genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68183681--68183710	13	2.3	13	94	0	51	16	6	6	70	1.31
68183521--68183750	89	2.6	87	80	6	268	31	14	16	36	1.89
68183705--68183812	54	2.0	55	96	1	200	29	15	17	37	1.91
68183773--68183849	38	2.0	38	97	0	145	27	15	22	35	1.94
68183719--68183892	92	1.9	92	98	0	339	28	15	20	35	1.93
68184478--68184525	25	1.9	25	95	0	87	29	31	10	29	1.90
68184926--68185053	32	4.2	28	78	15	107	55	18	7	18	1.65
68184926--68185053	15	8.5	15	76	14	113	55	18	7	18	1.65
68185478--68185550	36	2.1	34	82	10	85	16	0	34	49	1.46
68187642--68187895	131	1.9	131	94	1	447	25	16	20	37	1.93
68188525--68188605	39	2.1	39	100	0	162	29	0	19	50	1.48
68191558--68191659	39	2.6	39	90	3	159	30	27	21	20	1.98
68193387--68193427	19	2.2	19	90	0	64	39	9	0	51	1.35
68206730--68206774	23	2.0	23	100	0	90	44	24	26	4	1.72
68207914--68208719	180	4.5	179	85	2	996	30	16	23	29	1.96
68207914--68208737	359	2.3	359	83	3	1050	30	16	23	29	1.97
68213560--68213611	20	2.7	19	85	5	77	48	0	3	48	1.20
68215849--68215890	15	2.7	15	77	22	50	64	0	9	26	1.24
68218405--68218690	137	2.1	136	94	0	500	31	23	18	25	1.98
68218938--68218990	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
68220478--68220561	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
68223161--68223677	131	4.0	131	79	4	528	27	18	18	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68225396--68225479	42	2.0	41	90	2	114	41	7	10	40	1.67
68225746--68225782	19	1.9	20	94	5	67	32	5	0	62	1.18
68227262--68227327	31	2.1	31	91	0	105	40	12	13	33	1.82
68228202--68228231	15	2.0	15	93	0	51	60	0	3	36	1.14
68228630--68228704	37	2.0	37	92	0	123	62	9	5	22	1.45
68230373--68230418	23	2.0	24	86	4	67	58	6	4	30	1.43
68230611--68230708	48	2.0	48	96	0	178	58	5	11	25	1.53
68231175--68231307	41	3.3	40	78	5	124	34	23	21	20	1.97
68231280--68231424	41	3.6	41	85	1	202	26	19	25	28	1.99
68231617--68231666	14	3.5	14	75	2	55	18	0	46	36	1.49
68237477--68237578	23	4.4	23	91	0	168	34	3	20	41	1.71
68238080--68238179	42	2.3	43	87	1	148	21	16	29	34	1.94
68239523--68240109	234	2.5	234	83	2	699	28	20	19	31	1.97
68239940--68240342	44	8.8	43	73	11	214	29	20	18	32	1.96
68240074--68240348	94	2.9	93	84	3	320	29	19	18	33	1.95
68259715--68259912	110	1.8	106	92	4	333	26	23	17	33	1.96
68260600--68260668	31	2.3	29	80	11	77	39	15	15	28	1.89
68261015--68261041	13	2.1	13	100	0	54	22	0	7	70	1.12
68261914--68261965	18	3.0	18	74	25	58	36	0	0	63	0.95
68265541--68265704	81	2.0	81	95	2	294	34	8	23	32	1.85
68265798--68265829	3	10.7	3	93	0	55	34	0	0	65	0.93
68266667--68266701	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68266946--68267021	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
68266975--68267053	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
68266996--68267051	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
68266982--68267053	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
68267168--68267208	21	2.0	20	85	4	55	12	2	14	70	1.26
68267401--68267599	44	4.5	45	85	1	249	23	28	15	33	1.95
68267401--68267583	89	2.1	89	86	2	251	24	28	15	32	1.95
68275749--68275783	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
68276037--68276112	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
68276066--68276144	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
68276087--68276142	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
68276073--68276144	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
68280448--68280814	48	7.8	48	72	10	226	27	19	29	23	1.98
68280448--68280656	46	4.5	46	80	8	196	29	19	28	22	1.98
68288120--68288397	47	5.8	47	73	14	198	27	18	28	25	1.98
