genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29280159--29280185	14	1.9	14	100	0	54	77	0	0	22	0.76
29280215--29280243	9	3.2	9	100	0	58	89	0	0	10	0.48
29283456--29283526	21	3.4	21	77	12	67	57	2	0	39	1.13
29283535--29283719	43	4.3	42	82	3	208	24	15	27	32	1.95
29283521--29283720	85	2.3	85	83	0	247	26	14	25	34	1.94
29285648--29285699	20	2.6	19	85	14	70	46	9	11	32	1.73
29287880--29287950	20	3.5	20	77	9	72	39	16	7	36	1.76
29291788--29291835	24	2.0	24	100	0	96	29	12	4	54	1.56
29293079--29293130	20	2.6	20	88	11	72	48	9	9	32	1.69
29297142--29297272	63	2.1	62	97	1	244	31	6	19	42	1.76
29297265--29297367	52	2.0	52	100	0	206	15	11	21	51	1.75
29298555--29298612	28	2.1	28	100	0	116	51	3	10	34	1.53
29300044--29300096	25	2.1	25	100	0	106	24	7	33	33	1.84
29301195--29301253	9	6.1	10	73	13	52	55	3	0	40	1.16
29301200--29301249	20	2.5	20	90	3	75	56	4	0	40	1.18
29301200--29301257	20	3.1	19	85	9	66	55	3	0	41	1.17
29301626--29301673	24	2.0	25	84	12	64	37	22	4	35	1.74
29313451--29313538	35	2.5	34	78	5	95	34	22	20	22	1.97
29315109--29315145	19	1.9	19	94	0	65	48	10	13	27	1.75
29315101--29315155	17	3.1	17	80	10	65	49	12	12	25	1.76
29323413--29323461	22	2.2	22	89	10	82	26	4	2	67	1.19
29326421--29326461	22	1.9	22	95	5	75	9	43	29	17	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29329997--29330038	17	2.3	19	80	12	52	59	2	4	33	1.31
29330984--29331021	19	2.0	19	100	0	76	57	10	5	26	1.53
29331877--29331936	24	2.5	24	75	2	66	25	23	18	33	1.97
29339366--29339444	25	3.2	25	81	1	79	24	26	17	31	1.97
29345474--29345547	37	2.0	37	94	0	130	22	28	25	22	1.99
29345536--29345893	49	7.6	49	75	9	196	25	29	17	27	1.97
29345536--29345712	98	1.8	97	86	3	257	26	29	16	27	1.97
29345725--29345896	46	3.7	45	73	15	136	24	30	18	26	1.97
29345627--29345900	92	2.9	93	76	8	272	25	31	17	25	1.97
29358412--29358451	20	2.0	20	85	0	53	30	12	10	47	1.74
29363483--29363529	24	2.0	24	91	0	76	29	8	21	40	1.83
29364905--29364969	32	2.1	32	85	5	89	36	15	15	32	1.89
29367110--29367135	3	8.7	3	100	0	52	0	0	34	65	0.93
29370483--29370568	40	2.2	39	85	6	120	36	36	13	13	1.85
29370493--29370569	40	1.9	40	91	0	127	36	35	14	14	1.86
29377583--29377668	40	2.2	39	80	10	95	37	36	12	13	1.84
29379200--29379665	140	3.3	139	87	3	677	51	12	12	23	1.74
29388889--29388999	55	2.0	55	82	3	134	17	26	27	28	1.97
29392029--29392064	15	2.4	15	100	0	72	22	22	8	47	1.77
29392458--29392539	39	2.1	39	100	0	164	34	18	9	37	1.84
29393625--29393666	15	2.6	17	74	14	52	33	4	4	57	1.41
29399355--29399388	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29399622--29399649	6	4.7	6	100	0	56	64	0	0	35	0.94
29402113--29402142	11	2.6	12	89	10	53	66	6	0	26	1.16
29402135--29402179	18	2.5	19	82	10	58	60	0	8	31	1.28
29407292--29407356	29	2.2	31	78	10	73	38	9	15	36	1.79
29407838--29407892	26	2.1	26	100	0	110	47	21	7	23	1.76
29408838--29409004	63	2.7	63	81	1	210	29	18	25	26	1.98
29408838--29409023	63	3.0	62	79	3	201	29	17	25	27	1.98
29409392--29409474	42	2.0	42	92	4	141	27	7	19	45	1.76
29412325--29412398	37	2.0	37	97	0	139	29	9	27	33	1.88
29414298--29414351	25	2.2	25	100	0	108	33	7	14	44	1.73
29416022--29416095	32	2.3	32	88	0	103	52	2	1	43	1.23
29419759--29419956	87	2.3	87	82	0	243	30	21	14	33	1.93
29422326--29422391	5	12.8	5	74	6	51	42	19	1	36	1.61
29425677--29425975	47	6.4	46	79	10	234	29	18	28	24	1.98
29425677--29425939	140	1.9	141	80	8	313	29	19	27	23	1.98
29425676--29425974	94	3.2	94	76	13	296	29	18	27	24	1.98
29429941--29430008	34	2.0	34	88	0	100	35	23	22	19	1.96
29434733--29434766	17	2.0	17	94	0	59	44	35	5	14	1.70
