genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26072899--26072923	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
26079585--26080086	269	1.9	266	86	5	730	29	23	16	30	1.96
26081885--26081913	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
26082509--26082638	58	2.2	58	89	4	190	53	3	0	43	1.16
26084554--26084625	35	2.1	35	97	0	135	51	8	13	26	1.70
26089646--26089705	30	1.9	32	83	12	81	66	3	1	28	1.17
26090718--26090807	27	3.1	27	64	29	69	27	10	11	51	1.69
26090743--26090851	30	3.6	31	67	26	90	30	6	10	53	1.59
26090718--26090850	59	2.3	59	98	0	257	28	7	10	53	1.62
26091414--26091472	24	2.5	24	83	10	68	62	3	0	33	1.12
26092340--26092409	18	4.0	18	74	9	65	41	15	15	27	1.88
26092341--26092441	17	5.8	17	66	11	53	47	14	13	23	1.81
26093121--26093210	36	2.5	35	82	7	101	52	32	1	14	1.49
26093908--26093994	30	3.0	30	88	3	115	45	4	17	32	1.68
26094255--26094658	78	5.0	80	85	7	491	33	20	16	30	1.94
26094181--26094677	77	6.3	77	81	9	516	35	19	16	28	1.94
26094496--26094747	87	2.8	88	82	5	312	36	19	15	28	1.92
26105020--26105192	46	3.7	46	78	13	183	29	28	20	21	1.98
26105025--26105196	93	1.8	93	92	0	290	28	29	20	21	1.98
26109192--26109349	17	9.1	17	71	12	92	47	12	12	27	1.77
26109238--26109351	52	2.2	53	84	4	142	47	14	13	25	1.80
26109192--26109349	18	9.1	18	71	12	100	47	12	12	27	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26110039--26110128	36	2.6	35	85	7	112	51	34	1	13	1.48
26110975--26111018	9	4.7	9	78	10	52	15	0	0	84	0.63
26110975--26111026	17	3.1	17	78	18	56	19	0	1	78	0.84
26113060--26113185	43	2.9	43	89	2	164	33	23	17	26	1.96
26113656--26113720	29	2.3	29	83	2	78	29	24	3	43	1.69
26116444--26116479	16	2.4	14	86	13	54	2	13	0	83	0.76
26125602--26125661	19	3.1	19	70	15	50	58	3	0	38	1.15
26126221--26126367	72	2.0	72	98	0	285	40	26	8	23	1.84
26126254--26126366	35	3.2	35	62	18	88	41	24	8	24	1.83
26129212--26129326	56	2.0	57	83	5	144	42	3	5	48	1.42
26140734--26140839	44	2.5	42	78	6	124	22	17	26	33	1.96
26142620--26142713	42	2.2	42	88	0	143	21	31	31	14	1.94
26142620--26142729	42	2.6	42	81	2	114	20	29	33	17	1.95
26143820--26143907	33	2.7	33	87	1	133	25	23	14	36	1.93
26144350--26144432	43	1.9	43	95	0	148	33	21	4	39	1.75
26145335--26145360	7	3.7	7	100	0	52	73	0	0	26	0.84
26149208--26149238	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
26149205--26149244	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
26149431--26149683	55	4.8	54	80	8	256	22	24	16	35	1.94
26149431--26149683	53	4.8	55	80	8	244	22	24	16	35	1.94
26149476--26149673	108	1.8	110	87	4	303	24	25	17	33	1.96
26164500--26164887	130	3.0	129	84	2	463	27	17	18	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26164534--26164975	130	3.4	129	81	5	446	25	17	20	37	1.93
26176518--26176772	133	1.9	133	92	0	429	27	19	25	28	1.99
26176476--26176844	133	2.8	131	79	8	300	27	20	23	27	1.99
26178897--26178946	26	2.0	25	81	11	59	24	4	8	64	1.38
26179655--26180042	130	3.0	130	86	1	490	27	16	18	37	1.92
26191627--26191669	19	2.2	20	91	4	70	46	23	6	23	1.76
26194635--26194821	55	3.5	53	78	10	175	23	25	17	34	1.96
26202695--26202744	25	2.0	25	88	0	73	24	20	28	28	1.99
26206895--26207080	79	2.3	81	82	8	220	26	27	22	24	2.00
26206874--26207077	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	24	1.99
26208212--26208327	55	2.1	56	98	1	225	22	23	9	44	1.81
26214758--26214956	39	5.1	40	78	10	184	25	28	22	24	1.99
26216071--26216173	50	2.0	53	92	5	176	24	21	7	46	1.77
26224267--26224443	27	6.6	27	82	7	189	27	15	28	29	1.96
26224268--26224422	82	1.9	80	85	7	215	27	15	28	29	1.96
26224264--26224443	82	2.2	80	80	6	211	27	15	27	29	1.96
