genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16913725--16913966	37	6.5	37	76	3	200	39	4	38	16	1.70
16913753--16913996	74	3.3	74	81	2	258	38	5	37	18	1.73
16916134--16916291	27	5.9	27	81	11	146	35	21	24	18	1.95
16916151--16916291	54	2.6	54	93	2	239	35	23	24	17	1.95
16916397--16916470	28	2.8	26	85	4	85	31	9	22	36	1.86
16917913--16918020	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
16919541--16919584	18	2.4	19	85	11	65	9	9	0	81	0.87
16919541--16919583	9	4.8	9	80	8	52	6	9	0	83	0.80
16921119--16921248	50	2.6	49	89	3	181	30	29	16	23	1.97
16921119--16921305	101	1.9	99	84	4	250	28	28	17	24	1.97
16923528--16923557	6	5.0	6	91	0	51	80	3	0	16	0.85
16923813--16923855	16	2.7	16	82	13	54	69	2	2	25	1.12
16929140--16929232	37	2.5	36	81	5	96	39	6	32	21	1.79
16929172--16929248	37	2.1	37	87	0	109	40	5	36	18	1.73
16932126--16932170	16	2.8	16	96	0	81	48	17	20	13	1.80
16936450--16936495	20	2.3	20	85	7	58	17	19	2	60	1.46
16941280--16941448	37	4.6	36	76	10	135	45	5	33	15	1.69
16941385--16941493	37	3.0	34	79	15	94	41	2	35	20	1.67
16942627--16942974	37	9.4	36	77	10	310	39	4	37	18	1.71
16942627--16942974	111	3.1	107	77	6	345	39	4	37	18	1.71
16944002--16944268	37	7.2	37	75	9	152	42	3	35	18	1.67
16954683--16954773	24	3.8	24	95	0	155	29	21	15	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16955602--16955652	24	2.1	24	100	0	102	35	27	3	33	1.75
16956051--16956173	13	9.2	13	68	17	65	34	21	3	41	1.69
16956051--16956173	40	3.1	40	89	0	174	34	21	3	41	1.69
16956614--16956656	21	2.0	21	100	0	86	44	23	0	32	1.54
16961277--16961335	22	2.6	21	76	12	55	44	15	20	20	1.87
16961283--16961381	23	4.3	23	76	3	94	38	19	22	20	1.94
16961761--16961827	32	2.1	32	94	0	116	10	38	2	47	1.53
16962858--16962940	8	10.0	8	72	21	55	68	1	2	27	1.09
16963635--16963659	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
16963631--16963716	11	7.6	11	71	14	50	50	1	1	47	1.16
16963803--16963873	35	2.0	35	88	0	106	29	11	4	54	1.54
16964031--16964071	21	2.0	21	85	9	57	48	2	4	43	1.37
16964060--16964119	25	2.3	26	75	16	63	23	5	3	68	1.24
16978148--16978206	15	4.0	15	78	12	59	74	0	25	0	0.82
16978565--16978640	36	2.1	36	97	0	143	19	11	22	46	1.82
16980229--16980289	26	2.4	26	91	2	97	50	9	8	31	1.65
16980221--16980289	26	2.8	25	86	4	95	49	10	8	31	1.67
16980117--16980413	96	3.1	95	88	1	459	48	17	7	26	1.73
16980325--16980391	26	2.6	26	85	2	82	50	14	7	26	1.70
16985275--16985304	15	2.0	15	100	0	60	40	40	6	13	1.71
16985407--16985528	62	2.0	62	90	1	192	45	20	8	25	1.78
16985865--16985922	6	9.7	6	84	0	80	65	13	1	18	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16985865--16985934	12	5.8	12	89	0	86	62	12	4	20	1.46
16985865--16985922	18	3.2	18	90	0	89	65	13	1	18	1.35
16985865--16985934	18	3.9	18	86	0	77	62	12	4	20	1.46
16985939--16985976	16	2.3	16	95	4	67	57	23	0	18	1.40
16989539--16989576	19	2.0	20	89	5	60	76	2	0	21	0.91
16990411--16990493	39	2.1	39	100	0	166	57	4	4	32	1.41
16990425--16990487	20	3.2	20	68	28	62	57	4	6	31	1.45
16990949--16991003	15	3.5	16	75	9	60	61	0	0	38	0.96
17009540--17009570	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
17009537--17009576	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
17009762--17010013	55	4.7	54	83	5	275	21	25	18	35	1.95
17009809--17010009	108	1.8	110	90	4	327	22	25	18	33	1.96
17014363--17014478	24	4.8	24	84	1	133	31	20	21	26	1.98
17014806--17014851	23	2.0	23	100	0	92	39	13	13	34	1.83
17019070--17019136	21	3.2	22	83	6	79	23	26	38	10	1.87
17020834--17020902	34	2.0	34	100	0	138	55	17	4	23	1.60
