genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.276.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91608428--91608541	44	2.6	43	78	10	122	32	21	14	31	1.93
91617047--91617072	13	2.0	13	100	0	52	38	30	7	23	1.83
91638394--91638434	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
91639452--91639484	6	5.5	6	92	0	57	81	0	3	15	0.80
91639452--91639497	12	3.9	12	82	5	58	76	2	4	17	1.06
91639452--91639497	17	2.6	18	83	13	60	76	2	4	17	1.06
91639865--91639901	19	2.0	20	89	10	60	32	8	21	37	1.83
91642919--91642960	21	2.1	20	86	8	59	21	23	19	35	1.96
91647783--91647814	12	2.4	14	90	10	50	12	6	3	78	1.06
91648723--91648822	37	2.7	37	79	3	112	30	17	15	38	1.90
91655739--91655776	20	2.0	20	89	5	60	50	0	7	42	1.31
91661599--91661727	41	3.1	41	87	0	168	48	7	22	20	1.75
91663520--91663558	19	2.1	19	85	4	53	25	15	5	53	1.62
91664836--91664883	22	2.2	22	92	0	78	56	2	0	41	1.11
91665282--91665364	16	5.2	16	79	5	87	38	3	30	27	1.74
91665286--91665364	32	2.5	32	81	8	106	37	3	30	27	1.75
91670792--91670823	14	2.3	14	94	0	55	21	21	9	46	1.79
91679577--91679602	12	2.2	12	100	0	52	50	34	0	15	1.45
91688398--91688533	26	5.3	26	86	5	190	28	20	23	27	1.99
91693701--91693725	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
91695437--91695518	43	1.9	43	92	0	137	25	12	26	35	1.91
91695439--91695605	43	3.9	43	75	8	126	30	11	22	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91710097--91710175	38	2.1	38	100	0	158	43	2	24	30	1.67
91710583--91710627	21	2.2	21	92	4	74	37	4	17	40	1.70
91714219--91714370	55	2.8	54	79	7	164	28	15	28	27	1.96
91714274--91714343	28	2.6	27	86	2	86	28	20	28	22	1.98
91714220--91714375	27	5.7	27	77	6	136	27	15	28	28	1.96
91723952--91723995	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
91724222--91724441	40	5.5	40	89	1	327	28	26	22	22	1.99
91727663--91727836	48	3.6	48	79	1	179	28	22	27	22	1.99
91727660--91727836	96	1.8	96	85	2	248	27	22	27	22	1.99
91730349--91730431	23	3.6	22	80	9	78	33	18	25	22	1.96
91730601--91730647	17	2.6	19	80	16	55	44	14	2	38	1.58
91733753--91733910	43	3.7	42	79	7	151	34	25	17	22	1.96
91734548--91734599	22	2.4	22	96	0	95	40	30	7	21	1.81
91739683--91739858	46	3.8	46	78	15	200	19	20	30	29	1.97
91739680--91739849	93	1.8	93	94	0	304	20	20	30	28	1.98
91746765--91746938	46	3.8	46	77	13	185	20	20	29	29	1.97
91754310--91754361	26	2.0	26	96	0	95	11	36	7	44	1.70
91755614--91755713	47	2.1	47	81	0	119	29	18	16	37	1.92
91759164--91759202	17	2.2	18	86	4	53	35	5	0	58	1.20
91761185--91761328	43	3.4	43	81	5	159	26	15	29	28	1.96
91762373--91762420	20	2.3	22	78	10	64	33	4	12	50	1.59
91766779--91766807	13	2.1	14	93	6	51	37	20	0	41	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91781018--91781096	25	3.2	25	85	0	113	30	21	21	26	1.98
91781302--91781568	27	10.0	27	85	2	317	25	19	18	36	1.94
91781303--91781577	107	2.6	106	86	4	367	25	19	17	37	1.93
91781328--91781601	134	2.0	134	82	4	329	26	17	17	38	1.92
91781587--91781765	27	6.6	27	85	2	225	29	8	20	41	1.82
91781587--91781832	54	4.6	54	82	5	203	32	8	20	37	1.83
91781532--91781776	81	3.0	81	82	3	262	29	9	21	39	1.85
91781757--91782073	27	11.7	27	89	0	445	39	8	22	29	1.83
91784026--91784077	15	3.5	15	78	0	59	19	11	42	26	1.85
91787142--91787319	29	6.1	29	88	0	257	21	26	14	37	1.92
91789304--91789349	24	1.9	24	86	8	67	26	23	2	47	1.63
91792510--91792794	5	57.0	5	99	0	561	20	0	20	59	1.38
91795167--91795279	36	3.1	36	62	18	90	35	12	20	31	1.90
91795168--91795309	72	2.0	72	98	0	275	35	11	21	31	1.90
91809391--91809436	24	1.9	24	86	8	67	69	2	2	26	1.11
91813468--91813554	29	3.0	29	76	6	95	48	9	18	24	1.77
