genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15130318--15130402	33	2.6	31	84	15	111	56	2	2	38	1.25
15133037--15133074	17	2.1	19	90	9	62	23	0	23	52	1.47
15135549--15135629	41	2.0	42	87	2	119	16	22	25	35	1.94
15136777--15136807	15	2.1	15	93	0	53	12	22	3	61	1.46
15152955--15152992	18	2.1	18	90	0	58	63	0	15	21	1.31
15157349--15157543	38	5.1	38	83	2	239	36	23	18	20	1.95
15157326--15157543	76	2.8	76	83	2	276	36	23	18	20	1.95
15166058--15166107	25	1.9	25	84	8	64	22	16	6	56	1.62
15170245--15170328	28	3.0	28	91	1	132	19	3	30	46	1.66
15170249--15170342	28	3.6	24	78	18	91	15	4	34	45	1.66
15170532--15170638	20	5.1	21	84	7	128	14	22	26	36	1.93
15170532--15170636	41	2.5	41	85	4	138	14	22	26	36	1.93
15171720--15171906	46	3.9	48	75	15	163	25	15	28	29	1.96
15179485--15179553	7	9.7	7	93	3	102	46	39	0	14	1.45
15179485--15179553	29	2.4	28	90	2	102	46	39	0	14	1.45
15181684--15181735	23	2.3	23	80	12	63	75	1	0	23	0.91
15191829--15191894	32	2.1	32	86	8	91	25	0	16	57	1.39
15192559--15192598	22	1.9	20	85	10	53	25	22	10	42	1.84
15193472--15193643	53	3.2	52	73	9	159	25	25	16	31	1.97
15207669--15207754	46	1.9	46	83	4	113	32	29	18	19	1.96
15211347--15211378	11	2.8	12	95	4	57	0	21	0	78	0.76
15211448--15211482	8	4.4	8	88	0	52	57	0	2	40	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15221001--15221025	13	1.9	13	100	0	50	20	24	32	24	1.98
15224012--15224099	40	2.2	40	95	2	158	36	14	17	31	1.90
15236736--15236893	79	2.0	79	100	0	316	37	16	2	43	1.62
15239381--15239419	20	2.0	20	85	10	53	35	25	12	25	1.92
15245509--15245666	51	3.2	47	72	19	149	49	14	11	24	1.76
15245505--15245801	102	3.0	100	85	2	391	49	13	11	25	1.76
15245505--15245801	49	5.9	49	79	7	319	49	13	11	25	1.76
15254472--15254496	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
15256755--15256795	21	1.9	22	85	14	59	31	2	26	39	1.70
15266915--15267203	100	2.9	100	89	3	424	50	13	10	25	1.74
15266916--15267203	149	1.9	148	84	5	384	50	13	10	25	1.74
15266915--15267203	49	5.8	49	83	4	348	50	13	10	25	1.74
15267887--15267975	38	2.3	38	88	0	133	32	8	23	34	1.86
15268748--15268797	10	5.2	10	75	18	52	38	0	2	60	1.09
15268756--15268798	17	2.8	16	82	13	54	37	0	2	60	1.10
15268750--15268798	14	3.6	14	81	13	57	36	0	2	61	1.08
15286732--15286840	37	2.9	37	93	0	173	27	30	18	23	1.98
15286992--15287435	98	4.5	98	92	5	743	31	25	6	36	1.82
15286989--15287435	48	9.1	48	91	5	707	31	25	6	36	1.81
15291327--15291673	40	8.7	40	87	0	478	29	29	19	22	1.98
15291327--15291673	80	4.3	80	94	0	561	29	29	19	22	1.98
15292929--15293035	37	2.9	37	90	0	160	28	29	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15293186--15293634	48	9.1	49	90	5	685	31	25	6	36	1.81
15293189--15293634	98	4.5	98	91	5	718	31	25	6	36	1.81
15296664--15296726	17	3.5	17	77	14	63	34	0	1	63	1.04
15296678--15296725	17	2.5	20	83	12	66	29	0	2	68	1.01
15296664--15296733	18	3.8	18	80	10	79	34	0	1	64	1.03
15296680--15296733	27	2.0	28	82	10	69	29	0	1	68	1.00
15300558--15300607	15	3.5	15	82	15	61	22	24	12	42	1.87
15308738--15308866	44	2.9	44	88	0	195	28	11	27	31	1.92
15308866--15309175	89	3.5	89	72	14	291	34	19	19	26	1.96
15308852--15309264	176	2.4	176	91	0	650	34	18	19	26	1.95
15308953--15309362	87	4.7	87	76	11	388	33	18	20	28	1.96
15313781--15313841	20	3.3	19	77	13	74	32	0	1	65	1.02
15313750--15313836	17	4.9	17	69	14	68	32	1	2	64	1.13
15318656--15318762	26	4.1	26	92	0	178	34	24	8	32	1.85
15328735--15328867	26	5.1	26	93	0	230	34	24	8	32	1.85
15335639--15335766	55	2.3	55	78	2	141	28	27	28	16	1.97
15345307--15345345	14	2.7	14	80	4	51	76	5	17	0	0.96
15345596--15345651	21	2.7	21	78	15	62	35	0	16	48	1.46
