genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83415903--83416005	28	3.7	28	84	10	147	27	32	14	26	1.95
83416219--83416253	16	2.2	16	89	0	52	8	14	20	57	1.63
83416511--83416550	21	1.9	21	84	0	53	37	22	10	30	1.87
83419524--83419604	34	2.4	34	85	4	101	24	27	23	24	2.00
83425928--83425957	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
83427054--83427135	25	3.3	25	72	16	80	30	20	23	25	1.99
83432574--83432661	41	2.1	41	91	0	140	47	1	17	34	1.55
83432577--83432646	28	2.6	27	74	14	81	51	1	12	34	1.49
83432578--83432697	13	9.0	13	72	15	84	45	0	15	38	1.53
83434134--83434179	21	2.1	21	84	11	58	71	4	21	2	1.14
83437142--83437180	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
83445791--83445822	9	3.6	9	100	0	64	78	9	0	12	0.97
83453042--83453074	6	5.5	6	86	13	50	15	0	0	84	0.61
83453039--83453088	23	2.1	24	85	3	66	18	2	2	78	0.95
83458843--83458961	22	5.1	22	63	25	66	33	13	28	24	1.93
83458861--83458986	25	5.3	25	66	24	92	34	11	26	26	1.91
83458846--83459051	94	2.2	94	88	3	299	33	12	29	23	1.92
83458818--83459011	47	4.1	47	94	0	316	34	10	28	26	1.90
83460021--83460047	9	3.0	9	100	0	54	88	0	0	11	0.50
83461335--83461378	21	2.0	22	86	8	63	18	31	27	22	1.97
83466681--83466733	26	2.0	26	100	0	106	32	26	3	37	1.74
83468785--83469003	41	5.2	41	86	6	280	33	21	23	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83470238--83470292	8	7.2	8	78	12	62	69	1	0	29	0.99
83470216--83470262	20	2.2	22	82	14	55	68	4	0	27	1.08
83470246--83470288	15	2.9	15	96	0	77	72	2	0	25	0.97
83470238--83470299	15	4.1	15	85	0	70	66	1	0	32	1.02
83474795--83474841	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
83475670--83475732	28	2.2	28	77	5	74	71	4	7	15	1.27
83475707--83475736	15	2.0	15	93	0	51	70	10	0	20	1.16
83475775--83475817	22	2.0	21	86	4	59	69	6	4	18	1.29
83475982--83476219	97	2.5	97	83	8	306	40	7	2	49	1.44
83477116--83477164	13	3.5	13	79	15	53	14	10	2	73	1.18
83482897--83482949	22	2.5	22	87	9	74	1	35	0	62	1.06
83483009--83483193	90	2.1	87	80	7	209	41	20	5	32	1.76
83483256--83483311	19	3.0	18	82	7	67	55	0	3	41	1.17
83483256--83483323	20	3.4	21	76	13	56	54	0	2	42	1.15
83483345--83483389	19	2.4	19	84	0	54	60	8	2	28	1.39
83483491--83483544	10	5.4	10	78	6	56	72	1	3	22	1.10
83483634--83483702	9	7.4	9	73	12	52	24	4	1	69	1.15
83483633--83483691	27	2.2	27	87	6	84	28	3	1	66	1.18
83483651--83483701	19	2.7	18	74	20	50	23	5	1	68	1.22
83490334--83490377	13	3.5	13	87	6	65	56	4	0	38	1.20
83502108--83502731	210	3.0	209	90	0	960	31	9	16	42	1.81
83507245--83507279	2	17.5	2	100	0	70	48	0	51	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83509461--83509532	36	2.0	36	97	0	135	26	11	18	44	1.83
83510744--83510774	6	5.2	6	92	0	53	19	3	0	77	0.90
83513279--83513309	16	1.9	16	100	0	62	41	6	25	25	1.79
83513474--83513514	14	3.1	14	79	10	50	58	0	0	41	0.98
83513473--83513614	58	2.5	57	83	4	160	53	3	0	42	1.18
83533505--83533577	36	2.0	36	97	0	137	30	6	2	60	1.37
83533513--83533593	36	2.2	36	82	6	90	33	6	4	55	1.46
83535615--83535656	18	2.3	18	83	0	57	45	7	7	40	1.59
83545017--83545288	48	5.7	48	80	3	289	25	19	30	23	1.98
83545017--83545292	96	2.9	97	86	3	371	25	19	30	24	1.98
83553993--83554302	48	6.5	48	74	4	212	28	20	27	23	1.99
83554073--83554302	96	2.4	95	81	4	248	27	19	28	24	1.99
83553983--83554250	144	1.9	144	88	1	403	30	19	26	23	1.98
83553989--83554295	144	2.1	144	84	2	393	29	19	27	23	1.98
83554687--83554862	59	3.0	58	91	5	273	27	22	26	23	1.99
83562998--83563024	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
83570227--83570372	37	3.9	37	93	0	229	26	31	19	23	1.98
