genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12345597--12345635	17	2.4	17	86	4	53	64	7	0	28	1.21
12345802--12345847	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
12345943--12345976	7	5.0	7	96	3	61	58	0	0	41	0.98
12345943--12346004	14	4.5	13	84	9	70	59	3	0	37	1.13
12346077--12346157	18	4.5	18	74	11	60	60	4	7	27	1.44
12347729--12347757	14	2.1	14	93	6	51	72	3	0	24	1.00
12348204--12348255	24	2.2	24	85	0	68	36	3	11	48	1.58
12358010--12358054	22	2.0	22	82	0	54	17	8	8	64	1.47
12360300--12360366	23	3.0	23	78	8	75	22	1	13	62	1.39
12364010--12364034	2	12.5	2	100	0	50	0	0	52	48	1.00
12366905--12366956	26	2.0	25	82	10	61	42	15	5	36	1.71
12367151--12367190	20	2.0	21	85	5	55	57	7	2	32	1.40
12367332--12367373	22	1.9	22	85	9	59	45	2	2	50	1.27
12376555--12376614	30	2.0	31	83	9	79	56	1	5	36	1.31
12377227--12377261	14	2.5	14	100	0	70	34	25	28	11	1.91
12378022--12378089	16	4.2	16	96	0	127	23	0	38	38	1.55
12378325--12378359	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
12378212--12378683	157	3.0	157	97	0	872	44	2	4	47	1.39
12378462--12378503	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
12378471--12378512	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
12378619--12378660	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
12378628--12378669	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12378954--12379142	59	3.2	58	72	14	195	55	3	0	41	1.20
12378915--12379216	120	2.5	120	96	0	550	51	4	0	42	1.28
12379015--12379198	37	4.7	37	70	17	131	51	3	1	43	1.27
12378970--12379128	26	6.5	26	62	23	76	54	3	0	42	1.21
12379013--12379203	61	3.2	61	73	11	221	52	3	1	42	1.26
12393254--12393303	9	5.8	9	73	17	52	40	10	10	40	1.72
12393444--12393498	26	2.2	25	80	6	58	25	27	20	27	1.99
12393779--12393834	27	2.1	27	100	0	112	33	21	12	32	1.91
12396608--12396703	34	2.8	34	87	3	140	42	1	14	41	1.52
12396804--12397318	125	4.1	123	86	4	642	39	15	15	30	1.88
12396804--12397318	249	2.1	250	86	4	720	39	15	15	30	1.88
12399378--12399424	20	2.2	20	85	7	58	72	4	4	19	1.18
12400612--12400656	22	2.0	23	83	12	58	46	2	20	31	1.62
12403057--12403097	18	2.3	18	95	0	73	39	9	26	24	1.86
12416549--12416593	23	2.0	23	100	0	90	40	15	17	26	1.90
12423326--12423426	27	3.7	27	78	2	114	24	24	15	34	1.95
12425187--12425321	40	3.4	40	82	3	164	23	17	24	34	1.95
12425304--12425363	28	2.1	28	84	6	77	26	10	28	35	1.89
12432745--12432878	40	3.3	40	82	4	128	26	17	24	32	1.97
12434461--12434528	35	1.9	35	82	5	84	32	25	11	30	1.91
12434503--12434591	40	2.4	38	85	9	112	29	23	10	37	1.88
12437971--12438017	21	2.3	21	82	10	53	48	2	4	44	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12440146--12440189	20	2.4	18	88	11	63	0	34	0	65	0.93
12440218--12440245	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
12440286--12440328	17	2.4	18	77	14	54	39	6	0	53	1.28
12447424--12447470	6	7.8	6	100	0	94	48	0	34	17	1.47
12456189--12456256	11	5.9	11	71	21	50	38	0	1	60	1.06
12456195--12456259	36	1.9	34	84	12	89	38	0	1	60	1.07
12456475--12456499	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
12457503--12457556	29	2.0	28	82	17	69	50	3	16	29	1.63
12459623--12459676	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
12459666--12459693	11	2.5	11	100	0	56	28	0	0	71	0.86
12461849--12461965	23	5.0	23	73	12	112	15	27	24	32	1.95
12461843--12462009	71	2.3	71	79	5	167	16	25	22	35	1.95
12466744--12466776	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
12466875--12466952	38	2.0	37	82	9	93	61	1	7	29	1.32
12468586--12468884	44	6.8	44	69	12	168	20	21	22	35	1.96
12468574--12468790	89	2.5	88	83	6	253	20	21	22	36	1.95
12468682--12469048	86	4.2	87	82	7	363	18	22	22	35	1.95
