genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   

This is table  34  of  343  ( 41150 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11425090--11425121	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
11425280--11425307	6	4.7	6	100	0	56	0	14	0	85	0.59
11426719--11426769	24	2.1	25	88	3	77	23	0	3	72	1.01
11429219--11429245	14	1.9	14	100	0	54	70	0	0	29	0.88
11435125--11435159	18	1.9	18	88	11	54	31	0	5	62	1.18
11438067--11438110	19	2.3	19	100	0	88	63	0	20	15	1.31
11438067--11438116	19	2.6	19	93	0	73	64	4	18	14	1.44
11441218--11441282	5	12.6	5	78	12	60	24	1	1	72	1.02
11447902--11447931	15	2.0	15	100	0	60	20	6	40	33	1.78
11448689--11448718	14	2.2	14	94	5	53	0	10	0	90	0.47
11458585--11458627	5	8.8	5	94	5	79	58	0	0	41	0.98
11459204--11459282	39	2.0	39	100	0	158	24	17	15	43	1.87
11460931--11460970	18	2.2	19	91	8	66	15	27	42	15	1.86
11461327--11461416	40	2.3	38	76	3	90	14	15	33	36	1.88
11464667--11464748	24	3.5	24	73	17	73	30	9	4	54	1.54
11464767--11464836	32	2.2	32	84	0	86	35	5	0	58	1.22
11470331--11470428	51	1.9	51	85	4	135	31	21	21	25	1.98
11470381--11471224	44	18.7	44	72	9	567	30	18	21	29	1.97
11470382--11471145	89	8.4	89	74	10	582	30	18	21	29	1.97
11470315--11470730	227	1.8	230	87	6	628	32	19	20	27	1.97
11471833--11471874	22	2.0	22	85	4	59	0	16	4	78	0.91
11472935--11473016	24	3.5	24	75	17	82	30	10	4	53	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11473063--11473112	26	1.9	26	91	0	82	42	4	0	54	1.19
11475420--11475464	18	2.6	18	92	3	74	42	2	28	26	1.67
11478207--11478312	33	3.2	30	78	13	97	39	5	2	51	1.40
11478232--11478285	25	2.2	24	78	18	58	38	5	1	53	1.35
11484825--11484853	14	2.1	14	100	0	58	62	0	0	37	0.96
11484842--11485463	210	2.9	209	87	6	873	50	4	5	38	1.47
11493851--11493937	4	21.8	4	100	0	174	50	24	0	25	1.49
11493950--11493976	13	2.1	13	100	0	54	22	0	37	40	1.54
11494211--11494240	15	2.0	15	93	0	51	43	30	6	20	1.77
11501099--11501159	11	5.4	11	77	13	61	55	1	3	39	1.26
11512563--11512606	16	2.8	16	86	6	63	54	0	2	43	1.12
11513232--11513375	72	2.0	72	100	0	288	36	19	6	37	1.79
11518286--11518351	21	3.2	21	71	4	62	33	1	13	51	1.50
11521374--11521435	31	2.0	31	100	0	124	29	12	16	41	1.85
11532932--11533011	27	3.2	27	65	26	75	41	20	5	33	1.74
11532912--11533011	48	2.1	48	94	0	173	41	16	6	37	1.72
11532927--11532997	21	3.1	21	66	26	54	39	19	7	33	1.79
11536575--11536621	10	4.8	10	76	5	51	68	2	0	29	1.02
11540834--11540858	11	2.3	11	100	0	50	28	0	24	48	1.52
11541118--11541194	37	2.1	37	100	0	154	28	25	15	29	1.96
11544165--11544195	14	2.1	15	94	5	55	38	9	0	51	1.35
11544166--11544207	20	2.2	20	87	12	61	40	9	0	50	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11546610--11546756	73	2.0	73	100	0	294	39	22	9	28	1.85
11547970--11548000	15	2.0	16	93	6	55	32	6	6	54	1.51
11549719--11549753	13	2.5	14	86	13	54	34	8	17	40	1.80
11549883--11549908	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
11549721--11550036	156	2.0	156	100	0	632	36	10	20	33	1.86
11555843--11555973	69	1.9	69	82	0	163	34	19	16	29	1.94
11559514--11559539	13	2.0	13	100	0	52	53	7	7	30	1.57
11561954--11562207	68	3.8	68	88	0	348	24	22	18	35	1.96
11567406--11567431	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
11567612--11567645	17	1.9	18	88	5	52	61	0	2	35	1.11
11567571--11567644	39	1.9	38	81	13	89	56	2	4	36	1.32
11574626--11574678	24	2.2	24	96	0	97	13	49	3	33	1.60
11577675--11577774	49	2.0	49	100	0	200	44	6	18	32	1.74
11578038--11578077	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
11578061--11578100	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
