genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   

This is table  103  of  343  ( 41150 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34429777--34429806	16	1.9	16	93	6	53	33	23	0	43	1.54
34430018--34430147	50	2.6	49	84	3	154	33	26	13	25	1.94
34429994--34430238	49	4.9	50	75	7	201	31	25	16	26	1.96
34436532--34436571	20	2.0	20	90	0	62	5	27	22	45	1.73
34439611--34439988	50	7.8	50	77	10	337	28	18	29	23	1.98
34439611--34439988	94	3.9	96	78	10	346	28	18	29	23	1.98
34443534--34443579	22	2.1	22	95	0	83	30	19	15	34	1.93
34450720--34450765	22	2.1	22	95	0	83	30	19	15	34	1.93
34454126--34454220	48	2.0	48	91	0	154	24	20	14	41	1.89
34465019--34465051	17	1.9	17	93	0	57	54	12	15	18	1.71
34468291--34468414	62	2.0	62	90	0	194	32	20	8	38	1.83
34472498--34472576	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
34472695--34473265	47	12.4	47	87	6	787	28	29	8	32	1.88
34497290--34497397	39	2.7	40	85	8	166	25	23	27	24	2.00
34497294--34497430	39	3.5	40	81	10	149	26	23	27	23	2.00
34517603--34517684	39	2.1	39	93	0	137	32	13	25	28	1.93
34527906--34527974	19	3.8	19	70	21	67	30	14	40	14	1.86
34527903--34527967	33	2.0	33	100	0	130	29	15	43	12	1.83
34541451--34541759	46	6.7	46	92	2	433	21	22	13	42	1.88
34543812--34543867	21	2.6	21	70	10	51	37	3	5	53	1.41
34545888--34546245	47	7.6	48	76	10	289	26	18	30	24	1.98
34545980--34546239	99	2.8	92	80	9	253	27	17	30	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34553632--34553987	49	7.6	48	75	12	226	29	17	28	23	1.97
34553724--34553939	98	2.3	90	84	12	262	29	17	29	24	1.97
34555035--34555098	31	2.1	31	90	0	101	34	17	18	29	1.94
34555169--34555207	21	1.9	21	89	5	62	12	38	25	23	1.90
34566702--34566838	66	2.1	66	90	0	211	21	37	18	22	1.94
34568048--34568135	45	1.9	46	84	6	117	36	14	21	27	1.93
34573541--34573604	28	2.2	28	83	2	74	28	23	6	42	1.78
34573712--34573749	18	2.1	18	85	9	51	68	7	0	23	1.16
34573747--34573816	22	3.3	22	76	11	83	48	25	1	24	1.59
34574248--34574293	19	2.4	19	92	7	76	47	2	2	47	1.26
34574586--34574664	42	1.9	42	84	2	106	53	6	5	35	1.48
34581424--34581833	200	2.0	201	95	1	734	30	18	22	27	1.97
34594008--34594045	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
34598279--34598338	21	2.9	21	92	7	97	18	23	41	16	1.90
34599573--34599980	48	8.5	48	84	0	494	27	26	16	29	1.97
34599558--34599980	96	4.4	96	88	0	578	26	26	17	29	1.97
34599558--34599980	191	2.2	192	88	0	605	26	26	17	29	1.97
34612036--34612151	50	2.3	50	77	11	128	28	28	15	27	1.96
34613425--34613459	18	2.0	18	88	5	54	28	14	20	37	1.91
34614483--34614591	29	3.8	30	78	8	120	22	33	18	25	1.96
34614490--34614602	58	2.0	57	84	8	149	22	31	17	28	1.96
34621973--34622004	15	2.0	17	88	11	50	25	21	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34625227--34625258	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
34629178--34629234	30	1.9	30	82	13	73	28	5	14	52	1.62
34630245--34630298	26	2.1	25	86	3	72	25	14	14	44	1.84
34631512--34631568	24	2.4	24	84	0	78	22	21	14	42	1.88
34631552--34631612	23	2.6	25	87	10	92	18	26	18	37	1.93
34633035--34633128	29	3.3	29	81	11	113	28	27	14	28	1.96
34634742--34634804	30	2.1	30	87	0	90	25	4	15	53	1.61
34634928--34634960	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
34636958--34637082	29	4.4	29	84	3	164	24	12	31	32	1.92
34636958--34637075	57	2.1	57	85	3	157	24	12	31	31	1.93
34640351--34640567	68	3.3	65	76	17	175	31	16	27	25	1.96
34645469--34645502	13	2.6	13	100	0	68	41	11	8	38	1.73
34648502--34648723	79	2.8	80	82	6	272	25	20	27	26	1.99
34648502--34648709	40	5.2	40	81	7	235	25	20	27	26	1.99
34652686--34652765	40	2.0	40	100	0	160	42	10	17	30	1.82
34670584--34670618	13	2.7	13	95	0	61	20	22	45	11	1.82
