genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87214830--87214867	20	1.9	20	88	0	58	31	10	2	55	1.48
87220641--87220861	35	6.2	35	82	10	241	22	22	16	38	1.92
87220651--87220861	71	2.9	70	84	6	255	22	21	16	39	1.92
87221570--87221596	13	2.1	13	100	0	54	22	14	7	55	1.64
87225792--87225870	30	2.6	30	100	0	158	26	12	30	30	1.93
87226220--87226580	46	7.7	47	74	12	205	26	18	30	25	1.98
87227261--87227309	25	2.0	25	84	8	64	22	30	34	12	1.91
87227509--87227618	42	2.6	42	89	1	168	18	20	42	18	1.89
87229246--87229382	60	2.3	59	82	8	152	24	23	21	30	1.99
87229387--87229429	19	2.2	20	83	4	52	34	25	18	20	1.96
87231757--87231782	3	8.7	3	100	0	52	34	30	0	34	1.58
87232347--87232391	21	2.1	21	84	8	56	26	28	20	24	1.99
87232819--87232864	22	2.1	22	100	0	92	17	17	15	50	1.79
87244609--87244675	33	2.0	33	97	0	125	29	25	17	26	1.98
87248004--87248029	5	5.2	5	100	0	52	0	23	0	76	0.78
87248679--87248734	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
87250274--87250336	22	2.9	22	87	0	90	17	15	20	46	1.85
87255733--87255788	26	2.2	26	96	0	103	30	7	25	37	1.82
87257274--87257326	26	2.0	25	82	13	63	39	22	11	26	1.88
87258773--87258805	9	3.8	9	88	4	50	69	6	0	24	1.10
87259977--87260036	29	2.1	29	100	0	120	38	16	18	26	1.92
87260596--87260898	56	5.4	56	88	0	435	34	25	13	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87262871--87262939	24	3.0	23	72	20	63	33	14	13	39	1.85
87263206--87263305	40	2.5	40	81	0	119	50	12	12	26	1.74
87263221--87263317	40	2.4	40	85	1	131	49	11	11	27	1.73
87265011--87265101	36	2.5	36	78	20	100	14	17	0	68	1.22
87267237--87267348	40	2.8	40	86	4	145	50	13	8	27	1.71
87275190--87275374	40	4.6	40	89	4	257	25	20	28	25	1.99
87275189--87275415	80	2.8	80	83	3	278	25	19	28	26	1.99
87275189--87275415	40	5.7	40	82	7	223	25	19	28	26	1.99
87276393--87276465	27	2.8	26	85	4	101	34	13	13	38	1.85
87279797--87279858	27	2.3	27	82	0	70	32	16	12	38	1.86
87279815--87279920	27	4.0	26	80	8	124	33	8	17	39	1.80
87279815--87279920	53	2.0	53	83	7	135	33	8	17	39	1.80
87291426--87291862	212	2.0	215	89	6	666	49	6	23	20	1.72
87292554--87292585	12	2.7	12	95	0	55	31	9	3	56	1.47
87292699--87292862	62	2.6	61	85	1	211	19	19	30	30	1.96
87311274--87311373	35	2.8	35	77	14	98	40	0	7	53	1.28
87311570--87311622	21	2.5	21	87	0	70	32	35	7	24	1.84
87315901--87316072	48	3.6	48	86	3	240	20	16	27	35	1.94
87315892--87316072	96	1.9	96	88	6	278	20	16	27	35	1.94
87320637--87320715	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
87320833--87321057	47	4.7	48	97	1	400	29	31	8	30	1.88
87320833--87321057	96	2.3	95	95	3	398	29	31	8	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87324103--87324194	41	2.2	41	100	0	184	22	33	30	13	1.92
87324944--87325069	47	2.6	48	81	8	132	24	30	15	28	1.96
87325083--87325210	47	2.7	46	78	7	132	27	28	17	26	1.97
87336634--87336840	46	4.6	45	79	11	174	24	30	19	25	1.98
87336677--87336885	46	4.5	44	77	12	122	22	31	19	26	1.98
87342376--87342545	46	3.7	46	82	9	177	21	28	20	29	1.98
87342280--87342545	46	5.7	45	71	17	172	22	29	19	28	1.98
87342678--87342802	62	2.0	63	93	1	216	42	14	8	35	1.75
87353365--87353507	74	1.9	74	91	2	234	27	33	16	22	1.96
87353363--87353507	37	3.9	37	88	0	209	28	33	16	22	1.95
87353669--87354062	47	8.1	47	85	6	500	26	29	12	31	1.93
87353693--87354062	100	3.8	99	93	3	597	26	29	12	31	1.93
87353846--87354040	53	3.8	53	84	8	294	26	28	13	31	1.94
87353669--87354062	147	2.7	141	85	6	545	26	29	12	31	1.93
87356534--87356659	47	2.7	47	92	0	207	25	28	12	33	1.92
87363294--87363437	57	2.5	58	78	5	168	34	16	18	30	1.93
87365248--87365329	43	1.9	43	100	0	164	26	20	17	35	1.95
