10	123	29	9	21	39	1.85
57370503--57370585	41	2.0	41	93	4	141	39	4	20	34	1.74
57373261--57373332	33	2.1	34	94	2	128	52	16	12	18	1.74
57374535--57374606	21	3.3	20	68	24	56	23	23	11	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57374511--57374643	45	3.0	45	91	1	205	22	24	12	40	1.89
57374524--57374598	23	3.3	23	66	17	66	21	26	10	41	1.86
57374549--57374620	22	3.2	22	70	18	76	23	23	11	41	1.86
57389165--57389306	67	2.1	67	81	7	160	21	28	19	30	1.97
57396214--57396357	67	2.1	67	82	10	164	19	28	20	31	1.97
57400476--57400569	40	2.3	40	85	7	129	29	13	26	29	1.94
57404140--57404199	23	2.5	23	81	8	66	23	26	16	33	1.96
57405378--57405444	27	2.5	27	83	7	91	41	19	22	16	1.90
57405893--57405923	16	2.0	15	93	6	53	3	19	25	51	1.62
57406690--57406762	39	1.9	38	83	5	94	56	1	36	5	1.31
57409194--57409228	18	1.9	18	88	0	52	31	14	17	37	1.89
57411571--57411623	21	2.5	21	81	0	61	32	9	35	22	1.86
57414810--57415048	47	5.0	47	90	3	363	28	29	7	34	1.85
57414811--57415052	96	2.5	96	91	2	382	28	29	7	33	1.85
57419228--57419270	21	2.0	21	86	8	61	55	6	11	25	1.60
57432510--57432549	20	2.1	19	85	4	53	45	17	5	32	1.70
57434193--57434318	33	3.6	36	82	8	147	33	19	18	28	1.96
57446162--57446382	40	5.6	40	82	2	241	25	23	26	24	2.00
57451541--57451610	29	2.4	29	88	4	97	25	15	18	40	1.90
57458477--57458940	47	9.5	47	81	13	469	32	7	29	29	1.86
57458567--57458693	62	2.0	62	98	0	245	33	6	30	29	1.82
57458614--57458646	15	2.2	15	100	0	66	36	0	36	27	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57458590--57458688	31	3.2	31	65	25	82	33	8	30	28	1.86
57458518--57458740	109	2.0	110	98	1	430	33	7	29	29	1.84
57458629--57458940	94	3.3	94	95	0	543	32	8	30	29	1.87
57458629--57458940	141	2.2	141	94	0	543	32	8	30	29	1.87
57461353--57461444	28	3.3	28	87	3	132	33	27	7	31	1.85
57461550--57461639	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
57461560--57461650	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
57461550--57461664	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
57469264--57469327	28	2.3	28	91	5	103	32	29	7	29	1.86
57469433--57469522	27	3.2	27	79	7	101	18	24	25	31	1.98
57469433--57469547	55	2.1	56	80	8	128	18	24	23	33	1.96
57469986--57470022	19	1.9	19	88	0	56	18	2	5	72	1.15
57469996--57470026	13	2.3	14	94	5	55	22	3	0	74	0.96
57471881--57471956	38	2.0	38	100	0	152	42	7	21	28	1.81
57475974--57476038	32	2.0	32	100	0	130	50	15	0	33	1.44
57486592--57486660	6	11.3	6	79	14	79	49	15	17	17	1.80
57486594--57486685	37	2.5	36	89	7	139	47	15	19	17	1.82
57486643--57486710	25	2.7	25	88	8	111	45	14	22	17	1.85
57487104--57487432	27	12.2	27	88	0	424	40	6	22	30	1.78
57487104--57487472	81	4.5	79	83	5	382	38	6	22	32	1.79
57487438--57487497	26	2.3	27	91	2	95	30	10	18	41	1.83
57490464--57490517	18	3.0	18	91	0	90	48	12	18	20	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57490812--57490994	27	6.8	26	80	12	147	40	16	12	30	1.85
57490804--57490994	81	2.4	81	82	6	228	40	17	11	29	1.85
57490787--57490994	54	3.9	53	80	1	211	40	17	12	28	1.86
