genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.165.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54770366--54770461	47	2.1	47	96	2	176	28	20	20	30	1.98
54770365--54770482	23	5.0	24	91	5	179	27	21	22	28	1.99
54770674--54770737	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
54778282--54778349	20	3.4	20	91	0	100	36	10	20	32	1.86
54778399--54778493	24	4.0	24	84	6	122	27	21	23	28	1.99
54778399--54778493	47	2.0	49	85	8	133	27	21	23	28	1.99
54778686--54778749	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
54783759--54783979	40	5.6	40	80	2	223	25	22	26	25	2.00
54791288--54791510	53	4.2	53	74	5	171	39	18	22	19	1.93
54795067--54795113	24	2.0	24	83	8	60	42	0	29	27	1.56
54799342--54799371	15	2.0	15	100	0	60	26	0	20	53	1.46
54801612--54801792	85	2.1	85	93	0	308	27	23	12	35	1.91
54810285--54810787	47	10.6	47	90	4	724	29	29	8	32	1.87
54810285--54810787	96	5.3	96	89	5	731	29	29	8	32	1.87
54810285--54810787	143	3.5	142	89	4	746	29	29	8	32	1.87
54813229--54813286	30	1.9	30	82	6	73	18	27	31	22	1.97
54818239--54818336	6	18.2	5	70	17	56	73	1	6	19	1.10
54818267--54818324	6	9.3	6	77	7	62	79	1	5	13	0.98
54818279--54818328	26	2.0	25	88	4	73	80	0	6	14	0.90
54818266--54818334	21	3.5	20	86	7	88	78	1	5	14	1.01
54822890--54822963	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
54831249--54831322	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54838554--54838650	6	18.2	5	74	17	56	76	1	6	16	1.04
54838559--54838648	18	4.5	19	76	13	67	76	1	6	15	1.04
54838577--54838648	29	2.4	29	84	15	87	79	1	5	13	0.98
54838554--54838650	17	5.7	16	74	16	70	76	1	6	16	1.04
54842486--54842564	37	2.1	37	83	4	97	27	29	17	25	1.98
54842683--54843363	47	14.4	47	93	1	1128	29	29	8	32	1.87
54842683--54843363	190	3.6	188	95	0	1173	29	29	8	32	1.87
54851149--54851197	19	2.7	19	81	6	57	51	2	6	40	1.38
54858492--54858696	27	7.6	27	83	3	223	26	15	29	29	1.96
54858493--54858696	54	3.8	54	84	3	257	25	15	29	29	1.96
54866648--54866852	27	7.6	27	83	3	223	26	15	29	29	1.96
54866649--54866852	54	3.8	54	84	3	257	25	15	29	29	1.96
54873191--54873397	113	1.9	110	86	6	301	22	25	26	25	2.00
54874460--54874595	68	2.0	68	92	0	227	41	16	10	30	1.82
54877971--54878008	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
54878782--54878841	30	2.0	30	83	0	75	33	25	3	38	1.72
54885680--54885754	34	2.2	34	97	0	141	34	22	2	40	1.68
54885907--54886086	35	5.1	35	82	0	207	41	19	10	28	1.84
54894357--54894702	47	7.4	47	94	1	570	32	8	29	28	1.88
54894507--54894638	46	3.0	40	96	3	131	32	9	29	28	1.88
54894357--54894702	186	1.9	187	91	0	577	32	8	29	28	1.88
54894820--54894898	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54900618--54900656	12	3.2	12	88	0	51	10	25	38	25	1.87
54916032--54916182	42	3.6	41	81	8	171	28	15	27	29	1.96
54917318--54917371	20	2.7	20	91	0	90	22	38	27	11	1.88
54918830--54918916	25	3.6	23	76	14	68	37	21	22	17	1.93
54918873--54918921	25	2.0	25	88	8	73	40	22	24	12	1.88
54919373--54919714	154	2.2	155	79	6	338	30	20	21	27	1.98
54919596--54919704	40	2.7	39	79	10	112	27	23	21	27	1.99
54920525--54920577	21	2.5	21	81	3	61	54	24	0	20	1.44
54923439--54923677	27	8.9	27	86	1	282	29	19	8	42	1.80
54923439--54923677	54	4.4	54	87	1	318	29	19	8	42	1.80
54923439--54923676	81	2.9	81	86	1	325	29	19	8	42	1.80
54923696--54923792	27	3.6	28	81	5	101	42	23	9	24	1.83
54923812--54924027	27	8.0	27	84	2	272	34	18	21	25	1.96
54923804--54924028	81	2.8	81	83	4	301	35	18	20	25	1.95
54924231--54924325	25	3.8	25	86	5	138	28	24	22	25	1.99
54924231--54924350	50	2.4	50	83	5	154	29	23	22	25	1.99
54924231--54924338	25	4.4	24	84	9	128	30	22	22	25	1.99
