genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.286.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94609590--94609655	21	3.2	21	87	12	86	83	1	10	4	0.86
94609591--94609648	16	3.8	15	77	11	55	82	1	10	5	0.89
94610845--94612384	207	7.4	207	95	0	2650	29	17	23	29	1.97
94612783--94612935	35	4.3	35	95	2	261	37	11	13	36	1.82
94612783--94612935	18	8.6	18	89	5	231	37	11	13	36	1.82
94628987--94629033	25	2.0	24	83	8	60	42	17	0	40	1.49
94629821--94629849	14	2.1	14	100	0	58	20	48	17	13	1.81
94638786--94638836	21	2.5	20	83	3	57	35	9	21	33	1.86
94642478--94642559	43	1.9	43	89	0	128	31	9	30	28	1.89
94648956--94649079	43	2.9	43	90	2	187	29	27	16	26	1.97
94649282--94649323	20	2.1	21	86	8	61	71	4	0	23	1.05
94653403--94653441	19	2.1	19	90	4	62	48	2	2	46	1.29
94654472--94654607	41	3.3	40	90	4	193	21	23	22	33	1.98
94654472--94654638	41	4.1	40	85	6	165	21	22	21	34	1.97
94656171--94656248	35	2.3	35	97	2	149	35	17	14	32	1.90
94665297--94665482	43	4.3	43	83	1	221	34	24	17	22	1.96
94666344--94666381	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
94667738--94667850	27	4.2	26	83	7	127	36	23	24	15	1.94
94667738--94667850	54	2.1	54	85	3	147	36	23	24	15	1.94
94668114--94668156	20	2.1	20	82	4	50	23	25	16	34	1.95
94672955--94673029	37	2.0	37	100	0	150	33	18	13	34	1.90
94680819--94680862	12	3.7	12	87	0	61	9	50	18	22	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94682186--94682290	27	3.9	27	79	9	115	36	19	24	20	1.95
94682181--94682287	54	2.0	54	87	3	153	37	17	24	20	1.94
94683708--94683754	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
94693977--94694008	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
94694945--94695121	41	4.4	41	89	3	254	22	22	20	35	1.96
94694945--94695146	80	2.5	80	84	4	219	22	22	21	34	1.97
94697116--94697162	24	2.0	24	86	0	67	34	2	38	25	1.68
94698578--94698682	27	3.9	26	79	7	102	17	24	21	36	1.95
94704942--94704988	24	2.0	24	86	0	67	38	2	36	23	1.67
94706404--94706509	27	3.9	27	80	11	119	16	23	23	35	1.95
94708121--94708235	55	2.1	56	82	11	139	34	22	24	18	1.96
94708146--94708235	27	3.2	27	85	7	110	32	24	24	18	1.97
94708146--94708235	28	3.2	26	85	7	108	32	24	24	18	1.97
94708339--94708429	27	3.3	28	89	6	132	28	6	27	37	1.82
94716057--94716146	27	3.2	27	79	7	101	33	22	23	21	1.97
94716057--94716146	28	3.2	28	78	7	103	33	22	23	21	1.97
94723616--94723661	7	6.6	7	87	0	56	30	0	50	19	1.48
94723609--94723654	21	2.2	21	84	0	56	32	0	47	19	1.50
94724783--94724839	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
94724783--94724861	36	2.1	38	90	9	126	37	10	16	35	1.82
94724783--94724861	19	4.2	19	90	9	126	37	10	16	35	1.82
94731364--94731439	23	3.3	23	79	3	82	48	1	0	50	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94732493--94732562	22	3.2	21	69	15	61	32	2	25	38	1.71
94732486--94732576	44	2.1	44	97	0	173	31	3	25	39	1.72
94732783--94732847	21	3.1	21	79	0	85	16	23	24	35	1.95
94742605--94742629	13	1.9	13	100	0	50	72	0	16	12	1.13
94744833--94744929	44	2.2	45	83	1	115	29	22	19	27	1.98
94747036--94747293	127	2.0	127	100	0	516	37	2	19	39	1.65
94750938--94751074	60	2.3	61	82	11	167	25	25	19	29	1.99
94751704--94751741	8	4.8	8	100	0	76	0	23	23	52	1.47
94754743--94754802	26	2.4	24	83	8	75	68	3	0	28	1.05
94754773--94754831	21	2.8	22	85	7	70	69	6	0	23	1.12
94754878--94754910	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
94755098--94755368	92	3.0	92	95	3	476	18	28	18	34	1.95
94755857--94755903	24	2.0	24	95	0	85	44	6	0	48	1.28
94762733--94762895	71	2.3	71	84	1	218	31	25	14	28	1.94
94767689--94767788	49	2.0	49	96	0	182	34	21	11	34	1.88
