genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73969527--73969813	129	2.2	130	89	0	432	34	22	22	20	1.97
73990489--73990534	21	2.2	21	84	7	58	56	0	2	41	1.11
73990816--73990867	9	5.6	9	74	17	52	32	0	1	65	1.04
73994620--73995082	234	2.0	234	100	0	926	30	12	21	35	1.91
74002976--74003040	33	2.0	33	90	0	103	40	21	12	26	1.88
74006286--74006328	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
74009917--74009951	16	2.2	16	94	0	61	34	17	2	45	1.63
74011849--74011930	40	2.0	40	90	4	130	24	23	18	34	1.96
74014806--74014884	40	2.0	40	92	7	135	25	21	17	35	1.95
74015625--74015657	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
74026657--74026686	12	2.4	12	94	5	51	0	16	3	80	0.85
74039572--74039639	33	2.1	33	100	0	136	27	8	8	54	1.61
74039572--74039633	29	2.0	30	87	12	90	27	9	9	53	1.65
74045500--74045528	13	2.2	13	100	0	58	65	0	13	20	1.26
74047023--74047085	7	8.9	7	77	16	58	34	1	1	61	1.15
74047025--74047073	15	3.2	16	86	13	68	36	0	0	63	0.95
74047016--74047137	3	39.3	3	67	21	56	32	4	1	61	1.25
74047016--74047085	19	3.8	18	78	14	72	32	1	1	64	1.11
74047017--74047137	30	3.9	30	75	12	109	33	4	1	61	1.25
74047419--74047482	22	3.0	21	79	16	62	37	6	0	56	1.25
74047530--74047589	17	3.4	18	73	15	54	26	1	3	68	1.15
74053286--74053351	23	3.0	23	73	6	64	43	21	18	16	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74054410--74054440	14	2.2	14	100	0	62	32	6	19	41	1.77
74054602--74054643	16	2.7	15	85	10	57	47	0	0	52	1.00
74054847--74054935	46	1.9	46	90	0	142	43	20	7	28	1.79
74054909--74054957	22	2.2	22	100	0	98	46	22	4	26	1.69
74054871--74054997	68	1.9	68	93	0	218	43	22	7	26	1.79
74058997--74059104	26	4.2	26	87	0	162	34	6	22	37	1.80
74059478--74059624	78	1.9	78	100	0	294	33	13	25	27	1.93
74059488--74059609	39	3.1	39	61	21	92	31	14	26	27	1.95
74060771--74060875	27	3.9	26	83	7	122	19	23	22	34	1.96
74062483--74062510	14	2.0	14	100	0	56	50	0	14	35	1.43
74066596--74066644	24	2.0	25	84	7	66	30	12	2	55	1.48
74068702--74068747	17	2.6	17	82	3	56	17	19	41	21	1.90
74080769--74083385	206	12.7	206	92	0	4284	29	17	23	29	1.97
74085089--74085160	12	6.2	11	71	7	54	33	5	1	59	1.29
74085586--74085626	21	2.0	21	90	0	64	21	2	2	73	1.07
74089914--74090062	33	4.4	34	75	8	124	29	12	26	31	1.92
74093932--74094064	56	2.4	56	92	0	212	24	13	26	35	1.93
74093932--74094093	56	2.9	56	85	3	184	24	14	27	33	1.94
74096147--74096365	40	5.5	40	87	3	284	24	28	24	23	2.00
74098574--74098629	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
74098572--74098650	35	2.2	37	86	13	121	37	10	16	35	1.82
74098572--74098643	19	3.9	19	89	10	123	37	11	15	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74098604--74098678	22	3.7	21	82	8	75	36	6	17	40	1.76
74098635--74098678	21	2.0	22	86	4	63	36	4	15	43	1.68
74110683--74110978	78	3.8	78	87	1	423	32	18	22	26	1.97
74111010--74111173	89	1.8	89	90	0	265	30	14	28	26	1.95
74110991--74111190	45	4.5	45	87	3	251	33	15	27	24	1.95
74111543--74111609	17	3.8	17	84	7	89	38	11	13	35	1.82
74111538--74111607	35	1.9	37	91	8	117	38	11	12	37	1.80
74111538--74111609	19	3.9	19	85	10	114	38	11	13	36	1.81
74116372--74116540	29	5.9	28	85	8	184	24	34	15	25	1.95
74116367--74116547	57	3.2	56	84	9	242	25	32	14	26	1.95
74116616--74116651	18	2.0	18	89	10	56	27	38	8	25	1.84
74116758--74116816	16	3.7	16	88	0	91	13	23	15	47	1.81
74117137--74121891	592	8.0	593	94	1	8137	37	22	15	24	1.93
74133934--74134031	19	5.2	19	86	7	137	38	9	15	36	1.79
74133937--74134031	36	2.5	36	88	6	136	38	9	14	36	1.79
74138822--74138880	16	3.9	15	82	10	75	79	0	20	0	0.73
74138819--74138880	23	2.7	23	90	2	99	80	0	19	0	0.71
