genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18707694--18707879	40	4.7	40	88	5	243	26	27	22	24	2.00
18715796--18715928	40	3.3	40	95	2	232	27	27	20	24	1.99
18715777--18715981	40	5.1	40	84	7	229	25	26	21	25	2.00
18718532--18719521	205	4.8	205	92	1	1547	30	19	21	28	1.97
18721077--18721161	27	3.0	27	76	10	64	27	3	1	68	1.13
18721113--18721265	20	7.7	19	74	19	118	34	5	0	58	1.27
18721107--18721177	29	2.6	26	82	12	81	36	2	0	60	1.11
18721114--18721265	7	21.9	7	67	26	76	34	5	0	58	1.27
18721192--18721270	41	1.9	42	84	7	108	30	5	2	62	1.30
18721409--18721467	21	2.7	23	78	14	63	37	8	0	54	1.31
18721520--18721580	17	3.4	18	73	13	54	29	1	1	67	1.10
18721652--18721689	20	1.9	20	88	0	58	26	2	0	71	1.00
18732817--18732919	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
18732901--18732974	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
18733285--18733506	40	5.6	40	87	5	263	24	22	27	25	2.00
18736866--18736996	47	2.8	48	89	4	194	33	7	30	28	1.85
18737115--18737230	37	3.1	37	89	0	178	23	18	31	26	1.97
18742105--18742889	205	3.8	205	90	1	1153	31	18	21	29	1.97
18744170--18744277	26	4.2	26	91	0	180	32	8	24	35	1.85
18747585--18747693	20	5.8	19	71	21	63	35	5	0	58	1.21
18747573--18747693	27	4.9	23	66	25	52	33	4	0	61	1.18
18747586--18747733	7	20.9	7	68	22	71	34	6	0	58	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18747667--18747732	18	3.8	18	77	15	59	31	4	1	62	1.25
18747660--18747738	41	1.9	41	82	7	97	30	3	2	63	1.25
18747877--18747935	21	2.7	23	78	14	63	37	8	0	54	1.31
18747988--18748078	17	5.1	18	72	17	57	38	2	0	59	1.10
18748127--18748164	20	1.9	20	88	0	58	26	2	0	71	1.00
18753277--18753315	14	2.7	14	81	18	53	74	7	7	10	1.22
18755898--18755982	25	3.3	25	83	11	84	47	36	4	11	1.61
18757107--18757167	30	2.0	29	81	12	70	36	3	3	57	1.31
18757194--18757267	27	2.7	27	69	22	73	33	2	1	62	1.18
18757235--18757277	22	2.0	22	86	9	61	37	0	0	62	0.95
18757651--18757688	12	3.2	12	85	7	51	34	2	0	63	1.09
18757634--18757715	42	1.9	43	82	9	105	30	4	1	63	1.23
18757754--18757795	22	1.9	22	85	9	59	28	7	0	64	1.20
18768530--18768562	15	2.2	15	100	0	66	45	15	18	21	1.85
18772282--18773132	206	4.1	206	93	1	1359	31	18	22	27	1.97
18772985--18773228	119	2.1	119	95	0	434	31	18	23	26	1.97
18773666--18773741	23	3.3	23	64	10	64	43	35	7	13	1.73
18773666--18773760	47	2.0	47	97	0	181	41	34	8	15	1.78
18773795--18773853	25	2.4	25	94	5	102	49	35	6	8	1.60
18774978--18775043	30	2.2	29	81	10	71	36	3	3	57	1.29
18775074--18775119	14	3.5	13	78	16	51	26	4	2	67	1.21
18775104--18775144	21	1.9	22	90	5	66	39	0	2	58	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18775507--18775563	24	2.4	23	80	13	62	38	5	1	54	1.33
18775599--18775640	22	1.9	22	85	9	59	28	7	0	64	1.20
18776434--18776477	13	3.5	12	78	9	52	70	2	9	18	1.24
18780819--18780917	43	2.3	43	85	0	135	28	33	19	19	1.96
18781468--18781528	30	2.1	29	90	3	95	44	14	18	22	1.86
18781819--18781870	21	2.5	21	87	0	59	44	15	23	17	1.86
18797180--18797225	6	7.8	6	80	4	58	82	4	2	10	0.89
18797181--18797230	18	2.8	17	82	8	64	82	6	2	10	0.92
18801864--18801915	6	8.8	6	78	4	52	82	3	5	7	0.93
18801865--18801915	17	2.9	17	88	5	75	82	3	5	7	0.94
18803202--18803226	13	1.9	13	100	0	50	56	8	20	16	1.65
18806554--18806622	12	5.8	12	81	3	77	76	4	7	11	1.12
18806555--18806610	6	9.5	6	78	3	60	80	3	5	10	1.00
18806556--18806622	35	1.9	35	90	6	109	77	4	5	11	1.09
18806554--18806622	23	2.9	24	80	4	77	76	4	7	11	1.12
18823220--18823245	9	2.9	9	100	0	52	11	19	23	46	1.82
18826927--18827196	50	5.7	47	76	7	226	27	19	28	24	1.99
