genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62439589--62439622	15	2.3	15	90	5	52	29	5	0	64	1.17
62439631--62439697	24	2.8	23	78	19	66	31	1	0	67	1.00
62439645--62439693	24	2.0	24	88	11	73	28	2	0	69	1.00
62440163--62440194	14	2.3	14	94	0	55	25	12	6	56	1.59
62441868--62441912	20	2.3	19	81	7	54	53	0	2	44	1.13
62442053--62442125	20	3.7	19	77	14	76	64	0	5	30	1.16
62445103--62445158	27	2.1	27	82	0	67	60	3	1	33	1.24
62447388--62447461	37	2.0	37	100	0	148	45	8	16	29	1.76
62450104--62450147	21	2.1	21	100	0	88	59	13	0	27	1.35
62459932--62459977	23	2.0	23	83	12	58	45	0	4	50	1.21
62461672--62461903	84	2.8	84	93	2	387	26	21	18	33	1.97
62461827--62462059	119	2.0	119	85	3	317	29	18	18	33	1.95
62474081--62474121	19	2.2	19	86	8	57	68	4	2	24	1.22
62474205--62474250	23	2.0	23	83	12	58	45	0	4	50	1.21
62475632--62475690	21	2.8	23	73	21	67	64	1	0	33	1.04
62475633--62475690	20	2.9	20	80	19	68	63	1	0	34	1.04
62475809--62475855	17	2.8	16	81	9	58	70	2	0	27	0.99
62475806--62475852	18	2.7	18	87	9	62	65	2	0	31	1.04
62479734--62479771	20	1.9	20	88	0	58	28	28	28	13	1.94
62482184--62482244	19	3.3	19	93	6	108	37	8	16	37	1.78
62486665--62486930	47	5.6	47	91	2	415	32	8	30	28	1.87
62486665--62486930	96	2.8	96	93	1	437	32	8	30	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62486665--62486930	143	1.9	142	90	3	426	32	8	30	28	1.87
62492095--62492169	1	75.0	1	70	0	51	85	0	12	2	0.70
62492096--62492169	8	8.6	8	76	11	67	85	0	12	2	0.71
62492095--62492168	11	6.8	11	78	17	66	85	0	12	2	0.71
62492098--62492169	18	4.3	16	81	13	83	84	0	12	2	0.72
62492098--62492163	35	1.9	34	93	3	114	84	0	12	3	0.72
62492095--62492169	28	2.8	26	86	11	91	85	0	12	2	0.70
62493112--62494274	205	5.7	205	90	1	1791	31	17	21	28	1.96
62494135--62494618	261	1.9	261	85	2	677	32	16	23	27	1.96
62494903--62494996	19	5.2	18	82	15	106	39	6	17	37	1.75
62494953--62494979	5	5.4	5	100	0	54	40	0	22	37	1.54
62499030--62499285	55	4.8	54	77	9	226	35	16	25	22	1.95
62499038--62499238	108	1.8	110	84	4	273	33	16	25	24	1.96
62506626--62506881	55	4.8	53	78	8	211	35	17	25	22	1.95
62506634--62506834	108	1.8	110	82	4	264	33	16	25	23	1.96
62507078--62507108	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
62508711--62508751	18	2.3	18	95	0	73	43	0	4	51	1.23
62512546--62512585	17	2.3	18	83	12	57	47	0	10	42	1.37
62519371--62519833	226	2.0	226	94	0	800	35	18	11	34	1.86
62522198--62522232	12	3.0	12	91	4	54	34	0	0	65	0.93
62522224--62522251	7	4.0	7	100	0	56	14	0	0	85	0.59
62528460--62528608	37	4.0	37	91	0	235	28	30	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62528758--62528879	48	2.5	48	94	0	217	28	29	9	32	1.88
62528862--62528987	47	2.7	47	93	0	216	26	28	11	33	1.92
62533217--62533324	40	2.7	40	88	1	153	24	29	22	24	1.99
62533299--62533349	26	2.0	25	92	3	84	19	29	23	27	1.98
62533259--62533389	66	2.0	65	96	1	244	22	29	22	24	1.99
62533325--62533551	40	5.7	40	93	1	393	25	28	21	24	1.99
62533223--62533429	106	2.0	105	92	2	344	25	29	22	23	1.99
62534822--62534929	36	2.9	37	94	1	182	26	30	19	23	1.98
62535076--62535210	48	2.8	47	92	5	216	30	28	7	33	1.85
62535179--62535304	47	2.7	47	93	0	216	26	28	11	33	1.92
62541932--62542001	30	2.4	30	82	2	88	25	17	20	37	1.94
62547600--62547712	60	1.9	60	96	3	210	37	11	21	30	1.89
62550008--62550050	22	2.0	22	95	0	77	25	16	23	34	1.95
62553851--62553994	27	5.3	27	88	0	207	34	20	19	25	1.96
62554130--62554229	27	3.8	27	81	4	114	20	23	22	35	1.96
62554366--62554502	33	4.3	33	74	15	108	27	21	22	29	1.99
62556299--62556378	24	3.3	24	91	0	97	17	23	20	38	1.93
