genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71957498--71957527	9	3.4	9	95	4	53	90	0	10	0	0.47
71957498--71957534	8	4.6	8	87	12	58	89	0	10	0	0.49
71958834--71959933	44	25.0	45	72	9	679	32	17	22	27	1.96
71958810--71959933	132	8.5	132	93	0	1820	32	17	22	26	1.96
71959934--71960178	87	2.8	87	85	1	294	36	20	22	20	1.95
71959934--71960082	44	3.4	44	70	9	133	36	23	21	18	1.94
71959974--71960128	43	3.6	43	73	11	145	36	20	20	23	1.95
71961815--71961854	20	2.0	21	85	5	55	27	12	2	57	1.48
71961999--71962079	21	4.0	21	79	9	78	27	7	1	64	1.28
71962029--71962057	6	4.8	6	100	0	58	17	0	0	82	0.66
71962172--71962202	15	2.1	15	100	0	62	32	6	0	61	1.21
71964301--71964350	21	2.3	23	77	19	63	52	4	6	38	1.45
71965123--71965163	14	2.7	16	85	7	59	14	7	14	63	1.50
71965389--71965504	30	3.9	30	81	7	121	44	2	23	29	1.66
71965388--71965504	60	2.0	59	81	5	137	45	2	23	29	1.66
71965501--71965546	24	1.9	24	95	0	83	28	0	0	71	0.86
71965699--71966017	78	4.2	77	74	11	264	36	17	16	28	1.93
71965927--71966345	87	4.8	87	85	5	578	36	20	15	27	1.93
71966260--71966289	14	2.1	14	93	0	51	66	3	6	23	1.30
71965856--71966345	259	1.9	255	87	3	714	36	19	15	27	1.93
71978440--71978523	19	4.3	20	72	23	72	58	5	3	32	1.39
71978585--71978645	17	3.8	17	76	20	60	54	3	6	36	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71978847--71978878	16	2.0	16	93	0	55	21	15	6	56	1.62
71979352--71979394	15	2.8	16	82	3	61	13	6	13	65	1.46
71979620--71979712	31	3.1	30	79	8	93	46	3	22	27	1.67
71979680--71979736	30	1.9	30	85	0	78	45	5	22	26	1.73
71979733--71979777	24	1.9	23	90	4	72	26	0	0	73	0.84
71980079--71980128	14	3.8	13	84	10	57	0	32	0	68	0.90
71980086--71980128	17	2.6	16	82	13	52	0	34	0	65	0.93
71980894--71980950	23	2.6	22	86	10	73	45	5	8	40	1.58
71992535--71992564	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
71994846--71994886	14	2.8	15	78	14	50	46	0	39	14	1.45
71996863--71996947	26	3.2	26	62	15	66	43	20	9	27	1.82
71996846--71996952	53	2.0	53	100	0	214	41	21	13	24	1.88
71997404--71997591	105	1.8	104	84	3	263	50	6	8	34	1.60
72005391--72005430	11	3.5	11	86	3	53	65	2	17	15	1.39
72005391--72005435	21	2.0	23	87	8	67	64	2	15	17	1.39
72007738--72007804	23	3.0	23	77	14	86	43	20	19	16	1.88
72007738--72007802	21	3.0	22	76	15	80	43	21	18	16	1.88
72009528--72009587	23	2.6	23	78	14	70	36	10	5	48	1.59
72009672--72009711	3	13.3	3	84	10	55	62	0	0	37	0.95
72016275--72016333	20	3.0	18	76	16	55	61	0	5	33	1.18
72017709--72017817	40	2.8	40	78	9	109	43	0	1	54	1.17
72017746--72017803	30	1.9	30	89	0	89	43	0	1	55	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72024863--72025035	46	3.7	46	76	6	134	22	28	19	30	1.98
72024968--72025237	135	2.0	135	99	0	531	28	23	14	33	1.93
72031297--72031519	46	4.8	46	74	14	169	21	28	20	28	1.98
72031392--72031515	47	2.7	45	80	9	135	21	29	20	29	1.98
72036679--72036720	22	1.9	22	85	0	57	33	23	33	9	1.87
72048965--72048995	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
72049372--72049402	15	2.1	14	94	5	53	54	6	3	35	1.42
72049389--72049457	21	3.4	20	71	16	70	55	7	1	36	1.37
72051672--72051713	18	2.3	18	80	8	50	76	0	4	19	0.96
72052252--72052319	34	2.0	34	100	0	136	35	5	11	47	1.65
72052360--72052402	10	4.3	10	82	11	61	20	6	2	69	1.23
72053120--72053160	18	2.4	17	88	8	57	31	9	0	58	1.31
72055014--72055151	46	3.0	46	93	2	224	22	23	15	39	1.92
72062538--72062761	40	5.6	40	84	3	270	24	22	27	25	2.00
72062542--72062761	83	2.7	80	85	4	273	24	23	27	25	2.00
72070694--72070874	40	4.6	40	84	2	222	25	22	26	25	2.00
72074049--72074091	21	2.0	21	82	8	52	39	0	2	58	1.11