83570522--83570619	50	2.0	50	89	4	153	29	26	7	36	1.83
83570577--83570769	47	4.1	46	86	4	221	25	30	11	33	1.91
83574854--83575112	40	6.5	40	91	0	401	24	28	22	23	1.99
83576391--83576531	37	3.9	37	87	8	211	26	31	19	23	1.98
83576681--83576777	49	2.0	50	93	2	169	30	25	6	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83576736--83576927	47	4.1	47	89	2	237	27	30	9	32	1.89
83576827--83576898	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
83584859--83585026	43	4.0	43	85	1	241	23	19	32	25	1.97
83585584--83585617	16	2.0	18	88	11	54	17	11	17	52	1.73
83590168--83590353	39	4.7	38	83	9	214	25	28	20	25	1.99
83590168--83590350	79	2.3	78	84	5	226	25	28	21	24	1.99
83593565--83593737	27	6.4	27	85	1	204	35	18	20	25	1.95
83594388--83594439	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
83600707--83600878	27	6.4	27	83	2	202	36	18	20	25	1.95
83600708--83600860	81	1.9	81	88	0	234	37	19	18	24	1.94
83600707--83600875	54	3.1	54	86	4	225	36	17	21	24	1.95
83605148--83605194	24	2.0	24	83	8	60	46	19	17	17	1.84
83607436--83607526	21	4.3	21	85	0	119	42	13	24	19	1.87
83607444--83607523	42	1.9	42	92	0	133	42	12	23	21	1.87
83610861--83610894	17	1.9	18	88	5	52	26	38	8	26	1.85
83614012--83614049	15	2.5	15	100	0	76	34	28	18	18	1.95
83615030--83615161	47	2.8	47	79	8	151	35	25	12	26	1.92
83619790--83620011	122	1.8	121	85	3	313	40	9	18	31	1.83
83620451--83620574	55	2.3	55	81	0	140	14	27	30	27	1.95
83632272--83632337	28	2.4	28	86	0	96	28	25	9	36	1.87
83632373--83632451	40	2.0	40	89	0	122	34	22	16	26	1.95
83641010--83641051	18	2.3	18	84	12	59	14	26	47	11	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83647466--83647561	45	2.1	45	98	0	183	14	31	4	50	1.62
83647546--83647591	16	2.9	16	78	18	51	0	26	2	71	0.97
83648642--83648733	40	2.4	38	81	5	103	16	15	34	33	1.90
83663630--83663666	18	2.1	18	100	0	74	48	18	5	27	1.70
83664733--83665293	50	10.9	51	75	8	431	26	17	26	29	1.98
83664740--83665280	101	5.3	101	82	6	622	25	17	26	29	1.97
83664841--83665230	213	1.8	214	93	0	674	26	17	26	29	1.97
83665180--83665257	22	3.3	22	68	25	68	23	14	30	32	1.94
83664789--83665321	263	2.0	265	87	1	775	26	17	26	29	1.97
83669154--83669187	13	2.6	13	100	0	68	35	14	14	35	1.87
83669833--83670476	101	6.3	99	81	6	576	27	17	25	29	1.97
83669933--83670421	262	1.9	264	89	0	766	26	17	26	29	1.98
83670195--83670484	50	5.8	49	86	1	364	28	17	24	29	1.97
83670195--83670483	100	2.9	100	86	2	409	28	17	24	29	1.97
83671870--83671900	15	2.1	15	100	0	62	41	12	0	45	1.42
83675415--83675522	37	2.9	37	92	0	180	25	32	18	23	1.97
83675663--83675904	48	5.0	48	91	0	385	31	25	6	36	1.82
83680844--83680889	15	2.9	16	81	12	51	78	6	6	8	1.10
83680845--83680898	12	4.5	12	77	9	56	81	7	5	5	0.98
83684854--83684903	26	2.0	26	84	7	68	30	2	6	62	1.31
83688938--83689250	157	2.0	157	96	0	581	26	13	20	39	1.90
83689940--83689983	22	2.0	22	90	0	70	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83690003--83690044	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
83690007--83690043	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
83690076--83690133	15	3.6	15	72	17	53	50	1	1	46	1.22
83691503--83691557	16	3.4	16	76	14	67	50	3	1	43	1.30
83691513--83691564	15	3.3	15	75	15	59	46	1	3	48	1.31
83691501--83691567	33	2.0	33	100	0	134	47	2	2	46	1.33
83692211--83692242	1	32.0	1	100	0	64	0	0	0	100	0.00
83698937--83698974	17	2.1	19	85	9	53	47	2	0	50	1.15
83699465--83699526	18	3.3	18	71	13	54	62	0	3	33	1.11
83700549--83700585	18	2.1	18	100	0	74	62	10	16	10	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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