genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62986903--62986966	31	2.1	31	87	0	92	40	14	21	23	1.90
62989526--62989604	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
62989723--62989882	47	3.4	47	98	0	311	30	30	7	31	1.85
62993344--62993579	40	5.9	40	79	4	210	24	27	22	25	2.00
62993344--62993579	120	2.0	120	80	11	270	24	27	22	25	2.00
62993883--62993961	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
62993943--62994046	43	2.4	43	98	0	199	25	35	15	23	1.94
62997143--62997245	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
62997227--62997300	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
62997615--62997877	40	6.6	40	84	1	289	24	23	27	23	2.00
63001083--63001869	47	16.4	47	89	4	1108	32	9	28	29	1.88
63001085--63001810	145	5.0	145	92	2	1174	32	8	28	30	1.87
63001988--63002066	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
63002935--63003013	37	2.1	37	86	4	106	25	29	18	26	1.98
63003132--63003385	47	5.4	47	97	0	463	29	31	8	30	1.87
63007217--63007285	27	2.6	27	88	0	102	24	23	14	37	1.92
63037723--63037850	39	3.3	39	91	0	211	30	20	26	22	1.98
63047186--63047307	27	4.5	26	79	11	88	21	19	22	36	1.95
63047214--63047307	27	3.5	26	79	5	89	20	18	24	37	1.94
63053965--63054031	21	3.2	21	80	0	71	22	35	25	16	1.94
63057299--63057483	40	4.6	40	79	6	212	23	27	23	25	2.00
63065451--63065635	40	4.6	40	81	3	219	23	27	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63069837--63069864	13	2.2	13	100	0	56	50	14	7	28	1.69
63082351--63082404	23	2.4	22	76	14	56	62	0	14	22	1.31
63082596--63082638	18	2.4	18	80	3	52	55	0	4	39	1.20
63082892--63082942	24	2.1	25	82	10	70	35	13	3	47	1.62
63094700--63094743	15	2.8	15	80	19	54	27	0	22	50	1.50
63094738--63094914	97	1.8	98	86	6	261	44	1	13	40	1.54
63096123--63096185	30	2.1	30	88	5	92	41	0	38	20	1.53
63096397--63096433	9	4.1	9	85	0	56	32	10	10	45	1.74
63107040--63107165	46	2.7	48	85	9	172	27	31	15	24	1.96
63107037--63107216	46	3.9	44	77	13	159	27	30	16	25	1.97
63109289--63109330	21	2.0	22	85	4	59	54	0	0	45	0.99
63111285--63111347	28	2.2	28	88	0	90	31	3	28	36	1.73
63116695--63116757	28	2.2	28	91	0	99	33	4	28	33	1.78
63117883--63117938	16	3.5	16	82	0	76	35	5	28	30	1.80
63117920--63118013	44	2.1	46	88	4	138	32	5	26	35	1.79
63122442--63122512	29	2.4	29	86	4	90	28	4	2	64	1.26
63123050--63123317	126	2.1	126	90	1	421	28	14	17	38	1.90
63132545--63132588	22	2.0	22	90	0	70	52	0	6	40	1.28
63133028--63133062	18	1.9	18	88	0	52	37	2	0	60	1.12
63133103--63133147	16	2.6	18	82	6	58	57	4	0	37	1.19
63133534--63133579	19	2.3	21	88	7	69	69	6	0	23	1.11
63133507--63133559	26	2.0	27	85	10	74	71	1	0	26	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63133524--63133601	23	3.7	21	72	17	63	69	5	0	25	1.09
63133507--63133602	43	2.2	45	83	5	115	68	4	0	27	1.07
63136073--63136190	47	2.5	46	81	6	130	22	28	16	32	1.96
63136547--63136607	30	2.0	30	90	0	95	24	27	16	31	1.96
63143274--63143583	49	6.6	48	77	9	264	26	17	29	26	1.98
63143266--63143583	96	3.4	93	79	10	267	26	17	28	26	1.98
63150735--63151055	47	6.8	48	77	13	283	25	19	30	23	1.98
63153968--63154010	23	1.9	22	85	4	59	37	4	2	55	1.33
63156580--63156673	46	2.1	45	91	2	152	37	15	12	34	1.86
63159026--63159117	48	1.9	48	93	0	157	31	16	22	29	1.96
63163300--63163366	26	2.8	25	72	18	70	64	16	0	19	1.30
63163300--63163376	26	3.4	22	70	20	68	64	15	0	19	1.28
63165241--63165337	49	2.0	49	83	0	122	43	7	18	30	1.77
63169778--63169831	26	2.2	24	80	12	56	50	3	1	44	1.30
63169816--63169972	45	3.3	45	66	23	122	42	5	2	49	1.38
63169797--63169986	99	2.0	94	91	9	307	43	4	3	48	1.39
63171842--63171881	19	2.1	19	90	0	62	37	25	0	37	1.56
