genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27816275--27816775	69	7.2	69	78	4	265	19	22	19	38	1.93
27816286--27816746	207	2.2	207	79	2	487	18	23	19	38	1.93
27816341--27816890	138	4.1	138	75	5	444	18	22	20	38	1.93
27821980--27823249	422	3.0	422	99	0	2513	26	25	18	29	1.98
27827448--27827504	25	2.3	25	81	0	69	21	28	26	24	1.99
27832299--27832447	42	3.5	42	80	6	151	22	18	29	30	1.97
27832378--27832459	42	1.9	43	90	2	130	21	19	29	29	1.98
27832421--27832519	51	2.0	50	83	2	126	25	17	26	31	1.97
27833884--27833928	23	2.0	23	100	0	90	31	4	26	37	1.76
27834951--27835036	26	3.3	26	68	12	68	29	4	6	59	1.44
27836124--27836158	16	2.1	17	94	5	63	48	5	0	45	1.26
27836548--27836616	35	2.0	35	100	0	138	34	20	15	28	1.94
27838212--27838283	36	2.0	36	94	0	126	30	13	16	38	1.88
27848006--27848054	21	2.4	21	82	3	64	59	2	0	38	1.09
27848303--27848397	30	3.2	29	79	10	84	31	7	1	60	1.31
27848327--27848385	10	5.9	10	74	11	50	30	1	1	66	1.12
27848325--27848385	9	6.3	9	72	12	50	32	1	1	63	1.13
27848601--27848832	87	2.6	89	81	9	251	34	7	19	38	1.81
27848866--27849091	85	2.6	85	80	9	235	33	16	10	38	1.83
27849254--27849349	40	2.4	41	75	16	103	61	0	6	32	1.21
27849283--27849378	39	2.5	39	80	11	99	61	1	7	30	1.30
27849568--27849699	9	14.6	9	67	11	65	30	4	1	63	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27849568--27849635	28	2.4	27	80	4	64	29	5	1	63	1.27
27850321--27850587	43	6.2	43	76	8	148	29	25	16	28	1.97
27850318--27850587	86	3.1	86	79	7	237	29	25	16	28	1.97
27850314--27850676	130	2.8	128	79	9	364	29	25	16	28	1.97
27855483--27855644	39	4.2	39	87	1	227	25	29	21	23	1.99
27855483--27855644	77	2.1	78	89	1	245	25	29	21	23	1.99
27862727--27863728	336	3.0	335	88	2	1427	34	12	24	28	1.91
27864984--27865147	81	2.0	81	97	0	310	20	28	9	42	1.82
27866226--27866465	27	9.0	27	81	7	215	25	15	19	40	1.90
27866214--27866434	54	4.1	54	85	4	286	24	15	19	40	1.90
27866214--27866434	107	2.1	108	84	5	288	24	15	19	40	1.90
27866226--27866463	54	4.5	53	85	4	273	25	15	19	39	1.90
27869308--27869386	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
27869505--27869993	47	10.4	47	93	0	807	29	29	8	32	1.87
27875942--27876153	27	7.9	26	87	3	246	24	15	19	40	1.90
27876496--27876530	18	1.9	18	88	0	52	22	25	8	42	1.82
27877944--27877974	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
27877941--27877980	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
27878169--27878423	55	4.8	53	80	9	245	21	25	17	36	1.95
27878216--27878416	108	1.8	110	90	4	327	22	25	17	34	1.96
27885516--27885546	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
27885513--27885552	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27887861--27887946	42	2.0	42	100	0	172	22	23	19	34	1.96
27888872--27888939	27	2.5	28	82	2	75	25	17	35	22	1.95
27891534--27891675	51	2.8	50	82	6	162	27	16	27	28	1.97
27903632--27903671	21	1.9	21	89	0	62	40	20	5	35	1.74
27918826--27918887	30	2.1	30	87	0	88	58	8	8	25	1.55
27919461--27919778	156	2.0	154	83	4	406	34	18	18	27	1.95
27920081--27920197	7	16.4	7	69	10	67	23	0	28	47	1.58
27920144--27920190	22	2.2	22	77	14	53	23	0	29	46	1.52
27920192--27920282	21	4.3	21	72	13	62	25	0	39	35	1.56
27922394--27922532	48	2.9	48	84	0	197	23	29	20	25	1.99
27926207--27926544	9	37.9	9	76	9	239	44	16	1	38	1.57
27926210--27926329	34	3.6	34	72	21	112	45	20	0	33	1.57
27926208--27926462	61	4.3	60	78	11	215	45	16	1	36	1.55
27926271--27926376	43	2.5	44	83	11	148	48	15	0	35	1.51
27930839--27930910	5	13.8	5	72	21	51	19	5	1	73	1.10
27930823--27930866	20	2.2	20	91	4	70	20	2	0	77	0.88
27930839--27930910	14	4.6	15	77	15	67	19	5	1	73	1.10
