genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81086753--81086850	9	10.4	9	72	14	65	43	1	3	52	1.23
81086789--81086849	19	3.2	19	80	13	72	42	0	4	52	1.23
81086800--81086860	29	2.1	29	93	3	106	39	0	3	57	1.15
81087314--81087388	36	2.1	36	82	9	91	73	4	2	20	1.12
81087437--81087494	20	2.7	21	84	15	66	74	5	3	17	1.15
81087509--81087579	37	1.9	36	85	2	97	49	5	1	43	1.35
81087600--81087686	22	3.9	24	75	14	78	56	1	0	42	1.07
81087593--81087650	22	2.6	22	83	10	64	60	1	0	37	1.07
81087598--81087688	23	4.1	22	76	17	73	54	1	0	43	1.07
81087675--81087722	18	2.7	17	81	9	60	66	0	4	29	1.10
81087768--81087798	9	3.4	9	100	0	62	70	0	9	19	1.14
81092628--81092749	35	3.5	35	85	0	172	29	12	22	35	1.91
81096777--81096932	42	3.7	42	77	16	169	30	26	18	24	1.98
81104100--81104255	42	3.7	42	77	16	169	30	26	18	24	1.98
81111023--81111144	35	3.5	35	84	2	156	26	12	24	36	1.91
81121304--81121385	18	4.6	18	79	0	83	34	14	13	37	1.85
81121292--81121403	36	3.1	35	75	2	98	35	15	13	35	1.86
81122819--81122889	28	2.4	30	86	13	103	53	5	0	40	1.24
81123166--81123213	20	2.4	20	74	22	55	39	18	4	37	1.70
81124641--81124680	18	2.3	18	86	4	55	62	0	2	35	1.09
81126002--81126028	10	2.7	10	100	0	54	81	0	0	18	0.69
81126476--81126519	15	3.0	15	78	18	56	13	0	6	79	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81126480--81126519	14	2.7	15	80	3	55	12	0	7	80	0.91
81128365--81128426	11	6.2	10	71	25	51	1	17	1	79	0.90
81128365--81128427	24	2.5	24	78	14	74	1	19	1	77	0.93
81129567--81129607	12	3.6	12	74	12	50	29	4	19	46	1.71
81129567--81129652	22	3.8	23	84	4	104	32	5	17	44	1.73
81133291--81133324	10	3.3	10	91	4	50	0	23	0	76	0.79
81133383--81133430	13	3.5	13	77	11	51	37	0	2	60	1.09
81135203--81135230	13	2.2	13	100	0	56	21	32	14	32	1.93
81136672--81136699	13	2.2	13	100	0	56	21	32	14	32	1.93
81139014--81139079	5	12.8	5	75	15	55	1	18	4	75	1.04
81140208--81140293	23	3.8	23	72	13	79	32	6	19	40	1.79
81151045--81151104	31	1.9	32	83	10	79	48	1	1	48	1.21
81151338--81151396	26	2.2	27	85	8	77	57	0	3	38	1.15
81151344--81151395	18	2.9	17	80	8	50	55	0	3	40	1.18
81157616--81157652	4	9.2	4	93	0	65	24	0	27	48	1.51
81157784--81157840	28	2.0	28	83	6	71	21	15	7	56	1.63
81157793--81157840	14	3.5	14	82	2	53	14	18	6	60	1.55
81166149--81166464	157	2.0	157	100	0	632	39	13	6	39	1.72
81174885--81175016	61	2.2	60	83	2	165	37	16	6	39	1.74
81176453--81176725	91	3.0	92	87	1	395	20	23	14	42	1.88
81176453--81176715	137	1.9	137	88	1	393	20	22	14	42	1.89
81176653--81176724	21	3.2	21	66	27	58	25	23	11	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81176453--81176725	46	6.0	46	89	1	361	20	23	14	42	1.88
81178779--81178826	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
81181547--81181764	48	4.6	48	85	5	252	26	31	16	25	1.97
81181691--81181903	46	4.6	47	77	10	192	23	27	19	29	1.98
81181737--81181906	93	1.8	92	86	8	247	22	27	20	30	1.98
81190946--81190989	22	2.0	22	81	0	52	29	20	11	38	1.87
81192927--81193008	42	2.0	42	90	0	128	34	6	9	50	1.60
81195097--81195135	18	2.2	18	86	9	53	30	2	7	58	1.39
81196061--81196150	40	2.2	41	84	2	128	20	30	27	22	1.98
81196090--81196146	20	2.8	20	67	2	51	21	31	26	21	1.98
81198090--81198192	51	2.0	51	94	0	179	55	10	6	27	1.59
81198379--81198410	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
81200650--81200681	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
81200651--81200681	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
81206900--81206959	24	2.5	24	86	8	77	35	3	15	46	1.62
81208152--81208184	15	2.2	15	89	10	50	42	9	3	45	1.51
81210421--81210457	13	2.8	13	88	12	58	70	0	5	24	1.08
