genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78028189--78028362	46	3.7	47	80	12	173	29	20	29	20	1.98
78034552--78034621	28	2.6	27	86	2	86	28	20	28	22	1.98
78034497--78034648	55	2.8	53	81	4	178	28	16	28	26	1.97
78034498--78034653	27	5.7	27	78	6	145	27	16	28	27	1.97
78039578--78039695	41	2.8	43	80	7	143	26	17	24	31	1.97
78039709--78039899	56	3.4	56	88	2	260	26	13	25	35	1.92
78039712--78039926	112	1.9	112	82	5	265	26	13	25	34	1.93
78041228--78041260	13	2.4	14	90	5	50	24	0	12	63	1.28
78046400--78046567	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
78046423--78046567	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
78047756--78047831	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
78053514--78053658	40	3.6	40	84	4	175	24	25	24	26	2.00
78054848--78054920	38	1.9	38	100	0	146	32	23	13	30	1.93
78062828--78062879	25	2.1	25	85	7	70	28	7	32	30	1.85
78066706--78066969	47	5.6	47	91	0	402	31	9	30	28	1.88
78066794--78066872	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
78067088--78067189	37	2.8	37	93	0	168	25	18	29	26	1.98
78074724--78074854	55	2.6	49	78	18	135	27	14	25	32	1.95
78074755--78074889	55	2.4	56	86	2	191	28	14	24	33	1.94
78076187--78076219	13	2.4	14	90	5	50	24	0	12	63	1.28
78078770--78078840	27	2.6	27	79	0	88	30	7	25	36	1.83
78080196--78080225	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78083850--78084026	40	4.4	40	90	2	277	22	23	29	24	1.99
78084253--78084296	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
78092033--78092209	40	4.4	40	88	2	259	22	20	29	26	1.99
78092436--78092479	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
78094897--78095000	18	5.4	18	68	13	64	37	12	9	40	1.76
78094874--78095010	39	3.5	39	86	0	202	36	12	10	40	1.77
78094860--78095010	78	1.9	78	89	0	230	37	12	9	39	1.77
78095153--78095244	44	2.1	44	85	4	123	36	25	18	19	1.94
78103016--78103194	24	7.5	24	78	9	177	37	26	11	24	1.89
78102986--78103193	48	4.3	48	78	3	213	36	26	11	25	1.90
78102987--78103190	96	2.1	96	92	0	345	36	25	11	25	1.90
78103016--78103194	48	3.7	48	79	3	216	37	26	11	24	1.89
78107084--78107122	14	2.8	14	96	0	69	35	2	23	38	1.68
78115868--78116091	40	5.7	40	85	6	287	25	27	22	24	2.00
78115835--78116084	79	3.2	79	82	7	276	25	26	21	26	1.99
78117220--78117339	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
78123661--78123884	40	5.7	40	85	6	287	25	28	21	24	1.99
78123661--78123884	79	2.8	79	85	5	292	25	28	21	24	1.99
78125010--78125129	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
78131706--78131930	40	5.7	40	85	5	269	25	27	22	24	2.00
78131708--78131930	119	1.9	120	83	8	294	25	27	22	25	2.00
78133055--78133174	56	2.1	56	96	0	222	22	23	10	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78133483--78133544	18	3.3	18	72	12	61	38	11	4	45	1.61
78133473--78133559	39	2.2	39	89	0	138	36	8	10	44	1.68
78134133--78134182	4	13.0	4	76	16	52	0	24	2	74	0.93
78134139--78134182	11	4.0	11	93	0	79	0	25	2	72	0.96
78154404--78154566	43	3.8	43	78	3	175	24	16	27	31	1.96
78154404--78154556	42	3.6	43	77	10	123	25	16	26	31	1.96
78161850--78162006	43	3.7	42	77	16	146	29	26	17	26	1.97
78162529--78162580	28	1.9	26	84	7	68	25	17	5	51	1.67
78162747--78162781	18	2.0	18	94	5	63	62	11	2	22	1.41
78167929--78168039	31	3.6	31	90	1	170	29	25	18	26	1.98
78168067--78168158	42	2.2	42	90	0	139	35	21	13	29	1.91
78169250--78169335	27	3.1	27	77	14	86	33	10	16	39	1.83
78169402--78169585	27	6.8	27	78	4	192	40	8	22	28	1.83
78169405--78169585	81	2.2	81	79	3	220	40	8	22	28	1.83
78169413--78169585	54	3.2	54	85	1	249	41	9	22	26	1.84
78169566--78169735	27	6.3	27	79	8	159	31	10	17	40	1.83
78169565--78169735	54	3.2	53	82	8	193	31	9	18	40	1.83
78169646--78169750	27	3.9	26	83	7	93	35	9	16	39	1.81