18828156--18828218	32	2.0	32	96	0	117	34	15	14	34	1.88
18830867--18831039	43	4.0	43	75	9	165	30	24	16	28	1.96
18836718--18836761	18	2.4	18	88	0	61	50	13	18	18	1.79
18837119--18837341	79	2.8	80	81	7	267	40	16	13	30	1.86
18837109--18837341	106	2.2	107	83	2	290	41	15	13	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18837106--18837350	27	9.2	26	79	13	225	41	15	15	28	1.87
18842734--18842861	55	2.3	55	77	5	132	26	29	28	15	1.96
18842917--18842941	13	1.9	13	100	0	50	24	36	32	8	1.84
18844580--18844606	13	2.1	13	100	0	54	51	14	0	33	1.43
18862691--18862743	24	2.2	24	96	0	97	50	20	5	22	1.69
18864615--18864861	40	6.2	40	76	12	208	24	23	27	25	2.00
18864655--18864838	79	2.3	80	89	2	273	23	23	27	25	2.00
18864655--18864861	79	2.6	78	83	5	254	24	23	27	25	2.00
18872011--18872041	5	6.2	5	92	0	53	38	0	3	58	1.15
18879615--18879650	18	2.0	18	100	0	72	11	5	16	66	1.40
18879881--18879936	27	1.9	29	86	13	80	44	3	3	48	1.37
18886630--18886732	47	2.2	47	82	3	136	40	22	12	24	1.88
18888073--18888202	64	2.0	64	95	0	233	42	9	8	40	1.67
18890791--18890848	28	2.1	27	87	6	82	60	0	5	34	1.19
18897646--18897708	25	2.6	24	72	5	63	39	17	25	17	1.91
18901150--18901377	8	28.5	8	89	0	276	41	25	7	25	1.82
18901150--18901377	12	19.0	12	88	0	276	41	25	7	25	1.82
18907791--18907931	43	3.3	43	80	13	155	24	15	24	36	1.94
18929875--18929920	23	2.0	23	100	0	92	21	8	34	34	1.84
18932112--18932136	9	2.8	9	100	0	50	24	20	32	24	1.98
18934427--18934459	13	2.8	12	90	9	50	36	0	12	51	1.39
18934488--18934525	10	3.8	10	80	13	51	18	10	5	65	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18934486--18934525	20	2.0	20	90	9	64	20	10	5	65	1.42
18942246--18942279	17	1.9	18	88	5	52	52	5	20	20	1.67
18942416--18942473	26	2.2	27	82	14	68	37	0	10	51	1.36
18945200--18945235	17	2.1	17	89	0	54	16	22	41	19	1.90
18945842--18945898	24	2.3	26	79	8	66	66	7	0	26	1.17
18951947--18952001	17	3.0	18	84	10	58	18	1	1	78	0.94
18951950--18951986	14	2.5	15	91	8	58	10	2	2	83	0.84
18951963--18951995	12	2.8	12	90	4	50	18	0	0	81	0.68
18951960--18952026	8	8.0	8	74	9	53	22	1	2	73	1.06
18953543--18953571	6	4.8	6	100	0	58	17	0	0	82	0.66
18958198--18958308	51	2.2	52	98	1	215	45	1	9	42	1.48
18959614--18959656	22	2.0	22	85	0	59	20	9	9	60	1.55
18963376--18963428	22	2.3	23	87	3	72	24	26	0	49	1.51
18966462--18966514	21	2.5	21	87	0	70	22	16	26	33	1.96
18966481--18966522	21	2.0	21	81	9	50	28	14	23	33	1.94
18968502--18968543	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
18968506--18968542	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
18968575--18968631	15	3.5	15	73	17	60	50	1	0	47	1.11
18969091--18969128	14	2.7	14	91	0	58	31	15	7	44	1.75
18969168--18969214	20	2.4	20	85	3	69	70	0	2	27	0.99
18969551--18969590	16	2.6	16	96	4	73	70	0	0	30	0.88
18969957--18969990	16	2.1	17	88	5	52	32	2	0	64	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18972139--18972209	31	2.2	33	83	14	96	26	15	15	42	1.87
18973344--18973387	18	2.5	18	85	10	56	40	0	0	59	0.98
18973514--18973554	13	2.9	15	79	20	52	58	0	0	41	0.98
18973587--18973643	15	3.5	15	71	17	51	50	3	0	45	1.18
18974013--18974084	33	2.2	34	80	9	87	51	11	4	33	1.57
18976230--18976262	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
18976898--18976931	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
18979525--18979565	20	2.0	20	90	0	64	41	19	0	39	1.52
18979750--18980004	55	4.8	53	79	6	214	21	23	17	36	1.94
18979797--18979997	108	1.8	110	89	2	316	22	23	17	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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