genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76988830--76988885	19	2.9	20	82	12	64	37	23	16	23	1.93
76993608--76993702	33	3.3	27	70	24	77	26	24	18	30	1.98
76993609--76993745	60	2.3	59	82	11	154	25	23	19	31	1.98
76993738--76993793	19	2.9	20	82	12	64	37	23	16	23	1.93
76996401--76996442	21	2.0	21	95	0	75	33	26	14	26	1.94
76999022--76999101	23	3.5	22	81	6	81	38	21	21	18	1.93
76999020--76999160	45	3.1	45	76	12	126	38	18	21	21	1.94
76999013--76999182	24	7.1	24	79	9	129	37	18	22	21	1.95
77003316--77003556	40	6.0	40	77	6	222	24	26	24	24	2.00
77015863--77016059	43	4.6	43	92	2	333	29	31	24	13	1.94
77026928--77027027	29	3.5	29	86	1	121	28	29	16	27	1.97
77027252--77027295	8	5.5	8	80	0	52	13	20	20	45	1.85
77027252--77027302	24	2.1	24	85	7	68	13	19	19	47	1.83
77033146--77033237	21	4.4	21	94	0	148	21	30	27	20	1.98
77040606--77040646	21	2.0	21	85	0	55	46	4	24	24	1.72
77043133--77043301	89	1.9	89	93	0	293	38	13	18	28	1.89
77054299--77054514	46	4.7	46	84	7	242	26	20	29	23	1.99
77055596--77055700	39	2.7	39	87	0	147	25	26	20	26	1.99
77062889--77062986	39	2.5	39	88	0	142	24	27	21	26	1.99
77067748--77067933	40	4.7	40	86	5	234	24	21	26	26	1.99
77067801--77067966	80	2.1	79	84	5	210	26	19	26	27	1.99
77074353--77074556	40	5.1	40	88	4	272	21	23	29	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77086585--77086752	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
77086608--77086752	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
77090095--77090309	40	5.5	39	88	3	274	25	28	22	22	1.99
77097060--77097138	31	2.6	31	95	2	142	40	13	5	40	1.67
77097325--77097545	45	5.0	45	87	2	279	23	28	22	25	1.99
77100242--77100359	55	2.1	55	82	3	139	20	19	32	27	1.97
77101273--77101317	18	2.5	19	82	10	58	26	6	24	42	1.79
77101284--77101318	18	1.9	18	94	0	61	25	5	25	42	1.77
77102664--77102845	39	4.6	39	80	10	192	24	23	27	24	2.00
77102664--77102845	77	2.3	78	82	8	210	24	23	27	24	2.00
77102717--77102877	77	2.1	76	82	11	186	26	21	27	24	1.99
77109888--77110072	40	4.7	40	79	7	191	24	22	27	24	2.00
77109941--77110105	79	2.1	79	82	6	192	27	21	26	24	1.99
77111597--77111704	51	2.1	51	92	0	180	29	9	16	44	1.79
77111597--77111720	17	7.3	17	71	0	77	28	8	19	44	1.79
77126429--77126508	38	2.1	38	100	0	160	21	35	15	28	1.93
77126403--77126795	94	4.3	87	90	3	394	28	30	8	31	1.87
77126489--77126795	47	6.5	47	97	1	578	30	29	7	32	1.84
77129166--77129277	29	3.9	29	76	5	111	28	14	32	25	1.94
77130053--77130087	18	2.0	18	88	5	54	42	20	8	28	1.81
77132335--77132440	27	4.0	27	80	1	115	39	16	24	18	1.91
77133872--77133924	24	2.2	24	86	6	72	20	41	3	33	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77136402--77136494	29	3.2	29	83	4	118	26	13	33	25	1.94
77136402--77136508	29	3.7	29	79	13	105	27	14	33	25	1.94
77141270--77141401	44	3.1	41	79	12	133	34	26	17	21	1.96
77148856--77149012	44	3.7	43	70	14	121	33	24	17	24	1.96
77150105--77150142	14	2.9	13	85	11	51	18	7	10	63	1.50
77168877--77168939	27	2.3	26	84	7	81	41	22	6	30	1.78
77168921--77169603	27	25.3	27	86	5	826	29	20	8	42	1.80
77169608--77169803	27	7.3	27	85	0	212	37	18	18	26	1.93
77170002--77170084	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
77170172--77170230	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
77170380--77170463	27	3.2	26	83	5	80	15	21	23	39	1.92
77170395--77170463	27	2.6	26	86	4	93	17	24	20	37	1.93
77170551--77170609	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
77170015--77170843	379	2.2	379	97	0	1559	19	22	23	34	1.96
77170774--77170847	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
77170965--77171090	6	20.8	6	77	16	127	19	17	14	48	1.81