94772325--94772381	21	2.7	20	76	12	60	68	0	3	28	1.06
94772759--94772785	14	1.9	14	100	0	54	25	7	51	14	1.68
94774285--94774322	12	3.2	12	85	11	51	63	0	2	34	1.09
94774285--94774339	22	2.5	21	80	11	56	61	0	5	32	1.19
94774443--94774490	20	2.6	19	81	12	55	64	2	2	31	1.16
94783452--94783489	12	3.2	12	85	11	51	63	0	2	34	1.09
94783452--94783506	22	2.5	21	80	11	56	61	0	5	32	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94783610--94783657	20	2.6	19	81	12	55	64	2	2	31	1.16
94783729--94783788	31	1.9	31	100	0	120	55	3	1	40	1.27
94783824--94783881	28	2.1	27	81	15	66	55	5	5	34	1.45
94783910--94783951	21	2.0	22	90	4	68	61	0	0	38	0.96
94783942--94783982	13	3.1	13	79	6	55	63	2	9	24	1.37
94785101--94785159	25	2.4	25	91	5	93	8	6	37	47	1.61
94800067--94800114	14	3.6	13	78	13	53	33	0	2	64	1.05
94800067--94800120	26	2.1	25	86	10	74	35	0	1	62	1.06
94801932--94801969	16	2.4	16	95	0	67	18	0	0	81	0.69
94801932--94801981	8	6.0	8	81	4	55	20	0	2	78	0.86
94801975--94802013	20	2.0	20	84	0	51	38	2	0	58	1.12
94802791--94802866	38	2.0	38	97	0	143	26	43	10	19	1.83
94803953--94804007	21	2.6	21	77	13	58	30	5	1	61	1.29
94807484--94807516	17	1.9	17	93	0	57	57	9	6	27	1.53
94807621--94807651	16	1.9	16	93	0	53	54	6	6	32	1.51
94810186--94810219	9	3.7	9	88	7	50	2	14	0	82	0.79
94815875--94815914	21	1.9	21	84	0	53	42	25	7	25	1.80
94816658--94816745	37	2.4	37	88	1	133	40	29	12	17	1.86
94834873--94834920	12	3.8	12	76	15	51	20	4	18	56	1.58
94834870--94834926	27	2.1	27	96	0	105	24	3	19	52	1.61
94834870--94834911	12	3.1	14	74	19	52	23	4	16	54	1.61
94841780--94841816	15	2.5	15	86	0	56	29	8	24	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94842206--94842365	47	3.4	46	78	5	160	12	15	26	45	1.82
94842233--94842320	22	3.9	22	71	10	70	14	15	25	44	1.85
94852707--94852770	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
94852965--94853012	25	2.0	24	84	12	62	25	22	20	31	1.98
94853062--94853148	20	4.3	20	86	2	122	29	19	14	35	1.92
94853062--94853148	40	2.2	40	91	4	140	29	19	14	35	1.92
94853062--94853137	11	7.5	11	73	16	74	28	19	15	35	1.93
94860681--94860740	24	2.5	23	83	5	66	21	3	0	75	0.95
94868112--94868274	82	2.0	82	97	0	308	29	14	17	38	1.89
94870689--94870724	19	1.9	19	88	5	56	30	19	11	38	1.86
94871765--94871800	18	2.0	18	100	0	72	27	16	11	44	1.82
94873016--94873131	32	3.7	31	83	3	151	35	12	9	43	1.74
94876658--94876713	21	2.7	21	91	0	85	32	37	7	23	1.82
94876914--94876964	21	2.5	21	78	6	61	1	41	0	56	1.10
94878778--94878823	6	7.7	6	82	0	56	13	6	2	78	1.04
94879714--94879743	15	2.0	15	100	0	60	13	26	6	53	1.64
94881652--94881684	4	8.2	4	100	0	66	75	0	0	24	0.80
94883072--94883149	35	2.1	35	81	6	84	35	5	0	58	1.20
94883066--94883163	30	3.2	31	71	17	80	36	5	0	58	1.20
94895356--94895894	44	12.2	44	86	1	713	30	14	28	26	1.95
94897678--94897719	13	3.2	13	83	10	50	35	2	0	61	1.09
94897667--94897732	25	2.6	25	79	13	73	37	3	0	59	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94897699--94897732	17	1.9	18	88	5	52	35	2	0	61	1.11
94900544--94900601	21	2.7	22	86	5	75	31	24	12	32	1.91
94904862--94904939	25	3.2	25	64	29	69	29	29	10	30	1.90
94904772--94904983	47	4.4	47	81	6	169	28	29	8	33	1.87
94908858--94909136	40	7.0	40	89	0	423	27	30	20	21	1.98
94910690--94910833	47	3.1	47	87	0	180	28	28	8	34	1.86
94918405--94918502	33	3.0	30	72	16	81	37	3	3	56	1.31
94918510--94918556	15	3.3	14	77	13	51	36	10	0	53	1.36
94930728--94930908	94	1.9	93	88	1	272	30	19	21	27	1.98
94931157--94931447	44	6.6	44	87	0	393	32	13	25	28	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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