genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88423466--88423737	99	2.9	94	80	11	288	27	20	29	22	1.98
88424749--88424790	21	2.0	21	95	4	77	9	33	28	28	1.88
88430983--88431177	97	2.0	97	98	0	381	38	17	17	26	1.92
88432735--88432775	14	2.9	14	92	0	64	34	7	7	51	1.58
88432834--88432892	21	2.8	21	82	5	66	33	8	20	37	1.83
88434070--88434145	29	2.6	29	85	0	107	35	26	9	28	1.87
88440230--88440413	49	3.9	48	79	11	211	23	25	6	44	1.77
88440237--88440374	43	3.0	44	80	12	188	21	26	7	44	1.79
88440791--88440864	30	2.5	30	86	0	103	18	28	25	27	1.98
88442743--88442798	29	1.9	29	96	0	103	50	23	1	25	1.59
88443007--88443053	25	1.9	24	87	12	69	17	10	2	70	1.26
88443033--88443067	12	3.0	12	87	4	54	28	8	0	62	1.24
88451741--88451796	10	5.7	9	80	16	58	69	1	5	23	1.18
88451737--88451796	20	3.0	19	87	4	84	70	1	6	21	1.20
88451735--88451794	30	2.0	31	84	15	81	70	1	6	21	1.20
88453443--88453519	10	8.9	9	87	9	76	76	0	1	22	0.86
88453452--88453527	20	3.9	19	79	15	77	77	0	1	21	0.84
88453455--88453520	5	13.4	5	87	6	91	77	0	1	21	0.85
88458352--88458437	42	2.0	42	97	0	163	24	19	15	40	1.90
88458997--88459030	12	2.8	12	100	0	68	67	0	8	23	1.18
88459940--88459999	10	6.0	10	84	11	79	68	1	8	21	1.25
88461995--88462032	14	2.7	14	100	0	76	39	5	18	36	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88462133--88462205	29	2.6	28	73	4	74	34	5	2	57	1.36
88463417--88463458	21	2.0	21	86	9	59	52	19	0	28	1.46
88463427--88463492	25	3.0	21	75	16	78	54	15	1	28	1.50
88465799--88465824	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
88468602--88468723	40	3.0	40	95	0	226	15	18	18	46	1.84
88480208--88480236	12	2.4	12	100	0	58	24	41	27	6	1.80
88481322--88481355	16	2.0	18	88	11	54	41	11	0	47	1.40
88487383--88487604	46	4.7	46	78	6	189	23	28	20	27	1.99
88487220--88487505	138	2.1	137	82	7	337	25	29	18	26	1.98
88487428--88487646	94	2.3	93	90	2	350	24	28	20	27	1.99
88487428--88487646	47	4.7	45	73	16	155	24	28	20	27	1.99
88490008--88490067	24	2.5	24	91	0	102	31	1	36	30	1.68
88490008--88490078	24	3.0	24	81	8	90	33	4	36	25	1.75
88491495--88491605	27	4.1	26	82	9	123	18	22	21	37	1.94
88491495--88491605	55	2.0	54	84	5	143	18	22	21	37	1.94
88495297--88495331	16	2.2	16	94	0	61	31	14	17	37	1.89
88500089--88500194	40	2.6	39	85	4	122	33	27	15	24	1.95
88501199--88501223	13	1.9	13	100	0	50	40	4	16	40	1.67
88502324--88502475	43	3.5	43	75	7	130	28	18	22	30	1.97
88510078--88510226	60	2.5	61	77	2	147	35	20	20	23	1.96
88511857--88512897	519	2.0	519	98	0	1992	35	17	15	31	1.91
88518512--88518568	29	2.0	29	82	3	71	43	8	17	29	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88518981--88519151	93	1.8	92	91	1	279	22	20	28	28	1.98
88518985--88519158	46	3.8	46	77	11	185	21	20	28	29	1.98
88526055--88526111	30	1.9	30	85	0	78	43	8	21	26	1.81
88526532--88526707	46	3.8	46	79	12	207	21	20	28	29	1.98
88526529--88526698	93	1.8	93	94	0	304	21	20	28	28	1.98
88533427--88533453	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
88558871--88558921	26	2.0	26	88	0	75	23	13	29	33	1.93
88559314--88559361	22	2.3	20	78	7	51	47	2	10	39	1.49
88563953--88564140	48	3.9	49	76	9	165	27	15	29	27	1.96
88568373--88568455	42	1.9	44	85	4	116	28	19	22	28	1.98
88575573--88575675	42	2.4	42	80	6	109	28	20	23	28	1.99
88579042--88579102	19	3.1	19	76	13	61	42	0	1	55	1.09
88579210--88579241	15	2.2	15	94	5	57	53	0	0	46	1.00
88579181--88579248	24	2.8	25	78	13	61	50	0	2	47	1.16
88579748--88579783	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
88583264--88583450	48	3.9	48	82	5	209	25	15	29	28	1.96
88583264--88583437	96	1.8	95	86	6	253	25	16	29	29	1.96