91818697--91818728	15	2.1	15	100	0	64	50	0	31	18	1.48
91820130--91820158	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
91821869--91821912	3	14.7	3	100	0	88	0	31	0	68	0.90
91823691--91823744	17	3.5	17	71	23	64	11	12	31	44	1.78
91823969--91824029	25	2.4	25	100	0	122	39	8	11	40	1.71
91826604--91826679	33	2.4	31	83	14	86	43	18	2	35	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91831675--91831716	21	2.0	21	100	0	84	33	9	14	42	1.78
91834535--91834570	18	1.9	19	88	5	56	44	2	5	47	1.41
91834560--91834598	20	2.0	19	90	5	60	30	5	0	64	1.15
91840330--91840431	3	33.0	3	71	21	61	32	1	0	64	1.11
91840350--91840433	14	6.1	14	75	15	77	33	1	1	64	1.09
91840350--91840431	18	4.8	17	73	20	73	32	1	1	64	1.09
91840324--91840421	48	2.1	47	81	16	114	33	3	1	62	1.18
91840321--91840436	18	6.7	18	68	22	70	31	2	0	64	1.13
91840357--91840443	34	2.5	35	80	10	90	34	1	1	63	1.10
91846199--91846653	87	5.2	85	65	16	277	35	21	18	25	1.95
91846206--91846711	175	2.9	175	94	0	877	34	21	18	25	1.96
91848602--91848715	3	38.0	3	68	25	64	32	1	0	64	1.09
91848622--91848711	12	7.9	12	79	15	95	33	1	1	64	1.08
91848604--91848711	24	4.1	24	75	17	90	32	1	0	64	1.10
91848594--91848726	24	5.5	23	70	19	76	33	2	0	63	1.12
91849014--91849077	26	2.4	26	97	2	119	21	3	10	64	1.40
91852013--91852047	18	1.9	18	100	0	70	22	31	0	45	1.53
91852553--91852604	26	2.0	26	100	0	104	23	11	15	50	1.76
91856395--91856442	21	2.3	21	100	0	96	39	20	14	25	1.91
91857634--91857660	11	2.5	11	100	0	54	92	0	0	7	0.38
91861644--91861707	32	2.0	32	81	9	76	54	14	3	28	1.55
91866311--91866351	5	8.6	5	89	10	68	19	0	0	80	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91866311--91866350	9	4.3	9	93	6	71	20	0	0	80	0.72
91866311--91866350	14	2.9	14	85	14	64	20	0	0	80	0.72
91870765--91870796	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
91870760--91870795	9	3.9	9	89	7	54	16	2	0	80	0.83
91873434--91873470	12	3.1	12	100	0	74	32	16	8	43	1.77
91875698--91875726	12	2.5	12	94	5	51	0	17	0	82	0.66
91879839--91879876	18	2.1	18	85	9	51	52	2	0	44	1.14
91880143--91880194	26	2.0	25	81	3	59	30	17	7	44	1.77
91889164--91889198	18	1.9	18	88	0	52	60	2	22	14	1.48
91889347--91889418	26	2.8	25	82	2	81	40	8	18	33	1.80
91890977--91891029	27	2.0	27	88	0	79	30	11	9	49	1.70
91891418--91891469	21	2.4	21	81	9	61	40	1	3	53	1.30
91900786--91900877	46	2.0	46	100	0	184	26	15	13	45	1.82
91902097--91902137	19	2.1	20	86	4	57	31	9	2	56	1.45
91902911--91902935	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
91906111--91906143	17	1.9	17	100	0	66	36	0	33	30	1.58
91911794--91911909	57	2.0	57	88	0	169	39	6	12	40	1.70
91914837--91914888	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
91915361--91915468	26	4.2	26	91	0	180	32	8	24	35	1.85
91917063--91917206	54	2.7	53	88	4	207	18	24	22	34	1.96
91917066--91917206	27	5.2	27	82	10	164	18	24	22	34	1.96
91922850--91922881	13	2.5	13	89	0	55	50	6	6	37	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91923698--91923734	19	1.9	19	100	0	74	27	0	2	70	1.01
91937013--91937094	41	2.0	41	95	0	146	52	6	6	35	1.51
91937014--91937121	41	2.6	40	86	7	119	52	7	5	34	1.53
91938578--91938628	25	2.0	25	96	0	93	37	13	11	37	1.82
91943875--91943906	15	2.1	16	88	11	50	50	15	0	34	1.45
91953339--91953395	26	2.2	26	84	6	71	42	26	19	12	1.86
91963386--91963419	13	2.6	13	85	0	50	32	14	14	38	1.87
91965585--91965633	22	2.2	22	82	7	55	16	22	6	55	1.63
91965670--91965732	30	2.1	30	93	0	108	26	1	12	58	1.43
91970911--91970959	25	1.9	26	95	4	91	32	14	10	42	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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