Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   

This is table  36  of  343  ( 41150 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11966753--11966841
24
3.7
24
87
3
126
35
28
13
22
1.92
11970463--11970501
19
2.1
19
95
0
69
33
20
23
23
1.97
11971373--11971416
21
2.1
21
86
0
61
72
0
13
13
1.12
11998168--11998206
14
2.8
14
100
0
78
28
7
5
58
1.47
11998359--11998385
12
2.2
12
100
0
54
22
0
0
77
0.76
12002224--12002293
35
2.0
35
94
0
122
38
12
10
38
1.77
12010556--12010668
56
2.0
56
100
0
226
32
10
26
30
1.90
12011827--12011885
30
2.0
30
90
6
93
20
38
0
40
1.53
12011970--12012003
17
2.1
17
89
10
54
26
20
0
52
1.46
12012153--12012198
19
2.5
18
83
13
58
30
4
8
56
1.49
12034242--12034271
11
2.6
12
89
10
53
40
0
0
60
0.97
12034246--12034272
11
2.5
11
100
0
54
40
0
0
59
0.98
12036663--12037008
171
2.0
171
93
1
595
33
21
10
34
1.88
12039593--12039653
23
2.6
25
80
17
76
36
11
4
47
1.61
12039850--12039940
30
3.0
28
76
15
74
56
8
1
34
1.38
12039869--12039941
30
2.4
30
88
2
101
56
8
1
34
1.38
12045441--12045552
53
2.1
53
94
0
197
29
27
9
33
1.89
12062055--12062117
31
2.1
30
90
3
99
58
9
3
28
1.45
12062150--12062192
22
2.0
22
85
0
59
55
9
13
20
1.66
12062157--12062205
22
2.2
22
85
7
64
57
6
16
20
1.60
12064493--12064530
19
2.0
19
94
0
67
28
0
7
63
1.23
12064858--12064909
20
2.5
20
87
3
77
51
11
11
25
1.71
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12066837--12066933
32
3.0
32
86
4
124
30
9
20
39
1.84
12067598--12067628
12
2.7
11
90
9
53
29
0
0
70
0.87
12067609--12067668
30
2.0
30
93
0
102
28
1
11
58
1.43
12070816--12070915
28
3.5
28
78
6
112
48
16
16
20
1.82
12074949--12074987
17
2.4
16
87
8
60
69
10
0
20
1.17
12081923--12081972
23
2.2
22
82
6
64
44
14
2
40
1.56
12085583--12085801
9
23.8
9
67
19
89
62
3
2
31
1.25
12085633--12085725
17
5.2
17
74
18
73
59
3
1
36
1.21
12085629--12085794
27
6.0
27
74
16
108
59
3
1
35
1.23
12086154--12086201
19
2.5
19
86
6
71
29
0
6
64
1.18
12086733--12086785
26
2.0
26
100
0
106
30
18
16
33
1.94
12091063--12091101
10
4.0
10
81
18
55
30
0
0
69
0.89
12093812--12093873
21
2.9
19
76
19
54
66
0
4
29
1.12
12093883--12093940
21
2.5
22
78
16
64
68
3
3
24
1.20
12094190--12094224
16
2.1
17
89
5
54
65
0
0
34
0.93
12094416--12094456
12
3.0
14
82
17
59
65
0
2
31
1.05
12094416--12094477
27
2.5
25
82
10
65
62
0
1
35
1.05
12094443--12094486
21
2.0
22
87
12
65
56
0
2
40
1.11
12098206--12098242
11
3.5
11
88
7
58
32
0
2
64
1.07
12098208--12098259
11
5.3
10
80
17
56
34
0
1
63
1.06
12098323--12098388
22
3.2
22
60
24
52
45
13
6
34
1.68
12099904--12099939
13
2.6
14
86
8
56
36
0
0
63
0.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12110517--12110558
20
2.1
20
90
0
66
33
2
11
52
1.51
12111284--12111327
22
2.0
22
86
0
61
52
0
0
47
1.00
12111347--12111388
13
2.9
14
80
13
50
54
0
0
45
0.99
12111351--12111387
16
2.3
16
86
13
58
59
0
0
40
0.97
12111420--12111476
15
3.5
15
71
17
51
49
1
1
47
1.22
12116420--12116497
37
2.1
37
97
0
147
33
7
11
47
1.68
12119476--12119540
25
2.9
23
84
13
75
26
0
7
66
1.19
12123095--12123228
40
3.4
39
72
9
103
25
16
25
32
1.96
12125260--12125304
22
2.1
21
84
12
56
48
0
4
46
1.22
12128129--12128383
131
1.9
132
91
0
413
29
19
18
32
1.95
12128125--12128484
131
2.7
131
81
5
386
30
18
17
33
1.94
12129356--12129397
20
2.1
20
82
8
50
23
2
2
71
1.10
12129361--12129397
15
2.5
16
83
16
53
27
2
0
70
1.01
12129834--12129861
3
9.3
3
100
0
56
32
0
0
67
0.91
12132723--12132759
19
1.9
19
88
0
56
29
27
29
13
1.94
12135506--12135594
10
9.2
9
73
15
54
40
2