54924546--54924628	31	2.7	30	87	7	123	28	16	26	27	1.97
54927985--54928199	40	5.4	40	87	5	269	25	26	22	24	2.00
54930095--54930305	27	7.8	27	89	3	264	30	20	8	40	1.82
54930095--54930307	81	2.6	81	87	1	311	30	20	8	40	1.82
54930326--54930449	27	4.7	26	78	8	106	39	21	10	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54930389--54930449	26	2.3	27	85	2	88	37	18	11	32	1.86
54930437--54930638	27	7.5	27	85	2	280	36	18	19	25	1.95
54930860--54930954	25	3.8	25	88	5	147	28	25	22	24	1.99
54930860--54930967	25	4.4	24	84	9	119	30	23	22	24	1.99
54930858--54930979	50	2.5	51	80	8	153	28	24	22	24	1.99
54931175--54931257	31	2.7	29	87	7	121	31	15	24	28	1.96
54933101--54933147	24	2.0	24	91	0	76	29	21	6	42	1.77
54933366--54933496	14	10.0	13	67	22	53	45	0	3	50	1.22
54933369--54933448	25	3.2	25	74	13	92	43	1	5	50	1.32
54933362--54933419	19	3.0	19	73	16	57	43	0	3	53	1.17
54933366--54933465	50	2.0	50	96	0	182	45	1	4	50	1.27
54933416--54933486	20	3.6	20	73	5	56	45	1	2	50	1.25
54933433--54933498	29	2.3	29	86	0	87	46	1	0	51	1.10
54933767--54933797	9	3.4	9	95	0	53	45	29	0	25	1.54
54933766--54933815	18	2.8	18	81	0	64	44	24	6	26	1.76
54938865--54938893	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
54939590--54939675	31	2.7	31	85	3	91	13	6	20	58	1.59
54939610--54939675	31	2.1	31	91	0	105	15	9	22	53	1.70
54939745--54939951	43	4.7	43	78	8	171	28	28	14	27	1.96
54939748--54939845	50	1.9	51	85	2	135	26	29	14	29	1.95
54942436--54942465	15	2.0	15	93	0	51	6	23	20	50	1.71
54943495--54943531	19	1.9	19	94	0	65	32	18	18	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54945544--54945578	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
54945437--54945720	120	2.4	120	90	2	446	44	1	4	48	1.34
54945664--54945698	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
54945664--54945718	15	3.4	16	80	16	53	47	0	1	50	1.11
54945934--54946001	16	4.2	16	96	0	127	38	35	0	26	1.57
54947329--54947353	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
54955478--54955544	12	5.6	12	85	5	91	62	4	11	20	1.46
54956605--54956658	12	4.6	12	81	4	56	64	1	22	11	1.35
54956596--54956658	12	5.5	12	77	7	51	66	3	20	9	1.34
54956595--54956660	35	2.0	32	85	11	89	63	3	21	12	1.41
54963398--54963426	9	3.0	10	90	10	51	58	0	20	20	1.39
54967018--54967189	46	3.7	45	77	9	177	21	29	21	27	1.99
54967301--54967360	27	2.3	26	91	2	93	38	13	5	43	1.66
54969746--54969783	19	2.0	19	100	0	76	42	26	5	26	1.76
54974824--54974992	46	3.7	45	76	16	134	23	28	21	26	1.99
54975535--54975618	19	4.5	19	88	5	127	35	9	16	38	1.81
54975524--54975618	36	2.6	36	75	21	106	35	9	15	38	1.80
54975542--54975593	17	3.0	16	91	5	68	40	7	13	38	1.73
54985826--54986288	47	9.7	47	93	3	759	32	8	29	29	1.87
54985847--54986288	96	4.6	96	96	1	791	32	8	29	29	1.87
54986407--54986485	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
54987696--54987927	40	5.8	40	89	0	356	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54988199--54988554	44	8.0	45	73	10	261	31	16	23	28	1.96
54988137--54988556	132	3.2	132	89	0	624	32	17	23	27	1.96
54988503--54988910	175	2.3	175	92	0	672	33	19	19	27	1.96
54989234--54989261	8	3.5	8	100	0	56	89	0	0	10	0.49
54989384--54989440	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
54989384--54989451	19	3.7	19	92	7	122	36	11	14	36	1.83
54992077--54992119	22	2.0	22	85	0	59	6	23	2	67	1.27
54993359--54993470	27	4.1	27	83	7	129	15	23	23	38	1.92
54993359--54993470	54	2.1	54	86	3	154	15	23	23	38	1.92
54994877--54994909	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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