genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63298354--63298736	50	7.6	50	82	2	417	30	26	17	25	1.97
63302913--63303287	47	7.5	51	84	9	451	31	12	28	27	1.93
63302891--63303264	100	3.7	100	95	0	658	31	12	28	27	1.92
63303261--63303351	46	2.0	46	86	0	128	32	8	31	26	1.87
63303497--63303640	37	3.9	37	92	0	234	24	18	29	27	1.98
63305758--63305802	15	3.0	15	90	0	72	55	13	17	13	1.69
63310089--63310301	105	2.0	105	90	3	331	31	6	28	33	1.82
63311865--63311901	6	6.2	6	96	0	56	16	0	43	40	1.48
63316638--63317801	390	3.0	389	85	1	1548	27	20	15	35	1.94
63318618--63318666	24	2.0	24	100	0	98	44	8	4	42	1.53
63322256--63322298	21	2.0	21	86	8	61	18	32	20	27	1.96
63334454--63334526	34	2.1	34	94	0	128	46	9	1	42	1.45
63342886--63342979	41	2.2	43	79	7	104	28	18	24	28	1.98
63346256--63346424	46	3.7	47	77	16	176	21	20	28	28	1.98
63353584--63353757	46	3.8	46	78	14	205	20	20	28	29	1.98
63353581--63353752	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
63363556--63363729	46	3.8	46	73	11	142	25	17	31	25	1.97
63363558--63363727	92	1.8	94	89	2	272	25	17	30	26	1.97
63363556--63363763	94	2.2	94	81	5	233	27	17	29	25	1.97
63374731--63374908	46	3.8	45	78	7	151	25	17	31	24	1.97
63374825--63374944	46	2.7	44	86	8	161	25	15	31	27	1.96
63377719--63377765	20	2.3	20	92	0	76	31	10	23	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63377816--63377957	23	6.1	23	93	0	239	26	21	22	29	1.99
63382673--63382746	37	2.0	37	91	0	121	35	12	13	39	1.82
63385200--63385237	20	1.9	20	88	0	58	50	2	5	42	1.39
63385213--63385256	22	2.0	23	86	4	63	52	4	2	40	1.34
63392574--63392795	40	5.6	40	86	3	288	24	27	22	26	2.00
63400574--63400768	40	4.9	40	85	3	259	25	26	21	26	1.99
63400581--63400768	79	2.4	80	84	3	263	26	26	21	26	1.99
63404991--63405038	24	2.0	24	100	0	96	37	8	25	29	1.85
63409920--63410290	94	3.9	91	78	10	297	27	18	28	25	1.98
63413766--63413861	29	3.3	29	86	1	131	26	16	29	28	1.97
63416497--63416591	29	3.3	29	86	7	140	26	13	30	29	1.94
63420884--63420962	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
63421079--63421298	47	4.7	47	97	1	406	29	30	9	31	1.88
63421079--63421298	93	2.3	93	96	1	404	29	30	9	31	1.88
63424699--63425057	40	9.0	40	82	4	368	25	27	22	24	2.00
63425363--63425441	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
63425423--63425525	43	2.4	43	98	0	197	25	36	15	22	1.93
63428482--63428659	27	6.6	27	82	3	187	29	27	15	27	1.96
63428503--63428658	82	1.9	81	85	3	215	28	27	16	27	1.97
63436580--63436757	27	6.6	27	82	3	187	29	27	15	27	1.96
63436601--63436756	82	1.9	81	85	3	215	28	27	16	27	1.97
63438775--63438853	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63438971--63439289	47	6.7	47	94	1	530	31	29	8	30	1.87
63439124--63439204	22	3.5	23	66	11	67	30	28	9	30	1.89
63439147--63439229	25	3.5	24	66	11	71	33	27	4	33	1.78
63446227--63446292	29	2.3	29	91	0	105	24	12	30	33	1.91
63449600--63449669	27	2.6	27	93	2	95	32	28	11	27	1.91
63449602--63449697	28	3.4	28	89	2	131	32	28	12	27	1.93
63459803--63459908	40	2.7	41	85	5	146	22	28	25	23	1.99
63461594--63461636	13	3.3	13	75	12	52	62	9	4	23	1.44
63461585--63461636	26	2.0	26	100	0	104	61	11	3	23	1.46
63475178--63475220	20	2.3	18	81	14	52	41	0	20	37	1.53
63475366--63475417	26	2.0	26	100	0	104	42	0	11	46	1.40
63475899--63476168	49	5.6	49	81	5	277	28	17	28	25	1.97
63475936--63476170	98	2.4	98	87	4	325	28	17	29	24	1.97
63481760--63481838	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
63481957--63482163	47	4.4	47	97	0	387	30	30	7	31	1.85
63485564--63485618	15	3.7	15	70	18	51	14	16	14	54	1.71
