genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.126.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42103907--42104263	47	7.6	47	93	2	576	33	8	29	27	1.86
42104136--42104214	25	3.3	25	66	16	76	34	5	29	31	1.79
42107322--42107476	46	3.3	46	90	4	249	20	25	23	30	1.99
42107686--42107714	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
42115974--42115999	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
42123958--42124080	43	2.9	42	74	9	115	22	18	24	34	1.96
42129873--42130057	64	2.8	66	78	9	189	29	16	27	26	1.97
42138056--42138113	30	1.9	30	92	0	98	32	8	25	32	1.86
42138448--42138711	47	5.7	47	74	13	174	28	18	29	23	1.98
42138448--42138705	140	1.8	140	81	8	319	28	18	29	23	1.97
42139537--42139623	42	2.1	42	84	0	111	20	27	31	20	1.98
42140465--42140515	19	2.9	17	77	11	57	39	7	17	35	1.79
42140487--42140529	23	1.9	23	90	4	70	37	4	16	41	1.69
42140486--42140541	22	2.5	23	82	5	71	33	3	16	46	1.64
42145604--42145654	19	2.9	17	83	11	66	37	9	17	35	1.83
42145626--42145683	22	2.7	21	86	7	80	34	3	18	43	1.68
42150695--42150914	40	5.4	40	83	6	266	26	25	24	23	2.00
42150707--42150914	83	2.6	80	85	5	258	26	26	23	23	2.00
42154656--42154780	24	5.2	24	91	2	164	38	4	36	20	1.74
42154656--42154779	48	2.6	48	89	0	185	38	4	36	20	1.74
42155608--42155647	16	2.3	18	84	16	50	32	0	30	37	1.58
42158878--42159046	46	3.7	46	75	15	186	22	19	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42158871--42159041	93	1.8	93	92	2	290	22	20	28	29	1.98
42161973--42162032	15	4.0	15	84	0	84	11	11	15	61	1.56
42163945--42164120	46	3.8	45	77	10	194	20	19	29	30	1.97
42163942--42164112	93	1.8	93	92	0	288	20	20	29	29	1.98
42166454--42166707	81	3.1	82	94	4	444	35	9	27	27	1.87
42167957--42168548	47	12.6	47	90	4	824	33	9	29	28	1.88
42168261--42168334	22	3.3	22	65	20	62	32	13	29	24	1.93
42171267--42171319	14	3.7	15	78	17	60	13	16	11	58	1.63
42174370--42174840	93	5.1	93	87	7	647	31	9	29	29	1.89
42174370--42174840	187	2.5	184	88	4	673	31	9	29	29	1.89
42174370--42174840	46	10.1	47	89	5	649	31	9	29	29	1.89
42174999--42175076	37	2.1	36	85	2	102	24	19	29	26	1.98
42176891--42176988	42	2.3	42	92	5	171	23	16	33	26	1.95
42176973--42177046	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
42177351--42177584	40	5.9	40	88	1	310	23	23	29	24	1.99
42181025--42181543	140	3.7	138	92	3	819	31	10	30	28	1.89
42181025--42181536	93	5.5	93	94	2	834	31	9	30	28	1.89
42181025--42181543	47	11.1	47	93	3	836	31	10	30	28	1.89
42181706--42181784	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
42184759--42184934	46	3.8	45	78	10	203	20	19	30	29	1.97
42184756--42184926	93	1.8	93	93	0	297	20	20	30	28	1.98
42188025--42188197	46	3.8	44	77	13	188	22	19	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42194557--42194654	24	4.0	24	89	1	142	33	5	39	21	1.75
42196264--42196344	33	2.4	34	75	8	85	29	17	23	29	1.97
42198928--42199199	47	5.8	48	73	10	163	27	17	27	27	1.98
42202643--42202686	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
42202913--42203134	40	5.6	40	91	1	340	27	25	22	23	2.00
42211417--42211624	53	3.9	54	76	1	175	22	21	16	38	1.93
42217204--42217411	53	3.9	54	77	4	195	22	23	16	38	1.93
42228565--42228662	34	2.9	33	83	7	117	26	23	25	24	2.00
42232410--42232470	30	2.0	30	87	0	86	32	22	8	36	1.84
42246716--42246885	93	1.8	93	89	2	270	27	30	20	21	1.98
42246706--42246880	46	3.8	45	77	10	174	28	29	20	22	1.98
42246757--42246900	46	3.1	44	70	21	107	28	28	20	22	1.99
42249021--42249284	46	5.7	46	93	0	422	22	23	14	39	1.91
42263469--42263614	27	5.4	27	87	0	193	35	19	19	24	1.95
42263594--42263656	27	2.3	28	76	13	67	19	20	22	38	1.94
42264898--42264955	20	3.2	17	79	16	64	48	0	27	24	1.51
42265230--42265270	21	2.0	21	85	9	57	43	0	34	21	1.53
42265386--42265420	18	1.9	18	88	0	52	40	20	8	31	1.82