74138823--74138880	7	7.7	7	78	14	62	79	0	20	0	0.74
74139838--74140145	43	7.3	43	67	19	218	30	21	21	26	1.99
74139830--74140437	84	7.3	84	88	6	905	29	23	22	24	1.99
74140255--74140392	41	3.3	43	66	23	114	29	22	22	25	1.99
74141180--74141258	19	4.2	19	87	9	117	39	8	16	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74141186--74141258	36	2.0	37	91	5	121	39	9	15	35	1.80
74142704--74142795	19	4.9	19	92	5	161	38	11	15	34	1.84
74142744--74142781	17	2.5	15	80	19	51	39	10	15	34	1.82
74142704--74142795	36	2.5	37	94	3	159	38	11	15	34	1.84
74142704--74142818	19	5.8	22	87	8	96	37	10	15	36	1.82
74143087--74143120	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
74151188--74151349	89	1.8	87	80	5	191	30	18	23	27	1.98
74151382--74151755	78	4.6	78	85	6	448	33	18	22	25	1.97
74151706--74151875	89	1.9	89	91	0	277	28	13	30	27	1.94
74151616--74151883	45	5.9	45	76	8	249	30	15	27	26	1.96
74152231--74152273	19	2.4	19	88	7	63	37	13	11	37	1.82
74152239--74152275	19	1.9	19	100	0	74	37	10	16	35	1.83
74152239--74152298	19	2.8	22	85	9	72	36	8	16	38	1.79
74152565--74152599	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
74154209--74154306	34	2.9	34	87	0	133	27	8	18	45	1.77
74155082--74155144	19	3.5	19	75	14	71	28	15	6	49	1.69
74155214--74155251	18	2.2	17	86	9	51	23	28	2	44	1.67
74157899--74157942	12	3.4	12	79	14	52	63	0	0	36	0.95
74163109--74163423	49	6.6	49	77	7	297	37	13	23	25	1.91
74163109--74163422	145	2.2	141	81	9	341	37	13	23	25	1.91
74164890--74164981	27	3.4	27	82	5	107	45	14	15	25	1.83
74167109--74167169	26	2.3	27	83	11	90	68	22	3	4	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74169639--74169674	16	2.2	16	100	0	72	19	11	25	44	1.83
74169748--74169789	20	2.0	20	86	9	57	16	4	19	59	1.54
74181704--74181811	26	4.2	26	89	0	171	33	6	23	37	1.80
74185796--74185997	41	5.0	41	87	3	248	32	22	24	20	1.98
74185839--74186005	41	4.1	41	92	1	255	29	23	26	20	1.99
74186698--74186740	21	2.0	21	86	0	59	20	2	32	44	1.65
74187151--74187234	8	11.2	8	79	12	63	71	1	0	27	0.93
74187130--74187170	21	2.1	21	82	13	52	65	4	0	29	1.13
74187159--74187230	15	4.9	15	81	3	83	73	1	0	25	0.91
74187149--74187241	37	2.5	38	84	7	118	69	1	0	29	0.95
74187181--74187241	30	2.1	29	90	3	95	67	1	0	31	1.01
74187151--74187241	15	6.1	15	77	2	76	69	1	0	29	0.96
74187293--74187340	18	2.7	18	96	3	89	75	0	4	20	0.97
74187293--74187350	18	3.4	16	84	11	71	74	0	3	22	0.97
74190410--74190434	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
74190848--74190893	21	2.2	21	84	0	56	45	2	21	30	1.64
74192451--74192591	43	3.3	43	82	2	183	23	18	29	29	1.98
74195400--74195507	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
74201799--74201847	23	2.2	23	82	10	57	40	4	0	55	1.19
74203320--74203367	21	2.2	22	88	3	71	41	0	2	56	1.11
74203320--74203376	20	2.8	21	83	2	71	40	0	1	57	1.09
74203330--74203377	24	2.0	25	87	4	71	33	0	4	62	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74210296--74210382	20	4.2	20	76	15	88	24	16	1	58	1.44
74210442--74210489	24	2.0	24	84	11	64	14	12	4	68	1.34
74210480--74210524	16	2.6	17	83	16	58	24	15	4	55	1.59
74210660--74210744	20	4.3	19	80	5	89	18	17	10	52	1.72
74213652--74213692	21	2.0	21	85	0	55	14	14	7	63	1.50
74213848--74213909	20	3.0	20	74	4	61	22	17	3	56	1.55
74214261--74214304	20	2.1	21	91	4	72	54	9	15	20	1.68
74214338--74214372	17	1.9	18	88	11	54	31	2	0	65	1.07
74214496--74214552	20	2.9	21	84	7	66	52	1	12	33	1.49
74216551--74216585	18	1.9	18	88	0	52	54	2	2	40	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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