genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79888511--79888671	79	2.0	79	84	9	213	27	29	19	23	1.98
79890629--79890735	37	2.9	37	80	0	106	15	10	28	44	1.80
79893496--79893570	23	3.3	23	80	9	82	49	18	13	18	1.79
79893653--79893746	47	2.0	47	95	0	170	26	15	17	40	1.89
79928095--79928141	23	2.2	21	78	14	51	38	21	19	21	1.94
79928108--79928189	23	3.6	23	80	6	94	43	15	17	23	1.87
79934582--79934939	175	2.0	175	96	0	653	34	8	23	34	1.84
79939493--79939765	45	5.8	44	75	13	151	27	16	29	26	1.97
79939544--79939763	48	4.7	47	77	13	193	28	16	29	25	1.97
79949592--79949686	46	2.1	46	93	0	163	52	14	7	25	1.67
79962885--79963006	48	2.5	50	84	5	160	25	18	34	22	1.96
79962885--79963055	50	3.5	48	79	10	168	24	18	32	23	1.97
79968579--79968710	41	3.2	41	87	0	183	21	20	21	35	1.96
79968579--79968731	82	1.9	82	83	0	198	21	20	22	35	1.96
79968600--79968731	41	3.2	41	86	0	174	21	20	21	35	1.96
79968573--79968749	82	2.2	82	78	6	187	21	20	21	36	1.95
79977163--79977223	28	2.1	28	87	3	86	27	31	14	26	1.95
79983192--79983327	41	3.3	40	80	8	148	21	19	21	37	1.94
79983181--79983344	41	4.0	41	78	4	125	20	19	21	38	1.94
79986098--79986160	30	2.1	30	94	5	110	50	7	3	38	1.47
79996468--79996563	48	2.0	48	93	0	165	29	21	21	27	1.99
79998050--79998177	47	2.7	46	80	11	154	27	16	31	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80002036--80002108	37	2.0	37	97	0	137	26	16	17	39	1.91
80006024--80006086	29	2.2	29	80	5	74	58	4	0	36	1.19
80009148--80009212	32	2.0	32	96	0	121	43	18	10	27	1.83
80010125--80010165	21	1.9	21	85	14	57	36	26	2	34	1.70
80024724--80024979	55	4.8	54	77	11	237	36	16	24	23	1.94
80024733--80024931	108	1.8	110	89	4	314	35	16	25	23	1.95
80029840--80029905	33	2.0	33	96	0	123	43	9	28	18	1.80
80033145--80033192	24	2.0	24	84	8	62	29	27	16	27	1.97
80045360--80045583	40	5.5	41	81	10	266	26	26	21	25	2.00
80045360--80045583	83	2.8	80	83	9	276	26	26	21	25	2.00
80048640--80048863	40	5.6	40	86	6	310	25	26	23	24	2.00
80048640--80048863	83	2.8	80	88	4	317	25	26	23	24	2.00
80056868--80057091	40	5.6	40	86	6	310	25	26	23	24	2.00
80056868--80057091	83	2.8	80	88	4	317	25	26	23	24	2.00
80058949--80059060	24	4.6	24	77	2	89	27	30	14	27	1.95
80067111--80067141	15	2.0	16	93	6	55	32	9	6	51	1.60
80071551--80071624	37	2.0	37	94	0	130	22	22	16	37	1.93
80075532--80075962	61	7.1	61	82	3	465	30	15	25	28	1.96
80075683--80075787	32	3.4	32	70	17	94	25	14	28	31	1.95
80075556--80075962	183	2.2	183	86	1	548	30	15	25	28	1.96
80075863--80076062	100	2.0	100	83	0	247	32	16	23	28	1.96
80075986--80076162	61	2.9	61	79	5	160	33	16	21	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80075824--80076123	161	1.9	161	84	1	404	32	17	23	27	1.96
80089125--80089151	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
80098928--80098962	17	2.1	17	100	0	70	11	45	11	31	1.76
80101923--80101978	22	2.6	22	78	10	62	37	1	3	57	1.27
80102111--80102158	15	2.8	16	75	25	53	70	0	0	29	0.87
80102112--80102154	20	2.3	19	81	14	54	67	0	0	32	0.91
80102187--80102246	30	1.9	32	83	10	79	63	0	1	35	1.05
80103286--80103335	26	1.9	26	95	0	91	28	24	2	46	1.64
80103406--80103439	17	2.1	17	89	10	54	58	0	0	41	0.98
80103404--80103445	19	2.3	18	84	12	50	57	2	0	40	1.12
80105093--80105131	17	2.2	18	86	4	53	56	2	5	35	1.35
80107633--80107747	27	4.2	26	75	10	97	30	26	18	25	1.98
80121032--80121099	22	3.1	22	80	4	84	41	16	22	20	1.90
80121969--80122033	23	3.0	22	73	15	71	41	23	18	16	1.90
80126399--80126599	26	7.7	26	82	3	208	30	26	14	27	1.95
80126398--80126599	52	3.9	51	86	5	255	30	26	15	27	1.96
80126398--80126599	78	2.6	78	81	4	239	30	26	15	27	1.96
80133640--80133817	46	3.8	46	78	4	205	28	29	20	21	1.98
