genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69155229--69155316	44	2.0	44	97	0	167	29	23	18	28	1.98
69158347--69158379	17	2.0	17	88	5	50	15	6	6	72	1.24
69159749--69159896	43	3.5	43	75	9	133	27	25	20	26	1.99
69164616--69164721	17	5.8	18	84	8	128	37	13	10	38	1.79
69165119--69166039	207	4.5	207	90	0	1405	30	22	17	29	1.97
69166219--69166527	43	7.3	43	66	17	146	23	20	23	31	1.98
69166168--69166537	87	4.4	84	82	7	439	23	21	23	31	1.98
69167466--69167533	22	3.0	23	82	18	81	7	10	1	80	0.95
69167466--69167534	23	3.0	23	79	12	72	7	10	1	81	0.94
69172344--69172391	24	2.0	24	100	0	96	37	29	12	20	1.90
69172974--69173097	17	6.8	18	87	5	171	37	14	11	37	1.82
69172974--69173089	35	3.2	35	95	3	196	37	13	12	37	1.82
69177310--69177452	48	3.0	48	89	0	214	34	28	15	20	1.93
69182608--69182646	18	2.2	18	86	9	53	76	0	5	17	0.96
69182550--69182645	11	8.4	11	71	11	59	70	1	5	22	1.13
69193898--69194015	36	2.9	43	78	17	160	35	1	14	48	1.54
69194035--69194115	35	2.3	35	87	4	119	44	7	3	44	1.49
69196258--69196307	18	2.6	20	87	9	77	32	0	38	30	1.58
69197088--69197149	7	8.9	7	77	19	67	54	27	3	14	1.55
69197089--69197156	21	3.2	21	75	19	70	52	27	2	16	1.57
69197420--69197591	84	2.1	83	88	3	256	31	18	19	30	1.96
69199073--69199125	21	2.5	21	71	0	52	16	26	33	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69202059--69202097	17	2.3	17	86	8	53	25	0	0	74	0.82
69202063--69202103	21	1.9	22	90	5	66	24	0	0	75	0.80
69202470--69202507	20	1.9	20	88	0	58	21	21	23	34	1.97
69202888--69202940	21	2.5	21	78	0	61	11	26	28	33	1.91
69209486--69209544	28	2.1	28	96	0	109	30	28	6	33	1.83
69216564--69216685	47	2.6	47	97	0	226	36	13	24	25	1.93
69216664--69216915	55	4.6	54	86	4	305	35	17	23	22	1.95
69220218--69220257	16	2.3	18	87	8	57	40	25	15	20	1.90
69220276--69220309	17	2.0	17	88	0	50	47	32	5	14	1.69
69220962--69221018	24	2.4	24	76	5	62	29	17	12	40	1.86
69222789--69222874	45	1.9	45	88	4	129	44	37	2	16	1.60
69222784--69222879	23	4.3	23	84	4	133	45	37	2	14	1.57
69223682--69223717	3	12.7	3	88	11	58	27	0	0	72	0.85
69228132--69228169	3	13.7	3	84	15	55	26	0	0	73	0.83
69228131--69228171	5	7.6	5	94	5	55	24	0	0	75	0.80
69229463--69229506	16	2.5	19	82	17	60	40	25	9	25	1.84
69229538--69229571	17	2.0	17	88	0	50	44	32	5	17	1.73
69230464--69230494	16	1.9	16	93	0	53	38	9	0	51	1.35
69231876--69231905	16	1.9	15	93	6	51	40	0	0	60	0.97
69251132--69251174	15	2.9	14	83	13	50	79	13	0	6	0.93
69254091--69254138	20	2.5	20	83	6	64	33	2	6	58	1.35
69257579--69257639	30	2.1	29	82	14	72	60	4	8	26	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69257641--69257698	27	2.1	27	84	12	75	62	0	6	31	1.22
69257713--69257750	20	1.9	20	84	10	51	63	2	2	31	1.22
69257808--69257845	19	2.0	19	89	0	58	60	2	5	31	1.33
69258958--69258994	17	2.0	20	85	15	53	8	10	43	37	1.69
69260639--69260671	17	1.9	17	88	11	50	48	18	0	33	1.48
69264204--69264256	5	10.2	5	76	8	52	56	0	3	39	1.17
69264194--69264259	18	3.9	18	73	15	68	57	0	3	39	1.14
69264196--69264256	32	1.9	32	86	0	86	55	0	3	40	1.16
69273406--69273438	5	6.6	5	92	0	57	42	33	0	24	1.55
69277926--69277969	20	2.2	20	95	0	79	34	36	20	9	1.84
69282914--69283006	45	2.1	45	89	0	141	18	19	21	40	1.91
69283009--69283136	59	2.2	59	91	0	202	17	20	21	41	1.90
69283244--69283418	18	9.3	18	68	14	57	37	12	13	36	1.83
69287178--69287202	12	2.1	12	100	0	50	24	8	32	36	1.84
69293193--69293314	47	2.6	47	94	0	208	36	14	23	25	1.93
69293293--69293489	54	3.6	54	81	6	229	36	17	22	22	1.95
69297785--69297850	33	2.0	33	96	0	123	31	9	19	39	1.83