87378901--87379115	38	5.7	38	89	5	328	20	22	24	32	1.98
87386689--87386862	38	4.6	38	89	1	269	20	22	25	31	1.98
87389364--87389408	23	2.0	23	86	8	65	4	20	0	75	0.97
87394419--87394475	27	2.1	27	100	0	114	31	14	15	38	1.87
87396298--87396354	30	1.9	30	88	0	87	33	12	26	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87396743--87396911	46	3.6	45	77	11	146	26	17	30	24	1.97
87404062--87404104	15	3.2	15	69	30	51	65	0	6	27	1.18
87404055--87404104	25	2.0	25	100	0	100	64	0	8	28	1.22
87405358--87405414	30	1.9	30	88	0	87	33	12	26	28	1.92
87405799--87405960	46	3.5	44	81	9	166	29	17	29	24	1.97
87405799--87405970	92	1.9	94	80	11	212	29	18	28	23	1.98
87408134--87408208	27	2.8	27	71	16	75	30	20	8	41	1.81
87410060--87410130	31	2.3	31	87	4	99	47	12	12	26	1.77
87413311--87413365	17	3.3	16	87	7	74	16	0	16	67	1.24
87413311--87413365	18	3.2	17	89	5	76	16	0	16	67	1.24
87413741--87413786	25	1.9	25	86	8	69	34	6	0	58	1.24
87413818--87413944	25	5.2	25	74	12	84	30	6	5	57	1.46
87413818--87413993	25	7.5	22	69	19	72	30	6	5	57	1.47
87429649--87429680	10	3.1	10	95	4	55	87	0	12	0	0.54
87429649--87429684	12	3.0	12	88	12	56	83	0	16	0	0.65
87430624--87430790	73	2.3	73	87	1	226	28	17	19	34	1.95
87430770--87430814	13	3.4	13	84	6	63	15	11	4	68	1.34
87430771--87430808	14	2.8	13	88	7	58	15	13	5	65	1.43
87430710--87431078	100	3.8	101	82	8	403	26	17	18	37	1.93
87431003--87431797	146	5.3	145	87	7	956	30	16	20	32	1.95
87431003--87431267	75	3.6	74	85	6	376	32	16	21	30	1.95
87430983--87431827	73	11.3	72	73	14	647	30	16	20	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87431899--87431931	14	2.4	14	100	0	66	18	9	6	66	1.40
87431734--87432273	93	6.0	90	78	10	421	27	16	18	37	1.92
87433067--87433115	16	3.2	16	82	11	66	18	0	18	63	1.32
87433080--87433116	14	2.6	14	91	0	65	18	0	16	64	1.29
87433488--87433569	23	3.5	23	72	12	62	35	6	3	54	1.43
87433553--87433706	25	6.0	25	70	15	82	32	7	4	55	1.49
87433635--87433742	22	4.9	22	70	15	71	30	6	5	57	1.47
87433684--87433742	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
87433854--87433901	16	3.1	15	87	6	60	31	4	2	62	1.26
87433854--87433905	8	6.5	8	78	8	52	30	3	1	63	1.23
87437144--87437227	38	2.2	39	82	2	98	33	7	11	47	1.68
87443941--87443974	3	11.3	3	100	0	68	32	32	0	35	1.58
87447160--87447284	62	2.0	62	96	0	232	41	12	17	28	1.85
87449848--87449954	37	2.9	37	77	14	105	51	3	1	42	1.30
87458302--87458348	22	2.1	22	96	0	85	17	34	0	48	1.47
87459019--87459086	33	2.1	33	97	0	127	52	5	23	17	1.66
87463577--87463603	12	2.2	12	100	0	54	74	0	18	7	1.05
87465094--87465131	18	2.2	17	86	9	51	28	23	5	42	1.76
87470359--87470396	19	2.0	19	85	10	51	39	5	13	42	1.66
87470853--87470887	17	2.0	18	88	5	54	71	5	8	14	1.29
87470858--87470896	18	2.2	18	86	9	53	71	5	15	7	1.26
87471325--87471358	17	1.9	18	88	5	52	41	0	23	35	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87471637--87471733	37	2.6	37	79	11	117	42	0	22	35	1.54
87473636--87473806	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
87473628--87473803	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
87476180--87476268	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
87476180--87476259	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
87476191--87476268	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
87479168--87479344	47	3.8	47	79	13	220	28	29	21	20	1.98
87479176--87479348	94	1.8	94	93	2	303	27	29	21	20	1.98
87480899--87480940	12	3.6	12	77	6	50	45	2	14	38	1.58
87482283--87482334	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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