genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84338261--84338376	45	2.6	45	85	0	160	20	24	17	37	1.93
84338062--84338394	46	7.3	45	78	9	212	20	23	17	39	1.92
84341265--84341326	31	1.9	33	87	6	92	59	3	0	37	1.13
84341539--84341606	30	2.3	30	82	5	75	27	19	5	47	1.72
84342365--84342402	17	2.3	17	86	13	53	73	5	5	15	1.19
84344255--84344295	20	2.1	19	86	4	55	58	0	41	0	0.98
84350224--84350248	13	1.9	13	100	0	50	16	36	40	8	1.77
84350686--84350732	23	2.0	23	83	0	58	23	31	8	36	1.85
84362846--84363018	93	1.9	93	95	0	310	27	30	21	20	1.98
84362839--84363014	46	3.8	46	80	10	205	28	30	21	20	1.98
84365281--84365349	30	2.3	30	85	7	97	59	17	14	8	1.60
84365281--84365349	15	4.7	15	80	8	79	59	17	14	8	1.60
84368307--84368479	93	1.9	93	93	0	301	27	31	21	20	1.98
84368300--84368475	46	3.8	46	78	10	196	28	30	21	19	1.98
84368308--84368494	46	4.0	46	73	14	143	28	30	20	20	1.98
84371702--84371742	21	2.0	21	90	0	64	51	24	7	17	1.70
84373176--84373210	17	2.1	18	89	10	56	17	0	8	74	1.06
84376989--84377061	27	2.7	27	80	4	85	26	26	12	35	1.91
84380432--84380655	46	4.7	50	80	11	185	25	18	31	25	1.98
84383895--84384111	46	4.6	46	81	8	235	27	20	28	23	1.99
84383889--84384158	92	2.8	93	80	10	257	28	20	27	24	1.99
84384027--84384206	49	3.7	50	80	10	212	26	18	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84384026--84384196	50	3.5	48	82	9	170	26	18	29	25	1.98
84384024--84384205	96	1.9	99	85	7	257	25	18	30	25	1.98
84387371--84387493	47	2.6	47	90	0	201	31	30	17	19	1.95
84393764--84393861	49	2.0	50	89	2	153	29	7	9	54	1.59
84396300--84396331	11	2.8	12	86	13	50	34	0	0	65	0.93
84396454--84396516	30	2.1	30	100	0	126	57	11	3	28	1.49
84397398--84397452	20	2.6	21	80	13	60	32	27	21	18	1.96
84404322--84404383	29	2.2	27	82	5	70	20	20	24	33	1.97
84414191--84414320	43	3.0	42	78	7	145	31	25	15	27	1.96
84416045--84416087	21	2.1	20	83	12	52	18	0	44	37	1.50
84417557--84417749	27	7.1	27	88	0	242	31	16	16	36	1.90
84417744--84417819	27	2.8	27	82	7	91	38	19	21	21	1.94
84418044--84418077	18	1.9	18	88	5	52	32	20	11	35	1.89
84419191--84419315	29	4.3	29	90	1	180	28	33	14	24	1.94
84419525--84419562	16	2.4	16	86	0	58	10	21	21	47	1.80
84423152--84423193	11	3.8	11	81	9	50	33	0	21	45	1.52
84423636--84423688	21	2.3	23	75	21	58	43	0	3	52	1.19
84423805--84423862	13	4.4	13	79	16	50	43	3	1	51	1.28
84423805--84423854	13	3.8	13	80	12	57	42	2	2	54	1.23
84430457--84430503	16	2.9	16	78	15	60	40	0	2	57	1.11
84430455--84430505	22	2.5	21	78	9	61	43	0	1	54	1.11
84430537--84430570	9	3.9	9	84	7	52	76	8	14	0	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84432282--84432523	50	4.8	50	79	4	229	29	25	18	26	1.98
84441354--84441525	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
84441347--84441522	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
84448414--84448582	91	1.8	92	91	6	281	29	30	19	20	1.97
84448407--84448579	46	3.8	46	78	15	189	30	30	19	20	1.97
84448415--84448598	46	4.0	43	71	18	117	29	29	19	21	1.97
84459365--84459488	43	2.9	43	78	7	144	33	23	15	28	1.95
84461219--84461261	21	2.1	20	83	12	52	18	0	44	37	1.50
84462730--84462911	27	6.7	27	88	1	231	30	17	17	35	1.92
84462898--84462965	27	2.5	27	90	0	100	38	17	23	20	1.93
84464340--84464464	29	4.3	29	93	1	198	29	32	14	24	1.94
84464674--84464711	16	2.4	16	86	0	58	10	21	21	47	1.80
84473131--84473309	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
84474578--84474935	47	7.6	47	91	2	533	34	9	28	27	1.88
84479480--84479519	12	3.3	12	86	10	55	0	20	5	75	0.99
84479603--84479651	3	16.7	3	79	12	57	59	2	0	38	1.09
84479607--84479651	16	2.8	16	86	3	63	60	2	0	37	1.09
