genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70479111--70479153	10	4.4	10	79	5	52	55	0	0	44	0.99
70479102--70479211	19	5.8	19	65	16	57	53	0	3	41	1.24
70482336--70482706	132	2.8	131	83	2	449	30	19	18	32	1.95
70483489--70483540	19	2.6	20	82	14	63	28	3	0	67	1.08
70483483--70483547	29	2.2	29	83	0	76	32	3	0	64	1.09
70483625--70483839	88	2.4	90	82	6	267	35	9	16	37	1.82
70487559--70487616	23	2.6	23	91	5	93	56	10	17	15	1.66
70490058--70490182	46	2.8	44	87	7	171	26	18	29	25	1.98
70493428--70493634	7	29.1	7	73	8	51	44	31	0	22	1.57
70493463--70493504	15	2.9	15	85	3	50	30	47	0	21	1.51
70493459--70493533	21	3.5	23	73	12	61	38	40	0	21	1.53
70493502--70493571	28	2.4	29	80	2	79	45	32	0	21	1.52
70493517--70493571	14	3.9	14	81	11	67	47	30	0	21	1.51
70493517--70493571	15	3.8	15	83	9	62	47	30	0	21	1.51
70494021--70494163	39	3.6	40	84	2	182	27	23	19	29	1.98
70494826--70494878	16	3.2	16	94	5	97	24	0	37	37	1.56
70494859--70494949	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
70495113--70495147	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
70495091--70495357	120	2.2	120	93	0	453	49	4	1	43	1.34
70495231--70495267	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
70495122--70495318	61	3.3	61	71	11	188	48	5	2	43	1.37
70497797--70497831	18	1.9	18	100	0	70	60	0	28	11	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70499915--70499953	20	2.0	20	85	10	53	58	15	5	20	1.55
70502036--70502105	25	2.8	24	72	18	61	62	0	4	32	1.14
70508759--70508924	85	2.0	85	83	4	210	44	10	26	18	1.82
70516290--70516326	6	6.2	6	93	0	56	32	2	37	27	1.71
70516780--70516813	18	1.9	18	88	5	52	5	2	17	73	1.16
70518070--70518121	21	2.4	22	80	9	61	40	1	13	44	1.55
70518454--70518534	42	1.9	43	85	12	114	32	18	22	27	1.97
70518513--70518945	46	9.4	46	82	1	445	28	21	20	29	1.98
70518513--70518945	138	3.1	138	83	3	505	28	21	20	29	1.98
70526556--70526611	26	2.2	25	78	12	60	32	35	5	26	1.79
70526560--70526617	27	2.2	26	81	3	62	32	39	5	22	1.76
70528500--70528566	3	22.3	3	84	6	91	28	2	1	67	1.14
70530603--70530659	25	2.3	23	82	14	62	21	29	19	29	1.97
70530887--70530932	24	2.0	22	87	8	65	19	19	13	47	1.81
70532253--70532298	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
70532260--70532304	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
70542671--70542699	12	2.4	12	100	0	58	34	13	0	51	1.42
70545515--70545598	40	2.1	40	100	0	168	29	16	20	33	1.95
70547150--70547183	17	2.0	17	88	0	50	23	2	38	35	1.70
70554719--70554758	18	2.2	19	86	8	57	57	0	7	35	1.27
70566616--70566801	90	2.0	92	89	3	286	37	16	17	29	1.91
70567407--70567445	21	1.9	20	94	5	69	33	10	25	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70567588--70567624	15	2.6	14	87	8	56	59	0	0	40	0.97
70567590--70567656	16	4.1	16	74	20	59	59	0	1	38	1.06
70571180--70571240	30	2.1	29	84	9	79	37	4	4	52	1.45
70573973--70574142	90	1.9	89	87	4	252	28	25	18	27	1.98
70576260--70576392	66	2.0	66	97	0	248	26	25	11	36	1.90
70581372--70581405	16	2.1	16	100	0	68	29	8	5	55	1.54
70582401--70582572	43	4.0	43	80	7	179	26	17	25	30	1.97
70590561--70590598	19	2.0	19	100	0	76	31	0	31	36	1.58
70590764--70590905	49	2.9	49	81	0	158	23	21	28	27	1.99
70593706--70593890	40	4.6	40	95	1	309	23	22	28	26	1.99
70598488--70598526	15	2.7	15	80	4	53	17	10	7	64	1.48
70612747--70612818	37	2.0	37	86	2	101	45	8	0	45	1.33
70612858--70612964	20	5.8	18	68	20	60	52	4	2	40	1.37
70615149--70615246	42	2.3	42	87	0	151	26	30	24	18	1.98
70616200--70616302	23	4.5	22	79	9	100	34	19	19	26	1.95
70621229--70621548	105	3.0	105	84	0	379	30	25	12	32	1.92