77170991--77171090	24	3.9	24	85	14	146	19	16	15	50	1.79
77170965--77171090	30	4.4	30	81	16	158	19	17	14	48	1.81
77172554--77172593	21	2.0	20	95	5	71	32	0	22	45	1.53
77172556--77172600	21	2.2	21	88	4	65	31	2	22	44	1.65
77177293--77177356	19	3.3	19	67	26	53	42	1	18	37	1.60
77177279--77177356	39	2.0	39	97	0	147	41	1	20	37	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77179431--77179545	46	2.5	45	81	9	126	30	17	28	23	1.97
77179387--77179599	93	2.3	93	79	8	234	30	17	28	23	1.97
77182011--77182075	31	2.1	32	82	8	80	58	18	7	15	1.60
77182137--77182191	27	2.0	27	96	0	101	36	7	16	40	1.76
77185172--77185297	27	4.7	26	83	4	146	47	17	14	20	1.82
77185172--77185297	53	2.3	52	84	6	146	47	17	14	20	1.82
77185302--77185386	27	3.2	26	79	3	80	31	11	15	41	1.83
77185819--77185901	34	2.4	35	89	2	132	25	21	25	27	1.99
77188487--77188520	16	2.1	17	88	5	52	17	23	2	55	1.55
77195526--77195552	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
77195966--77196063	27	3.5	28	88	2	126	27	13	28	30	1.94
77195994--77196076	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
77204238--77204332	27	3.6	26	84	8	111	24	13	30	31	1.94
77319619--77319695	25	3.3	25	64	17	74	33	3	28	33	1.76
77319606--77320007	47	8.6	47	92	5	658	31	8	29	30	1.87
77319801--77319882	25	3.4	25	66	16	73	35	3	26	34	1.74
77320131--77320206	35	2.1	35	85	7	100	23	18	32	25	1.97
77332413--77332561	70	2.1	71	82	7	185	30	14	16	37	1.89
77332574--77333642	74	13.9	74	81	9	1134	30	16	21	31	1.95
77332976--77333642	228	2.9	225	86	5	914	30	16	22	30	1.96
77333353--77333642	76	3.8	78	86	6	380	28	16	23	30	1.96
77335371--77335675	3	100.7	3	70	19	172	33	5	2	58	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77335707--77335735	13	2.3	13	94	5	51	34	0	0	65	0.93
77335855--77335924	3	22.7	3	88	5	104	34	0	1	64	1.03
77337249--77337286	20	1.9	19	89	5	58	23	28	5	42	1.76
77346616--77346758	40	3.6	41	82	9	170	24	20	27	27	1.99
77346983--77347342	47	7.6	47	91	2	567	33	8	29	29	1.86
77346983--77347342	96	3.8	96	92	2	593	33	8	29	29	1.86
77346983--77347342	143	2.5	141	90	2	567	33	8	29	29	1.86
77353860--77353989	62	2.1	61	80	5	145	20	27	23	28	1.99
77354109--77354137	5	5.8	5	100	0	58	20	0	0	79	0.74
77362948--77363173	49	4.6	49	82	4	274	29	26	18	26	1.98
77362948--77363173	101	2.3	98	84	3	274	29	26	18	26	1.98
77364493--77364537	8	5.6	8	79	10	56	84	0	2	13	0.72
77364493--77364535	21	2.0	21	86	9	59	83	0	2	13	0.74
77364493--77364538	15	2.9	15	90	6	65	84	0	2	13	0.71
77364493--77364538	9	5.2	9	82	7	51	84	0	2	13	0.71
77366442--77366497	29	2.0	28	82	3	67	53	3	1	41	1.29
77367115--77367145	15	2.0	16	93	6	55	22	0	0	77	0.77
77369817--77369881	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
77369987--77370076	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
77369997--77370087	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
77369987--77370101	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
77370540--77370578	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77372319--77372411	17	5.1	18	72	20	77	30	10	10	48	1.72
77373781--77373816	12	3.0	12	87	0	54	25	27	5	41	1.77
77373789--77373820	16	1.9	17	93	6	57	25	28	6	40	1.79
77382096--77382219	63	2.0	63	91	0	203	33	18	25	22	1.97
77382157--77382298	74	1.9	74	88	2	212	30	19	23	26	1.98
77382151--77382613	167	2.8	166	89	3	655	29	19	20	30	1.97
77382323--77382466	74	1.9	75	90	2	227	31	18	22	27	1.97
77382567--77382713	79	1.9	79	79	0	168	34	16	18	31	1.93
77382739--77382787	24	2.0	24	96	0	89	32	14	24	28	1.94
77382853--77382912	30	2.0	30	87	6	86	20	6	26	46	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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