genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.319.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   

This is table  319  of  343  ( 41150 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103085495--103086448	166	5.8	163	81	7	974	28	16	19	35	1.94
103085827--103086126	75	4.0	75	80	2	343	27	18	20	34	1.95
103085825--103086125	152	2.0	150	86	1	413	27	18	19	33	1.95
103086108--103086142	16	2.2	16	89	0	52	14	11	5	68	1.37
103085642--103086446	318	2.5	314	80	8	841	28	16	19	35	1.94
103086145--103086291	73	2.0	74	86	5	208	29	15	20	34	1.94
103086197--103086447	88	3.0	82	82	7	283	27	14	18	38	1.90
103086556--103086650	44	2.1	45	94	1	165	24	22	27	26	2.00
103086556--103086743	44	4.2	45	79	6	159	27	19	26	27	1.99
103088333--103088375	15	3.1	14	83	9	52	27	4	4	62	1.35
103088355--103088397	11	3.9	11	81	6	52	32	0	0	67	0.91
103088441--103088483	21	2.0	21	86	8	61	37	4	4	53	1.43
103088557--103088777	23	9.2	24	77	13	199	33	4	4	57	1.42
103088576--103088777	48	4.1	49	76	17	174	32	4	4	57	1.40
103088557--103088791	48	4.8	45	74	17	170	33	4	5	56	1.43
103088845--103088915	28	2.7	25	78	16	72	29	5	2	61	1.33
103088877--103088942	25	2.8	24	86	4	89	33	6	6	54	1.50
103097491--103097538	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
103097487--103097542	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
103097487--103097538	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
103097692--103097756	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
103097777--103097831	25	2.2	25	83	0	65	60	1	3	34	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103097863--103097908	25	1.9	25	86	8	69	60	2	4	32	1.28
103098398--103098542	30	4.8	30	87	1	177	20	4	46	28	1.69
103101293--103101334	18	2.3	18	80	8	50	26	0	9	64	1.24
103101945--103101982	17	2.2	17	86	9	51	65	0	0	34	0.93
103103630--103103753	60	2.1	60	81	3	142	38	5	14	41	1.70
103104566--103104617	27	1.9	27	100	0	104	50	11	1	36	1.50
103110088--103110176	46	1.9	46	86	4	126	33	14	22	29	1.94
103112017--103112083	33	2.0	33	100	0	134	19	8	29	41	1.82
103117077--103117118	20	2.1	20	86	0	57	38	2	0	59	1.10
103117130--103117162	17	1.9	17	93	0	57	39	15	0	45	1.46
103122453--103122550	32	3.0	32	89	1	142	38	13	12	35	1.82
103125509--103125545	16	2.4	16	95	4	67	37	0	10	51	1.37
103125831--103125875	22	2.0	22	100	0	90	40	15	4	40	1.67
103126196--103126223	10	2.8	10	100	0	56	25	10	10	53	1.67
103126621--103126703	43	1.9	43	95	0	148	38	2	20	38	1.66
103141015--103141043	12	2.4	12	100	0	58	31	0	13	55	1.39
103142762--103142801	12	3.3	12	100	0	80	22	0	10	67	1.20
103143353--103143430	31	2.7	29	80	9	81	43	0	8	47	1.34
103143514--103143616	25	4.2	25	86	7	156	42	0	2	53	1.22
103143514--103143616	49	2.1	50	90	5	165	42	0	2	53	1.22
103144155--103144191	14	2.5	15	95	4	67	62	8	0	29	1.24
103145256--103145302	12	4.4	11	78	21	55	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103149470--103149504	16	2.1	17	89	5	54	57	0	0	42	0.99
103149737--103149770	17	2.0	17	100	0	68	35	5	5	52	1.50
103150431--103150472	20	2.2	18	87	8	57	59	2	0	38	1.10
103150682--103150707	10	2.6	10	100	0	52	53	0	7	38	1.30
103155793--103155824	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
103155793--103155823	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
103161568--103161626	21	2.8	22	82	7	61	23	1	6	67	1.24
103161581--103161626	22	2.2	22	84	7	60	26	0	4	69	1.07
103161597--103161656	26	2.4	24	83	8	75	28	0	3	68	1.05
103168481--103168804	169	1.9	169	91	1	524	38	18	12	30	1.88
103168734--103168783	23	2.2	23	82	3	66	46	20	6	28	1.74
103171491--103171633	4	34.5	4	66	9	54	21	10	3	64	1.40
103171706--103171745	16	2.5	15	84	11	53	25	7	5	62	1.42
103171736--103171784	25	2.0	25	100	0	98	22	16	0	61	1.34
103171844--103171881	3	12.7	3	100	0	76	0	31	0	68	0.90