70623836--70623865	10	3.0	10	95	0	51	56	10	10	23	1.62
70629006--70629163	65	2.4	66	79	3	176	20	13	32	33	1.92
70629006--70629174	33	5.2	33	80	8	175	19	14	32	33	1.92
70631262--70631305	22	2.0	21	87	12	63	25	18	25	31	1.97
70632209--70632663	105	4.3	103	76	6	353	28	26	14	31	1.94
70632220--70632663	210	2.1	210	81	4	511	28	26	13	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70632251--70632747	210	2.4	210	78	7	490	29	26	13	30	1.94
70632993--70633677	342	2.0	342	92	0	1147	36	23	14	25	1.92
70636638--70636666	12	2.3	13	94	5	51	37	0	3	58	1.15
70638178--70638333	42	3.7	41	75	17	158	24	18	26	30	1.98
70645499--70645654	42	3.7	41	75	17	158	24	18	26	30	1.98
70655786--70655813	11	2.5	11	100	0	56	35	21	7	35	1.81
70662551--70662606	28	2.0	28	96	0	103	16	17	30	35	1.92
70664309--70664399	45	2.0	45	91	0	146	24	13	24	38	1.91
70671372--70671708	33	10.4	33	90	3	454	17	35	14	32	1.90
70672500--70673123	33	19.2	33	73	7	321	19	18	32	29	1.95
70672791--70673114	66	4.9	66	89	3	447	18	21	32	27	1.97
70679285--70679318	2	17.0	2	87	0	50	50	2	44	2	1.32
70679483--70679516	17	1.9	17	88	5	50	11	8	0	79	0.94
70687243--70687361	59	2.0	59	98	0	229	35	25	5	33	1.80
70692460--70692515	26	2.2	26	96	3	105	46	7	7	39	1.59
70692809--70692872	31	2.1	31	100	0	128	37	18	25	18	1.94
70700710--70700771	31	2.0	30	90	3	97	27	4	6	61	1.41
70701427--70701458	15	2.0	17	88	11	50	46	3	0	50	1.17
70705200--70705239	11	3.6	11	79	0	53	20	15	7	57	1.61
70705467--70705499	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
70711670--70711744	18	4.2	18	79	6	80	37	13	20	29	1.90
70712999--70713045	24	2.0	24	91	0	76	55	8	2	34	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70719881--70719923	15	2.8	15	82	3	50	13	11	18	55	1.68
70722683--70722833	54	3.0	50	78	14	166	25	13	26	34	1.93
70722751--70722868	47	2.5	46	84	1	146	24	13	28	33	1.93
70725651--70725802	43	3.6	42	83	1	169	19	16	31	32	1.94
70725730--70725813	43	2.0	43	92	0	141	20	19	29	30	1.97
70725774--70725873	51	2.0	51	84	4	130	23	15	28	34	1.94
70728261--70728293	15	2.1	16	88	5	50	57	3	6	33	1.38
70728597--70728670	29	2.6	28	77	12	73	64	8	2	24	1.34
70730575--70730622	20	2.4	20	96	0	87	16	29	35	18	1.93
70737312--70737341	14	2.1	14	100	0	60	56	13	0	30	1.37
70741129--70741212	42	2.0	42	88	0	123	26	17	9	46	1.79
70748506--70748545	21	2.0	20	86	13	57	52	2	25	20	1.59
70750730--70750780	24	2.1	24	96	0	93	41	0	15	43	1.47
70752867--70752925	31	1.9	31	89	0	91	25	23	15	35	1.94
70766590--70766619	13	2.3	13	94	0	51	56	6	10	26	1.57
70772683--70772730	25	1.9	25	95	0	87	37	25	12	25	1.91
70772767--70772837	20	3.5	20	90	0	106	35	11	22	30	1.89
70772884--70772980	23	4.1	23	88	5	140	30	21	19	27	1.98
70772884--70772980	48	2.1	46	88	3	140	30	21	19	27	1.98
70780788--70780817	8	3.8	8	90	0	51	50	23	23	3	1.64
70781207--70781296	27	3.2	27	84	7	110	20	24	24	31	1.98
70781217--70781307	27	3.2	28	82	4	85	21	26	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70781207--70781321	55	2.1	56	82	8	137	19	24	22	33	1.97
70783992--70784219	127	1.8	124	86	9	329	40	4	7	47	1.51
70785896--70785972	40	1.9	40	86	0	109	14	15	33	36	1.88
70805247--70805426	93	1.9	92	96	1	333	26	8	21	42	1.82
70805827--70805878	24	2.2	24	82	6	61	28	28	23	19	1.98
70809255--70809369	43	2.7	43	84	6	146	15	22	18	43	1.87
70809304--70809365	21	3.0	21	75	0	79	16	27	17	38	1.91
70809253--70809382	42	3.1	43	81	8	133	14	22	18	44	1.86
70812844--70812945	51	2.0	51	96	0	186	32	4	23	39	1.76
70812944--70813107	28	5.8	28	74	4	141	29	16	27	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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