81218275--81218340	28	2.4	27	80	9	80	56	1	9	33	1.40
81218284--81218341	28	2.1	28	87	6	82	58	0	10	31	1.31
81218414--81218468	28	2.2	26	81	15	62	54	5	5	34	1.46
81219214--81219240	13	2.1	13	100	0	54	70	7	14	7	1.32
81222289--81222432	26	5.5	26	91	0	234	32	6	25	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81222289--81222432	52	2.8	52	97	0	270	32	6	25	35	1.82
81222892--81223035	26	5.5	26	92	0	243	33	6	24	35	1.82
81222892--81223035	52	2.8	52	98	0	279	33	6	24	35	1.82
81221827--81224230	603	3.9	603	97	1	4430	32	12	24	30	1.92
81223495--81223638	52	2.8	52	96	0	261	33	6	23	36	1.80
81223495--81223638	26	5.5	26	89	1	218	33	6	23	36	1.80
81224123--81224230	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
81225829--81225969	27	5.2	27	80	11	164	19	23	22	34	1.96
81225827--81225969	54	2.6	54	92	2	225	18	23	22	34	1.96
81225829--81225986	81	2.0	80	81	8	187	20	24	20	34	1.96
81244708--81244767	25	2.4	25	77	0	66	26	20	21	31	1.98
81248959--81249064	44	2.4	44	87	0	140	23	20	24	31	1.98
81249123--81249344	44	4.8	44	68	18	137	26	22	21	29	1.99
81249226--81249389	45	3.7	45	78	8	165	25	24	22	28	2.00
81249219--81249390	89	1.9	89	83	6	224	25	23	22	28	1.99
81250337--81250376	12	3.2	13	86	10	57	0	15	2	82	0.77
81250355--81250437	1	83.0	1	70	0	58	0	7	7	85	0.74
81250342--81250437	18	5.6	17	81	10	83	0	9	6	84	0.78
81250355--81250440	11	7.2	11	74	17	73	0	6	8	84	0.76
81250342--81250400	25	2.4	24	88	5	91	0	11	3	84	0.73
81250342--81250437	43	2.2	43	85	10	135	0	9	6	84	0.78
81250343--81250440	37	2.7	37	83	9	114	0	9	7	83	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81250342--81250440	24	4.1	23	80	12	101	0	9	7	83	0.80
81258292--81258339	25	1.9	25	91	0	78	33	27	18	20	1.96
81262208--81262240	11	3.1	11	86	8	50	63	0	27	9	1.24
81263894--81264115	46	4.8	46	88	1	311	41	14	24	18	1.89
81263904--81264115	92	2.3	92	93	0	352	41	15	24	18	1.89
81264938--81265070	46	2.9	47	87	3	180	21	23	25	30	1.99
81267833--81267879	24	1.9	24	83	12	60	36	0	6	57	1.24
81270542--81270576	3	11.7	3	87	0	52	28	2	2	65	1.21
81271791--81271824	15	2.4	14	90	5	50	52	8	8	29	1.62
81275255--81275281	13	2.1	13	100	0	54	22	44	0	33	1.53
81281750--81281838	44	2.0	44	86	4	126	30	30	19	20	1.97
81281808--81281929	45	2.7	45	77	7	113	36	27	13	22	1.92
81283701--81283744	18	2.5	17	81	3	52	15	40	25	18	1.90
81284934--81284983	23	2.2	23	82	7	57	40	14	0	46	1.44
81288714--81289098	131	2.9	130	82	2	432	29	19	16	34	1.94
81288751--81289098	132	2.6	131	82	2	403	28	20	16	35	1.94
81300525--81300646	64	1.9	65	81	5	149	29	18	16	36	1.92
81300717--81301206	44	11.1	44	85	4	616	29	14	29	26	1.95
81300718--81301206	88	5.6	88	90	0	744	29	14	29	26	1.95
81300716--81301206	132	3.7	132	88	2	709	29	14	29	26	1.95
81303989--81304373	131	2.9	129	82	3	430	29	18	17	34	1.94
81314408--81314437	15	2.0	15	93	0	51	66	3	6	23	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81314407--81314446	18	2.2	18	86	8	55	70	2	7	20	1.24
81316943--81316971	14	2.1	14	100	0	58	34	6	6	51	1.55
81317742--81317899	35	4.5	35	82	7	151	31	20	20	27	1.97
81317843--81317899	17	3.1	19	71	23	59	35	24	14	26	1.93
81319495--81319535	21	2.0	21	85	0	55	29	21	29	19	1.98
81321798--81321884	25	3.4	27	80	10	76	29	20	29	19	1.97
81321810--81321891	25	3.2	26	83	10	98	32	19	26	20	1.97
81339678--81339721	21	2.1	21	91	0	70	22	18	50	9	1.75
81342193--81342235	21	2.1	20	82	4	50	44	2	37	16	1.60
81344200--81344322	43	2.9	43	85	8	171	27	17	26	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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