69300238--69300436	23	8.7	23	82	4	231	24	19	26	30	1.98
69303302--69303459	55	2.9	53	81	10	178	36	17	20	25	1.94
69310770--69310930	40	4.0	39	74	9	128	32	18	22	26	1.97
69311059--69311100	22	1.9	22	85	0	57	21	0	33	45	1.52
69311541--69311580	21	1.9	21	85	10	55	55	20	0	25	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69311703--69311755	21	2.5	21	81	0	70	54	22	0	22	1.45
69312365--69312510	75	1.9	75	82	8	181	32	17	15	34	1.91
69312301--69312640	188	1.8	189	83	7	458	33	19	16	30	1.93
69314450--69314496	24	2.0	24	91	0	76	27	19	8	44	1.79
69314712--69314827	19	5.8	19	71	21	87	43	0	5	51	1.24
69314746--69314797	22	2.3	23	93	3	88	42	0	7	50	1.31
69314712--69314827	61	1.9	62	96	1	216	43	0	5	51	1.24
69314732--69314856	29	4.2	29	73	15	103	44	0	3	51	1.23
69315131--69315242	9	12.7	9	83	5	104	46	20	1	31	1.61
69315088--69315150	32	2.0	31	81	12	74	46	17	4	31	1.69
69320739--69320775	15	2.5	15	90	0	56	35	13	48	2	1.57
69320751--69320805	21	2.6	21	83	11	76	36	20	43	0	1.52
69321046--69321111	31	2.1	31	88	0	96	16	9	21	53	1.71
69324160--69324202	17	2.5	17	85	14	54	41	0	2	55	1.12
69324160--69324202	16	2.6	16	85	14	52	41	0	2	55	1.12
69324171--69324256	19	4.7	18	69	12	50	33	0	6	59	1.24
69324191--69324235	19	2.4	20	78	14	51	37	0	8	53	1.32
69325034--69325070	14	2.6	14	100	0	74	8	5	0	86	0.70
69327202--69327252	23	2.3	23	83	12	63	19	7	3	68	1.30
69333586--69333899	27	11.7	27	85	1	344	39	21	8	29	1.83
69333880--69333939	27	2.2	27	96	0	111	41	13	11	33	1.80
69333824--69333969	27	5.4	27	81	6	100	38	19	13	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69338280--69338324	19	2.4	19	85	7	56	28	22	8	40	1.84
69339167--69339214	25	1.9	25	83	8	62	52	16	14	16	1.76
69340854--69340897	23	1.9	23	86	9	63	11	27	0	61	1.30
69343076--69343123	25	1.9	25	83	8	62	52	16	14	16	1.76
69350500--69350564	28	2.4	27	82	10	71	32	9	3	55	1.47
69350632--69350687	22	2.5	22	72	18	53	35	3	5	55	1.40
69353001--69353033	5	6.8	5	86	6	50	78	0	0	21	0.75
69356474--69356524	24	2.1	24	85	0	66	54	9	3	31	1.51
69358445--69358493	24	2.0	24	84	0	62	53	10	6	30	1.59
69359378--69359489	50	2.2	50	82	0	134	34	25	16	24	1.95
69360259--69360309	24	2.1	24	96	0	93	33	19	5	41	1.76
69362918--69362975	22	2.6	22	81	10	55	29	8	0	62	1.25
69363172--69363319	57	2.7	56	78	17	134	32	5	6	56	1.47
69363309--69363372	27	2.4	26	84	2	83	39	6	3	51	1.43
69363402--69363513	12	9.3	12	67	23	51	33	3	3	58	1.32
69363457--69363515	18	3.2	18	80	17	68	30	3	1	64	1.20
69367296--69367340	22	2.0	22	95	0	81	28	20	4	46	1.69
69375464--69375631	75	2.3	73	81	4	187	25	15	20	38	1.92
69375644--69375892	88	2.8	88	84	6	331	28	18	19	34	1.95
69375823--69376380	149	3.7	147	83	8	624	28	17	20	33	1.95
69375801--69376262	74	6.2	73	82	8	522	28	16	20	34	1.95
69376189--69376349	87	1.9	86	92	1	268	28	15	20	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69376605--69376687	42	2.0	42	80	4	96	31	15	27	25	1.96
69377403--69377444	10	4.5	10	80	14	54	80	2	0	16	0.81
69377403--69377446	18	2.5	17	92	7	79	79	2	0	18	0.83
69378049--69378108	22	2.7	23	82	10	61	28	10	0	61	1.28
69378308--69378359	3	17.7	3	80	4	61	32	1	3	61	1.25
69378452--69378521	24	2.7	28	76	17	78	38	7	2	51	1.44
69378597--69378655	18	3.2	18	80	17	68	30	5	1	62	1.26
69382435--69382680	49	5.0	49	83	3	303	28	26	17	26	1.98
69382927--69382980	27	2.0	27	85	0	72	38	12	7	40	1.72
69388236--69388409	49	3.5	49	82	1	231	27	16	25	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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