genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13160312--13160363	3	17.3	3	100	0	104	0	0	32	67	0.91
13160362--13160387	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
13160800--13160833	12	2.8	12	83	16	52	41	0	5	52	1.25
13161786--13161826	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
13171507--13171533	2	13.5	2	100	0	54	48	51	0	0	1.00
13174031--13174099	13	5.9	13	72	26	57	36	52	0	11	1.38
13174044--13174099	22	2.5	22	91	0	85	35	53	0	10	1.36
13174479--13174565	33	2.4	39	81	12	105	33	12	0	54	1.39
13174511--13174595	23	3.6	23	69	9	64	30	8	2	58	1.40
13187002--13187876	206	4.2	206	95	0	1545	30	19	22	27	1.98
13187963--13188059	45	2.2	45	85	7	142	31	15	28	23	1.95
13188364--13188434	13	5.8	13	77	12	78	39	50	0	9	1.36
13188358--13188439	35	2.3	35	89	4	121	37	51	0	10	1.37
13188837--13188918	33	2.3	38	83	12	102	34	12	0	53	1.38
13193239--13193291	20	2.5	21	81	12	63	33	0	1	64	1.05
13198732--13198882	20	7.2	20	79	14	137	54	1	0	43	1.11
13198791--13198839	25	2.0	25	88	4	73	51	2	0	46	1.12
13198833--13198878	11	4.2	11	89	8	67	58	4	0	36	1.18
13202458--13202947	46	10.7	46	89	1	617	21	22	14	41	1.89
13208263--13208287	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
13212400--13212464	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
13213903--13213955	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13221677--13221701	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
13223270--13223623	41	8.6	40	86	9	457	27	18	23	30	1.98
13223270--13223623	82	4.3	83	91	3	517	27	18	23	30	1.98
13223270--13223579	123	2.5	123	95	2	543	26	18	23	31	1.97
13223270--13223621	123	2.9	122	91	4	541	27	18	23	30	1.98
13231079--13231273	98	2.0	98	98	0	381	28	11	16	42	1.84
13231087--13231242	53	3.1	52	61	20	123	28	10	18	41	1.84
13238710--13238741	15	2.1	15	94	0	55	50	0	0	50	1.00
13240691--13240778	44	2.0	44	90	0	140	22	18	28	30	1.97
13243964--13244032	29	2.5	27	74	6	66	55	0	1	43	1.08
13244293--13244437	71	2.0	71	93	2	247	32	4	2	60	1.29
13244774--13244845	16	4.4	16	68	10	56	45	2	2	48	1.31
13246473--13246592	63	1.9	63	81	3	145	23	17	28	30	1.97
13255448--13255489	21	2.0	21	100	0	84	42	28	9	19	1.82
13259435--13259553	61	1.9	62	94	1	213	27	24	22	25	2.00
13260391--13260484	46	2.0	46	95	0	170	31	21	9	37	1.86
13260570--13260727	43	3.7	43	82	4	149	32	22	15	29	1.95
13265897--13265922	13	2.0	13	100	0	52	23	15	30	30	1.95
13271685--13271905	41	5.4	40	78	7	178	37	19	16	26	1.93
13271715--13271916	83	2.5	82	75	4	208	38	19	16	25	1.93
13282602--13282720	43	2.8	42	83	2	148	31	12	24	31	1.92
13284226--13284273	25	1.9	25	100	0	96	22	12	6	58	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13287918--13287971	28	1.9	27	88	11	74	37	0	1	61	1.07
13288099--13288141	22	2.0	22	86	4	61	34	2	9	53	1.46
13288186--13288235	22	2.2	23	86	10	68	28	2	6	64	1.28
13288186--13288235	12	4.5	11	79	18	50	28	2	6	64	1.28
13288802--13289079	136	2.0	137	90	2	434	48	5	14	31	1.67
13291349--13291397	22	2.2	22	85	10	64	34	14	0	51	1.43
13298807--13298845	19	2.1	19	95	0	69	23	28	10	38	1.87
13302520--13302564	23	1.9	23	82	13	56	40	6	15	37	1.74
13304710--13304766	29	1.9	29	85	3	78	49	3	0	47	1.18
13305866--13305917	14	3.7	14	77	12	54	57	1	0	40	1.10
13323359--13323393	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
13323904--13323943	15	2.6	15	88	4	53	17	5	2	75	1.10
13324412--13324496	35	2.4	34	79	12	91	34	5	5	54	1.49
13327787--13327921	69	2.0	68	94	1	234	46	11	8	32	1.72
13329166--13329205	21	2.0	20	90	5	62	50	7	22	20	1.73
13329504--13329556	27	2.0	28	85	7	74	47	1	0	50	1.12
