genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   

This is table  228  of  343  ( 41150 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75068279--75068339	15	4.1	14	80	16	54	67	0	6	26	1.15
75068901--75068934	12	3.1	11	91	8	52	73	8	0	17	1.08
75073802--75073862	30	2.1	29	96	3	113	27	16	19	36	1.93
75074607--75074646	19	2.1	19	95	0	71	35	5	27	32	1.79
75092669--75092706	17	2.2	17	90	0	58	47	0	5	47	1.24
75096205--75096252	22	2.2	22	81	7	53	18	18	6	56	1.62
75096290--75096352	30	2.1	30	93	0	108	26	3	14	55	1.54
75096435--75096474	18	2.2	18	86	8	55	20	0	12	67	1.22
75096476--75096508	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
75103126--75103167	16	2.7	15	79	13	50	59	0	2	38	1.10
75109433--75109459	14	1.9	14	100	0	54	66	0	0	33	0.92
75112714--75112932	46	4.7	46	81	8	246	27	20	29	22	1.98
75112713--75112932	94	2.3	93	82	11	254	27	20	29	22	1.99
75122820--75122868	7	7.0	7	81	9	64	42	36	0	20	1.52
75125536--75125586	21	2.4	21	100	0	102	39	9	3	47	1.55
75129571--75129622	23	2.3	23	83	6	70	0	28	0	71	0.87
75129817--75129856	20	1.9	22	90	10	66	52	0	0	47	1.00
75129817--75129875	28	2.0	30	81	12	70	55	1	0	42	1.09
75135945--75136076	27	4.9	26	84	7	158	34	22	24	18	1.97
75135963--75136076	54	2.1	54	95	3	203	34	24	23	17	1.96
75137665--75137772	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
75143004--75143161	27	5.9	27	80	12	175	33	22	24	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75143022--75143161	53	2.6	53	92	3	228	33	24	24	17	1.96
75144752--75144857	26	4.2	26	90	2	162	37	21	7	33	1.82
75150107--75150265	27	5.9	26	81	7	158	36	20	22	20	1.95
75150129--75150265	54	2.5	54	90	2	213	37	21	22	18	1.94
75151878--75151985	26	4.2	26	92	0	180	36	25	7	31	1.83
75165186--75165225	17	2.3	18	86	4	55	80	0	20	0	0.72
75165937--75165997	3	20.3	3	100	0	122	0	32	0	67	0.91
75167791--75167841	10	5.0	10	82	2	57	21	5	1	70	1.18
75167791--75167840	20	2.5	20	86	0	64	22	6	2	70	1.20
75168568--75168649	39	2.2	39	86	8	116	23	15	4	56	1.59
75177798--75177851	28	1.9	28	88	7	83	42	16	1	38	1.59
75178041--75178080	22	1.9	22	90	10	66	42	15	27	15	1.86
75180610--75180635	7	3.7	7	100	0	52	76	0	0	23	0.78
75181607--75181647	18	2.3	18	86	0	55	29	12	9	48	1.72
75183398--75183446	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
75183410--75183474	25	2.9	23	80	15	66	66	7	0	26	1.19
75183436--75183474	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
75183666--75183713	17	2.8	17	70	0	51	64	0	0	35	0.94
75184064--75184186	45	2.8	44	84	9	153	24	17	8	49	1.75
75187648--75187695	26	1.9	25	91	8	80	54	12	4	29	1.56
75187643--75187697	26	2.3	24	85	14	78	56	10	3	29	1.51
75200393--75200445	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75212040--75212108	10	6.6	11	69	21	51	53	1	1	43	1.18
75212053--75212141	40	2.2	39	82	9	108	56	1	4	38	1.27
75212167--75212192	9	2.9	9	100	0	52	34	0	0	65	0.93
75212230--75212292	11	5.3	12	70	22	53	38	1	0	60	1.07
75212306--75212344	20	2.0	20	85	10	53	38	2	2	56	1.27
75212353--75212403	19	2.7	19	77	14	61	35	1	3	58	1.28
75212358--75212481	9	13.7	9	65	17	60	29	4	3	63	1.28
75212430--75212492	29	2.1	30	85	8	85	31	4	0	63	1.15
75212433--75212481	19	2.6	18	78	9	53	32	4	0	63	1.13
75215095--75215170	31	2.4	31	82	2	89	26	18	7	47	1.76
75228208--75228249	21	2.0	21	81	9	50	19	2	7	71	1.20
75229967--75230161	28	6.8	28	70	18	116	41	1	15	42	1.54
75230033--75230163	28	4.3	29	76	12	120	37	1	16	45	1.56
75230216--75230593	126	3.0	127	94	1	636	38	17	15	28	1.91
75231709--75231775	18	3.7	18	79	0	80	40	13	10	35	1.79
75231897--75232016	53	2.3	53	91	0	186	44	21	16	17	1.87