88591520--88591575	25	2.2	25	96	3	103	35	12	10	41	1.78
88596875--88596925	24	2.1	24	92	0	84	27	33	29	9	1.89
88611086--88611116	15	2.1	15	93	0	53	48	35	0	16	1.46
88614314--88614343	14	2.1	14	93	0	51	40	0	30	30	1.57
88615774--88615886	27	4.2	26	84	8	136	16	23	23	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88615774--88615886	55	2.1	54	86	5	156	16	23	23	37	1.94
88620874--88620901	14	2.0	14	100	0	56	35	14	21	28	1.92
88629872--88630062	81	2.4	81	89	0	274	24	23	26	25	2.00
88629873--88630066	40	4.8	40	86	1	262	24	23	26	25	2.00
88632794--88632880	27	3.2	27	85	6	122	35	24	22	17	1.95
88632770--88632880	54	2.1	53	89	1	168	36	21	23	18	1.95
88634310--88634386	24	3.2	25	85	7	106	22	38	3	35	1.72
88649093--88649127	18	1.9	18	88	0	52	54	2	11	31	1.51
88649859--88649889	13	2.5	13	94	5	55	54	0	12	32	1.38
88650569--88650666	49	2.0	48	84	7	128	62	6	0	31	1.20
88651924--88651979	29	1.9	29	82	7	69	35	0	7	57	1.26
88657613--88657647	3	11.7	3	93	0	61	62	0	2	34	1.10
88659065--88659093	14	2.0	15	93	6	51	55	6	6	31	1.53
88664704--88665155	88	5.1	90	75	10	367	36	17	16	30	1.92
88664704--88665178	44	10.7	44	75	7	325	35	17	17	30	1.92
88665350--88665379	6	5.0	6	91	0	51	80	0	3	16	0.85
88667609--88667673	31	2.2	30	80	5	78	32	10	13	43	1.79
88667864--88667942	31	2.6	31	84	6	90	40	10	12	36	1.77
88668818--88668878	30	2.1	30	84	9	81	60	0	3	36	1.13
88670778--88670842	22	3.0	22	82	6	71	16	18	15	49	1.80
88678492--88678607	61	1.9	58	86	8	162	42	2	3	51	1.32
88680893--88680980	43	2.0	43	97	0	167	35	21	11	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88680895--88680966	24	3.2	24	63	25	66	37	22	6	33	1.81
88681455--88681619	87	1.9	86	91	1	267	36	21	15	26	1.93
88685891--88686135	47	5.2	47	92	0	355	31	11	29	27	1.91
88685939--88686012	23	3.2	23	62	24	55	28	10	29	31	1.91
88685926--88686169	47	5.2	47	86	4	179	31	11	30	25	1.92
88685922--88686169	94	2.6	93	87	5	302	32	11	30	25	1.91
88686149--88686239	46	2.0	46	84	4	121	35	6	31	26	1.82
88692861--88692896	18	1.9	19	94	5	65	41	16	0	41	1.48
88693909--88693956	23	2.1	23	96	0	87	31	8	22	37	1.84
88697032--88697183	55	2.8	53	79	9	135	25	32	21	21	1.98
88709053--88709101	20	2.4	21	79	3	64	48	0	0	51	1.00
88709124--88709156	9	3.8	9	92	4	50	54	3	0	42	1.15
88710441--88710502	31	2.0	32	90	3	99	41	9	11	37	1.74
88711617--88711641	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
88721646--88721857	28	7.5	27	74	7	163	29	34	18	17	1.94
88721616--88721859	57	4.2	57	89	3	364	29	35	17	18	1.93
88723825--88723884	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
88723839--88723910	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
88750911--88751329	48	8.7	48	79	1	327	24	30	18	26	1.98
88750908--88751329	96	4.4	96	77	6	372	24	29	18	27	1.98
88750910--88751327	144	2.9	142	82	3	489	24	30	18	27	1.98
88755519--88755660	74	1.9	74	98	0	275	50	11	9	28	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88757746--88757804	16	3.2	17	77	22	66	52	0	0	47	1.00
88757751--88757794	22	2.0	22	86	8	63	54	0	0	45	0.99
88757814--88757855	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
88757818--88757854	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
88757842--88757940	46	2.1	48	82	14	118	48	4	0	47	1.20
88761144--88761290	71	2.1	71	92	0	240	36	16	6	40	1.75
88761505--88761569	25	2.7	24	85	2	85	32	20	16	30	1.95
88761508--88761570	24	2.6	25	84	2	83	31	20	19	28	1.97
88762786--88762832	23	2.0	23	100	0	94	31	25	4	38	1.75
88765400--88765565	40	4.2	40	93	0	271	27	27	21	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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