57494325--57494361	18	2.1	18	94	0	65	43	18	18	18	1.89
57494695--57494913	27	8.1	26	75	10	163	43	19	13	24	1.86
57494672--57494913	54	4.5	54	81	4	256	42	19	13	24	1.87
57497335--57497423	44	2.0	45	84	6	119	31	11	22	34	1.89
57501792--57501837	22	2.1	22	100	0	92	41	8	32	17	1.80
57504080--57504202	45	2.7	45	86	5	160	24	14	28	32	1.95
57522524--57522561	18	2.1	18	95	0	67	57	2	15	23	1.51
57528474--57528606	61	2.2	62	88	1	196	24	21	37	16	1.93
57531183--57531220	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
57531450--57531619	93	1.8	92	92	1	286	28	28	20	21	1.98
57531445--57531616	46	3.7	46	79	11	199	29	27	20	22	1.98
57538760--57538797	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
57539027--57539195	93	1.8	93	90	0	275	29	27	20	22	1.99
57539022--57539194	46	3.7	46	77	10	190	30	26	20	22	1.99
57539020--57539213	46	4.2	45	72	15	146	29	28	19	22	1.98
57542057--57542240	67	2.8	64	75	7	174	30	17	28	23	1.97
57545005--57545067	31	2.1	30	87	3	90	23	3	11	61	1.43
57545151--57545190	18	2.2	18	86	8	55	20	0	12	67	1.22
57545192--57545224	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57548641--57548926	62	4.6	62	84	3	371	26	28	24	20	1.99
57548646--57548926	122	2.3	122	84	5	368	26	27	24	20	1.99
57550756--57550864	46	2.3	46	84	7	132	26	29	17	26	1.97
57553259--57553362	52	2.0	53	84	1	138	37	17	25	19	1.93
57562829--57563321	257	1.9	257	88	0	734	27	15	25	30	1.96
57565576--57565767	40	4.8	40	89	3	237	26	30	21	21	1.98
57571921--57572441	261	2.0	261	96	0	961	25	12	20	41	1.88
57578865--57578903	17	2.2	17	86	4	51	12	17	10	58	1.61
57578862--57578904	18	2.4	19	80	11	54	13	18	9	58	1.62
57582002--57582057	29	1.9	29	96	0	103	48	10	14	26	1.76
57590525--57590699	46	3.8	45	79	7	181	28	28	21	21	1.99
57590533--57590703	93	1.8	93	89	0	270	28	28	22	21	1.99
57592623--57592671	18	2.8	18	78	3	55	79	6	0	14	0.91
57604161--57604256	27	3.4	28	88	5	124	26	12	28	33	1.92
57604189--57604273	27	3.0	27	86	5	89	30	10	24	34	1.89
57607856--57607881	7	3.7	7	100	0	52	57	0	0	42	0.98
57612911--57612955	23	1.9	24	86	4	65	62	4	8	24	1.43
57613092--57613132	21	2.0	21	100	0	82	43	4	29	21	1.73
57615467--57615501	17	2.1	17	88	0	52	14	0	25	60	1.35
57616819--57616845	4	6.8	4	100	0	54	0	22	0	77	0.76
57618183--57618230	22	2.2	22	85	7	62	18	22	6	52	1.68
57619702--57619757	25	2.3	24	85	14	71	8	32	1	57	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57620490--57620605	58	2.0	58	91	0	187	42	10	18	29	1.83
57621424--57621531	54	2.0	54	100	0	216	35	18	14	31	1.91
57629812--57629845	10	3.1	11	87	12	52	82	5	8	2	0.93
57632037--57632214	27	6.6	27	82	3	115	29	28	15	26	1.96
57632058--57632213	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
57632037--57632213	54	3.3	54	81	6	205	29	28	15	26	1.96
57639863--57640039	27	6.6	27	84	2	203	29	28	15	27	1.96
57639884--57640038	81	1.9	81	88	2	231	29	28	15	27	1.96
57647932--57648030	28	3.5	29	83	9	100	29	26	15	29	1.96
57654756--57654883	51	2.5	51	87	2	179	29	27	17	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343