75231890--75232027	53	2.4	57	77	14	158	44	20	17	18	1.87
75236810--75236875	30	2.2	30	83	0	78	25	13	24	36	1.92
75238170--75238259	46	2.0	46	95	0	162	25	28	22	23	1.99
75246047--75246092	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
75246054--75246098	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
75251362--75251624	46	5.6	46	91	2	384	19	23	14	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75251362--75251639	138	2.0	141	89	4	429	20	23	14	42	1.88
75251410--75251638	46	5.0	46	93	0	386	20	23	13	41	1.89
75253664--75253695	16	2.0	16	93	0	55	0	28	0	71	0.86
75253726--75253766	17	2.4	18	88	8	59	7	17	0	75	1.02
75254754--75254839	30	2.9	30	87	0	109	13	13	38	33	1.85
75254790--75254846	30	1.9	30	100	0	114	14	14	38	33	1.85
75255485--75255654	85	2.0	85	91	0	277	41	9	7	41	1.66
75256398--75256481	25	3.3	24	71	19	80	66	2	2	28	1.16
75256393--75256467	18	4.2	19	65	22	54	65	2	1	30	1.15
75256391--75256480	28	3.3	28	77	13	116	66	2	2	28	1.15
75264304--75264354	17	2.9	17	82	2	57	37	0	1	60	1.08
75264438--75264496	25	2.3	26	79	2	66	67	0	1	30	1.00
75264462--75264502	15	2.8	15	75	17	50	65	0	0	34	0.93
75264454--75264529	31	2.5	32	75	18	81	67	0	1	31	0.99
75267117--75267162	23	2.0	23	100	0	92	34	13	8	43	1.74
75267121--75267172	23	2.2	23	89	6	77	36	15	7	40	1.76
75270232--75270386	42	3.6	42	69	6	132	26	25	19	28	1.99
75276637--75276678	11	3.8	11	90	6	59	26	21	0	52	1.47
75277278--75277318	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
75279069--75279106	18	2.1	18	90	0	58	21	26	10	42	1.85
75279509--75279884	128	2.9	128	91	2	594	35	4	4	55	1.42
75282956--75283231	126	2.2	125	88	1	392	27	17	15	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75284652--75284703	10	5.1	10	75	11	52	30	1	1	65	1.14
75286040--75286107	28	2.4	27	83	7	82	55	4	10	29	1.52
75293867--75293895	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
75299018--75299057	16	2.5	16	91	0	62	30	25	7	37	1.83
75299136--75299175	16	2.5	16	83	0	53	30	25	5	40	1.77
75298952--75299310	118	3.0	118	87	1	549	38	22	7	31	1.81
75299254--75299291	16	2.4	16	90	0	58	34	23	0	42	1.55
75303869--75303909	21	1.9	22	95	5	75	39	21	19	19	1.93
75312273--75312342	34	2.1	33	86	5	97	42	0	1	55	1.08
75316508--75316581	39	1.9	38	88	2	112	33	13	5	47	1.66
75317598--75317653	22	2.6	21	86	8	76	62	5	17	14	1.49
75323776--75323864	45	2.0	45	93	4	153	17	25	12	43	1.84
75327334--75327360	4	6.8	4	100	0	54	25	0	74	0	0.83
75329282--75329355	37	2.0	37	100	0	148	21	21	13	43	1.87
75332646--75332713	36	1.9	35	87	3	100	54	1	4	39	1.30
75335050--75335217	51	3.2	51	82	11	210	28	24	14	32	1.94
75335091--75335222	58	2.3	58	85	0	183	28	25	14	31	1.95
75337979--75338020	21	2.0	21	95	0	75	30	11	4	52	1.59
75338319--75338394	19	4.1	19	74	16	68	36	1	1	60	1.13
75338345--75338396	20	2.6	21	81	9	63	32	0	1	65	1.04
75342440--75342474	17	2.1	17	89	5	54	42	8	14	34	1.76
75342755--75342795	18	2.3	18	95	4	75	19	17	4	58	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75353200--75353355	27	5.8	27	78	11	151	34	23	23	18	1.96
75353218--75353355	54	2.6	54	88	2	197	34	24	23	17	1.96
75354979--75355086	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
75360352--75360484	27	5.0	27	88	6	191	34	23	24	17	1.96
75360348--75360484	54	2.5	54	94	2	240	35	22	24	17	1.95
75360588--75360663	26	2.8	27	84	4	91	31	11	21	35	1.89
75360590--75360663	28	2.8	26	83	4	85	32	9	21	36	1.86
75362080--75362187	26	4.2	26	92	2	155	37	22	6	34	1.80
75362624--75362664	21	2.0	21	95	0	73	34	7	21	36	1.82
75363158--75363237	6	12.0	6	72	21	54	73	0	21	5	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343