12468822--12469055	42	5.5	42	69	15	174	20	22	22	35	1.96
12468806--12469048	86	2.8	86	89	3	364	18	24	21	35	1.96
12468855--12469048	44	4.5	44	71	12	152	17	24	22	36	1.95
12478419--12478480	19	3.4	19	72	14	58	61	0	4	33	1.17
12478419--12478459	14	2.7	15	88	7	57	63	0	4	31	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12479876--12480004	49	2.8	45	72	17	136	30	19	16	34	1.94
12480188--12480355	45	3.8	45	68	13	123	19	21	22	36	1.95
12480185--12480396	87	2.4	87	83	6	241	20	20	22	36	1.95
12480268--12480592	44	7.6	42	69	11	203	19	20	23	36	1.95
12480351--12480592	86	2.8	85	89	1	367	19	21	22	36	1.95
12488793--12488889	43	2.3	43	78	3	106	29	13	24	31	1.93
12492613--12492648	18	1.9	19	88	5	56	36	16	0	47	1.47
12492878--12493013	56	2.4	56	93	0	218	33	25	13	27	1.93
12493910--12493942	16	1.9	18	88	11	52	45	6	0	48	1.27
12503265--12503289	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
12503922--12503977	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
12504576--12504656	39	2.1	39	100	0	162	41	0	27	30	1.56
12505569--12505609	22	1.9	21	90	5	64	19	14	19	46	1.84
12507995--12508064	24	3.0	23	70	13	63	48	4	21	25	1.68
12511377--12511401	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
12511463--12511487	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
12513105--12513135	16	1.9	16	93	0	53	25	9	22	41	1.84
12514274--12514320	18	2.6	18	80	10	51	42	12	25	19	1.86
12514300--12514410	45	2.5	45	85	2	152	42	17	18	21	1.89
12515786--12515842	20	2.8	20	82	15	71	54	1	1	42	1.21
12518458--12518680	119	1.9	120	83	6	292	26	27	21	24	2.00
12518437--12518680	40	6.1	40	82	6	282	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12526580--12526802	119	1.9	120	85	6	310	25	27	22	24	2.00
12526559--12526802	40	6.1	40	85	6	300	25	27	22	24	2.00
12534814--12534872	3	19.7	3	100	0	118	32	0	0	67	0.91
12534934--12535011	17	4.6	17	69	12	54	12	3	6	76	1.11
12539993--12540043	26	2.0	26	84	3	68	64	3	0	31	1.11
12540005--12540053	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
12542614--12542709	47	2.0	47	94	4	167	23	8	14	53	1.68
12545162--12545203	18	2.3	18	88	8	59	59	2	7	30	1.37
12545662--12545717	23	2.5	22	76	2	58	55	7	1	35	1.38
12547573--12548055	205	2.4	204	87	2	682	29	21	18	31	1.97
12560573--12560614	18	2.3	18	88	8	59	59	2	7	30	1.37
12561048--12561107	29	2.1	28	87	9	86	58	3	0	38	1.15
12561069--12561124	23	2.5	22	76	2	58	55	7	1	35	1.38
12561094--12561136	9	4.6	9	81	18	52	53	9	2	34	1.46
12564856--12564928	29	2.5	29	88	6	103	47	13	15	23	1.80
12565029--12565094	35	1.9	35	90	3	107	42	10	0	46	1.38
12566788--12566820	17	1.9	17	88	11	50	30	9	6	54	1.56
12568479--12568748	134	2.0	135	94	0	470	25	13	24	35	1.93
12577711--12577750	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
12577812--12577951	27	5.2	28	88	5	175	35	22	23	17	1.95
12579571--12579653	26	3.2	26	96	0	148	36	25	4	33	1.77
12583361--12583398	16	2.4	16	95	0	67	36	13	7	42	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12594668--12594721	11	5.0	11	86	4	65	27	5	50	16	1.68
12598764--12598860	18	5.4	18	86	0	122	38	13	16	31	1.87
12599392--12599435	11	4.0	11	96	0	79	27	9	47	15	1.76
12601227--12601325	33	3.2	33	61	24	77	37	4	6	52	1.45
12601220--12601349	61	2.1	62	95	2	235	36	4	6	52	1.47
12606780--12606898	59	2.0	59	100	0	238	37	21	18	21	1.94
12609382--12609510	15	8.9	14	72	17	70	24	6	2	65	1.29
12609382--12609489	29	3.8	28	73	22	82	25	7	2	64	1.33
12609382--12609536	23	7.0	23	69	23	86	26	7	1	63	1.32
12609479--12609521	21	2.1	21	82	4	52	27	6	0	65	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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