63175099--63175168	35	2.0	36	88	2	106	30	11	22	35	1.90
63178331--63178613	30	9.4	30	75	6	173	24	24	13	38	1.90
63178228--63178553	90	3.6	91	83	2	379	22	25	13	38	1.91
63178302--63178430	61	2.1	61	90	2	208	19	24	15	41	1.90
63178299--63178587	90	3.2	90	79	7	246	23	25	13	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63178389--63178613	90	2.5	90	76	7	231	25	25	12	36	1.91
63188205--63188303	42	2.3	42	79	5	110	31	22	18	28	1.97
63188205--63188342	44	3.2	43	78	11	113	31	25	18	25	1.97
63197157--63197194	19	2.0	19	100	0	76	52	10	26	10	1.68
63204548--63204586	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
63205046--63205135	27	3.2	27	76	7	83	31	23	24	21	1.98
63205241--63205305	28	2.3	28	91	0	103	30	6	27	35	1.81
63212181--63212219	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
63212682--63212771	27	3.2	27	79	7	92	31	24	24	20	1.98
63212877--63212941	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
63215797--63215958	6	26.3	6	70	18	77	48	12	17	20	1.80
63215776--63215827	18	2.9	18	83	8	54	51	15	13	19	1.75
63215806--63215924	31	3.8	31	73	12	100	48	12	18	20	1.80
63215808--63215880	37	2.0	37	83	5	94	50	13	16	19	1.77
63215855--63215914	25	2.4	25	82	0	84	50	8	18	23	1.74
63215814--63215935	62	2.0	61	83	1	154	49	13	17	20	1.79
63215876--63215957	43	1.9	43	87	0	119	48	12	18	20	1.79
63216054--63216113	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
63216075--63216138	33	2.0	33	81	3	76	35	20	21	21	1.96
63216466--63216699	27	8.7	27	82	1	236	24	17	19	38	1.93
63216466--63216696	81	2.8	80	83	3	284	24	18	19	37	1.94
63216683--63216948	27	9.9	26	78	9	126	33	9	19	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63216683--63216948	81	3.3	80	80	5	216	33	9	19	37	1.83
63216738--63217022	27	10.6	27	79	3	252	32	8	19	39	1.82
63216817--63217022	107	1.9	108	87	1	306	33	7	18	39	1.79
63216793--63217038	80	3.1	79	80	5	255	34	7	18	39	1.79
63219781--63219895	62	1.9	61	82	8	146	49	3	6	40	1.44
63221522--63221608	43	2.0	43	100	0	174	39	16	13	31	1.87
63223395--63223509	60	1.9	60	98	0	221	34	25	13	26	1.92
63229183--63229336	28	5.5	28	95	0	247	32	27	12	26	1.93
63231027--63231053	14	1.9	14	100	0	54	44	0	25	29	1.54
63231648--63232099	27	17.0	27	79	3	387	26	15	18	39	1.90
63231648--63231876	80	2.9	80	79	3	212	28	15	17	38	1.91
63231649--63232073	106	4.0	107	81	5	432	27	15	18	39	1.90
63232423--63232497	18	4.1	18	70	6	62	18	14	18	48	1.82
63232570--63232636	33	2.0	34	85	8	93	28	22	20	28	1.99
63235216--63235277	24	2.6	24	81	0	70	46	20	24	8	1.77
63235692--63236116	27	16.0	27	76	9	320	27	14	17	40	1.89
63235692--63236118	81	5.3	81	79	6	360	27	14	17	40	1.89
63238478--63238837	180	2.0	180	92	0	603	32	17	13	36	1.89
63239194--63239244	23	2.2	23	82	6	59	35	17	25	21	1.95
63245836--63245928	25	3.8	25	74	7	82	35	13	25	24	1.93
63246061--63246180	64	1.9	64	83	0	159	37	22	16	23	1.94
63254843--63254891	20	2.4	21	80	10	57	22	10	6	61	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63266915--63267128	48	4.5	48	80	6	231	27	20	29	22	1.99
63266915--63267177	96	2.8	94	82	6	316	26	20	28	24	1.99
63274587--63274958	48	7.8	48	75	3	264	26	18	29	25	1.98
63274577--63274906	96	3.4	96	82	1	295	27	16	29	26	1.97
63274631--63274958	144	2.3	143	80	4	338	26	18	29	25	1.98
63274685--63274958	96	2.9	95	86	3	352	26	19	29	24	1.98
63287054--63287093	21	2.0	21	90	5	64	10	35	30	25	1.88
63288774--63288893	43	2.8	41	80	9	143	31	12	24	31	1.92
63295674--63295791	43	2.8	42	81	10	150	31	16	24	27	1.97
63298112--63298143	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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