15346009--15346065	5	11.2	5	86	1	51	33	0	26	40	1.56
15346473--15346667	45	4.3	45	88	0	246	20	18	19	41	1.91
15346847--15347037	18	10.6	18	73	14	135	37	12	13	36	1.83
15346835--15347117	36	7.7	35	71	15	169	37	13	14	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15346834--15347027	72	2.7	72	81	7	200	37	12	13	36	1.83
15347076--15347117	18	2.3	18	87	0	57	38	11	16	33	1.86
15348415--15348447	15	2.1	16	88	5	50	6	18	0	75	1.00
15350816--15350860	5	9.0	5	100	0	90	60	0	0	40	0.97
15354771--15354796	12	2.2	12	100	0	52	92	0	7	0	0.39
15356218--15356317	52	1.9	52	91	0	164	46	8	4	42	1.52
15362700--15362917	39	5.5	39	92	1	330	29	27	23	19	1.98
15367618--15367719	39	2.6	39	95	0	177	46	19	2	31	1.65
15367752--15367794	16	2.7	15	79	10	50	48	25	0	25	1.51
15372461--15372577	62	1.9	59	87	5	171	40	4	4	51	1.41
15393076--15393100	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
15393855--15393979	46	2.7	46	83	5	144	26	18	31	24	1.98
15393990--15394118	47	2.6	48	81	6	145	28	16	29	25	1.97
15395097--15395152	28	2.0	28	86	10	78	21	21	39	17	1.93
15395187--15395220	13	2.6	13	100	0	68	23	26	44	5	1.76
15400830--15400854	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
15401563--15401923	47	7.7	48	74	15	201	27	19	29	23	1.98
15401563--15401821	46	5.5	46	78	10	195	27	18	30	23	1.98
15401563--15401821	140	1.8	140	84	5	353	27	18	30	23	1.98
15406814--15406853	13	3.1	13	100	0	80	15	25	37	22	1.93
15414080--15414161	40	2.1	39	84	6	103	29	15	25	29	1.96
15422558--15422608	25	2.0	25	92	0	84	31	23	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15422721--15422790	25	2.8	25	95	0	122	25	25	22	25	2.00
15422720--15422803	25	3.4	24	88	6	116	28	23	22	25	1.99
15422721--15422815	50	1.9	50	82	8	122	27	24	23	25	2.00
15430359--15430409	25	2.0	25	92	0	84	31	23	19	25	1.98
15430448--15430486	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
15430447--15430486	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
15430531--15430603	25	3.0	24	78	13	69	28	23	20	27	1.99
15441759--15441928	43	4.0	42	75	10	148	28	12	25	34	1.92
15444655--15444694	21	2.0	20	90	5	62	42	22	0	35	1.54
15445668--15445710	15	2.9	15	83	16	63	69	0	6	23	1.12
15449069--15449147	39	2.0	39	100	0	158	46	5	17	30	1.70
15449338--15449390	22	2.7	18	74	23	52	28	0	5	66	1.15
15451273--15451501	101	2.3	101	84	0	287	32	15	23	28	1.95
15454321--15454508	49	3.8	49	87	1	241	26	18	26	29	1.98
15457136--15457306	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	22	1.99
15457128--15457303	46	3.8	46	77	10	187	29	27	20	22	1.98
15472964--15472995	16	2.0	16	93	0	55	40	6	0	53	1.26
15480267--15480300	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
15480383--15480415	13	2.5	13	95	5	57	60	6	3	30	1.36
15501725--15501979	55	4.8	54	80	7	256	36	16	24	22	1.94
15501732--15501934	108	1.9	110	88	4	313	33	17	24	24	1.96
15507615--15507673	29	2.0	29	93	0	100	37	25	11	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15513798--15513843	21	2.2	21	96	0	83	8	36	0	54	1.32
15513849--15513915	15	4.5	15	77	7	55	13	44	7	34	1.72
15513857--15513922	6	11.5	6	76	9	57	15	43	7	33	1.74
15514678--15514730	26	2.0	26	92	0	88	52	1	3	41	1.30
15516440--15516473	11	2.9	12	82	8	52	64	2	0	32	1.08
15517332--15517372	17	2.5	17	88	11	59	68	0	21	9	1.18
15519621--15519673	22	2.4	22	84	9	63	47	9	9	33	1.68
15521474--15521517	23	1.9	23	85	0	61	36	9	6	47	1.62
15523783--15523807	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
15528687--15528763	36	2.2	36	92	2	129	16	11	14	57	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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