17023181--17023216	18	1.9	19	88	5	56	66	2	30	0	1.06
17027393--17027421	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
17032420--17032463	21	2.1	21	86	0	61	43	0	6	50	1.29
17032681--17032755	35	2.2	32	86	6	96	38	8	4	49	1.51
17032697--17032765	32	2.2	32	87	5	97	37	4	4	53	1.41
17032716--17032817	45	2.3	45	89	0	150	39	8	3	48	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17033157--17033330	93	1.9	92	84	5	235	48	0	4	46	1.27
17033365--17033389	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
17037584--17037631	5	9.6	5	82	8	62	18	0	2	79	0.84
17037585--17037628	20	2.1	21	91	4	72	15	0	2	81	0.78
17037595--17037637	13	3.4	13	84	12	54	23	0	0	76	0.78
17038131--17038172	12	3.5	12	80	0	57	26	42	16	14	1.86
17038123--17038172	24	2.1	24	100	0	100	26	42	16	16	1.88
17042220--17042277	5	11.6	5	85	7	82	18	0	1	79	0.82
17046785--17046872	26	3.5	25	69	14	65	54	0	0	45	0.99
17049631--17049679	11	4.5	11	76	0	53	18	12	10	59	1.60
17056228--17056365	45	3.1	45	86	2	172	26	21	19	32	1.97
17056230--17056359	23	5.7	23	62	9	61	26	23	19	31	1.98
17058515--17058544	16	1.9	15	93	6	51	80	0	20	0	0.72
17059034--17059093	20	3.0	20	82	4	68	65	0	1	33	1.03
17059808--17059857	21	2.3	23	82	10	68	38	4	0	58	1.17
17059810--17059857	22	2.2	22	88	3	71	37	4	0	58	1.18
17065344--17065509	35	4.6	35	81	8	172	31	10	24	33	1.89
17065344--17065514	75	2.4	75	83	7	203	32	10	23	33	1.89
17072695--17072867	93	1.9	93	90	0	274	27	30	21	20	1.98
17072696--17072863	46	3.6	46	77	4	176	28	29	21	20	1.98
17074609--17074716	53	2.0	53	94	0	189	32	11	17	38	1.85
17075301--17075335	18	1.9	19	88	11	56	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17079392--17079418	7	3.9	7	100	0	54	0	11	0	88	0.50
17081226--17081352	61	2.1	61	96	0	236	37	17	21	24	1.94
17083390--17083436	8	6.1	8	82	9	53	55	0	0	44	0.99
17083391--17083437	15	3.1	15	78	0	58	57	0	0	42	0.98
17083424--17083475	19	2.6	21	72	12	54	57	0	1	40	1.10
17083523--17083574	23	2.2	23	86	3	68	44	0	3	51	1.19
17083668--17083735	15	4.4	15	72	17	50	29	0	1	69	0.98
17083695--17083733	7	5.6	7	82	11	53	28	0	0	71	0.86
17083694--17083735	21	2.0	21	90	0	66	28	0	0	71	0.86
17084650--17084690	20	2.0	21	86	13	59	46	4	9	39	1.58
17093043--17093081	16	2.4	17	86	4	53	58	0	2	38	1.12
17100058--17100093	18	1.9	18	88	5	54	33	0	5	61	1.19
17102397--17102543	38	4.0	38	75	10	171	20	8	23	46	1.78
17102429--17102488	20	3.1	20	65	18	54	25	10	20	45	1.81
17102415--17102470	18	3.0	18	66	19	51	23	7	19	50	1.72
17102871--17102930	15	4.0	15	75	0	66	23	6	28	41	1.79
17110287--17110321	17	2.1	17	88	0	52	42	0	2	54	1.15
17110280--17110324	19	2.3	21	75	21	53	48	0	2	48	1.13
17112443--17112564	51	2.4	51	87	0	172	30	24	13	31	1.93
17122134--17122177	14	2.8	16	86	10	56	63	4	0	31	1.14
17126101--17126151	22	2.3	22	87	12	77	41	11	19	27	1.86
17131580--17131798	110	2.0	110	94	0	386	43	7	7	42	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17133272--17133306	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
17133421--17133480	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
17133434--17133606	25	7.0	25	71	8	113	55	4	7	32	1.48
17133626--17133671	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
17142141--17142233	29	3.6	25	74	17	82	55	6	5	32	1.48
17142141--17142217	27	2.8	26	77	15	77	57	7	5	29	1.49
17142343--17142405	24	2.7	23	77	20	67	57	4	6	31	1.45
17143482--17143533	14	3.6	14	82	17	70	9	1	3	84	0.82
17145027--17145066	19	2.0	20	85	4	55	50	0	22	27	1.50
17145269--17145305	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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