26232216--26232393	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
26232217--26232372	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
26232213--26232393	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
26240334--26240511	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
26240335--26240490	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
26240331--26240511	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26246822--26247038	40	5.5	39	84	8	253	25	28	23	23	1.99
26248187--26248217	16	2.0	15	93	6	53	90	0	0	9	0.46
26248191--26248216	11	2.4	11	100	0	52	92	0	0	7	0.39
26256169--26256201	12	2.8	12	86	4	50	57	3	0	39	1.14
26256249--26256319	31	2.3	30	83	9	90	66	2	2	28	1.20
26256349--26256429	3	26.3	3	72	14	58	56	3	4	34	1.38
26256353--26256416	16	3.9	17	75	19	57	59	4	4	31	1.38
26256358--26256429	31	2.3	31	83	9	85	56	4	5	33	1.41
26256074--26256384	145	2.2	143	84	8	426	59	5	3	31	1.38
26261301--26261339	14	2.7	14	81	18	53	17	0	2	79	0.84
26266499--26266542	15	2.9	15	83	6	54	59	0	0	40	0.98
26270217--26270260	18	2.4	18	85	7	54	34	9	4	52	1.54
26281377--26281415	17	2.3	17	100	0	78	51	10	20	17	1.74
26288310--26288349	13	3.1	13	85	0	53	15	27	35	22	1.94
26295080--26295293	67	3.2	64	76	8	180	33	14	28	23	1.95
26302113--26302174	30	2.1	30	93	0	106	37	1	27	33	1.67
26314892--26315067	24	7.0	24	81	10	208	24	20	14	40	1.90
26314891--26315067	76	2.3	75	83	8	216	24	20	14	40	1.90
26314892--26315069	52	3.5	52	88	3	256	24	20	14	39	1.90
26321263--26321292	14	2.1	15	93	6	53	26	33	6	33	1.83
26321823--26321901	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
26322020--26322343	47	6.8	47	96	2	569	29	29	8	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26326245--26326591	40	8.8	40	92	1	560	25	28	21	24	1.99
26327805--26327882	36	2.1	37	90	2	122	25	30	19	24	1.98
26328002--26328324	49	6.8	48	96	1	562	29	29	7	33	1.85
26328002--26328324	97	3.4	95	94	3	558	29	29	7	33	1.85
26328002--26328324	146	2.3	144	94	3	564	29	29	7	33	1.85
26340609--26340675	33	2.0	33	100	0	134	49	11	11	26	1.74
26340998--26341158	43	3.8	42	80	9	175	35	25	16	22	1.95
26340998--26341158	85	1.9	85	82	7	202	35	25	16	22	1.95
26342575--26342687	41	2.7	41	79	4	127	27	23	16	31	1.96
26350138--26350247	43	2.6	42	83	8	134	27	26	18	28	1.98
26353045--26353097	18	2.9	18	80	0	61	49	15	16	18	1.80
26353420--26353581	27	6.0	27	86	0	189	40	20	14	25	1.90
26354654--26354776	17	7.6	17	72	8	80	30	10	1	57	1.42
26354575--26354744	3	55.7	3	74	11	87	29	9	2	58	1.44
26354743--26354784	21	2.0	22	86	13	61	28	16	2	52	1.56
26360826--26361167	48	7.0	48	89	5	506	36	6	25	31	1.81
26360826--26361167	150	2.3	146	92	3	560	36	6	25	31	1.81
26360826--26361164	98	3.4	98	90	4	531	36	6	25	31	1.81
26361314--26361422	37	2.9	37	94	0	182	23	18	31	26	1.97
26371774--26371872	49	2.0	49	90	0	153	44	21	7	27	1.78
26374489--26374525	19	1.9	20	88	5	58	59	5	2	32	1.34
26375994--26376037	19	2.3	19	88	0	61	56	27	2	13	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26378694--26378865	91	1.9	91	90	3	276	48	8	9	32	1.67
26378697--26378890	91	2.1	90	85	8	243	50	8	9	31	1.65
26379106--26379138	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35
26379782--26379824	23	2.0	21	86	9	59	20	11	39	27	1.88
26390714--26390782	22	3.3	20	81	15	79	76	5	0	17	0.97
26392306--26392756	44	10.2	43	66	13	168	29	16	24	28	1.97
26392046--26393314	177	7.2	177	87	1	1616	30	17	24	27	1.97
26392480--26393113	44	14.3	44	67	10	229	30	17	24	27	1.97
26402876--26403059	40	4.6	40	84	6	239	26	23	26	24	2.00
26404691--26404728	20	1.9	19	85	15	51	5	28	13	52	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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