genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64996847--64997054	100	2.1	101	82	5	251	31	10	17	39	1.84
64996846--64997055	50	4.2	50	78	6	192	31	10	17	40	1.84
65005201--65005273	27	2.7	28	87	6	105	36	24	10	27	1.89
65005257--65005470	27	7.9	27	86	2	286	32	21	21	24	1.98
65005230--65005460	54	4.3	52	79	9	207	32	21	20	24	1.97
65005458--65005524	26	2.6	27	76	7	75	26	16	22	34	1.95
65005465--65005514	26	1.9	26	91	0	82	30	14	22	34	1.93
65007747--65007810	31	2.1	31	96	0	119	48	12	9	29	1.72
65008948--65009404	46	10.0	46	90	0	630	21	24	14	40	1.90
65013289--65013339	25	2.0	25	92	0	84	49	21	13	15	1.79
65015245--65015471	48	4.8	48	72	10	200	27	21	23	27	1.99
65018378--65018548	41	4.2	41	91	0	263	52	6	20	20	1.68
65020412--65020445	17	2.0	17	94	0	59	50	0	20	29	1.49
65020414--65020454	17	2.4	17	87	0	55	56	0	12	31	1.36
65021300--65021467	43	3.9	43	77	7	144	27	15	23	32	1.95
65028740--65029230	206	2.4	204	90	3	752	29	21	17	30	1.96
65037308--65037357	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
65040185--65040447	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
65047777--65048039	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
65057833--65057896	24	2.7	24	87	0	83	28	28	37	6	1.81
65057914--65057952	18	2.2	18	90	9	62	20	15	5	58	1.55
65065287--65065338	16	3.2	16	76	10	52	51	11	7	28	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65073132--65073715	210	2.8	210	83	2	638	35	15	21	27	1.94
65073198--65073983	210	3.8	206	79	5	634	34	14	22	28	1.93
65073408--65073983	207	2.8	206	80	4	629	34	14	22	28	1.94
65074122--65074199	38	2.1	38	90	4	122	39	7	23	29	1.82
65076685--65076744	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
65076694--65076727	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
65078079--65078130	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
65078088--65078142	12	4.6	12	73	15	51	12	23	0	63	1.29
65078124--65078161	17	2.2	18	85	4	51	10	23	2	63	1.39
65080489--65080548	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
65080498--65080531	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
65087993--65088032	19	2.2	18	95	4	71	40	2	15	42	1.60
65087993--65088039	19	2.5	19	86	3	69	36	2	14	46	1.57
65088049--65088145	42	2.3	42	85	3	133	30	6	14	48	1.68
65091950--65091997	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
65092014--65092101	42	2.1	42	89	0	131	29	5	13	51	1.64
65093372--65093408	19	1.9	19	100	0	74	37	2	16	43	1.62
65093450--65093529	41	2.0	41	94	0	142	32	5	12	50	1.62
65097209--65097249	19	2.2	19	95	0	73	39	4	12	43	1.63
65097298--65097375	40	2.0	40	100	0	156	33	5	12	48	1.63
65106000--65106035	18	2.0	18	100	0	72	55	11	0	33	1.35
65122887--65123197	153	2.0	154	86	4	436	45	10	3	40	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65124004--65124385	42	9.2	42	81	4	405	38	22	17	21	1.93
65124005--65124316	128	2.5	125	82	6	366	39	21	17	21	1.93
65124213--65124331	40	3.0	39	79	3	123	36	21	20	21	1.95
65124777--65124854	21	3.8	20	79	12	77	1	7	8	82	0.91
65130166--65130305	27	5.2	28	90	5	184	35	22	24	18	1.96
65131924--65132007	26	3.2	26	94	3	143	36	23	3	35	1.73
65135741--65135770	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
65136254--65136294	15	2.7	15	88	3	64	63	0	19	17	1.31
65137708--65137814	48	2.2	48	83	1	126	32	26	16	24	1.96
65139208--65139237	10	2.9	10	95	5	51	73	0	6	20	1.05
65139399--65139479	40	2.0	41	95	2	146	45	8	20	24	1.79
65150284--65150373	44	2.1	41	82	12	101	32	23	7	36	1.83
65152667--65152708	18	2.3	18	87	0	57	52	2	7	38	1.42
65156298--65156325	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
65158711--65158809	19	5.2	19	83	11	123	38	7	17	37	1.77
65158761--65158791	5	6.2	5	100	0	62	38	0	22	38	1.54