62558887--62559232	47	7.3	47	90	2	473	27	30	9	32	1.88
62562682--62562751	35	2.0	36	88	2	106	35	22	12	28	1.91
62566036--62566151	54	2.1	54	84	3	144	24	23	24	28	2.00
62566370--62566399	15	1.9	16	93	6	53	26	6	13	53	1.64
62573927--62574080	42	3.6	42	74	12	127	27	24	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62582360--62582556	55	3.6	53	82	9	213	22	23	17	36	1.94
62582535--62582634	47	2.1	47	88	0	155	26	23	16	35	1.95
62586751--62586925	44	3.8	44	78	9	138	20	29	20	29	1.97
62594485--62594510	13	2.0	13	100	0	52	7	23	23	46	1.78
62599525--62599640	27	4.3	27	84	4	101	31	12	18	38	1.87
62599539--62599642	54	1.9	54	84	3	138	31	9	20	38	1.85
62599570--62599645	27	2.8	27	92	4	118	31	11	19	36	1.88
62607789--62607922	52	2.6	52	84	6	184	28	28	15	27	1.96
62615872--62616360	47	10.4	47	95	0	843	32	8	29	29	1.87
62616479--62616556	36	2.1	37	86	6	106	25	19	29	25	1.98
62622071--62622114	22	2.0	22	82	8	54	70	13	2	13	1.26
62624011--62624089	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
62624207--62624428	47	4.7	47	96	2	401	29	30	9	31	1.88
62627956--62628296	40	8.5	40	83	4	368	24	27	22	24	2.00
62628606--62628684	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
62628666--62628811	43	3.4	43	97	0	274	26	35	15	23	1.94
62630676--62630748	37	2.0	37	88	0	110	27	34	19	19	1.96
62630870--62631090	93	2.3	94	93	3	383	30	29	9	30	1.88
62630870--62631090	46	4.7	47	94	3	383	30	29	9	30	1.88
62634460--62634494	8	4.4	8	89	10	54	22	0	0	77	0.78
62634461--62634499	14	2.7	14	92	4	60	23	0	0	76	0.78
62634581--62634636	3	18.3	3	81	3	67	28	1	5	64	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62634581--62634654	9	7.8	9	73	10	58	25	2	8	63	1.35
62641325--62641352	14	2.0	14	100	0	56	35	7	14	42	1.73
62643363--62643514	50	3.2	48	66	14	116	30	17	25	26	1.98
62643338--62644062	94	7.8	94	79	5	697	32	20	21	26	1.97
62644034--62644125	45	2.0	45	93	0	157	31	18	20	29	1.96
62645884--62645949	21	3.0	21	69	18	55	31	4	1	62	1.25
62646076--62646119	14	3.3	14	81	9	56	22	0	0	77	0.77
62646076--62646119	16	2.9	14	81	18	52	22	0	0	77	0.77
62646184--62646215	13	2.5	13	94	0	55	21	3	9	65	1.35
62646202--62646250	3	16.3	3	78	0	53	26	2	8	63	1.34
62649470--62649534	26	2.5	26	79	18	80	49	0	6	44	1.27
62650267--62650292	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
62655835--62655880	22	2.1	22	84	8	58	54	4	8	32	1.51
62657823--62657943	41	2.9	41	82	3	145	34	23	19	23	1.96
62664533--62664590	31	1.9	30	92	3	98	29	13	18	37	1.90
62669779--62669816	18	2.1	19	85	5	51	50	15	10	23	1.75
62670904--62670969	24	2.8	24	77	6	64	25	22	16	34	1.95
62671140--62671203	19	3.3	19	78	4	65	32	6	18	42	1.76
62671169--62671224	18	2.9	20	81	10	80	37	7	12	42	1.70
62671150--62671219	18	3.7	18	76	12	61	35	5	15	42	1.71
62671150--62671224	38	1.9	38	86	7	107	36	6	14	42	1.72
62672408--62672432	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62674395--62674664	47	5.7	47	93	0	423	33	8	29	28	1.87
62676117--62676508	40	9.9	39	89	3	570	24	20	28	26	1.99
62676117--62676508	79	4.9	78	89	4	570	24	20	28	26	1.99
62678694--62678718	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
62680661--62680883	47	4.7	47	91	0	329	33	8	29	28	1.87
62683667--62683691	10	2.5	10	100	0	50	64	0	12	24	1.27
62684935--62685146	46	4.7	45	75	15	179	28	18	28	24	1.98
62686650--62686721	10	7.2	10	80	10	85	58	12	1	27	1.43
62686646--62686721	30	2.5	30	93	4	127	59	13	1	26	1.42
62686647--62686756	20	5.6	19	77	12	89	59	10	0	30	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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