genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7225388--7225453	18	3.6	19	74	13	57	59	7	1	31	1.35
7225388--7225441	18	2.9	19	75	8	58	61	7	1	29	1.34
7225902--7225958	9	6.4	9	70	25	50	43	0	0	56	0.99
7225999--7226046	19	2.5	20	76	6	55	37	2	2	58	1.22
7231190--7231232	20	2.2	20	83	8	52	32	2	2	62	1.20
7231893--7231965	30	2.4	30	80	8	78	47	6	4	41	1.49
7233287--7233337	23	2.2	24	85	3	68	27	3	0	68	1.07
7240733--7240816	43	1.9	44	80	7	100	50	4	3	41	1.41
7244191--7244313	49	2.6	47	86	3	156	27	30	17	24	1.97
7244235--7244504	48	5.7	46	80	10	219	24	27	20	28	1.99
7244290--7244504	46	4.6	47	78	9	188	23	27	20	28	1.99
7244290--7244504	94	2.3	93	85	6	292	23	27	20	28	1.99
7244193--7244513	94	3.4	93	77	10	258	25	28	19	27	1.98
7245680--7245706	14	1.9	14	100	0	54	44	14	3	37	1.63
7250132--7250181	23	2.1	24	85	7	66	24	4	18	54	1.61
7250373--7250405	17	1.9	17	100	0	66	24	24	12	39	1.89
7252438--7252470	16	2.0	17	94	5	59	78	15	0	6	0.93
7254247--7254296	24	2.2	22	82	7	55	22	10	4	64	1.41
7254256--7254308	22	2.3	23	87	6	72	24	9	0	66	1.21
7254966--7254998	16	2.1	16	100	0	66	39	0	18	42	1.50
7256180--7256257	41	1.9	41	86	0	111	32	16	20	30	1.95
7257908--7258166	27	10.3	26	71	18	192	60	1	12	25	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7257912--7257975	21	3.0	20	75	18	65	65	3	12	18	1.38
7257971--7258166	28	7.7	27	68	21	95	59	1	12	26	1.40
7257872--7258133	49	5.3	46	72	16	179	61	1	13	23	1.43
7257952--7258131	77	2.4	77	88	3	274	60	1	13	25	1.43
7258109--7258256	21	7.0	20	69	22	81	64	1	10	23	1.33
7258190--7258247	16	3.6	16	77	9	55	67	1	10	20	1.29
7258450--7258491	16	2.7	16	85	14	61	61	2	4	30	1.29
7258450--7258491	15	2.7	15	85	10	50	61	2	4	30	1.29
7258790--7258828	17	2.3	17	90	0	60	53	2	15	28	1.55
7261032--7261488	3	153.0	3	66	12	120	61	2	8	28	1.37
7261306--7261430	55	2.3	55	80	4	126	65	3	8	22	1.35
7261423--7261473	26	2.0	26	84	7	68	60	3	1	33	1.26
7262087--7262139	21	2.5	21	87	6	72	30	1	3	64	1.22
7262087--7262130	11	4.0	11	82	8	54	27	0	4	68	1.09
7262759--7262817	23	2.6	22	79	10	66	42	20	5	32	1.74
7267902--7267960	23	2.6	22	82	10	75	44	20	3	32	1.68
7268577--7268860	88	3.2	88	87	3	412	23	19	25	30	1.98
7268863--7269620	87	8.7	87	89	1	997	21	21	20	35	1.96
7268941--7269611	43	15.5	43	66	11	179	21	22	20	36	1.95
7269454--7269583	44	3.0	43	69	11	113	23	20	17	37	1.94
7269685--7269813	66	2.0	66	95	0	231	36	10	20	32	1.87
7270827--7270855	4	7.2	4	100	0	58	75	0	24	0	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7278048--7278080	4	8.2	4	100	0	66	75	0	24	0	0.80
7278843--7278953	47	2.4	47	83	6	145	26	16	22	35	1.95
7282532--7282596	25	2.6	25	92	0	103	41	9	26	23	1.84
7282532--7282576	14	3.4	14	70	17	51	42	8	24	24	1.83
7286084--7286137	28	1.9	28	88	0	81	48	27	0	24	1.52
7286366--7286460	44	2.2	44	86	0	127	24	20	20	35	1.95
7289922--7289979	25	2.4	25	94	2	100	34	13	27	24	1.93
7290665--7290706	20	2.0	22	86	9	61	33	2	4	59	1.31
7290729--7290796	24	2.9	23	75	12	59	44	1	2	51	1.25
7290684--7290852	63	2.7	62	85	11	199	40	1	2	54	1.26
7291029--7291083	16	3.4	16	78	9	58	29	23	7	40	1.81
7292125--7292158	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
7298130--7298216	41	2.1	41	82	0	102	70	9	1	19	1.21
7298198--7298256	27	2.3	25	74	20	59	62	0	3	33	1.12
7298226--7298268	23	2.0	21	86	9	59	67	0	2	30	1.03
7299915--7299957	14	2.9	14	86	10	50	67	0	2	30	1.03
7299927--7299973	22	2.1	22	88	0	67	68	0	4	27	1.08