1
56
1.19
12136501--12136575
31
2.5
30
87
10
100
54
13
5
26
1.60
12156189--12156218
12
2.5
12
100
0
60
23
6
13
56
1.60
12156283--12156375
47
2.0
46
95
4
170
33
6
12
47
1.68
12157420--12157480
30
2.0
30
96
0
113
31
9
6
52
1.60
12160443--12160755
161
1.9
161
91
0
509
30
21
21
25
1.98
12163874--12163906
14
2.4
14
95
5
59
9
12
0
78
0.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12165023--12165080
28
2.0
29
83
9
75
65
0
3
31
1.09
12168237--12168460
109
2.0
113
90
6
359
57
8
12
20
1.62
12168395--12168432
16
2.3
17
81
4
51
73
0
5
21
1.02
12169513--12169570
30
1.9
30
92
0
98
13
27
39
18
1.89
12182836--12182899
27
2.3
28
76
10
78
59
1
1
37
1.16
12183291--12183322
5
6.4
5
96
0
55
0
21
0
78
0.76
12185770--12185804
17
2.1
17
100
0
70
17
17
5
60
1.55
12186370--12186402
16
2.0
17
88
5
50
57
0
6
36
1.23
12186441--12186482
22
2.0
21
90
4
66
61
0
0
38
0.96
12186447--12186508
32
1.9
33
87
9
92
64
1
0
33
1.03
12186597--12186650
16
3.2
16
73
16
56
35
0
0
64
0.94
12194163--12194214
26
2.0
26
100
0
104
38
11
15
34
1.83
12198328--12198390
30
2.1
30
91
5
101
28
1
11
58
1.41
12201164--12201213
16
2.9
18
77
14
61
50
2
0
48
1.12
12201527--12201553
14
1.9
14
100
0
54
55
0
0
44
0.99
12204392--12204436
21
2.2
20
92
4
72
28
26
17
26
1.98
12204952--12205006
21
2.6
21
76
21
53
36
0
3
60
1.15
12206519--12206558
21
1.9
21
89
0
62
17
20
35
27
1.95
12210321--12210384
29
2.2
29
86
2
85
37
1
12
48
1.51
12218683--12218730
23
2.1
23
96
0
87
22
14
10
52
1.72
12223492--12223554
31
2.0
31
96
0
117
34
6
17
41
1.75
12223567--12223597
16
2.0
16
93
6
55
80
0
0
19
0.71
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12232838--12232954
51
2.3
51
92
0
189
25
23
17
34
1.96
12239151--12239184
11
3.0
12
87
12
54
32
0
0
67
0.91
12241861--12241913
26
2.0
26
100
0
106
41
15
11
32
1.82
12242449--12242482
14
2.4
14
90
5
50
47
0
0
52
1.00
12265690--12266308
310
2.0
310
97
0
1159
22
19
13
44
1.86
12271355--12271388
11
3.1
11
95
0
59
11
17
35
35
1.87
12272660--12272812
6
25.5
6
100
0
306
49
16
0
33
1.46
12279040--12279071
15
2.1
15
94
0
55
65
6
9
18
1.42
12279138--12279194
26
2.2
26
84
6
71
29
15
17
36
1.91
12279743--12280060
155
2.1
155
93
0
546
36
15
18
29
1.92
12281104--12281159
21
2.7
21
94
2
96
37
26
7
28
1.83
12283679--12283848
48
3.2
52
78
12
161
42
2
4
50
1.36
12283725--12283843
61
2.0
58
83
4
148
42
3
4
49
1.38
12287255--12287305
24
2.1
24
85
0
66
47
1
0
50
1.12
12300556--12300635
32
2.5
32
81
4
90
53
18
2
25
1.57
12304426--12304565
50
2.8
50
88
1
190
37
15
22
24
1.92
12304541--12304720
31
5.8
31
92
0
288
27
20
26
25
1.99
12304738--12304860
49
2.7
46
83
8
137
31
15
25
27
1.96
12306118--12306154
17
2.2
18
85
9
51
75
2
0
21
0.92
12308740--12308773
17
1.9
18
88
5
52
79
0
11
8
0.94
12322481--12322567
44
2.0
44
95
0
156
32
14
4
48
1.65
12322647--12322687
20
2.0
20
100
0
82
41
9
9
39
1.71
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12325704--12325956
18
13.6
18
71
11
134
36
16
12
34
1.86
12325784--12325968
72
2.6
72
80
7
207
36
14
12
36
1.84
12325691--12325956
54
4.8
54
73
11
173
37
16
12
34
1.86
12326150--12326253
45
2.3
45
89
0
154
42
18
18
21
1.90
12326144--12326259
45
2.4
50
76
16
134
43
18
18
20
1.89
12327698--12327971
137
2.0
137
95
0
494
32
24
17
25
1.97
12329757--12329840
26
3.2
26
96
0
150
36
25
4
33
1.77
12331075--12331113
16
2.4
16
86
0
51
0
33
0
66
0.92
12341803--12341840
19
2.0
20
94
5
69
23
0
2
73
0.95
12345563--12345620
25
2.5
23
78
15
66
56
8
3
31
1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343