29438772--29438826	23	2.4	23	93	0	92	50	14	29	5	1.65
29439507--29439541	16	2.2	16	100	0	70	22	5	0	71	1.07
29447221--29447254	6	5.7	6	92	0	59	38	0	44	17	1.49
29449841--29449965	27	4.7	27	80	4	146	42	17	15	24	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29449832--29449956	52	2.3	52	87	5	169	43	18	15	23	1.87
29453274--29453308	18	1.9	18	94	0	61	48	17	17	17	1.81
29453625--29453763	27	5.0	29	75	15	132	40	15	15	28	1.88
29453655--29453762	57	1.9	57	90	3	173	40	13	15	29	1.86
29456391--29456461	36	2.0	36	83	5	90	40	9	22	26	1.85
29458455--29458499	18	2.3	20	81	7	58	44	8	0	46	1.34
29460420--29460479	20	3.1	19	75	24	63	38	0	5	56	1.21
29460422--29460498	19	4.1	19	83	9	79	36	1	5	57	1.30
29464424--29464501	38	2.1	38	97	0	147	48	15	11	24	1.78
29468142--29468194	26	2.0	26	85	0	70	56	5	13	24	1.58
29469103--29469634	28	19.2	28	71	5	229	26	14	29	29	1.95
29469213--29469378	83	2.0	82	82	1	197	26	15	29	28	1.96
29469840--29470056	81	2.7	81	89	2	312	32	23	12	31	1.92
29471903--29471959	29	2.0	29	96	0	105	33	14	19	33	1.91
29471849--29472295	150	3.0	149	92	1	729	36	19	11	32	1.87
29472053--29472109	29	2.0	29	89	0	87	35	12	21	31	1.90
29472197--29472255	29	2.0	29	90	0	91	32	18	20	28	1.96
29481935--29481974	12	3.1	13	89	7	55	32	0	0	67	0.91
29481935--29481974	14	3.0	14	92	7	66	32	0	0	67	0.91
29491926--29491966	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
29492367--29492433	31	2.2	31	88	0	98	44	11	10	32	1.75
29493064--29493108	20	2.3	20	88	3	65	42	0	4	53	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29502852--29502876	11	2.3	11	100	0	50	24	12	24	40	1.88
29503052--29503137	42	2.0	42	100	0	172	38	4	18	38	1.72
29503823--29503847	7	3.6	7	100	0	50	16	0	48	36	1.46
29504944--29505075	68	1.9	69	92	1	221	40	3	5	50	1.43
29510257--29510478	40	5.6	40	94	1	358	23	23	27	26	2.00
29514713--29514828	30	3.9	30	91	0	187	26	49	6	18	1.70
29514753--29514808	18	3.4	18	63	27	52	25	46	7	21	1.76
29515390--29515527	25	5.5	25	74	10	104	32	6	4	56	1.45
29515682--29515729	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
29515682--29515733	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
29519289--29519324	12	3.0	12	83	0	54	30	22	2	44	1.67
29526361--29526391	14	2.3	14	94	5	55	12	12	9	64	1.50
29526376--29526816	73	5.8	73	74	14	388	27	16	21	34	1.95
29526466--29526780	165	1.9	165	87	2	463	28	16	20	33	1.95
29526631--29526816	75	2.5	73	90	1	282	29	15	23	32	1.95
29526232--29527418	240	5.0	239	81	10	1312	27	16	21	34	1.95
29526631--29527311	73	8.7	75	70	17	386	27	16	22	33	1.95
29526837--29526866	14	2.1	14	100	0	60	13	20	6	60	1.55
29526714--29527411	165	4.4	159	81	7	763	27	16	22	34	1.95
29526871--29527416	159	3.5	155	82	8	613	28	15	21	34	1.94
29527575--29527855	77	3.7	75	90	3	404	25	18	20	35	1.95
29527575--29527895	77	4.2	77	87	4	386	24	19	19	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29527886--29527922	14	2.8	13	84	8	56	10	13	8	67	1.41
29527905--29527938	16	2.1	16	88	0	50	17	8	2	70	1.25
29528707--29528822	30	3.9	30	95	0	205	26	49	6	18	1.70
29528747--29528802	18	3.4	18	68	27	61	25	48	7	19	1.74
29529382--29529500	27	4.5	27	69	11	75	32	6	4	56	1.45
29529394--29529537	25	5.6	25	70	15	78	33	6	4	56	1.44
29529404--29529485	28	2.8	30	76	9	80	30	6	3	59	1.39
29529691--29529738	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
29529691--29529742	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
29534747--29534777	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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