103171880--103171927	3	16.3	3	95	4	89	31	0	0	68	0.90
103172668--103172775	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
103174400--103174537	27	5.1	26	84	6	177	16	23	24	34	1.95
103174400--103174537	54	2.5	53	91	2	222	16	23	24	34	1.95
103174407--103174555	27	5.5	26	83	7	147	18	24	22	34	1.96
103177898--103177931	12	2.9	12	86	4	52	64	14	14	5	1.46
103178445--103178496	27	2.0	26	85	10	72	57	3	0	38	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103179827--103179882	24	2.3	24	75	6	60	10	7	39	42	1.67
103182943--103182982	18	2.2	18	86	8	55	67	15	0	17	1.23
103183066--103183127	30	2.1	30	96	0	115	58	11	1	29	1.42
103183969--103184037	35	2.0	35	85	0	93	36	11	15	36	1.84
103185761--103185864	42	2.4	43	80	3	120	32	25	14	27	1.94
103188503--103188605	32	3.2	32	68	15	102	45	4	15	33	1.67
103190188--103190247	13	4.7	13	68	4	50	15	50	15	20	1.79
103190167--103190249	38	2.2	38	100	0	166	16	50	12	20	1.77
103190666--103190748	3	27.3	3	73	20	59	30	3	1	65	1.17
103190670--103190752	18	4.4	18	81	13	87	31	3	1	63	1.19
103201056--103201259	44	4.6	44	74	10	141	36	21	20	21	1.95
103201104--103201962	44	19.6	43	68	15	180	36	20	21	21	1.96
103201360--103201964	87	7.0	87	92	0	917	36	21	21	20	1.95
103201360--103201964	260	2.3	261	89	1	926	36	21	21	20	1.95
103201986--103202249	68	3.9	68	91	0	429	26	21	23	28	1.99
103203095--103203180	3	28.3	3	73	19	65	30	3	1	65	1.17
103203087--103203180	33	3.0	31	73	17	72	28	3	1	67	1.13
103205124--103205188	28	2.3	28	79	12	80	63	0	1	35	1.04
103205142--103205196	28	2.0	28	85	7	76	58	1	1	38	1.20
103206336--103206437	23	4.4	24	76	18	92	56	0	5	36	1.30
103206383--103206421	20	2.0	20	90	10	62	61	2	0	35	1.10
103210401--103210438	19	2.0	19	89	0	58	44	5	18	31	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103213890--103213952	24	2.5	26	85	10	78	58	4	3	33	1.35
103222421--103222471	27	1.9	26	84	11	68	41	1	15	41	1.58
103225755--103226419	79	8.3	81	82	7	589	29	9	12	48	1.73
103225755--103226419	158	4.2	161	81	8	650	29	9	12	48	1.73
103225755--103226419	242	2.8	237	78	9	579	29	9	12	48	1.73
103226046--103226419	77	4.7	76	82	6	333	30	10	12	46	1.76
103225755--103226419	319	2.1	316	81	7	765	29	9	12	48	1.73
103226209--103226452	77	3.1	75	80	6	265	31	10	11	46	1.73
103228437--103228465	15	1.9	15	100	0	58	13	6	0	79	0.93
103231044--103231092	22	2.3	20	76	13	53	26	2	10	61	1.39
103243336--103243377	20	2.2	20	86	4	59	52	2	2	42	1.27
103251023--103251077	2	27.5	2	100	0	110	0	0	49	50	1.00
103253271--103253429	52	3.1	51	84	3	201	30	26	15	27	1.96
103254942--103254974	17	1.9	17	88	11	50	33	6	15	45	1.70
103280738--103280772	18	2.0	17	88	5	52	42	0	0	57	0.99
103283762--103283826	32	2.0	32	96	0	121	23	15	4	56	1.57
103284434--103284489	25	2.2	25	78	12	62	50	1	3	44	1.29
103284450--103284496	24	1.9	25	91	4	78	53	4	0	42	1.20
103291033--103291074	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
103291235--103291273	14	2.5	16	88	12	55	53	23	2	20	1.57
103301815--103301860	21	2.2	21	84	0	56	67	19	10	2	1.31
103303767--103303809	16	2.6	16	81	3	50	60	2	2	34	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103314091--103314122	11	2.9	11	100	0	64	65	9	15	9	1.46
103314091--103314134	22	2.0	22	86	0	61	68	6	13	11	1.39
103318074--103318166	45	2.1	45	95	0	168	34	16	19	30	1.93
103320286--103320316	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
103322863--103322893	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
103322863--103322893	10	3.2	10	90	9	55	80	0	0	19	0.71
103325178--103325426	43	5.8	43	74	7	175	28	19	16	35	1.93
103327631--103327663	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
103329523--103329581	31	1.9	31	86	6	84	6	16	1	74	1.11
103329541--103329579	15	2.5	15	83	4	51	7	12	0	79	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343