11582535--11582584	22	2.3	22	83	13	59	48	14	6	32	1.67
11582803--11582844	20	2.1	20	86	8	59	66	9	4	19	1.38
11585285--11585495	40	5.3	40	84	3	257	26	27	22	24	2.00
11587648--11587738	9	9.9	9	71	14	62	59	1	3	36	1.21
11587702--11587735	17	1.9	18	94	5	61	70	0	0	29	0.87
11588985--11589064	31	2.7	31	76	14	89	50	3	6	40	1.46
11591376--11591435	19	2.7	24	65	24	58	61	15	21	1	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11592448--11592496	25	2.0	24	88	11	73	20	6	2	71	1.18
11597891--11597958	30	2.3	30	84	5	84	48	4	19	27	1.68
11600354--11600581	46	5.0	46	90	1	323	38	14	23	23	1.92
11604201--11604437	128	1.8	129	89	0	377	29	16	18	36	1.92
11606890--11607036	43	3.4	43	74	4	118	34	17	22	25	1.96
11608219--11608298	39	2.1	39	92	0	133	28	20	6	45	1.75
11609263--11609287	13	1.9	13	100	0	50	60	0	8	32	1.26
11612768--11612795	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
11613303--11613344	20	2.1	20	86	8	59	59	4	0	35	1.19
11613683--11613721	20	2.0	20	84	0	51	23	7	5	64	1.40
11620916--11620962	18	2.5	19	75	6	51	53	2	4	40	1.32
11632506--11632574	16	4.2	16	94	3	120	39	37	0	23	1.55
11632506--11632574	33	2.1	32	94	2	120	39	37	0	23	1.55
11634133--11634172	17	2.4	16	87	8	53	25	0	2	72	0.97
11634599--11634651	26	2.1	25	89	3	79	28	3	0	67	1.07
11636394--11636527	56	2.3	59	81	12	145	33	8	7	50	1.62
11637035--11637076	20	2.1	21	86	8	61	54	0	0	45	0.99
11639176--11639256	24	3.4	24	77	13	87	49	0	1	49	1.08
11639192--11639230	11	3.4	11	80	13	51	51	0	2	46	1.14
11639175--11639255	15	5.2	15	71	21	60	48	0	1	50	1.08
11639210--11639248	14	2.5	16	88	12	55	46	0	0	53	1.00
11640573--11640614	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11640764--11640822	27	2.3	27	83	11	72	38	0	30	30	1.57
11640965--11641060	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
11651412--11651454	21	2.0	21	82	8	52	23	20	4	51	1.66
11652493--11652584	39	2.4	37	80	7	96	28	29	21	20	1.98
11652930--11652977	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
11654242--11654277	15	2.4	15	90	0	54	2	16	8	72	1.21
11654277--11654356	20	3.7	21	70	25	67	50	1	0	48	1.08
11654302--11654345	12	3.7	11	80	14	52	45	2	0	52	1.13
11654278--11654355	24	3.3	23	80	7	86	50	1	0	48	1.09
11658357--11658403	18	2.5	19	75	6	51	53	2	4	40	1.32
11669872--11669962	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
11669943--11670011	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
11669943--11670011	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
11671755--11671787	17	1.9	17	93	0	57	48	24	0	27	1.51
11680653--11680747	17	5.3	19	87	9	146	36	13	11	37	1.81
11680652--11680756	54	2.0	54	90	3	169	39	12	11	37	1.79
11681059--11681258	45	4.5	45	84	1	258	25	28	14	32	1.95
11681059--11681242	89	2.1	90	87	1	262	26	28	14	30	1.95
11681272--11681654	78	4.8	78	85	8	518	25	23	18	32	1.97
11681192--11681654	166	2.8	165	89	6	673	25	24	17	32	1.97
11681360--11682165	376	2.1	375	89	3	1235	26	23	17	32	1.97
11681394--11681952	298	1.9	287	83	7	723	27	23	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11681817--11682030	78	2.7	78	89	2	322	24	23	19	32	1.97
11681981--11682266	131	2.2	131	90	0	455	27	22	18	31	1.97
11690772--11690831	19	3.3	19	90	4	97	36	13	11	38	1.81
11690772--11690839	19	3.8	19	86	7	72	36	11	13	38	1.81
11691432--11691504	38	1.9	38	83	5	94	38	6	15	39	1.74
11691753--11691817	32	2.0	32	100	0	130	47	0	9	43	1.35
11697404--11697520	25	4.9	23	72	17	78	58	0	6	34	1.24
11699156--11700057	206	4.4	206	89	2	1324	29	21	18	30	1.97
11711643--11711696	17	3.4	16	71	21	51	62	1	5	29	1.28
11711747--11711863	25	4.9	23	72	17	78	58	0	6	34	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343