7300990--7301023	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
7325546--7325630	33	2.6	33	76	10	93	29	18	28	23	1.98
7325686--7325796	45	2.5	45	81	0	132	36	16	25	22	1.94
7325771--7325936	46	3.6	46	95	1	298	40	10	24	25	1.86
7326435--7326611	46	3.9	45	83	5	205	19	22	14	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7330344--7330411	28	2.5	26	75	11	66	27	16	7	48	1.72
7330284--7330446	60	2.7	61	75	10	163	23	18	11	46	1.82
7331015--7331076	27	2.3	27	85	2	79	54	8	11	25	1.63
7331138--7331182	23	2.0	23	86	0	63	60	6	6	26	1.47
7333556--7333593	19	2.1	19	90	5	60	55	7	0	36	1.29
7334085--7334123	12	3.2	12	92	0	60	2	17	0	79	0.84
7335764--7335806	3	14.7	3	95	4	79	69	0	0	30	0.88
7340066--7340120	25	2.2	26	83	3	67	40	1	3	54	1.28
7340566--7340590	8	3.1	8	100	0	50	76	12	0	12	1.04
7352770--7352814	17	2.6	18	89	10	76	51	8	8	31	1.64
7352835--7352868	17	1.9	18	88	5	52	55	11	11	20	1.67
7354389--7354419	9	3.6	9	91	8	55	19	0	0	80	0.71
7354389--7354418	8	3.6	8	95	4	51	20	0	0	80	0.72
7354670--7355165	54	9.0	54	88	7	732	38	17	15	28	1.90
7354670--7355165	170	3.0	164	89	6	736	38	17	15	28	1.90
7354670--7355165	110	4.5	109	90	6	754	38	17	15	28	1.90
7355144--7355194	14	3.6	14	92	5	84	62	5	15	15	1.50
7355164--7355513	87	4.0	86	81	9	372	37	20	17	24	1.93
7355438--7355765	73	4.3	74	83	8	401	33	20	18	27	1.96
7355745--7355779	14	2.5	14	95	0	61	60	5	17	17	1.55
7355667--7355942	86	3.1	92	83	8	372	35	17	18	27	1.94
7355269--7357013	407	4.4	393	79	13	1506	34	19	17	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7355854--7357086	73	16.1	74	75	14	964	33	19	16	30	1.94
7356144--7356309	86	1.9	86	89	6	255	30	19	16	33	1.94
7356381--7356415	14	2.5	14	85	0	52	60	5	20	14	1.54
7356224--7357086	226	3.8	230	80	12	1044	33	19	16	30	1.94
7355995--7356757	384	1.9	393	86	7	1071	33	19	15	30	1.94
7356395--7356762	78	4.9	76	86	4	496	32	19	16	31	1.95
7356395--7357086	150	4.6	150	77	17	611	32	19	16	30	1.94
7356705--7356820	58	2.0	58	93	3	198	31	25	18	25	1.97
7356763--7357013	83	3.0	85	81	5	348	34	18	15	31	1.92
7356934--7357069	71	1.9	71	92	0	227	30	22	16	30	1.96
7363580--7363616	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
7368297--7368394	29	3.4	29	76	14	87	44	2	19	33	1.62
7373106--7373256	78	1.9	79	84	2	205	47	9	21	21	1.79
7379644--7379717	29	2.5	29	86	4	94	50	14	14	20	1.78
7393411--7393472	25	2.5	25	86	2	90	37	22	22	17	1.94
7396937--7396988	16	3.2	16	78	8	61	53	1	7	36	1.41
7396936--7396996	17	3.6	17	76	10	72	52	1	6	39	1.37
7405452--7405485	12	2.8	12	86	0	50	67	2	0	29	1.05
7407719--7407863	41	3.5	41	70	13	118	37	19	15	26	1.92
7412186--7412237	26	2.0	26	96	0	95	38	17	23	21	1.93
7423311--7423339	8	3.8	8	90	9	51	55	0	0	44	0.99
7423941--7423975	17	2.1	17	88	0	52	34	5	17	42	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7424368--7424399	13	2.5	13	95	5	57	56	6	0	37	1.25
7433402--7433468	5	13.4	5	80	13	68	20	1	0	77	0.85
7433415--7433468	15	3.7	15	88	11	78	22	1	0	75	0.89
7433402--7433480	15	5.3	14	84	9	70	21	1	0	77	0.84
7434206--7434385	96	1.9	96	85	2	254	27	14	25	32	1.95
7434409--7434441	7	4.9	7	92	7	59	90	0	9	0	0.44
7434407--7434441	13	2.6	13	95	4	61	91	0	8	0	0.42
7435002--7435034	15	2.2	15	100	0	66	39	0	12	48	1.40
7435816--7435849	18	1.9	18	88	5	52	29	11	2	55	1.50
7437120--7437181	27	2.3	27	88	2	88	32	20	12	33	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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