78171927--78172072	31	4.7	31	91	0	240	29	25	16	28	1.97
78172096--78172187	42	2.2	42	92	0	148	33	21	14	30	1.93
78173162--78173239	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
78173286--78173797	27	18.9	27	77	6	212	33	8	20	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78173418--78173617	54	3.7	54	86	0	247	37	7	24	32	1.82
78173433--78173617	81	2.3	81	93	0	289	37	7	23	31	1.82
78173433--78173641	81	2.6	80	88	1	247	37	7	22	32	1.82
78173597--78173792	80	2.4	81	81	2	216	32	9	17	39	1.83
78173722--78173807	27	3.2	27	85	6	86	37	9	13	39	1.78
78179522--78179547	13	2.0	13	100	0	52	23	30	38	7	1.83
78185789--78185846	26	2.3	26	82	11	68	22	10	1	65	1.32
78188295--78188326	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
78189552--78189709	43	3.7	43	71	13	128	32	25	16	24	1.96
78193329--78193486	43	3.7	43	83	0	174	30	19	26	23	1.98
78194009--78194041	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
78201005--78201162	43	3.7	43	84	0	183	30	20	26	22	1.98
78201725--78201757	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
78205894--78206016	43	2.9	43	91	0	183	27	21	27	22	1.99
78206350--78206382	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
78210003--78210220	40	5.5	40	89	4	275	25	28	22	22	1.99
78218121--78218298	40	4.5	40	84	6	186	25	29	22	21	1.99
78227424--78227461	20	1.9	20	88	0	58	50	10	2	36	1.51
78232919--78233097	54	3.3	54	83	3	216	26	15	29	28	1.96
78232919--78233097	27	6.6	27	82	3	180	26	15	29	28	1.96
78236817--78236996	27	6.6	27	81	4	173	27	15	28	28	1.96
78236816--78236996	54	3.3	55	83	5	224	28	15	28	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78239594--78239762	47	3.6	47	94	2	288	33	7	28	30	1.85
78239734--78240024	24	12.3	25	60	12	112	32	6	28	31	1.83
78239687--78239836	71	2.1	72	97	2	293	33	5	28	32	1.80
78239759--78240215	47	9.7	47	95	1	801	32	8	29	29	1.86
78240333--78240444	34	3.1	36	88	6	165	22	18	32	26	1.97
78242707--78242884	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
78242708--78242863	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
78242704--78242884	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
78244856--78244958	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
78244940--78245013	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
78245362--78245564	40	5.1	40	84	2	237	26	19	25	28	1.99
78248001--78248554	47	11.7	47	95	1	948	31	8	30	29	1.87
78248673--78248788	37	3.1	37	93	0	187	22	18	32	26	1.97
78250120--78250176	30	1.9	30	85	7	80	42	5	21	31	1.75
78261782--78261852	29	2.5	29	79	2	72	28	25	15	30	1.96
78265955--78266065	42	2.6	43	84	9	140	24	18	28	28	1.98
78265896--78266065	43	4.0	44	79	9	181	23	16	28	31	1.96
78266252--78266282	12	2.6	12	100	0	62	45	0	6	48	1.28
78266847--78266885	19	2.1	19	85	9	53	38	0	17	43	1.50
78273257--78273370	43	2.7	42	86	5	140	32	26	16	24	1.96
78278050--78278135	44	1.9	45	90	2	138	44	24	9	22	1.82
78282164--78282219	27	2.1	27	96	0	103	55	16	3	25	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78313683--78313709	8	3.4	8	100	0	54	55	22	22	0	1.44
78313683--78313718	16	2.2	16	90	0	54	55	22	19	2	1.56
78314448--78314495	25	1.9	25	95	0	87	8	25	18	47	1.76
78318284--78318347	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
78318555--78318706	23	6.4	24	90	5	229	27	21	21	28	1.99
78318555--78318706	70	2.1	71	92	2	252	27	21	21	28	1.99
78318555--78318706	47	3.2	48	89	5	238	27	21	21	28	1.99
78318763--78318819	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
78318751--78318821	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
78318756--78318810	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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