42265509--42265559	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
42265599--42265657	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96
42267997--42268021	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
42271668--42271907	51	4.8	51	84	2	279	27	20	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42271714--42271894	101	1.8	99	86	2	263	26	19	24	29	1.98
42278346--42278496	28	5.4	28	89	1	205	26	12	27	33	1.93
42287790--42287908	43	2.8	41	72	7	103	34	25	15	24	1.95
42290711--42290751	20	2.0	20	100	0	82	56	9	9	24	1.62
42291085--42291168	42	2.0	42	95	0	150	32	5	8	53	1.55
42297567--42297646	42	1.9	42	92	0	133	35	18	15	31	1.92
42299685--42299870	100	1.9	100	96	0	345	31	17	24	25	1.97
42302371--42302511	51	2.8	50	90	3	219	33	17	14	35	1.89
42304687--42304756	31	2.2	31	97	2	131	38	2	14	44	1.60
42311529--42311584	28	1.9	29	85	7	78	21	3	5	69	1.24
42316632--42316671	19	2.1	19	85	4	53	7	15	0	77	0.98
42316640--42316671	10	3.4	10	91	8	50	6	12	0	81	0.87
42320680--42320716	18	2.1	18	89	0	56	35	27	2	35	1.71
42332479--42332516	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
42332745--42332915	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
42332740--42332912	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
42334948--42335067	43	2.8	42	77	2	141	29	27	15	27	1.96
42342271--42342398	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
42342270--42342398	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
42346553--42346632	40	2.0	40	92	0	133	18	22	11	47	1.80
42348362--42348427	28	2.3	29	81	2	71	40	3	24	31	1.70
42348913--42349022	44	2.5	42	81	10	114	30	15	20	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42353828--42353889	30	2.1	30	90	0	97	43	3	24	29	1.70
42354599--42354765	67	2.5	66	81	7	169	32	16	28	21	1.95
42364007--42364119	43	2.7	42	79	6	122	31	25	16	25	1.97
42371273--42371456	67	2.8	65	78	8	180	23	30	16	29	1.96
42372189--42372249	30	2.0	30	87	0	86	29	24	4	40	1.76
42376298--42376482	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
42376279--42376482	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
42387465--42387521	26	2.2	26	83	3	69	28	19	17	35	1.94
42388746--42388797	18	2.9	17	82	5	68	61	0	34	3	1.14
42389783--42389811	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
42389901--42389946	19	2.5	19	86	6	60	43	8	0	47	1.34
42395120--42395172	23	2.4	22	76	20	56	11	16	1	69	1.26
42400908--42400950	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
42402646--42402707	31	2.0	31	87	0	88	16	19	29	35	1.93
42406030--42406125	47	2.0	47	91	0	156	29	13	14	42	1.84
42406947--42407109	45	3.7	44	86	5	215	25	22	27	24	2.00
42413621--42413713	47	2.0	47	91	4	152	27	11	12	47	1.77
42414524--42414695	45	3.9	44	85	5	215	23	20	29	26	1.99
42420467--42420676	47	4.5	47	91	0	321	32	9	30	27	1.88
42420795--42420873	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
42431604--42431788	40	4.7	40	81	6	207	25	28	22	24	1.99
42431604--42431786	79	2.3	80	81	7	203	25	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42431632--42431735	39	2.6	40	90	1	156	25	27	20	25	1.99
42438778--42438962	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
42438759--42438962	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
42454428--42454593	40	4.2	40	95	0	296	24	30	24	21	1.99
42464685--42464723	21	2.0	20	85	10	53	17	33	15	33	1.92
42469020--42469146	43	3.0	42	80	8	150	33	25	14	25	1.94
42470537--42470574	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
42472070--42476169	44	94.4	44	87	2	5666	21	31	17	29	1.96
42472070--42476174	216	18.9	212	86	3	4462	21	31	17	29	1.96
42476376--42476498	61	2.0	64	84	10	166	40	12	14	32	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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