27930843--27930910	24	2.7	25	78	15	86	20	5	1	72	1.14
27933730--27933754	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
27935039--27935078	6	6.8	6	97	2	73	12	35	0	52	1.39
27943656--27943691	17	2.1	17	100	0	72	55	0	33	11	1.35
27943807--27943838	7	4.6	7	100	0	64	28	28	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27944591--27944636	21	2.2	21	100	0	92	21	0	8	69	1.15
27948948--27949013	29	2.2	30	81	10	82	21	25	10	42	1.85
27949004--27949223	29	7.6	29	81	5	205	25	25	12	36	1.91
27948968--27949193	115	2.0	116	88	0	337	24	26	12	36	1.91
27951016--27951063	24	2.0	24	100	0	96	20	25	16	37	1.93
27955431--27955529	44	2.2	44	96	0	180	27	21	21	30	1.98
27960077--27960197	43	2.8	43	93	0	215	30	33	23	11	1.91
27961565--27961811	40	6.2	40	89	1	327	29	28	19	22	1.98
27963837--27963965	43	3.0	43	94	2	224	31	32	23	13	1.93
27969390--27969516	45	2.9	45	83	8	138	24	27	23	24	2.00
27969833--27970021	43	4.4	43	89	1	283	29	33	23	13	1.93
27969993--27970076	38	2.2	38	86	0	123	30	26	21	21	1.98
27973832--27973896	33	2.0	33	96	0	121	32	26	18	23	1.97
27973812--27973961	40	4.0	40	83	12	208	29	28	18	24	1.98
27982132--27982282	37	4.0	40	89	8	235	29	30	17	22	1.97
27986818--27986870	26	2.0	26	92	0	88	41	5	16	35	1.73
27992019--27992242	47	4.8	48	79	11	232	24	29	18	27	1.98
27992019--27992290	94	2.9	94	79	9	281	25	28	18	27	1.98
27992027--27992287	140	1.9	140	85	9	363	25	28	17	28	1.98
27998044--27998129	27	3.2	26	69	18	77	47	16	9	26	1.76
27998044--27998153	54	2.0	54	96	0	202	48	16	9	26	1.76
27998060--27998142	27	3.1	26	66	24	73	44	15	10	28	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27998069--27998153	27	3.2	26	66	24	68	48	16	8	27	1.74
27999396--27999479	43	2.0	43	90	0	132	27	27	20	25	1.99
27999407--27999528	43	2.9	43	77	2	120	31	27	18	22	1.97
28002183--28002242	15	4.0	15	84	0	75	55	13	18	13	1.70
28007659--28007750	44	2.2	43	80	5	107	35	25	15	23	1.94
28012954--28013082	42	3.0	42	80	4	132	34	20	15	29	1.93
28013744--28013821	25	3.2	25	60	10	61	43	15	16	24	1.86
28013745--28013846	49	2.1	49	96	0	186	41	17	15	25	1.89
28013758--28013834	24	3.2	24	62	10	57	42	15	18	23	1.88
28015541--28015574	17	1.9	18	88	5	52	26	8	5	58	1.51
28022123--28022307	97	1.9	97	85	2	255	29	14	24	31	1.95
28022912--28022949	13	2.8	13	88	4	58	42	0	13	44	1.43
28022975--28023022	10	4.8	10	82	10	62	25	10	2	62	1.38
28032176--28032351	47	3.8	47	75	12	166	30	28	18	22	1.98
28032773--28032833	30	2.0	30	84	6	79	29	26	6	37	1.81
28034199--28034225	13	2.1	13	100	0	54	14	7	11	66	1.43
28039688--28039864	47	3.8	47	80	12	211	29	28	19	22	1.98
28040286--28040345	30	2.0	29	87	9	86	28	26	8	36	1.85
28043733--28043800	33	2.1	33	100	0	136	41	23	8	26	1.83
28050739--28050768	7	4.3	7	95	0	51	46	53	0	0	1.00
28054186--28054234	21	2.3	21	82	0	53	32	2	18	46	1.60
28054809--28054954	43	3.4	42	79	7	125	28	16	25	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28056152--28056263	26	4.2	26	82	5	127	20	18	17	42	1.89
28056165--28056274	27	4.1	27	78	9	66	22	18	20	39	1.93
28056258--28056409	27	5.6	27	83	3	180	40	16	13	28	1.87
28069726--28069785	26	2.3	26	97	0	111	28	16	16	38	1.91
28075664--28075712	23	2.2	21	79	10	53	65	0	8	26	1.20
28079201--28079230	13	2.3	13	94	0	51	40	10	26	23	1.86
28085715--28085823	40	2.7	39	81	11	114	27	15	25	31	1.96
28101449--28101481	6	5.5	6	100	0	66	84	0	0	15	0.61
28101523--28101580	29	2.0	29	96	0	107	29	22	31	17	1.96
28119609--28119734	62	2.0	62	95	0	225	45	19	11	24	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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