80133647--80133819	93	1.9	93	92	0	292	27	30	20	21	1.98
80135870--80136029	46	3.5	46	79	3	155	26	17	30	25	1.97
80145638--80145863	40	5.7	40	90	4	314	26	27	21	24	1.99
80227887--80228039	39	3.6	38	71	24	128	30	26	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80235629--80235689	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
80240033--80240093	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
80245932--80245969	14	2.7	14	91	0	58	39	5	15	39	1.70
80245953--80245997	19	2.3	19	92	3	72	26	11	13	48	1.75
80245961--80245998	19	2.0	19	100	0	76	26	10	15	47	1.78
80251466--80251503	20	1.9	20	88	0	58	23	13	26	36	1.91
80257769--80257937	46	3.7	46	72	15	163	25	22	28	23	1.99
80257760--80257960	90	2.2	92	87	4	280	26	21	28	23	1.99
80263350--80263487	40	3.5	39	84	6	163	23	27	23	25	2.00
80267735--80267839	40	2.6	41	90	3	158	24	16	26	32	1.96
80270621--80270720	42	2.3	43	82	1	130	27	17	22	34	1.95
80283582--80283620	16	2.5	15	83	8	51	43	0	2	53	1.14
80286622--80286656	3	11.7	3	100	0	70	68	0	31	0	0.90
80293726--80294226	47	10.6	47	93	1	840	32	8	29	29	1.86
80293726--80294226	143	3.5	143	95	0	880	32	8	29	29	1.86
80309173--80309286	52	2.2	50	79	3	120	25	14	27	32	1.95
80311597--80311650	27	2.0	27	96	0	99	48	20	11	20	1.80
80311591--80311654	27	2.6	24	77	15	76	43	21	10	23	1.84
80320652--80320676	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
80323634--80323805	29	6.0	28	88	6	238	27	30	15	26	1.96
80323634--80323802	87	2.0	86	91	3	277	27	30	15	25	1.96
80324017--80324052	16	2.2	16	90	0	54	13	16	19	50	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80335093--80335121	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
80343510--80343538	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
80345803--80345978	46	3.8	45	79	12	196	19	20	29	30	1.97
80345800--80345971	93	1.8	93	93	0	299	20	20	29	29	1.98
80351562--80351590	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
80372490--80372573	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
80376937--80376980	21	2.1	22	83	8	56	72	0	2	25	0.96
80385007--80385043	19	1.9	19	94	0	65	35	18	8	37	1.81
80388455--80388540	25	3.5	25	80	1	93	20	22	20	36	1.96
80390240--80390269	15	2.1	14	93	6	51	83	3	0	13	0.77
80394761--80394864	53	2.0	53	92	0	172	25	14	18	41	1.88
80395199--80395249	26	2.0	25	85	7	68	29	15	0	54	1.41
80397494--80397528	17	2.0	18	88	5	54	22	5	14	57	1.59
80398212--80398242	16	1.9	16	93	0	53	35	3	16	45	1.63
80398687--80398760	24	3.2	24	64	24	68	31	10	14	43	1.80
80398678--80398764	45	1.9	45	100	0	174	32	9	13	44	1.76
80403353--80403391	19	2.1	19	95	0	69	35	25	17	20	1.95
80405471--80405505	17	2.0	18	88	5	54	22	5	14	57	1.59
80408750--80408837	28	3.1	27	77	15	72	37	5	1	55	1.31
80408783--80408843	17	3.9	17	73	20	69	39	4	0	55	1.21
80408792--80408850	29	2.0	29	100	0	118	37	6	0	55	1.26
80408902--80409066	79	2.1	78	81	7	188	29	7	4	58	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80409036--80409095	22	2.6	24	81	7	70	31	3	1	63	1.20
80420933--80421096	44	3.7	44	80	1	168	29	18	23	29	1.97
80421630--80421671	21	2.0	21	86	9	59	38	28	9	23	1.86
80423282--80423333	23	2.3	21	81	12	59	28	3	5	61	1.37
80423297--80423459	80	2.0	80	81	7	186	26	6	6	61	1.43
80423438--80423497	22	2.6	24	86	7	88	30	1	3	65	1.19
80428148--80428214	20	3.5	19	69	17	57	31	4	2	61	1.31
80428132--80428209	38	2.0	39	95	2	140	33	3	1	61	1.22
80429168--80429192	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
80429791--80429833	18	2.4	18	88	0	59	20	25	9	44	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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