63487102--63487214	42	2.7	42	87	2	138	29	24	15	30	1.95
63487103--63487372	48	6.0	42	78	11	148	31	25	13	28	1.94
63487136--63487372	96	2.6	93	82	10	292	32	26	13	27	1.93
63487171--63487372	48	4.2	48	89	2	289	33	26	12	27	1.92
63492911--63493037	43	3.0	42	80	7	141	25	16	25	33	1.96
63497350--63497503	43	3.6	43	76	11	136	31	25	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63497862--63497894	8	4.1	8	100	0	66	24	24	0	51	1.48
63508303--63508335	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
63513717--63513761	6	8.0	6	90	5	60	17	2	0	80	0.82
63513718--63513790	5	13.8	5	78	16	60	19	5	0	75	0.99
63513717--63513759	11	3.9	11	90	9	70	16	2	0	81	0.79
63516593--63516625	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
63523164--63523249	45	1.9	44	88	2	127	29	15	22	33	1.94
63524719--63525069	173	2.0	173	98	0	684	39	20	3	35	1.72
63530264--63530513	55	4.7	53	80	8	242	22	24	18	34	1.96
63530311--63530508	108	1.8	110	87	4	303	23	25	17	33	1.96
63539190--63539242	25	2.1	25	92	0	88	22	28	28	20	1.99
63545125--63545248	42	2.9	43	81	12	141	33	28	14	24	1.94
63551854--63552025	93	1.8	93	90	2	274	28	28	22	20	1.99
63551847--63552022	46	3.8	46	73	14	164	29	28	21	20	1.98
63551855--63552041	46	4.0	44	70	18	105	28	28	21	21	1.98
63555511--63555574	34	1.9	34	87	9	96	59	6	26	7	1.49
63566225--63566344	43	2.8	42	82	6	125	34	25	15	24	1.95
63570407--63570674	46	5.8	46	70	15	185	32	30	16	20	1.95
63570414--63570681	93	2.9	92	88	3	394	32	30	16	20	1.95
63573235--63573402	43	3.9	43	73	11	139	31	26	14	27	1.95
63578542--63578726	67	2.9	64	75	8	178	29	18	29	21	1.97
63586986--63587127	73	1.9	73	91	0	230	10	17	26	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63588477--63588534	27	2.1	27	96	0	107	34	17	13	34	1.89
63589731--63589889	27	5.9	27	76	10	155	33	21	24	20	1.97
63589749--63589892	54	2.7	54	90	2	209	34	22	23	18	1.96
63591501--63591608	26	4.2	26	92	0	180	36	23	7	33	1.83
63594822--63594959	46	3.1	45	84	12	187	24	31	18	25	1.98
63599488--63599641	28	5.5	28	91	0	229	31	28	13	26	1.94
63599487--63599666	28	6.4	28	88	2	193	31	28	13	26	1.94
63600115--63600144	14	2.1	14	93	0	51	40	0	10	50	1.36
63607850--63608000	27	5.6	27	94	3	250	32	29	11	26	1.92
63620376--63620636	130	2.0	130	91	1	425	38	26	17	17	1.92
63631206--63631294	6	14.8	6	80	9	101	17	1	4	76	1.02
63634160--63634336	40	4.4	40	89	2	268	23	31	22	22	1.99
63640235--63640292	30	1.9	30	85	0	80	44	17	8	29	1.78
63643025--63643146	46	2.6	47	84	5	147	27	22	13	35	1.93
63643142--63643176	5	7.0	5	100	0	70	0	40	20	40	1.52
63643669--63643706	18	2.1	18	95	0	67	28	7	18	44	1.78
63657406--63657564	43	3.7	43	81	7	162	27	15	25	31	1.96
63668991--63669052	30	2.1	30	84	0	79	32	22	8	37	1.83
63674628--63674679	26	2.0	26	100	0	104	38	15	15	30	1.88
63681303--63681359	28	2.0	28	100	0	114	26	28	10	35	1.89
63684174--63684238	28	2.3	29	79	10	73	30	20	3	46	1.66
63686322--63686346	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63689143--63689311	47	3.6	47	81	4	191	25	18	24	30	1.98
63697958--63698005	23	2.1	23	85	11	64	60	18	0	20	1.36
63702077--63702101	13	1.9	13	100	0	50	32	32	4	32	1.76
63710051--63710098	23	2.1	23	85	11	64	18	0	20	60	1.36
63711435--63711601	43	3.9	43	75	9	135	27	15	24	32	1.95
63712641--63712734	31	3.0	31	100	0	188	9	39	28	22	1.85
63720485--63720564	34	2.4	34	85	6	101	23	26	22	27	2.00
63724238--63724422	40	4.7	40	89	1	264	27	28	21	22	1.99
63724238--63724422	79	2.3	80	89	0	282	27	28	21	22	1.99
63724215--63724457	40	6.1	41	77	13	208	27	27	21	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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