13329633--13329823	98	1.9	99	89	6	298	49	3	2	45	1.29
13331189--13331267	27	3.0	25	71	21	65	63	2	2	31	1.21
13334928--13334975	14	3.1	17	75	22	52	37	0	10	52	1.36
13337623--13337707	25	3.4	25	73	0	71	20	29	14	36	1.91
13337693--13337748	25	2.2	25	78	12	62	25	19	23	32	1.98
13343034--13343103	27	2.7	26	86	4	95	30	4	5	60	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13343024--13343103	26	3.0	26	81	3	97	30	3	7	58	1.43
13353587--13353619	17	1.9	17	88	11	50	42	6	6	45	1.53
13360434--13360464	9	3.4	9	90	0	53	29	9	12	48	1.73
13371256--13371282	6	4.5	6	100	0	54	37	29	0	33	1.58
13376459--13376497	19	2.0	20	95	5	71	17	0	10	71	1.12
13376459--13376523	19	2.9	23	84	13	66	24	0	9	66	1.21
13378440--13378527	31	2.9	29	76	17	90	32	12	13	40	1.82
13383239--13383276	19	2.0	19	85	10	51	50	2	15	31	1.58
13387034--13387062	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
13388660--13388704	23	2.0	23	82	8	56	37	4	4	53	1.41
13414223--13414386	42	3.9	42	84	4	222	28	25	16	29	1.97
13417988--13418039	24	2.2	24	85	0	68	57	5	1	34	1.33
13418258--13418303	24	1.9	24	90	0	74	56	4	4	34	1.39
13417963--13418507	270	2.0	269	90	1	858	42	8	6	42	1.62
13422354--13422502	56	2.7	56	92	0	244	34	23	13	28	1.92
13425090--13425141	26	2.0	26	100	0	104	26	26	0	46	1.53
13428280--13428343	32	2.0	32	100	0	128	25	28	21	25	1.99
13430922--13431066	51	2.9	50	72	12	129	42	5	4	47	1.48
13436918--13436946	3	10.0	3	92	7	51	31	0	0	68	0.89
13437999--13438066	22	3.1	21	77	22	70	67	0	4	27	1.09
13437992--13438068	4	18.0	4	79	15	75	67	0	3	28	1.08
13437992--13438068	17	4.5	16	81	12	75	67	0	3	28	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13439314--13439366	16	3.3	16	76	10	54	33	5	24	35	1.79
13442652--13442701	24	2.1	24	100	0	100	12	12	22	54	1.69
13452943--13453050	26	4.2	26	92	0	180	35	24	8	32	1.85
13460024--13460131	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
13460679--13460773	40	2.4	40	82	3	122	33	35	12	17	1.88
13470241--13470348	26	4.2	26	95	0	189	33	7	23	36	1.83
13477230--13477491	41	6.4	41	86	1	323	34	21	21	22	1.97
13477230--13477491	123	2.1	122	88	3	375	34	21	21	22	1.97
13477696--13477739	23	1.9	23	81	9	54	13	36	0	50	1.42
13478017--13478072	21	2.7	21	77	5	60	19	0	39	41	1.52
13478056--13478117	7	9.0	7	81	8	56	19	0	45	35	1.51
13478056--13478117	14	4.5	14	83	2	72	19	0	45	35	1.51
13478042--13478113	21	3.5	20	80	12	67	19	0	47	33	1.50
13482850--13482890	19	2.2	19	86	4	57	21	2	4	70	1.18
13483147--13483281	43	3.1	43	94	0	225	25	17	29	28	1.97
13483582--13483689	26	4.2	26	86	0	153	33	5	22	38	1.77
13483582--13483689	52	2.1	52	92	0	180	33	5	22	38	1.77
13486826--13486906	33	2.4	33	77	8	83	40	37	8	13	1.75
13490034--13490084	20	2.6	20	84	3	68	33	9	11	45	1.74
13490054--13490101	20	2.5	20	83	12	57	41	14	10	33	1.80
13492547--13492705	43	3.7	43	82	4	187	23	16	27	32	1.96
13496741--13497060	84	3.8	84	85	1	428	41	20	15	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13496658--13497060	42	9.6	42	80	5	379	41	20	16	21	1.90
13497117--13497150	16	2.0	18	88	11	54	32	14	0	52	1.42
13497825--13497998	88	2.0	88	95	2	316	46	12	13	28	1.78
13503902--13503957	3	18.0	3	81	17	53	62	5	0	32	1.18
13503902--13503957	12	4.7	13	75	18	59	62	5	0	32	1.18
13504032--13504109	3	25.3	3	73	19	56	64	1	3	30	1.20
13504032--13504109	12	6.3	12	78	17	72	64	1	3	30	1.20
13504037--13504121	9	9.1	10	75	14	76	67	1	3	28	1.15
13505027--13505332	68	4.5	68	89	0	454	26	22	24	26	2.00
13505450--13506393	87	10.9	87	87	2	1283	21	22	20	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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