68291560--68291725	43	3.9	43	81	6	169	31	25	15	27	1.95
68291560--68291714	85	1.8	84	80	6	188	30	26	15	27	1.96
68301944--68301972	13	2.2	13	100	0	58	27	27	13	31	1.94
68303476--68303869	130	3.0	133	80	6	392	35	20	18	25	1.95
68305602--68305714	55	2.1	54	80	11	124	31	1	3	62	1.22
68305853--68305900	18	2.6	19	83	12	64	25	0	6	68	1.12
68306458--68306498	21	2.0	21	85	9	57	21	9	9	58	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68317887--68318338	119	3.8	119	92	1	703	34	15	18	31	1.93
68318280--68318630	83	4.2	83	90	0	522	33	18	20	28	1.96
68320082--68320231	3	50.7	3	67	26	56	34	2	2	62	1.18
68320169--68320231	17	3.6	18	81	12	60	34	3	0	61	1.12
68320266--68320340	22	3.2	22	71	20	62	30	6	2	60	1.37
68320244--68320340	48	2.1	46	80	7	106	30	7	3	58	1.40
68320370--68320418	19	2.5	20	81	15	59	24	0	6	69	1.11
68320966--68321005	21	1.9	21	85	10	55	22	12	10	55	1.67
68328901--68328943	21	2.1	20	86	4	59	48	4	11	34	1.60
68328964--68329051	26	3.4	25	74	13	79	61	4	1	32	1.24
68329091--68329122	12	2.7	12	95	0	55	62	0	0	37	0.95
68329262--68329304	21	2.0	22	86	13	63	62	2	0	34	1.08
68329773--68329822	20	2.5	20	78	12	57	38	2	60	0	1.09
68334373--68334466	47	2.0	47	100	0	188	40	17	12	29	1.86
68337207--68337236	11	2.8	11	95	5	53	70	0	13	16	1.18
68337229--68337268	13	3.2	13	85	3	55	75	0	2	22	0.93
68343400--68343429	11	2.8	11	95	5	53	70	0	13	16	1.18
68343422--68343461	13	3.2	13	85	3	55	75	0	2	22	0.93
68351329--68351366	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
68351591--68351763	46	3.7	46	73	10	163	30	25	20	23	1.99
68361362--68361474	42	2.7	42	84	5	156	30	26	15	27	1.96
68375719--68375809	19	4.9	19	88	8	143	36	15	10	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68375719--68375809	35	2.5	37	89	8	141	36	15	10	37	1.83
68375733--68375788	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
68376478--68378225	207	8.5	207	92	0	2842	30	22	17	29	1.97
68378076--68378313	88	2.7	88	88	3	329	30	20	18	31	1.96
68377869--68378520	295	2.2	295	90	1	1022	30	21	17	30	1.96
68378163--68378724	207	2.7	206	90	2	858	28	22	17	31	1.97
68377635--68378724	502	2.2	502	90	1	1688	29	22	17	30	1.97
68378729--68378928	79	2.4	81	85	8	253	26	22	23	28	1.99
68379857--68379929	1	73.0	1	75	0	65	1	10	0	87	0.60
68379857--68379929	29	2.6	28	87	8	103	1	10	0	87	0.60
68379857--68379927	22	3.2	21	92	6	106	1	11	0	87	0.61
68379857--68379919	7	8.7	7	83	13	83	1	11	0	87	0.62
68385671--68385721	18	2.8	18	90	3	75	35	13	13	37	1.85
68389196--68389294	49	2.0	49	90	0	153	24	25	20	30	1.99
68389303--68389391	35	2.5	35	96	1	160	37	15	11	35	1.84
68389305--68389399	17	5.3	19	87	9	146	36	15	10	36	1.82
68393246--68393385	43	3.2	43	85	3	192	27	20	30	22	1.98
68396556--68396669	39	2.9	39	90	0	165	27	28	20	23	1.99
68403949--68404105	43	3.6	43	83	2	199	27	22	29	21	1.99
68406260--68406592	44	7.6	44	69	14	188	35	19	22	21	1.96
68406250--68406594	87	4.0	87	88	0	494	36	19	22	21	1.95
68408138--68408187	25	2.0	25	88	0	73	40	6	0	54	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68408363--68408445	36	2.3	36	77	6	87	28	8	3	59	1.44
68408703--68408732	15	2.1	15	93	6	53	13	6	10	70	1.34
68410328--68410357	4	7.2	4	92	7	51	23	0	0	76	0.78
68420112--68420190	34	2.3	34	97	0	149	31	35	11	21	1.89
68426155--68426226	34	2.1	34	81	0	81	41	4	8	45	1.53
68426674--68426714	20	2.0	20	100	0	82	39	4	9	46	1.58
68428556--68428590	12	2.9	12	95	0	61	14	17	17	51	1.77
68428556--68428590	18	1.9	18	94	0	61	14	17	17	51	1.77
68429420--68429718	146	2.0	146	93	0	508	37	8	17	36	1.81
68432865--68432950	9	9.7	9	71	16	54	27	2	1	68	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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