34674008--34674080	15	5.0	15	68	6	60	19	2	34	43	1.65
34673978--34674080	43	2.4	43	91	1	163	19	1	34	43	1.62
34673883--34674038	7	22.0	7	82	5	116	21	0	38	39	1.54
34677979--34678125	43	3.4	43	87	0	206	24	19	29	27	1.98
34685704--34685995	40	7.3	40	85	3	313	27	27	20	23	1.99
34685724--34685991	80	3.3	80	89	3	369	26	27	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34685708--34685995	120	2.4	120	85	2	398	27	28	20	23	1.99
34691809--34692020	40	5.3	40	89	2	232	27	27	20	23	1.99
34692895--34693022	29	4.5	28	86	2	166	32	25	12	29	1.92
34692894--34693022	57	2.3	57	89	2	197	32	25	12	29	1.92
34696397--34696440	21	2.1	21	83	8	54	43	18	13	25	1.86
34699312--34699471	40	4.0	40	89	3	207	22	23	28	25	1.99
34701852--34702101	47	5.3	47	92	0	383	34	8	30	27	1.86
34708820--34708858	14	2.8	14	88	11	62	56	7	5	30	1.49
34709183--34709227	24	1.9	24	95	4	83	62	2	0	35	1.08
34709301--34709352	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
34709405--34709464	22	2.8	22	85	5	70	50	0	0	50	1.00
34713997--34714041	11	4.1	11	78	21	58	46	0	0	53	1.00
34713992--34714031	11	3.2	13	82	17	57	47	0	0	52	1.00
34714009--34714060	22	2.4	22	83	6	61	53	0	0	46	1.00
34714897--34714930	13	2.6	13	85	0	50	32	29	26	11	1.92
34716339--34716506	46	3.6	46	77	13	182	29	28	20	22	1.98
34716347--34716518	93	1.8	93	88	0	263	27	28	20	22	1.99
34718064--34718287	40	5.6	40	83	6	274	26	25	22	25	2.00
34718079--34718287	83	2.6	80	85	3	276	27	26	22	23	2.00
34724857--34724902	17	2.8	18	84	15	64	28	41	30	0	1.56
34733002--34733174	59	2.8	61	77	9	181	27	15	31	24	1.96
34738353--34738512	74	2.2	74	93	0	266	25	30	24	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34739677--34739797	46	2.6	46	85	5	154	24	28	17	28	1.97
34742910--34743080	63	2.7	63	82	0	180	26	18	25	29	1.98
34744458--34744488	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
34744455--34744494	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
34744567--34744611	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
34744727--34744934	55	3.8	54	77	6	224	23	25	16	34	1.95
34748986--34749066	37	2.2	37	85	14	105	24	7	23	44	1.79
34760040--34760172	69	1.9	70	90	1	214	32	14	16	36	1.89
34761950--34762189	48	5.0	48	93	2	399	34	6	28	30	1.83
34761950--34762189	98	2.5	96	91	2	399	34	6	28	30	1.83
34762325--34762439	37	3.1	37	91	2	169	27	18	27	26	1.98
34763705--34763936	40	5.8	40	90	2	353	21	21	30	26	1.98
34763705--34763938	120	2.0	120	93	1	400	21	21	30	26	1.98
34766230--34766362	69	1.9	70	90	1	214	32	14	16	36	1.89
34768140--34768377	48	5.0	48	92	2	388	34	6	28	30	1.83
34768511--34768624	37	3.1	37	91	3	169	27	18	28	26	1.98
34770769--34770811	10	3.9	11	87	6	61	37	4	0	58	1.19
34783474--34783498	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
34785378--34785456	25	3.3	25	69	16	85	35	3	29	31	1.75
34785353--34785506	47	3.3	47	93	0	272	33	7	29	29	1.84
34786661--34786687	13	2.1	13	100	0	54	7	29	22	40	1.81
34787367--34787641	40	6.9	40	79	5	252	23	22	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34787365--34787644	80	3.5	80	86	0	364	23	21	28	26	1.99
34787407--34787639	120	1.9	119	89	0	358	24	21	27	26	1.99
34787632--34787715	43	2.0	43	90	0	132	15	22	29	32	1.95
34787637--34787732	43	2.2	43	83	0	111	16	20	30	32	1.95
34787864--34787983	58	2.1	57	86	6	165	24	15	27	33	1.95
34787884--34787997	58	2.0	58	85	0	156	25	15	27	31	1.96
34790138--34790162	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
34792037--34792162	25	5.3	25	65	14	86	34	5	30	29	1.80
34792012--34792165	47	3.3	47	93	0	263	34	7	29	28	1.84
34820301--34820394	47	2.0	47	100	0	188	38	27	6	27	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343