84479603--84479652	13	3.6	14	80	20	61	58	2	0	40	1.10
84479770--84479822	21	2.3	23	75	21	58	52	3	0	43	1.19
84481532--84481696	43	3.8	43	86	1	188	34	26	16	21	1.95
84486227--84486295	28	2.4	29	95	2	122	27	30	15	26	1.96
84486528--84486580	8	6.6	8	75	0	52	11	20	22	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84490040--84490122	29	2.9	28	87	7	123	30	30	14	25	1.95
84496283--84496366	43	2.0	43	80	4	98	36	20	19	23	1.95
84499234--84499407	48	3.6	48	88	0	260	26	18	28	27	1.98
84501137--84501174	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
84503634--84503685	25	2.1	24	82	10	61	65	1	9	23	1.32
84504995--84505127	43	3.1	43	71	10	144	25	18	24	30	1.98
84504993--84505162	87	1.9	88	93	1	297	25	18	24	31	1.98
84505028--84505179	43	3.5	43	68	15	125	25	19	22	32	1.97
84504993--84505196	87	2.4	85	88	3	257	25	19	25	29	1.98
84514212--84514367	78	2.0	78	97	0	294	17	18	23	40	1.91
84517399--84517436	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
84518310--84518368	25	2.5	24	81	13	68	38	11	5	44	1.63
84520089--84520120	16	2.1	15	94	5	55	50	28	18	3	1.62
84520370--84520458	28	3.2	28	91	0	142	35	25	7	30	1.85
84520564--84520653	28	3.2	27	84	7	110	21	24	22	32	1.98
84520575--84520664	27	3.2	28	78	7	76	23	27	18	30	1.98
84521106--84521146	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
84525118--84525164	23	2.0	24	88	12	71	46	2	21	29	1.63
84525366--84525434	35	2.0	35	100	0	138	31	11	17	39	1.85
84527403--84527925	262	2.0	262	98	0	1010	30	11	22	35	1.89
84540831--84540859	9	3.2	9	100	0	58	55	0	24	20	1.44
84541037--84541072	16	2.4	14	86	13	54	19	11	0	69	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84541039--84541073	15	2.2	16	95	5	63	17	11	0	71	1.14
84543822--84544170	116	3.0	116	92	1	569	29	20	19	30	1.97
84544733--84544783	21	2.4	22	80	9	52	23	0	39	37	1.55
84544868--84544926	28	2.1	29	87	3	84	18	0	28	52	1.46
84544867--84544929	29	2.2	30	82	8	85	17	0	30	52	1.45
84544892--84544950	21	2.8	21	76	5	57	16	0	35	47	1.47
84544868--84544998	14	8.9	14	70	12	66	18	1	32	48	1.57
84545244--84545311	26	2.6	27	88	4	104	42	5	4	47	1.48
84545425--84545459	17	2.0	17	88	5	52	34	0	0	65	0.93
84547360--84547472	48	2.4	48	84	0	136	33	30	12	23	1.91
84547390--84547472	24	3.5	24	89	0	121	34	31	12	21	1.90
84554973--84555064	24	3.8	24	97	0	157	35	31	13	19	1.90
84554930--84555061	48	2.8	48	84	0	156	34	28	12	23	1.92
84554930--84555064	72	1.9	72	85	0	189	34	29	12	22	1.91
84556238--84556271	17	2.0	17	94	0	59	38	5	0	55	1.24
84559386--84559578	64	3.0	64	95	0	343	37	10	4	47	1.58
84559626--84559696	24	3.0	24	89	0	106	29	16	8	45	1.77
84560047--84560340	9	33.4	9	75	9	223	47	12	1	37	1.52
84560062--84560304	35	7.2	35	79	11	249	47	12	1	38	1.52
84560033--84560279	62	4.0	62	81	9	276	46	13	1	37	1.53
84560065--84560354	95	3.0	94	84	6	343	47	12	1	38	1.50
84562209--84562233	12	2.1	12	100	0	50	32	8	28	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84565545--84565573	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
84565987--84566062	21	3.6	21	82	7	100	31	19	48	0	1.49
84566446--84566549	43	2.4	43	82	3	120	34	25	20	20	1.96
84570375--84570593	112	2.0	112	91	1	359	31	21	16	30	1.96
84573245--84573286	20	2.2	19	87	12	59	30	4	0	64	1.14
84573245--84573286	19	2.2	18	87	12	57	30	4	0	64	1.14
84573427--84573457	16	1.9	16	93	0	53	32	3	0	64	1.09
84573452--84573503	19	2.7	19	74	8	61	28	3	3	63	1.30
84575919--84576016	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
84575947--84576029	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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