65158711--65158809	36	2.6	39	82	14	111	38	7	17	37	1.77
65159157--65159200	19	2.3	19	84	0	52	38	6	4	50	1.50
65161366--65161581	27	8.0	27	86	3	301	26	22	9	40	1.85
65161366--65161582	81	2.7	82	88	5	332	26	22	9	41	1.85
65162701--65162773	21	3.5	20	74	18	60	61	2	6	28	1.35
65163988--65164397	27	15.2	27	79	11	403	26	22	9	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65163988--65164397	54	7.6	54	85	6	512	26	22	9	40	1.85
65164010--65164402	81	4.9	82	84	6	462	26	21	9	41	1.84
65164407--65164602	27	7.3	27	86	0	257	35	19	19	25	1.96
65164801--65164883	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
65165194--65165267	27	2.8	26	83	6	85	18	24	20	36	1.95
65165385--65165566	6	29.8	6	69	17	108	21	18	12	46	1.82
65165385--65165512	25	4.7	25	70	22	87	22	21	11	44	1.84
65165446--65165513	25	2.7	25	95	0	118	22	22	11	44	1.85
65165385--65165543	86	1.8	86	91	0	264	22	18	12	45	1.83
65168223--65168254	15	2.1	15	94	0	55	50	12	18	18	1.78
65168614--65168714	39	2.6	38	90	3	157	14	26	22	35	1.93
65168632--65168696	21	3.2	21	74	12	82	13	26	20	40	1.89
65178485--65178540	3	18.3	3	78	10	60	64	1	1	32	1.14
65178485--65178538	28	1.9	28	88	7	83	64	1	1	31	1.14
65178835--65178872	3	12.3	3	84	15	51	63	0	2	34	1.09
65185567--65185616	26	1.9	26	88	8	75	34	4	6	56	1.43
65187637--65187699	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
65187822--65187855	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
65188543--65188592	21	2.3	21	83	10	57	50	4	4	42	1.40
65190971--65191492	194	2.7	194	83	9	624	31	17	18	33	1.93
65192721--65192768	19	2.5	20	80	16	57	29	0	4	66	1.10
65192805--65192848	22	2.0	22	100	0	88	27	9	31	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65202524--65202587	21	3.0	22	76	17	55	57	1	1	39	1.17
65212580--65212623	18	2.4	18	80	3	52	50	13	13	22	1.77
65219957--65220009	20	2.7	20	90	0	88	7	30	0	62	1.23
65224923--65225082	43	3.7	43	81	5	189	25	18	25	31	1.97
65234017--65234044	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59
65238247--65238281	17	2.0	18	88	5	54	48	0	0	51	1.00
65240554--65240614	20	3.0	20	81	13	70	40	32	6	19	1.77
65240675--65240714	21	1.9	21	84	0	53	27	10	30	32	1.89
65245790--65245814	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
65246441--65246538	44	2.2	44	88	0	151	27	24	18	29	1.98
65246504--65246886	89	4.3	88	72	10	200	27	19	19	33	1.96
65246458--65246937	44	10.7	45	76	7	323	27	20	18	33	1.96
65248024--65248128	42	2.5	42	92	6	167	36	22	22	18	1.95
65248024--65248135	21	5.2	22	78	8	124	36	21	23	18	1.95
65249850--65250584	89	8.3	88	77	5	563	29	20	16	33	1.95
65249849--65250582	133	5.5	133	83	1	648	29	20	16	33	1.95
65249850--65250584	222	3.3	222	83	2	841	29	20	16	33	1.95
65249850--65250584	44	16.6	44	74	6	536	29	20	16	33	1.95
65251473--65251509	5	7.8	5	93	6	60	0	18	0	81	0.70
65260523--65260707	50	3.7	50	85	1	237	29	27	18	25	1.98
65260523--65260707	101	1.8	99	87	2	271	29	27	18	25	1.98
65264478--65264521	22	2.0	22	90	0	70	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65264541--65264566	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
65264604--65264660	15	3.5	15	73	17	60	50	0	0	49	1.00
65265082--65265120	14	2.8	14	96	0	69	38	5	2	53	1.37
65271592--65271694	25	4.2	26	77	14	69	34	23	23	18	1.96
65271652--65271726	25	3.1	23	76	16	64	38	22	25	13	1.90
65271672--65271719	24	1.9	26	83	8	64	41	22	25	10	1.85
65276704--65276764	18	3.4	18	93	0	95	39	22	6	31	1.80
65277535--65277564	15	2.0	15	93	0	51	30	0	3	66	1.07
65278040--65278097	27	2.1	27	93	0	98	20	39	1	37	1.63
65279830--65279854	3	8.3	3	100	0	50	32	32	0	36	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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