72076295--72076332	19	2.1	19	85	5	51	28	10	10	50	1.70
72087102--72087364	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
72087141--72087399	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
72096615--72096662	25	1.9	26	87	8	73	35	8	10	45	1.68
72102611--72102635	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72104160--72104184	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
72109440--72109503	33	1.9	33	96	0	119	32	26	4	35	1.77
72118311--72118335	7	3.6	7	100	0	50	24	0	0	76	0.80
72119108--72119157	24	2.1	24	100	0	100	38	4	18	40	1.69
72121581--72121688	26	4.2	26	91	0	180	35	24	8	32	1.85
72126552--72126613	32	2.0	32	84	15	85	45	3	19	32	1.66
72127690--72127818	54	2.4	53	81	5	143	27	24	25	22	2.00
72128905--72128932	6	4.7	6	100	0	56	46	0	0	53	1.00
72135802--72135849	22	2.2	22	100	0	96	35	27	12	25	1.92
72138502--72138551	24	2.0	25	81	14	59	44	6	0	50	1.26
72138861--72138984	53	2.3	53	98	0	239	43	9	25	21	1.83
72139089--72139131	17	2.6	16	82	10	50	44	2	2	51	1.27
72139100--72139129	15	1.9	16	93	6	53	46	0	3	50	1.18
72142466--72142490	12	2.1	12	100	0	50	68	8	0	24	1.16
72142692--72142766	11	6.8	11	84	0	96	53	34	9	2	1.47
72143822--72144075	46	6.0	40	78	18	266	37	16	24	22	1.94
72143861--72144105	46	5.5	46	84	8	319	38	15	24	21	1.92
72143812--72144105	84	3.4	84	90	4	419	38	15	24	22	1.92
72143823--72144071	130	2.0	122	88	6	363	36	16	24	22	1.94
72144376--72144422	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
72151071--72151382	171	1.8	170	83	2	410	39	17	14	28	1.90
72151465--72151540	32	2.4	32	80	4	91	43	15	17	23	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72153000--72153077	17	5.1	17	69	23	73	14	10	19	56	1.66
72153014--72153065	13	3.7	13	74	18	50	15	9	17	57	1.64
72153000--72153077	30	2.6	30	97	0	147	14	10	19	56	1.66
72154469--72154493	13	1.9	13	100	0	50	48	4	8	40	1.51
72156725--72156768	20	2.2	20	91	0	70	68	4	6	20	1.31
72157906--72157948	17	2.5	17	82	10	52	76	2	13	6	1.08
72157911--72157948	18	2.2	18	90	4	60	78	2	13	5	1.02
72158579--72158934	45	7.4	50	69	19	197	28	23	16	31	1.96
72158732--72158905	46	3.7	45	72	16	154	28	24	16	31	1.96
72158682--72159000	97	3.3	96	85	4	376	28	23	17	30	1.97
72158682--72159047	194	1.9	184	81	8	430	28	23	18	29	1.98
72160180--72160261	11	7.4	11	81	13	60	4	6	4	84	0.88
72160180--72160250	16	4.6	15	79	10	72	4	7	4	84	0.86
72160180--72160264	1	85.0	1	70	0	53	4	5	4	84	0.86
72160180--72160264	14	5.9	14	73	15	66	4	5	4	84	0.86
72160185--72160264	26	2.8	26	85	14	90	5	5	5	85	0.85
72160790--72160829	3	13.3	3	94	0	71	32	2	0	65	1.06
72165470--72165539	4	16.0	4	72	16	50	64	4	5	25	1.34
72165470--72165539	9	8.0	8	72	17	50	64	4	5	25	1.34
72168490--72168549	29	2.1	29	87	6	86	33	8	1	56	1.39
72170161--72170244	41	2.0	43	93	4	145	42	17	9	29	1.81
72194628--72194722	42	2.2	42	83	5	111	31	24	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72205230--72205263	3	11.3	3	100	0	68	67	32	0	0	0.91
72206314--72206354	2	20.5	2	89	0	64	48	2	48	0	1.14
72210659--72210688	16	1.9	16	93	6	53	46	10	0	43	1.37
72211388--72211437	21	2.3	21	86	6	64	0	24	0	76	0.80
72213262--72213300	15	2.7	15	92	7	64	10	5	15	69	1.34
72213514--72213613	30	3.4	30	77	1	103	44	2	20	34	1.63
72214009--72214168	88	1.8	87	82	5	207	35	19	17	27	1.94
72214132--72214327	77	2.5	79	85	5	245	33	19	16	30	1.94
72214189--72214501	170	1.9	167	86	4	450	31	20	18	29	1.96
72213968--72214504	250	2.2	237	85	5	669	34	19	17	28	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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